新事業支援施設整備事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していないもの

（２１３）新事業支援施設整備事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していないもの

１　補助事業の概要

（補助事業の概要）

　この補助事業は、株式会社久留米リサーチ・パーク（福岡県久留米市）が、新事業支援施設整備事業の一環として、中小・ベンチャー企業を効果的・効率的に育成するため、平成１５年度にバイオ分野に特化したビジネス・インキュベータ（注） を整備したものである。
　同会社では、本件補助事業を消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含め、事業費４１８，９４６，１５０円（うち補助対象事業費３７６，０００，０００円、これに対する国庫補助金１８８，０００，０００円）で実施している。そして、１６年３月に九州経済産業局に実績報告書を提出し、これにより国庫補助対象事業費の精算を受けていた。

（補助事業における消費税の取扱い）

　消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務が生じるが、生産、流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」といい、控除する額を「消費税仕入控除税額」という。）する仕組みが採られている。
　そして、補助事業の事業主体が補助対象の施設等を取得することも課税仕入れに該当し、上記の仕組みにより確定申告の際に課税仕入れに係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は補助事業で取得した施設等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
　このため、補助事業の事業主体は、「新事業支援施設整備費補助金交付要綱」（平成１４・０４・２５財地第１号）により、実績報告書の提出後に、消費税の申告により課税売上高に対する消費税額から補助事業に係る消費税額を課税仕入れに係るものとして控除し、補助金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととなっている。

２　検査の結果

　検査したところ、同会社は１６年５月に消費税の確定申告を行い、本件補助対象事業に係る消費税額１７，９０４，７６１円を課税仕入れに係る消費税額として控除し、同年６月に消費税の還付を受けていた。
　しかし、同会社では、上記の消費税仕入控除税額１７，９０４，７６１円のうち本件補助金に係る額８，９５２，３８０円を報告、返還しておらず、不当と認められる。
　このような事態が生じていたのは、同会社において、補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、九州経済産業局において、本件補助事業の消費税の取扱いについての指導及び確認が十分でなかったことによると認められる。