平成１６年度決算検査報告
この特別会計は、国立高度専門医療センター（国立がんセンター、国立循環器病センター、国立精神・神経センター、国立国際医療センター、国立成育医療センター及び国立長寿医療センター）の円滑な運営と経理の適正を図ることを目的として、その経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
なお、同特別会計は、１６年４月１日、独立行政法人国立病院機構法（平成１４年法律第１９１号）附則第１０条等の規定により、国立病院特別会計から名称が改められたものであり、その際国立病院特別会計に所属していた権利及び義務は、独立行政法人国立病院機構に承継されるもの等を除き、この特別会計に帰属するものとされた。これに伴い、病院勘定及び療養所勘定の勘定区分は廃止された。
同特別会計の１６年度の歳入歳出決算、損益、借入金等及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 16年度 | |
| 千円 | ||
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 150,489,243 | |
| 収納済歳入額 | 149,633,773 | |
| 不納欠損額 | 11,218 | |
| 収納未済歳入額 | 844,251 | |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 151,416,268 | |
| 支出済歳出額 | 147,797,214 | |
| 翌年度繰越額 | 937,498 | |
| 不用額 | 2,681,555 |
２ 損益
| 区分 | 16年度 | |
| 千円 | ||
| 利益 | 143,515,219 | |
| (うち診療収入) | (84,849,685) | |
| 損失 | 121,365,654 | |
| (うち経営費) | (106,481,192) | |
| 利益金 | 22,149,564 | |
| (利益金の処理) | ||
| 翌年度に基金に組入れ | 22,149,564 |
３ 借入金等
| 区分 | 16年度末 | |
| 千円 | ||
| 借入金現在額 | 235,064,242 | |
| (財政融資資金) | ||
| 基金現在額 | 218,366,091 | |
| 積立金現在額 | 2,063,380 |
４ 主な業務実績
| 区分 | 16年度 | |
| 入院患者延べ数 | 1,470千人 | |
| 外来患者延べ数 | 1,694千人 |