平成１６年度決算検査報告
この独立行政法人は、医療の提供、医療に関する調査及び研究並びに技術者の研修等の業務を行うことにより、国民の健康に重大な影響のある疾病に関する医療その他の医療であって、国の医療政策として担うべきものの向上を図り、もって公衆衛生の向上及び増進に寄与することを目的として設置されているものである。その資本金は１６事業年度末現在で１４４２億４０５９万余円（全額国の出資）となっている。
なお、同法人は、１６年４月１日、独立行政法人国立病院機構法（平成１４年法律第１９１号）附則第５条の規定により、国が国立病院及び国立療養所の所掌事務に関して有する権利及び義務のうち、国立ハンセン病療養所等に係るものを除き、一切を承継して設立されたものである。
同法人の１６事業年度の貸借対照表、損益計算書及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 貸借対照表
| 区分 | 16事業年度末 | |
| 千円 | ||
| 資産 | 1,150,569,787 | |
| (うち建物) | (362,372,333) | |
| (うち土地) | (478,406,608) | |
| 負債 | 912,547,810 | |
| (うち未払金) | (57,784,700) | |
| (うち長期借入金) | (706,948,367) | |
| 資本 | 238,021,976 | |
| (うち資本金) | (144,240,591) | |
| (うち資本剰余金) | (95,342,248)(注) | |
| (うち繰越欠損金) | (1,560,864) |
２ 損益計算書
| 区分 | 16事業年度 | |
| 千円 | ||
| 経常収益 | 746,059,332 | |
| (うち医業収益) | (682,648,047) | |
| (うち運営費交付金収益) | (51,543,433) | |
| 経常費用 | 745,863,065 | |
| (うち給与費) | (423,809,342) | |
| 臨時利益 | 23,277,134 | |
| 臨時損失 | 25,034,266 | |
| 当期純損失 | 1,560,864 | |
| 当期総損失 | 1,560,864 | |
| (損失の処理) | ||
| (当期未処理損失) | ||
| 当期総損失 | 1,560,864 | |
| (損失処理額) | ||
| 次期繰越欠損金 | 1,560,864 |
３ 主な業務実績
| 区分 | 16事業年度 | |
| 病院数 | 149箇所 | |
| 入院患者延べ数 | 17,983千人 | |
| 外来患者延べ数 | 12,924千人 |
なお、この法人について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「職員の不正行為による損害が生じたもの」 を掲記した。