民間事業者等が事業主体として実施している市街地整備の促進や高齢者向けの賃貸住宅の供給等を目的とした補助事業における消費税の取扱いを適切に行うよう改善させたもの

（１）民間事業者等が事業主体として実施している市街地整備の促進や高齢者向けの賃貸住宅の供給等を目的とした補助事業における消費税の取扱いを適切に行うよう改善させたもの

１　補助事業の概要

（住宅市街地総合整備事業ほか６補助事業）

　国土交通省では、大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法（昭和５０年法律第６７号）等に基づき、良好な市街地住宅の供給、市街地の環境の整備改善、高齢者向けの賃貸住宅の供給の拡大等に資することなどを目的として、補助事業を実施している地方公共団体及び民間事業者等に対して、国庫補助金を交付している。
　住宅市街地総合整備事業（平成１５年度以前は住宅市街地整備総合支援事業及び密集住宅市街地整備促進事業）ほか４補助事業（注１） については、各補助事業の補助要領等に基づき、事業を実施する者（以下「事業主体」という。）が各事業の施行に伴い必要となる共同施設の整備、調査設計計画の作成、土地の整備等に要する費用について、地方公共団体が地方住宅供給公社及び民間事業者等の事業主体に対し補助する場合、又は地方公共団体が自ら事業主体の場合、その費用の一部を国が地方公共団体に対し交付するものである。
　また、２１世紀都市居住緊急促進事業及び先導型再開発緊急促進事業については、両補助事業の補助金交付要綱に基づき、事業主体が上記５補助事業の実施に併せ、環境負荷の低減、福祉空間形成等について基準に適合する建物等の整備や、環境・資源問題の深刻化等に対処する住宅の供給を行う場合、その費用の一部を国が直接当該事業主体に対し交付するものである。

（消費税の概要）

　消費税法（昭和６３年法律第１０８号）によれば、消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）の課税事業者は、課税期間における課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」という。）した額を消費税として納付することとなっている。そして、この仕入税額控除できる課税仕入れに係る消費税額は、課税期間における課税売上高を総売上高で除した課税売上割合が１００分の９５以上のときは課税仕入れに係る消費税額の全額、１００分の９５未満のときは課税売上高に対応する部分の金額などとなっている。

（補助事業における消費税の取扱い）

　事業主体は、補助の対象となった建物等（以下「補助対象施設」という。）を取得する場合、建築業者等に対し消費税額を含む請負代金等を支払っている。そして、事業主体が消費税の課税事業者であり、当該補助対象施設により得られる売上げが課税売上げとなるなどの場合においては、補助対象施設の取得に係る消費税額は仕入税額控除の対象となり、消費税の確定申告の際に、課税売上割合に応じて補助対象施設の取得に係る消費税額は仕入税額控除できることとなる。この場合、事業主体は、補助対象施設の取得に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。

２　検査の結果

（検査の着眼点）

　住宅市街地総合整備事業ほか６補助事業の実施に当たり、毎年度交付される国庫補助金が多額に上ること、近年、民間活力を活用した市街地整備や高齢者に配慮した良質な賃貸住宅の供給等を推進しており、そのため、民間事業者等の事業主体の中に消費税の課税事業者が多数含まれていると見込まれることなどから、補助事業における消費税の取扱いが適切に行われているかに着眼して検査した。

（検査の対象）

　北海道ほか２７都府県（注２） 管内の６０３事業主体が、表１のとおり、１５、１６両年度に実施した住宅市街地総合整備事業ほか６補助事業（補助対象事業数８５２事業、補助対象事業費計２１９３億１２４７万余円、これに対する国庫補助金計２８１億２７２０万余円）を対象として検査した。

（検査の結果）

　検査したところ、北海道ほか１６都府県（注３） 管内の８７事業主体が実施した住宅市街地総合整備事業ほか６補助事業（補助対象事業数１２６事業、消費税を含む補助対象事業費計３７３億９００２万余円、これに対する国庫補助金計５５億３３５２万余円）において、次のような事態が見受けられた。
　上記の事業主体は、消費税の課税事業者であり、補助対象施設により得られる売上げが課税売上げとなることなどから、表２のとおり、消費税の確定申告により課税売上高に対する消費税額から、補助対象事業費計３７３億９００２万余円に含まれている補助対象施設の取得に係る消費税額計１６億７７３４万余円を仕入税額控除していた。しかし、現行の各補助事業の補助要領等には、事業主体が消費税の確定申告を行い、補助対象施設の取得に係る消費税額のうち仕入税額控除できる額が確定した場合、その額に係る国庫補助金を返還することなどの規定が定められていなかった。このため、仕入税額控除した消費税額に係る国庫補助金相当額計２億４０７６万余円が事業主体に対し交付されたままとなっていた。
　上記のとおり、事業主体において補助対象事業費のうち仕入税額控除していた補助対象施設の取得に係る消費税額を実質的に負担していないのに、これに係る国庫補助金が交付されたままとなっている事態は適切とは認められず、改善の必要があると認められた。

（発生原因）

　このような事態が生じていたのは、国土交通省において、事業主体が消費税の課税事業者である場合、補助対象施設の取得に係る消費税額について、消費税の確定申告の際に仕入税額控除できる場合があるということについての認識が十分でなく、補助事業における消費税の取扱いを明確にしていなかったことなどによると認められた。

３　当局が講じた改善の処置

　上記についての本院の指摘に基づき、国土交通省では、１７年９月に、都道府県等に通知を発し、事業主体が課税事業者であり、補助金の額の確定後に消費税の確定申告により補助対象施設の取得に係る消費税額のうち仕入税額控除できる額が確定した場合、その額に係る国庫補助金について返還することなどとし、補助事業における消費税の取扱いを適切に行うための処置を講じた。