独立行政法人の業務、財務、入札、契約の状況に関する会計検査の結果について

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（２）　財務の状況

　国は、独立行政法人の行う事業の公共性、公益性に着目し、経営基盤の安定あるいは事業の的確な遂行を図るための出資を行い、また、業務運営に要する資金として、運営費交付金のほか、補助金、交付金（運営費交付金を除く。）、補給金及び負担金（以下、これらの４つを「補助金等」という。）を交付している。
　そこで、国の財政負担等の状況を含めた各法人の財務の状況について、特に、〔1〕 政府出資金の状況、〔2〕 運営費交付金の状況、〔3〕 資産処分に伴う国庫納付の状況の３点を中心に調査・分析した。
　なお、分析の対象は、１９年４月に設立された住宅金融支援機構及び同年１０月に設立された郵便貯金・簡易生命保険管理機構を除く１００法人とし、また、分析の対象とした期間は、各法人の設立年度から１８年度までとしたが、分析の項目によっては、必要に応じて分析対象期間等を変えている。

ア　独立行政法人の財務制度等の概要

（ア）　独立行政法人の会計基準等

　独立行政法人の会計は、通則法において、主務省令で定めるところにより、原則として企業会計原則によることとされているが、公共的な性格を有しており、利益の獲得を目的とせず、独立採算制を前提としないなどの独立行政法人が有する特殊性を踏まえて、企業会計原則に必要な修正を加えた独立行政法人会計基準（以下「独法会計基準」という。）及び独立行政法人会計基準注解（以下「独法会計基準注解」という。）が１２年２月に策定（１９年１１月改訂。独立行政法人会計基準研究会等）されている。
　独法会計基準は、各法人の業務運営並びに財務及び会計に関する事項を定めた個別の主務省令により、当該主務省令に準ずるものとして、独立行政法人がその会計を処理するに当たって従わなければならないとされている基準であって、独立行政法人の会計に関する認識、測定、表示及び開示の基準を定めるものである。また、そこに定められていない事項については、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとされている。そして、独法会計基準等に関して、その実務上の留意点を記述した「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するＱ＆Ａ」（以下「Ｑ＆Ａ」という。）が１２年８月に公表（２０年２月改訂。総務省行政管理局、財務省主計局、日本公認会計士協会）されている。
　独立行政法人は、通則法により、毎年度、貸借対照表、損益計算書、利益の処分又は損失の処理に関する書類その他主務省令で定める書類及びこれらの附属明細書（以下、これらを合わせて「財務諸表」という。）を作成して、当該年度の終了後３か月以内に主務大臣に提出して、その承認を受けなければならないこととされている。
　また、法律の規定により、勘定ごとに財務諸表を作成することとされている独立行政法人にあっては、勘定ごとの財務諸表及び独立行政法人全体の財務諸表を作成しなければならないこととされている。

（イ）　運営費交付金の会計の概要

　独立行政法人の支出は、公共的な事務・事業を確実に実施するためになされるものであり、独立採算制を前提としていないことから、国は、独立行政法人に対して、業務運営の財源に充てるために必要な資金として運営費交付金を交付している。
　独立行政法人は、中期計画において中期目標の期間全体に係る運営費交付金の額を、また、年度計画において当該年度分の運営費交付金の額をそれぞれ算定している。そして、独立行政法人に対する運営費交付金に係る国の予算措置については、主務大臣が予算要求することとされていて、毎年度の予算編成の過程で運営費交付金の交付額が決定されている。
　また、運営費交付金は、予定された使途以外の使途にも充てることができ、年度内に執行残額が生じた場合であっても翌年度に繰り越すことができるとされている。
　運営費交付金の会計処理に当たっては、運営費交付金が独立行政法人に対して国から負託された業務の財源であり、運営費交付金が交付されたことをもって直ちに収益として認識することは適当でないことから、独法会計基準においては、独立行政法人の会計に特有な流動負債に係る科目として、運営費交付金受領時に発生する義務を表す「運営費交付金債務」という科目を設けることとされており、国から運営費交付金を受領したときは、その相当額を同科目で整理することとされている。
　そして、運営費交付金を業務費、一般管理費、人件費等の支出に充てるときは、運営費交付金債務を業務の進行に応じて一定の基準に基づき収益化することとされており、その際には、当該収益化に相当する額を「運営費交付金債務」から収益に属する「運営費交付金収益」に振り替えることとされている。ただし、固定資産等を取得したときは、その取得額のうち運営費交付金に対応する額を「資産見返運営費交付金」又は「資本剰余金」に振り替えることとされている。
　なお、独法会計基準では、独立行政法人は、中期目標期間の終了時点において期間中に交付された運営費交付金を精算することとされており、中期目標期間の最終年度末においてなお運営費交付金債務が残る場合、別途、精算のための収益化を行うこととされている。
　このように、運営費交付金債務は業務の進行に応じて一定の基準に基づき収益化されるが、独法会計基準注解及びＱ＆Ａは、表７のとおり、運営費交付金債務を収益化する際の主な基準（以下「収益化基準」という。）として、三つの基準を示しており、法人の業務内容からみてその業務の進ちょく状況を最も適切に反映して、法人にできるだけ成果達成への動機付けを与える基準を法人が定める必要があるとしている。

業務達成基準	一定の業務と運営費交付金との対応関係が明らかにされている場合に、当該業務の達成度に応じて、財源として予定されている運営費交付金債務の収益化を行うもの。例えば、一定のプロジェクトの実施や退職一時金の支払について、交付金財源との対応関係が明らかにされている場合等がこれに該当する。
期間進行基準	業務の実施と運営費交付金財源とが期間的に対応している場合に、一定の期間の経過を業務の進行とみなして、運営費交付金債務の収益化を行うもの。例えば、管理部門の活動等がこれに該当する。
費用進行基準	上記二つの基準のような業務と運営費交付金との対応関係が示されない場合に、業務のための支出額を限度として、運営費交付金債務の収益化を行うもの。

（ウ）　積立金等の概要

　独立行政法人は、通則法第４４条第１項において、毎年度、損益計算において利益を生じたときは、前年度から繰り越した損失を埋めて、なお残余があるときは、その残余の額を、積立金として整理しなければならないとされている。ただし、この残余のうち独立行政法人の経営努力により生じたとされる額があるときは、同条第３項の規定に基づき、主務大臣の承認を受けて、残余の額の全部又は一部を中期計画であらかじめ定めた「剰余金の使途」に充てるための積立金（以下「目的積立金」という。）として積み立てることができることとなっている。そして、中期目標期間の最終年度末に目的積立金が残っている場合には、その残額を積立金に振り替えなければならないこととされている。
　また、同条第２項において、毎年度、損益計算において損失を生じたときは、同条第１項の規定による積立金を減額して整理し、なお不足があるときは、その不足額は繰越欠損金として整理しなければならないとされている。
　中期目標期間の最終年度末における積立金の処分については、個別法により、主務大臣の承認を得て次の中期目標の期間における業務の財源に充てることができるとされた金額を控除して、なお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならないなどとされている。

イ　独立行政法人化及び勘定の廃止に伴う政府出資金の状況

（ア）　独立行政法人化に伴う政府出資金の状況

　特殊法人等から移行して設立された独立行政法人の中には、旧法人の繰越欠損金等の処理に政府出資金を充てたことなどにより、開始貸借対照表における政府出資金の額が旧法人の最終貸借対照表に計上されている額に比べて減少している法人がある。
　この状況については、会計検査院法第３０条の２の規定に基づく報告書「財投機関における財政投融資改革後の財務状況と特殊法人等改革に伴う財務処理の状況について」（１８年１０月報告）及び「特殊法人等から移行した独立行政法人の業務運営の状況について」（１９年９月報告。以下「１９年報告」という。）において、独立行政法人３５法人の状況を報告している。
　一方、政府においては、前記の「平成１７年度決算審査措置要求決議」において、「政府は、特殊法人の独立行政法人化等に伴い減少した国の資産の額及び減少した理由について法人別に明確にし、説明責任を果たすべきである。」とされたことを受け、各法人及び主務省に対して特殊法人の独立行政法人化等に伴う政府出資額の増減に加え、その理由の公表を要請している。
　この要請を受けて、各独立行政法人が、ホームページ等において公表した特殊法人の独立行政法人化等に伴う政府出資金の増減等の状況によると、独立行政法人化に伴い政府出資金が減少している法人は２７法人であり、その減少額は計１２兆１９０９億円となっている。
　ただし、この減少額の中には、旧法人の資産を国が承継したことによるものなどが含まれていることから、これを控除した政府出資金の減少額は、２７法人で計１１兆４０１７億円となっている（詳細については、別表２ 参照）。
　上記の減少額が多い上位５法人は、表８のとおりである。

法人名	旧法人名	承継前 政府出資金 （A）	承継後 政府出資金 （B）	減少額 （C）＝（A－B）	左の減少額のうち、国が承継したものなど （D）	国が承継したものなどを控除した減少額 （C）－（D）	政府出資金の減少の主な理由
日本原子力研究開発機構	日本原子力研究所、核燃料サイクル開発機構	48,475	7,921	40,553	－	40,553	・研究開発費の使用分を欠損金として扱っていたものを整理したことによるもの（4兆2215億円）
宇宙航空研究開発機構	宇宙開発事業団	31,225	4,813	26,411	11	26,400	・研究開発費の使用分を欠損金として扱っていたものを整理したことによるもの（2兆6609億円）
雇用・能力開発機構	雇用・能力開発機構	21,607	8,059	13,548	119	13,429	・建物等の保有資産の経年劣化等に伴う減価償却によるもの（6155億円） ・承継資産の時価評価減によるもの（3587億円） ・施設の譲渡等による除売却損によるもの（3576億円）
労働者健康福祉機構	労働福祉事業団	7,665	1,562	6,102	94	6,007	・建物等の保有資産の経年劣化等に伴う減価償却によるもの（3240億円） ・承継資産の時価評価等の減によるもの（2704億円）
科学技術振興機構	科学技術振興事業団	6,304	1,886	4,418	－	4,418	・研究開発費の使用分を欠損金として扱っていたものを整理したことによるもの（4327億円）

　独立行政法人化に伴い政府出資金に減少が生じている２７法人は、個別法において、旧法人から承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額を政府出資金とすることとされている法人である。そして、旧法人から承継する資産及び負債については、独法会計基準等に基づき開始貸借対照表に計上されて、承継する資産の価額は、法人成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とされている。また、独立行政法人化の前後においては、貸倒引当金、退職給付引当金等の計上方法、有価証券等の会計処理方法等について大きな差異が生じており、資産の価額及び負債の金額はこれによる増減も織り込んだものである。
　このような場合において政府出資金が適切に算定されるためには、開始貸借対照表において資産の価額及び負債の金額が適切に認識されることが必要であり、今後、新たに独立行政法人が設立される際には、この点にも留意する必要がある。

（イ）　独立行政法人化後に廃止された勘定に係る政府出資金の状況

　１００法人の設立時における勘定数は２０３勘定であったが、１８年度末までに事業の廃止に伴い５法人５勘定が清算されている。このうち政府出資金を受け入れていた３法人３勘定の損失処理と政府出資金の回収状況は、表９のとおりであり、政府出資金１１２億８８００万円のうち４１億２９９５万円は国庫に納付されたものの、７１億５８０４万円が勘定廃止時の欠損金の処理に充てられたため、回収されていない。

法人名	勘定名	最終年度	最終決算時			国庫納付金額 （D）＝（B）－（C）	回収されていない政府出資金の金額 （A）－（D）	（参考） 最終決算時の繰越欠損金
			政府出資金 （A）	総資産額 （B）	総負債額 （C）
新エネルギー・産業技術総合開発機構	研究基盤出資経過	平成 17年度	9,533,000	3,368,159	39	3,368,120	6,164,879	7,037,519
情報処理推進機構	地域ソフトウェア教材開発承継	15年度	1,750,000	761,833	－	761,833	988,166	987,975
都市再生機構	鉄道	16年度	5,000	18,870,729	43,767,824	－	5,000	27,881,092
計			11,288,000	23,000,722	43,767,863	4,129,954	7,158,045	35,906,587

ウ　独立行政法人に対する財政負担等の状況

　国は、前記のとおり、経営基盤の安定あるいは事業の的確な遂行を図るため、独立行政法人に対して出資を行い、また、運営費交付金及び補助金等を交付している。
　検査の対象とした１００法人は、１８年度においては１０４法人であったが、このうち追加出資、運営費交付金又は補助金等の国の財政負担等を受けていないものが７法人（注３） ある。そして、残りの９７法人は、別表３のとおり、何らかの国の財政負担等を受けており、その総額は運営費交付金１兆７０４７億円、補助金等１兆１８７９億円、追加出資２０３６億円、計３兆０９６２億円となっていて、運営費交付金が全体の５割強を占めている。
　なお、法人別にみると、１８年度における国の財政負担等の額が多い上位１０法人は、表１０のとおりであり、これらの法人に対する国の財政負担等の額は１兆５７３６億円となっていて、上記３兆０９６２億円の約５割を占めている。

法人名	運営費交付金	補助金等		追加出資	計
		施設整備費補助金	その他の国庫補助金等
新エネルギー・産業技術総合開発機構	1,635	－	443	20	2,099
日本原子力研究開発機構	1,618	268	12	－	1,899
宇宙航空研究開発機構	1,382	92	332	－	1,808
国際協力機構	1,575	－	－	－	1,575
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	7	－	1,522	41	1,570
農業者年金基金	40	－	1,513	－	1,554
日本学術振興会	293	－	1,092	－	1,385
都市再生機構	－	－	988	321	1,309
農畜産業振興機構	21	－	1,247	－	1,269
雇用・能力開発機構	861	15	387	－	1,264
計	7,435	377	7,540	382	15,736

エ　独立行政法人に対する政府出資の状況

（ア）　各独立行政法人の財務諸表における政府出資金の状況

　各独立行政法人の資本金について、１８年度末の貸借対照表に計上されている金額をみると、別表４のとおり、資本金が計上されていない７法人（注４） を除く９７法人で計１８兆９１００億円が計上されている。このうち政府出資金の額は、９７法人で計１７兆６６０５億円となっていて、資本金全体の約９割を占めている。
　なお、政府出資金の額が多い上位１０法人は表１１のとおりである。

法人名	資本金	内訳
		政府出資	地方公共団体出資	日本政策投資銀行出資	民間出資
福祉医療機構	40,165	40,165	－	－	－
日本高速道路保有・債務返済機構	45,965	34,885	11,080	－	－
中小企業基盤整備機構	10,962	10,952	－	10	－
都市再生機構	9,164	9,144	20	－	－
日本原子力研究開発機構	8,085	7,921	－	－	164
雇用・能力開発機構	7,871	7,867	3	－	－
緑資源機構	6,670	6,670	－	－	－
宇宙航空研究開発機構	5,444	5,444	－	－	0
農業・食品産業技術総合研究機構	3,147	3,105	0	－	41
国立印刷局	3,008	3,008	－	－	－

（イ）　国有財産台帳における政府出資金の状況

　国が独立行政法人に対して出資することにより取得した権利等は、国有財産法（昭和２３年法律第７３号）上の国有財産とされており、国有財産台帳に登録されている。国有財産台帳の登録価格（以下「台帳価格」という。）は、従前は、国が各法人に対して行った出資額の累計を示していたため、各法人の貸借対照表に計上されている政府出資金の額と一致していたが、１８年度以降は、毎会計年度末において、各法人の貸借対照表を基に、法人が保有する資産及び負債の現在額を把握して、総資産から総負債を差し引いた純資産額をもって評価することとなったため、両者に差が生ずることとなっている。
　そこで、各法人に対する政府出資金に係る台帳価格の状況をみると、別表５のとおり、１８年度末の台帳価格は９７法人１５９勘定で計１９兆５３２８億円となっていて、１８年度末までに各法人に対して行った出資額の累計１７兆６６０５億円と比べると１兆８７２３億円増加している。
　上記のうち台帳価格が出資額の累計に比べて増加している法人・勘定は４７法人７２勘定で、その増加額は計３兆０７０４億円となっている。このうち、台帳価格が出資額の累計に比べて増加している額が多い上位１０法人・勘定は表１２のとおりである。

法人名	勘定名	貸借対照表に計上されている平成18年度末の政府出資金 （A）	台帳価格 （B）	差額 （B－A）	参考・18年度貸借対照表
					資産	負債
日本高速道路保有・債務返済機構	高速道路	34,676	44,411	9,735	421,681	363,078
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	助成	1	7,437	7,436	50,277	42,840
日本貿易保険	－	1,043	3,505	2,461	3,779	274
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	建設	561	2,987	2,425	65,170	62,182
福祉医療機構	承継債権管理回収	37,264	38,548	1,283	38,577	29
国立病院機構	－	1,437	2,646	1,208	11,518	8,872
水資源機構	－	90	1,022	931	45,865	44,842
国立博物館	－	867	1,708	841	1,756	47
日本学生支援機構	－	1	656	655	48,092	47,436
環境再生保全機構	公害健康被害補償予防業務	60	516	455	674	158
計		76,004	103,439	27,435

　上記１０法人・勘定の増加額は、計２兆７４３５億円となっており、増加額全体の約９割を占めている。そして、これらの１０法人・勘定において台帳価格が増加しているのは、独立行政法人設立以降の各年度における損益計算の結果、利益が生じたことにより積立金を計上していることなどによる。
　一方、台帳価格が出資額の累計に比べて減少している法人・勘定は５９法人８５勘定で、その減少額は計１兆１９８１億円となっている。このうち、台帳価格が出資額の累計に比べて減少している額が多い上位１０法人・勘定は表１３のとおりである。

法人名	勘定名	貸借対照表に計上されている平成18年度末の政府出資金 （A）	台帳価格 （B）	差額 （B）－（A）	参考・18年度貸借対照表
					資産	負債
都市再生機構	都市再生	8,267	5,009	△3,257	135,369	130,347
宇宙航空研究開発機構	－	5,444	4,358	△1,085	7,845	3,486
都市再生機構	宅地造成等経過	876	－	△876	27,140	27,738
日本原子力研究開発機構	電源利用	5,282	4,445	△837	5,202	622
科学技術振興機構	文献情報提供	936	182	△754	202	19
情報通信研究機構	基盤技術研究促進	548	68	△480	83	14
新エネルギー・産業技術総合開発機構	基盤技術研究促進	516	101	△414	108	6
理化学研究所	－	2,531	2,137	△393	2,780	533
情報処理推進機構	特定プログラム開発承継	481	104	△377	104	0
日本原子力研究開発機構	一般	2,638	2,277	△361	2,697	416
計		27,524	18,686	△8,838

　上記１０法人・勘定の減少額は、計８８３８億円となっており、減少額全体の約７割を占めている。そして、これらの１０法人・勘定において台帳価格が減少しているのは、独立行政法人設立の際に旧法人が計上していた繰越欠損金を承継していることや、資本剰余金の控除項目として損益外減価償却（注５） 累計額を計上していることなどによる。
　また、上記５９法人８５勘定の中には、負債が資産を超過していることから、政府出資金の台帳価格が０円となっている法人・勘定が７法人７勘定あり、その状況は表１４のとおりである。

表１４　政府出資金の台帳価格が０円となっている法人・勘定（平成１８年度末）

（単位：億円）

法人名	勘定名	貸借対照表に計上されている平成18年度末の政府出資金	参考・18年度貸借対照表
			資産 （A）	負債 （B）	負債超過額 （A）－（B）
都市再生機構	宅地造成等経過	876	27,140	27,738	△598
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	海事	252	2,739	2,947	△208
中小企業基盤整備機構	小規模企業共済	155	101,700	106,498	△4,797
農畜産業振興機構	生糸	50	57	65	△7
医薬品医療機器総合機構	審査等	11	67	75	△7
雇用・能力開発機構	財形	10	9,058	9,323	△264
高齢・障害者雇用支援機構	障害者職業能力開発	0.3	2	3	△0.5
計		1,357	140,766	146,651	△5,885

　上記の７法人は、台帳価格が出資額の累計に比べて計１３５７億円減少しているほか、負債超過額が計５８８５億円に上っている状況である。

オ　運営費交付金等の状況

（ア）　運営費交付金の交付額の推移

　各独立行政法人に対して交付されている運営費交付金について、独立行政法人制度が創設された１３年度から１８年度までの状況をみると、図１のとおりである。

図１　運営費交付金の交付額の推移（平成１３〜１８年度）

（イ）　運営費交付金債務の振替方法

　前述ア（イ）のとおり、運営費交付金を支出に充てる際には、業務の進行に応じて運営費交付金債務を収益化するなどして、当該収益化等に相当する額を運営費交付金債務から振り替えることとされている。
　１８年度に運営費交付金の交付を受けている８９法人における収益化基準の採用状況は表１５のとおりであり、費用進行基準を採用している法人が７４法人、業務達成基準を採用している法人が１法人、期間進行基準を採用している法人が１法人、複数の基準を併用している法人が１３法人となっている。

表１５　各独立行政法人が採用している運営費交付金債務の収益化基準（平成１８年度）

　費用進行基準では、業務のための支出額を限度として運営費交付金債務の収益化等を行うことから、運営費交付金を計画より効率的に使用した結果生じた節減額に相当する額、予定していた事務・事業が計画どおりに進ちょくせずに翌年度に繰り越した額、計画の中止等により生じた不用額等の支出しなかった額は、中期目標期間の最終年度を除いた各年度の財務諸表で運営費交付金債務のまま残ることとなる。
　運営費交付金債務の振替に関しては、附属明細書において、運営費交付金債務の増減や当期振替額及び債務残高に関する明細を作成して、その振替状況を開示することとなっている。そして、運営費交付金債務の振替に当たっては、Ｑ＆Ａにおいて、次の２種類の方法が示されている。

	振替方法
第1法	運営費交付金が交付年度ごとに区分されているものとして支出した結果を記載する方法
第2法	各年度に交付された運営費交付金につき、前年度繰越分と当年度交付額を合算した上で、例えば、前年度に交付されたものから先に充当するとみなして記載する方法

　Ｑ＆Ａによると、「運営費交付金債務及び運営費交付金収益は多くの独立行政法人において金銭的に非常に重要な項目と言えるばかりでなく、国から受領することから判断して質的にも重要な項目と考えられる」とされている。また、「運営費交付金は補助金とは異なり、その使途を指定せずに渡し切りの金銭として国から交付されることから、独立行政法人は、運営費交付金をどのように使用したかを説明する責任を有している」などとされている。
　そして、「運営費交付金債務の振替方法として第１法と第２法のいずれを採用するかは、独立行政法人の内部における運営費交付金に係る予算配分の方法の相違により、それぞれの事業等の実態に応じて採用されるべきものではあるが、評価上重要な情報であることから、第１法を基本とし、第２法を採用する場合は、その理由が明らかでなければならない」とされている。
　こうした状況を踏まえ、会計検査院は、１９年報告において、検査の対象とした２５法人のうち運営費交付金の交付を受けている１９法人について、運営費交付金債務の振替方法の採用状況を検査したところ、５法人で、特段の理由もなく第２法を採用していたことから、第１法を採用することを検討する必要があると記述している。
　そこで、今回、１８年度における運営費交付金債務の収益化基準として費用進行基準のみを採用している７４法人の状況を検査したところ、表１６のとおり、第１法を採用している法人が６０法人、第２法を採用している法人が１２法人、第１法と第２法を併用して採用している法人が１法人、１８年度が第２期中期目標期間の初年度のため、いずれを採用するか決定していない法人が１法人となっている。

表１６　運営費交付金債務の振替方法の採用状況（平成１８年度）

（単位：億円）

振替方法	法人名	法人数
第1法	国立公文書館、国民生活センター、北方領土問題対策協会、情報通信研究機構、国際協力機構、国際交流基金、国立特殊教育総合研究所、大学入試センター、国立国語研究所、国立科学博物館、物質・材料研究機構、防災科学技術研究所、放射線医学総合研究所、国立博物館、教員研修センター、日本学術振興会、理化学研究所、宇宙航空研究開発機構、日本スポーツ振興センター、日本芸術文化振興会、海洋研究開発機構、大学評価・学位授与機構、国立大学財務・経営センター、国立健康・栄養研究所、労働安全衛生総合研究所、勤労者退職金共済機構、高齢・障害者雇用支援機構、労働政策研究・研修機構、雇用・能力開発機構、労働者健康福祉機構、医薬品医療機器総合機構、医薬基盤研究所、農林水産消費技術センター、肥飼料検査所、農薬検査所、種苗管理センター、家畜改良センター、水産大学校、農業・食品産業技術総合研究機構、農業生物資源研究所、農業環境技術研究所、国際農林水産業研究センター、森林総合研究所、林木育種センター、農畜産業振興機構、工業所有権情報・研修館、産業技術総合研究所、製品評価技術基盤機構、新エネルギー･産業技術総合開発機構、石油天然ガス・金属鉱物資源機構、中小企業基盤整備機構、土木研究所、建築研究所、交通安全環境研究所、海上技術安全研究所、電子航法研究所、航空大学校、自動車検査、自動車事故対策機構、国立環境研究所	60
第2法	日本原子力研究開発機構、福祉医療機構、国立重度知的障害者総合施設のぞみの園、水産総合研究センター、農業者年金基金、日本貿易振興機構、原子力安全基盤機構、情報処理推進機構、海技教育機構、鉄道建設・運輸施設整備支援機構、国際観光振興機構、環境再生保全機構	12
併用	港湾空港技術研究所（人件費は第1法で、それ以外は第2法）	1
未定	国立青少年教育振興機構	1
計		74

　したがって、前記のとおり、第２法を採用している法人においては、特段の理由がない限り、運営費交付金債務の振替方法の基本とされている第１法の採用を検討することが必要である。また、２０年２月に改訂されたＱ＆Ａでは、「第１法を基本とし、第２法を採用する場合は、その理由を明らかにするものとする。」とされていることから、独立行政法人において検討した結果、なお第２法を採用する場合には、その理由を明らかにする必要がある。
　なお、１９年報告で、第２法を採用しているとしていた５法人のうち、国立重度知的障害者総合施設のぞみの園及び国際観光振興機構は１９年度財務諸表から、福祉医療機構及び鉄道建設・運輸施設整備支援機構は２０年度財務諸表から、それぞれ第１法に変更するとしているが、情報処理推進機構は、今後も引き続き第２法を採用するとしている。

（ウ）　中期目標期間の最終年度における利益の処分の状況

ａ　精算収益化額の状況

　運営費交付金債務は、次の中期目標期間に繰り越すことはできず、中期目標期間の最終年度の期末処理において、これを全額収益に振り替えなければならない（以下、当該処理により振り替えられた運営費交付金債務の額を「精算収益化額」という。）とされている。そして、前記のとおり、中期目標期間の最終年度において利益が生じている場合には、前年度から繰り越した損失を埋めて、なお残余があるときは、その残余の額を積立金として整理しなければならないとされている。また、目的積立金又は個別法の規定に基づく前中期目標期間繰越積立金が残っている場合には、これを積立金に振り替えなければならないとされている。
　そして、個別法において積立金を次の中期目標期間に繰り越す旨の規定が設けられている場合、主務大臣の承認を受けて、積立金の一部又は全部を次の中期目標期間に繰り越すことができることとなっており、積立金の額から主務大臣によって次の中期目標期間に繰り越す旨の承認を受けた額（以下「次期繰越積立金」という。）を控除してなお残余がある場合には、当該残余額を国庫に納付するなどとなっている（図２ 参照）。

図２　運営費交付金債務の精算収益化と国庫納付のイメージ

　運営費交付金の交付を受けている法人・勘定で、１８年度末までに中期目標期間が終了した実績のある法人・勘定の状況は、表１７のとおりである。

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間の終了年月
1	国立公文書館	1	－	平成17年3月
2	情報通信研究機構	2	一般	18年3月
3	国際協力機構	3	－	19年3月
4	国際交流基金	4	－	19年3月
5	酒類総合研究所	5	－	18年3月
6	国立特殊教育総合研究所	6	－	18年3月
7	大学入試センター	7	－	18年3月
8	国立オリンピック記念青少年総合センター	8	－	18年3月
9	国立青年の家	9	－	18年3月
10	国立少年自然の家	10	－	18年3月
11	国立女性教育会館	11	－	18年3月
12	国立国語研究所	12	－	18年3月
13	国立科学博物館	13	－	18年3月
14	物質・材料研究機構	14	－	18年3月
15	防災科学技術研究所	15	－	18年3月
16	放射線医学総合研究所	16	－	18年3月
17	国立美術館	17	－	18年3月
18	国立博物館	18	－	18年3月
19	文化財研究所	19	－	18年3月
20	教員研修センター（第1期）	20	－	16年3月
	教員研修センター（第2期）		－	19年3月
21	科学技術振興機構	21	一般	19年3月
22	航空宇宙技術研究所	22	－	15年9月
23	国立健康・栄養研究所	23	－	18年3月
24	産業安全研究所	24	一般	18年3月
		25	労働福祉事業
25	産業医学総合研究所	26	一般	18年3月
		27	労働福祉事業
26	労働政策研究・研修機構	28	一般	19年3月
		29	労災
		30	雇用
27	雇用・能力開発機構	31	一般	19年3月
		32	財形
28	農林水産消費技術センター	33	－	18年3月
29	肥飼料検査所（第1期）	34	－	18年3月
	肥飼料検査所（統合時）		－	19年3月
30	農薬検査所（第1期）	35	－	18年3月
	農薬検査所（統合時）		－	19年3月
31	種苗管理センター	36	－	18年3月
32	家畜改良センター	37	－	18年3月
33	水産大学校	38	－	18年3月
34	農業・生物系特定産業技術研究機構	39	農業技術研究業務	18年3月
		40	基礎的研究業務
		41	農業機械化促進業務
35	農業工学研究所	42	－	18年3月
36	食品総合研究所	43	－	18年3月
37	農業者大学校	44	－	18年3月
38	農業生物資源研究所	45	－	18年3月
39	農業環境技術研究所	46	－	18年3月
40	国際農林水産業研究センター	47	－	18年3月
41	林木育種センター（第1期）	48	－	18年3月
	林木育種センター（統合時）		－	19年3月
42	森林総合研究所	49	－	18年3月
43	さけ・ます資源管理センター	50	－	18年3月
44	水産総合研究センター	51	試験研究・技術開発	18年3月
		52	海洋水産資源開発
45	経済産業研究所	53	－	18年3月
46	工業所有権情報・研修館	54	－	18年3月
47	産業技術総合研究所	55	－	17年3月
48	製品評価技術基盤機構	56	－	18年3月
49	日本貿易振興機構	57	－	19年3月
50	原子力安全基盤機構	58	立地	19年3月
		59	利用
51	北海道開発土木研究所	60	－	18年3月
52	土木研究所	61	一般	18年3月
		62	道路整備
		63	治水
53	建築研究所	64	－	18年3月
54	交通安全環境研究所	65	一般	18年3月
		66	審査
55	海上技術安全研究所	67	－	18年3月
56	港湾空港技術研究所	68	－	18年3月
57	電子航法研究所	69	一般	18年3月
		70	空港整備
58	航海訓練所	71	－	18年3月
59	海員学校	72	－	18年3月
60	海技大学校	73	－	18年3月
61	航空大学校	74	一般	18年3月
		75	空港整備
62	自動車検査	76	－	19年3月
63	自動車事故対策機構	77	－	19年3月
64	国立環境研究所	78	－	18年3月
65	駐留軍等労働者労務管理機構	79	－	18年3月

　上記の法人について、運営費交付金債務の収益化基準別に、中期目標期間の最終年度末までに使用されなかった運営費交付金の状況をみるため、当該年度の期末処理における精算収益化額の状況をみると、表１８のとおり、精算収益化額は６５法人７９勘定で、計４３８億５１６９万円となっている。

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間最終年度	中期目標期間中の運営費交付金交付額 （A）	中期目標期間中の運営費交付金振替額（精算収益化を除く。） （B）	中期目標期間最終年度における精算収益化額 （C）＝（A）－（B）	精算収益化率 （C）／（A）
1	国立公文書館	1	－	平成16	6,804,681,000	6,721,974,517	82,706,483	1.21％
2	情報通信研究機構	2	一般	17	134,027,038,000	133,804,138,433	222,899,567	0.16％
3	国際協力機構	3	－	18	573,914,298,000	568,794,145,209	5,120,152,791	0.89％
4	国際交流基金	4	－	18	48,567,720,000	48,443,641,908	124,078,092	0.25％
5	国立特殊教育総合研究所	5	－	17	5,946,289,000	5,938,842,493	7,446,507	0.12％
6	大学入試センター	6	－	17	1,905,372,000	1,900,678,900	4,693,100	0.24％
7	国立オリンピック記念青少年総合センター	7	－	17	21,011,458,000	20,657,245,787	354,212,213	1.68％
8	国立青年の家	8	－	17	21,893,988,000	21,866,145,961	27,842,039	0.12％
9	国立少年自然の家	9	－	17	20,672,575,000	20,572,724,515	99,850,485	0.48％
10	国立国語研究所	10	－	17	5,963,269,000	5,962,723,000	546,000	0.00％
11	国立科学博物館	11	－	17	15,603,940,000	15,571,804,599	32,135,401	0.20％
12	物質・材料研究機構	12	－	17	82,693,045,000	82,384,046,873	308,998,127	0.37％
13	防災科学技術研究所	13	－	17	39,998,250,000	39,995,332,564	2,917,436	0.00％
14	放射線医学総合研究所	14	－	17	68,903,669,000	68,670,699,659	232,969,341	0.33％
15	教員研修センター（第1期）	15	－	15	7,317,260,000	6,871,509,121	445,750,879	6.09％
	教員研修センター（第2期）			18	5,673,800,000	5,189,783,879	484,016,121	8.53％
16	航空宇宙技術研究所	16	－	15 （9月）	51,506,314,000	51,444,150,313	62,163,687	0.12％
17	国立健康・栄養研究所	17	－	17	4,325,557,000	4,240,676,273	84,880,727	1.96％
18	産業安全研究所	18	一般	17	2,605,239,000	2,457,283,095	147,955,905	5.67％
		19	労働福祉事業		3,375,936,000	3,222,037,471	153,898,529	4.55％
19	産業医学総合研究所	20	一般	17	2,197,902,000	2,057,870,567	140,031,433	6.37％
		21	労働福祉事業	17	4,939,094,000	4,915,477,379	23,616,621	0.47％
20	労働政策研究・研修機構	22	一般	18	1,760,725,000	1,571,332,389	189,392,611	10.75％
		23	労災		554,108,000	518,820,990	35,287,010	6.36％
		24	雇用		9,866,880,000	9,089,491,229	777,388,771	7.87％
21	雇用・能力開発機構	25	一般	18	281,989,859,000	264,777,736,197	17,212,122,803	6.10％
		26	財形	18	1,991,292,000	1,814,190,088	177,101,912	8.89％
22	農林水産消費技術センター	27	－	17	26,383,658,000	25,835,898,262	547,759,738	2.07％
23	肥飼料検査所（第1期）	28	－	17	9,117,592,000	8,831,973,266	285,618,734	3.13％
	肥飼料検査所（統合時）		－	18	1,772,282,000	1,599,271,434	173,010,566	9.76％
24	農薬検査所（第1期）	29	－	17	4,093,905,000	3,992,690,442	101,214,558	2.47％
	農薬検査所（統合時）		－	18	829,412,000	798,206,319	31,205,681	3.76％
25	種苗管理センター	30	－	17	15,634,328,000	15,538,203,437	96,124,563	0.61％
26	家畜改良センター	31	－	17	43,156,699,000	42,932,121,613	224,577,387	0.52％
27	水産大学校	32	－	17	11,375,937,000	10,705,296,427	670,640,573	5.89％
28	農業・生物系特定産業技術研究機構	33	農業技術研究業務	17	185,716,144,000	185,478,115,134	238,028,866	0.12％
		34	基礎的研究業務		17,100,317,000	17,066,727,145	33,589,855	0.19％
		35	農業機械化カ促進業務		4,879,421,000	4,786,632,022	92,788,978	1.90％
29	農業工学研究所	36	－	17	11,040,820,000	10,938,353,846	102,466,154	0.92％
30	食品総合研究所	37	－	17	11,876,940,000	11,752,156,822	124,783,178	1.05％
31	農業者大学校	38	－	17	2,917,528,000	2,887,978,475	29,549,525	1.01％
32	農業生物資源研究所	39	－	17	39,146,094,000	38,907,578,064	238,515,936	0.60％
33	農業環境技術研究所	40	－	17	16,893,209,000	16,762,216,713	130,992,287	0.77％
34	国際農林水産業研究センター	41	－	17	16,892,495,000	16,745,475,654	147,019,346	0.87％
35	林木育種センター（第1期）	42	－	17	10,141,138,000	9,913,977,307	227,160,693	2.23％
	林木育種センター（統合時）			18	1,904,977,000	1,887,824,974	17,152,026	0.90％
36	さけ・ます資源管理センター	43	－	17	9,030,040,000	8,999,380,027	30,659,973	0.33％
37	水産総合研究センター	44	試験研究・技術開発	17	58,641,603,000	58,268,998,690	372,604,310	0.63％
		45	海洋水産資源開発		7,625,015,000	6,927,533,206	697,481,794	9.14％
38	工業所有権情報・研修館	46	－	17	38,983,581,000	36,811,799,024	2,171,781,976	5.57％
39	日本貿易振興機構	47	－	18	87,989,279,000	87,794,820,260	194,458,740	0.22％
40	原子力安全基盤機構	48	立地	18	57,311,100,000	56,569,600,855	741,499,145	1.29％
		49	利用		26,333,851,000	25,721,412,829	612,438,171	2.32％
41	北海道開発土木研究所	50	－	17	9,424,788,000	9,217,031,856	207,756,144	2.20％
42	土木研究所	51	一般	17	11,025,037,000	10,734,598,325	290,438,675	2.63％
		52	道路整備		6,481,253,000	6,467,016,219	14,236,781	0.21％
		53	治水		6,825,935,000	6,806,504,855	19,430,145	0.28％
43	建築研究所	54	－	17	10,744,987,000	10,490,863,172	254,123,828	2.36％
44	交通安全環境研究所	55	一般	17	4,409,208,000	4,198,307,194	210,900,806	4.78％
		56	審査		4,697,323,000	4,649,494,399	47,828,601	1.01％
45	海上技術安全研究所	57	－	17	16,897,147,000	16,550,264,763	346,882,237	2.05％
46	港湾空港技術研究所	58	－	17	7,861,202,000	7,822,941,526	38,260,474	0.48％
47	電子航法研究所	59	一般	17	3,350,671,000	3,262,513,960	88,157,040	2.63％
		60	空港整備		5,411,251,000	5,318,413,390	92,837,610	1.71％
48	海技大学校	61	－	17	5,932,806,000	5,625,191,051	307,614,949	5.18％
49	海員学校	62	－	17	9,461,102,000	9,331,214,985	129,887,015	1.37％
50	航空大学校	63	一般	17	14,246,564,000	13,630,962,801	615,601,199	4.32％
		64	空港整備		587,232,000	566,142,566	21,089,434	3.59％
51	自動車検査	65	－	18	37,561,736,000	36,484,964,119	1,076,771,881	2.86％
52	自動車事故対策機構	66	－	18	31,845,139,000	27,055,325,766	4,789,813,234	15.04％
53	国立環境研究所	67	－	17	46,676,322,000	46,652,101,808	24,220,192	0.05％
54	国立博物館	68	－	17	27,005,782,000	27,005,782,000	0	－
55	森林総合研究所	69	－	17	43,786,439,000	43,786,439,000	0	－
56	産業技術総合研究所	70	－	16	274,351,487,000	274,351,487,000	0	－
57	製品評価技術基盤機構	71	－	17	38,477,732,000	38,477,732,000	0	－
計					2,759,858,066,000	2,716,394,038,411	43,464,027,589	1.57％
平均					36,798,107,547	36,218,587,179	579,520,368

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間最終年度	中期目標期間中の運営費交付金交付額 （A）	中期目標期間中の運営費交付金振替額（精算収益化を除く。） （B）	中期目標期間最終年度における精算収益化額 （C）＝（A）－（B）	精算収益化率 （C）／（A）
1	国立女性教育会館	1	－	平成17	3,549,034,000	3,547,243,900	1,790,100	0.05％
2	国立美術館	2	－	17	23,465,540,000	23,444,489,590	21,050,410	0.08％
3	文化財研究所	3	－	17	15,934,705,000	15,929,836,685	4,868,315	0.03％
4	科学技術振興機構	4	一般	18	351,337,479,000	351,308,617,807	28,861,193	0.00％
5	経済産業研究所	5	－	17	8,755,733,000	8,755,733,000	0	－
6	駐留軍等労働者労務管理機構	6	－	17	18,677,328,000	18,646,710,545	30,617,455	0.16％
計					421,719,819,000	421,632,631,527	87,187,473	0.02％
平均					70,286,636,500	70,272,105,255	14,531,246

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間最終年度	中期目標期間中の運営費交付金交付額 （A）	中期目標期間中の運営費交付金振替額（精算収益化を除く。） （B）	中期目標期間最終年度における精算収益化額 （C）＝（A）－（B）	精算収益化率 （C）／（A）
1	酒類総合研究所	1	－	平成17	6,343,684,000	6,043,208,890	300,475,110	4.73％
2	航海訓練所	2	－	17	35,700,606,000	35,700,606,000	0	－
計					42,044,290,000	41,743,814,890	300,475,110	0.71％
平均					21,022,145,000	20,871,907,445	150,237,555

【〔1〕 、〔2〕 、〔3〕 の合計、平均（65法人・79勘定）】	中期目標期間中の運営費交付金交付額 （A）	中期目標期間中の運営費交付金振替額（精算収益化を除く。） （B）	中期目標期間最終年度における精算収益化額 （C）＝（A）－（B）	精算収益化率 （C）／（A）
合計	3,223,622,175,000	3,179,770,484,828	43,851,690,172	1.36％
平均	38,838,821,386	38,310,487,769	528,333,617

　運営費交付金債務の収益化基準として、〔2〕 の業務達成基準及び期間進行基準を併用している６法人６勘定では、精算収益化額は計８７１８万円となっており、中期目標期間中に交付された運営費交付金の総額４２１７億１９８１万円に対する比率は０．０２％となっている。
　これは、業務達成基準は、業務の達成度に応じて財源として予定されている運営費交付金債務の収益化等を行うこととされていることから、業務の達成度が１００％となれば運営費交付金債務の全額が収益化等されることになるため、事故等があって予定されていた業務が達成されないなどの場合を除き、精算収益化額が発生することがないことによるものである。また、期間進行基準は、一定の期間の経過を業務の進行とみなして財源として予定されている運営費交付金債務の収益化等を行うこととされていることから、年度が終了した時点で、当該業務に係る運営費交付金債務の全額が収益化等されることになるため、運営費交付金債務が計上されないことによるものである。
　一方、費用進行基準は、業務のための支出額を限度として財源として予定されている運営費交付金債務の収益化等を行うこととされていることから、交付された運営費交付金の額と実際の支出額の差額が運営費交付金債務として計上されることとなる。したがって、運営費交付金を計画より効率的に使用した結果生じた節減額に相当する額、予定していた事務・事業が計画どおりに進ちょくせずに翌年度に繰り越した額、計画の中止等により生じた不用額等の支出しなかった額は、中期目標期間の最終年度を除いた各年度の財務諸表では運営費交付金債務のまま残ることとなる。このため、費用進行基準を採用している法人・勘定においては、精算収益化額が発生することが相対的に多くなる。

　実際に、〔1〕 の費用進行基準のみを採用している５７法人７１勘定では、精算収益化額は計４３４億６４０２万円となっており、中期目標期間中に交付された運営費交付金の総額２兆７５９８億５８０６万円に対する比率は１．５７％で、業務達成基準及び期間進行基準を併用している法人に比べて高率となっている。
　しかし、費用進行基準を採用している５７法人７１勘定の中でも４法人４勘定では、精算収益化額が０円となっており、その状況を示すと表１９のとおりである。

法人名	交付年度	中期目標期間初年度から「最終年度の前年度」までの振替等の状況				中期目標期間最終年度の振替等の状況
		運営費交付金 交付額 （A）	振替済額 （B）	運営費交付金債務残高 （C）＝（A）－（B）	振替率 （B）／（A）	運営費交付金交付額 （D）	当期振替額（精算収益化を除く。） （E）	精算収益化額 （F）	振替率 （B＋E）／（A＋D）
国立博物館	平成13	4,611,820,000	4,611,820,000	0	100％		／	／	／
	14	4,688,345,000	4,688,345,000	0	100％		／	／	／
	15	5,127,857,000	5,127,857,000	0	100％		／	／	／
	16	5,955,549,000	4,890,884,571	1,064,664,429	82.1％		1,064,664,429	0	100％
	17					6,622,211,000	6,622,211,000	0	100％
計		20,383,571,000	19,318,906,571	1,064,664,429	94.7％	6,622,211,000	7,686,875,429	0	100％
森林総合研究所	13	8,836,945,000	8,836,945,000	0	100％		／	／	／
	14	8,951,865,000	8,951,601,683	263,317	99.9％		263,317	0	100％
	15	8,797,246,000	8,631,376,836	165,869,164	98.1％		165,869,164	0	100％
	16	8,716,169,000	8,714,115,811	2,053,189	99.9％		2,053,189	0	100％
	17					8,484,214,000	8,484,214,000	0	100％
計		35,302,225,000	35,134,039,330	168,185,670	99.5％	8,484,214,000	8,652,399,670	0	100％
産業技術総合研究所	13	69,310,487,000	69,310,487,000	0	100％		／	／	／
	14	68,411,330,000	68,411,330,000	0	100％		／	／	／
	15	68,411,330,000	66,308,719,813	2,102,610,187	96.9％		2,102,610,187	0	100％
	16					68,218,340,000	68,218,340,000	0	100％
計		206,133,147,000	204,030,536,813	2,102,610,187	98.9％	68,218,340,000	70,320,950,187	0	100％
製品評価技術基盤機構	13	7,520,453,000	7,520,453,000	0	100％		／	／	／
	14	7,720,484,000	7,720,484,000	0	100％		／	／	／
	15	7,832,119,000	7,832,119,000	0	100％		／	／	／
	16	7,722,338,000	7,686,299,574	36,038,426	99.5％		36,038,426	0	100％
	17					7,682,338,000	7,682,338,000	0	100％
計		30,795,394,000	30,759,355,574	36,038,426	99.8％	7,682,338,000	7,718,376,426	0	100％

　すなわち、費用進行基準は、前記のとおり、精算収益化額が発生する場合が多いが、上記の４法人４勘定においては、運営費交付金を計画より効率的に使用することなどがあっても、これに係る節減額に相当する額等も含めて、結果として全額使用しているため、精算収益化額が０円となっている。

ｂ　精算収益化予定額の状況

　前項で中期目標期間終了時における精算収益化額の状況をみたが、費用進行基準のみを採用している７４法人のうち２０年度が中期目標期間最終年度である６法人について、２０年度末までに収益化等を行う予定がなく運営費交付金債務のまま管理する予定であるとしている額（以下「精算収益化予定額」という。）の状況を１８年度末の時点で示すと表２０のとおりとなっており、精算収益化予定額があるとしている法人・勘定が２法人２勘定、ないとしている法人・勘定が４法人６勘定となっている。

法人名	勘定名	交付年度	平成18年度末の運営費交付金債務残高額	左のうち精算収益化予定額
海洋研究開発機構	－	16	0	0
		17	4,595,194	0
		18	3,437,428,912	0
		計	3,442,024,106	0
国立大学財務・経営センター	一般	16	32,707,084	21,238,067
		17	20,851,524	8,541,445
		18	66,228,300	1,220,278
		計	119,786,908	30,999,790
大学評価・学位授与機構	－	16	102,417,236	99,314,464
		17	22,141,377	15,072,234
		18	67,958,577	40,694,905
		計	192,517,190	155,081,603
労働者健康福祉機構	－	16	0	0
		17	721,912,061	0
		18	311,536,671	0
		計	1,033,448,732	0
医薬品医療機器総合機構	審査等	16	0	0
		17	156,327,238	0
		18	64,103,826	0
		計	220,431,064	0
環境再生保全機構	公害健康被害補償予防業務	16	0	0
		17	0	0
		18	88,348,498	0
		計	88,348,498	0
	基金	16	0	0
		17	0	0
		18	584,407,378	0
		計	584,407,378	0
	承継	16	0	0
		17	703,421,486	0
		18	960,193,000	0
		計	1,663,614,486	0

　精算収益化予定額は、運営費交付金を計画より効率的に使用した結果生じた節減額に相当する額や計画の中止等により生じた不用額等から構成されるものであり、精算収益化予定額の多寡は、法人運営に係る節約や効率化の指標ともなるが、同時に、中期目標期間の最終年度末まで法人内部に留保されるものでもある。したがって、１９年報告にも記述したとおり、その発生理由等も踏まえて、当該中期目標期間中の運営費交付金の算定方法を検討する必要があると思料される。
　一方、精算収益化予定額がないとしている法人・勘定が４法人６勘定あるが、これらの法人・勘定については、中期目標期間の最終年度末までに交付された運営費交付金をすべて使用することとなることから、会計検査院としては１９年報告にも記述したとおり、中期計画等の内容も踏まえて、今後の運営費交付金債務の収益化等の状況について注視していくこととする。

ｃ　積立金の国庫納付等の状況

　１８年度末までに中期目標期間が終了した実績のある法人について、各法人の中期目標期間の最終年度に係る利益処分又は損失処理を行った後の積立金（以下「精算対象積立金」という。）の状況をみると、表２１のとおり、６５法人８２勘定で精算対象積立金を計上しており、その額は、計１８６５億１０７６万円となっている。

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間の終了年度	中期目標期間最終年度の利益剰余金			目的積立金等（B）の積立金への振替 （D）	精算対象積立金 （E）＝（A）＋（C）＋（D）
					前期までの積立金又は前期からの繰越欠損金（△） （A）	目的積立金等 （B）	中期目標期間最終年度の未処分利益又は未処分損失（△） （C）
1	国立公文書館	1	－	平成16	277,139,372	0	85,965,342	0	363,104,714
2	情報通信研究機構	2	一般	17	15,381,614,339	0	△3,679,168,389	0	11,702,445,950
		3	債務保証		803,132,375	0	70,661,436	0	873,793,811
		4	衛星管制債務償還		△41,156,251	0	57,383,193	0	16,226,942
3	国際協力機構	5	－	18	1,819,720,740	0	5,793,071,054	0	7,612,791,794
4	国際交流基金	6	－	18	588,847,197	257,209,035	220,066,985	257,209,035	1,066,123,217
5	酒類総合研究所	7	－	17	419,678,182	101,907	265,771,425	101,907	685,551,514
6	国立特殊教育総合研究所	8	－	17	63,276,940	0	△14,019,224	0	49,257,716
7	大学入試センター	9	－	17	1,463,298,291	0	△1,244,511,408	0	218,786,883
8	国立オリンピック記念青少年総合センター	10	－	17	858,711,784	0	426,900,301	0	1,285,612,085
9	国立青年の家	11	－	17	16,314,436	0	28,116,875	0	44,431,311
10	国立少年自然の家	12	－	17	13,901,205	0	100,216,148	0	114,117,353
11	国立女性教育会館	13	－	17	170,971,888	0	3,076,941	0	174,048,829
12	国立国語研究所	14	－	17	15,423,323	0	119,767	0	15,543,090
13	国立科学博物館	15	－	17	4,900,897	0	46,661,597	0	51,562,494
14	物質・材料研究機構	16	－	17	3,722,833,682	0	△63,148,563	0	3,659,685,119
15	防災科学技術研究所	17	－	17	2,080,394,267	0	△575,941,475	0	1,504,452,792
16	放射線医学総合研究所	18	－	17	388,812,349	0	236,804,818	0	625,617,167
17	国立美術館	19	－	17	1,437,482,430	677	442,878,588	677	1,880,361,695
18	国立博物館	20	－	17	105,622,259	0	△84,421,477	0	21,200,782
19	文化財研究所	21	－	17	138,432,809	23,508	△17,019,660	23,508	121,436,657
20	教員研修センター（第1期）	22	－	15	156,295,615	0	445,894,750	0	602,190,365
	教員研修センター（第2期）		－	18	23,075,978	0	487,177,259	0	510,253,237
21	科学技術振興機構	23	一般	18	1,277,802,166	0	290,268,531	0	1,568,070,697
22	航空宇宙技術研究所	24	－	15 （9月）	20,349,853	0	△6,265,231	0	14,084,622
23	国立健康・栄養研究所	25	－	17	213,053,292	0	91,517,124	0	304,570,416
24	産業安全研究所	26	一般	17	20,240,235	1,589,661	152,338,841	1,589,661	174,168,737
		27	労働福祉事業		△673,942	0	157,031,073	0	156,357,131
25	産業医学総合研究所	28	一般	17	30,620,149	1,796,039	129,388,108	1,796,039	161,804,296
		29	労働福祉事業		6,634,391	0	25,408,254	0	32,042,645
26	労働政策研究・研修機構	30	一般	18	970,334	0	189,438,248	0	190,408,582
		31	労災		△31,899	0	35,299,916	0	35,268,017
		32	雇用		1,226,714	0	776,578,402	0	777,805,116
27	雇用・能力開発機構	33	一般	18	0	4,365,965,758	17,346,023,576	4,365,965,758	21,711,989,334
		34	宿舎等		6,149,574,583	10,250,052,105	6,922,058,104	10,250,052,105	23,321,684,792
28	農林水産消費技術センター	35	－	17	9,324,478	0	558,466,690	0	567,791,168
29	肥飼料検査所（第1期）	36	－	17	29,252,433	0	285,615,463	0	314,867,896
	肥飼料検査所（統合時）		－	18	0	16,598,728	173,615,957	16,598,728	190,214,685
30	農薬検査所（第1期）	37	－	17	14,647,408	0	101,008,747	0	115,656,155
	農薬検査所（統合時）		－	18	0	14,131	31,537,410	14,131	31,551,541
31	種苗管理センター	38	－	17	95,878,707	0	97,863,523	0	193,742,230
32	家畜改良センター	39	－	17	1,187,704,855	21,306,154	249,742,120	21,306,154	1,458,753,129
33	水産大学校	40	－	17	42,581,221	0	673,114,372	0	715,695,593
34	農業・生物系特定産業技術研究機構	41	農業技術研究業務	17	4,805,704,750	8,072	362,855,652	8,072	5,168,568,474
		42	基礎的研究業務		432,832	0	34,136,376	0	34,569,208
		43	農業機械化促進業務		17,418,211	0	100,164,128	0	117,582,339
35	農業工学研究所	44	－	17	348,692,541	0	128,612,788	0	477,305,329
36	食品総合研究所	45	－	17	861,436,192	0	28,854	0	861,465,046
37	農業者大学校	46	－	17	2,950,713	0	34,994,711	0	37,945,424
38	農業生物資源研究所	47	－	17	1,488,947,398	0	132,369,696	0	1,621,317,094
39	農業環境技術研究所	48	－	17	665,440,118	0	138,985,617	0	804,425,735
40	国際農林水産業研究センター	49	－	17	191,984,049	0	155,733,662	0	347,717,711
41	林木育種センター（第1期）	50	－	17	81,069,894	0	227,926,486	0	308,996,380
	林木育種センター（統合時）		－	18	0	536,659	22,125,003	536,659	22,661,662
42	森林総合研究所	51	－	17	1,016,329,387	1,589	△58,523,996	1,589	957,806,980
43	さけ・ます資源管理センター	52	－	17	235,254,392	0	31,044,059	0	266,298,451
44	水産総合研究センター	53	試験研究・技術開発	17	1,334,713,681	0	405,446,680	0	1,740,160,361
		54	海洋水産資源開発		0	0	697,481,794	0	697,481,794
45	経済産業研究所	55	－	17	21,557,246	0	61,503,396	0	83,060,642
46	工業所有権情報・研修館	56	－	17	114,187,098	0	2,176,355,231	0	2,290,542,329
47	日本貿易保険	57	－	16	43,677,269,158	0	5,492,211,056	0	49,169,480,214
48	産業技術総合研究所	58	－	16	12,960,594,566	236,037,634	2,784,510,401	236,037,634	15,981,142,601
49	製品評価技術基盤機構	59	－	17	880,369,086	0	16,942,958	0	897,312,044
50	日本貿易振興機構	60		18	1,136,449,446	0	△241,330,208	0	895,119,238
51	原子力安全基盤機構	61	立地	18	1,830,523	0	751,131,594	0	752,962,117
		62	利用		1,261,897	0	618,091,161	0	619,353,058
		63	その他		309,192,544	0	172,599,221	0	481,791,765
52	北海道開発土木研究所	64	－	17	143,510,409	0	217,693,498	0	361,203,907
53	土木研究所	65	一般	17	502,608,650	1,312,622	340,793,361	1,312,622	844,714,633
		66	道路整備		157,110,166	0	15,972,618	0	173,082,784
		67	治水		39,632,993	0	20,772,946	0	60,405,939
54	建築研究所	68	－	17	684,212,125	2,024,791	303,667,561	2,024,791	989,904,477
55	交通安全環境研究所	69	一般	17	1,436,440,543	0	163,805,618	0	1,600,246,161
		70	審査		160,498,187	0	51,166,153	0	211,664,340
56	海上技術安全研究所	71	－	17	831,994,514	0	351,150,876	0	1,183,145,390
57	港湾空港技術研究所	72	－	17	602,177,547	0	△55,292,432	0	546,885,115
58	電子航法研究所	73	一般	17	18,673,889	0	99,059,595	0	117,733,484
		74	空港整備		38,591,138	0	104,791,558	0	143,382,696
59	航海訓練所	75	－	17	566,151,269	0	231,470,794	0	797,622,063
60	海技大学校	76	－	17	5,023,127	0	308,843,456	0	313,866,583
61	航空大学校	77	一般	17	△300,311	0	615,731,410	0	615,431,099
		78	空港整備		0	0	21,089,434	0	21,089,434
62	自動車検査	79	－	18	470,809,272	0	1,100,590,678	0	1,571,399,950
63	自動車事故対策機構	80	－	18	160,769,817	0	4,846,337,360	0	5,007,107,177
64	国立環境研究所	81	－	17	1,122,155,769	0	22,407,683	0	1,144,563,452
65	駐留軍等労働者労務管理機構	82	－	17	580,397,822	1,196,106	355,533,954	1,196,106	937,127,882
計					116,681,421,733	15,155,775,176	54,673,567,952	15,155,775,176	186,510,764,861

　そして、精算対象積立金計１８６５億１０７６万円のうち中期目標期間の終了に伴い国庫に納付された金額は、表２２のとおり、次期繰越積立金が４７法人５５勘定で計９５８億２３４２万円あることから、６４法人７９勘定で計９０６億８７３３万円となっている。

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間の終了年度	精算対象積立金 （A）	次期繰越積立金 （B）	国庫納付額 （A）－（B）
1	国立公文書館	1	－	平成16	363,104,714	0	363,104,714
2	情報通信研究機構	2	一般	17	11,702,445,950	10,114,974,548	1,587,471,402
		3	債務保証		873,793,811	389,378,000	484,415,811
		4	衛星管制債務償還		16,226,942	16,226,942	0
3	国際協力機構	5	－	18	7,612,791,794	7,122,532,785	490,259,009
4	国際交流基金	6	－	18	1,066,123,217	768,329,253	297,793,964
5	酒類総合研究所	7	－	17	685,551,514	2,900,345	682,651,169
6	国立特殊教育総合研究所	8	－	17	49,257,716	0	49,257,716
7	大学入試センター	9	－	17	218,786,883	185,303,476	33,483,407
8	国立オリンピック記念青少年総合センター	10	－	17	1,285,612,085	0	1,285,612,085
9	国立青年の家	11	－	17	44,431,311	707,754	43,723,557
10	国立少年自然の家	12	－	17	114,117,353	2,289,155	111,828,198
11	国立女性教育会館	13	－	17	174,048,829	0	174,048,829
12	国立国語研究所	14	－	17	15,543,090	397,617	15,145,473
13	国立科学博物館	15	－	17	51,562,494	5,229,575	46,332,919
14	物質・材料研究機構	16	－	17	3,659,685,119	1,265,096,807	2,394,588,312
15	防災科学技術研究所	17	－	17	1,504,452,792	452,982,610	1,051,470,182
16	放射線医学総合研究所	18	－	17	625,617,167	21,081,144	604,536,023
17	国立美術館	19	－	17	1,880,361,695	381,532,745	1,498,828,950
18	国立博物館	20	－	17	21,200,782	2,661,265	18,539,517
19	文化財研究所	21	－	17	121,436,657	3,978,257	117,458,400
20	教員研修センター（第1期）	22	－	15	602,190,365	0	602,190,365
	教員研修センター（第2期）		－	18	510,253,237	0	510,253,237
21	科学技術振興機構	23	一般	18	1,568,070,697	2,068,410	1,566,002,287
22	航空宇宙技術研究所	24	－	15 （9月）	14,084,622	0	14,084,622
23	国立健康・栄養研究所	25	－	17	304,570,416	0	304,570,416
24	産業安全研究所	26	一般	17	174,168,737	0	174,168,737
		27	労働福祉事業		156,357,131	0	156,357,131
25	産業医学総合研究所	28	一般	17	161,804,296	0	161,804,296
		29	労働福祉事業		32,042,645	0	32,042,645
26	労働政策研究・研修機構	30	一般	18	190,408,582	0	190,408,582
		31	労災		35,268,017	0	35,268,017
		32	雇用		777,805,116	0	777,805,116
27	雇用・能力開発機構	33	一般	18	21,711,989,334	4,921,888,920	16,790,100,414
		34	宿舎等		23,321,684,792	23,321,684,792	0
28	農林水産消費技術センター	35	－	17	567,791,168	717,085	567,074,083
29	肥飼料検査所（第1期）	36	－	17	314,867,896	27,941,116	286,926,780
	肥飼料検査所（統合時）		－	18	190,214,685	16,656,103	173,558,582
30	農薬検査所（第1期）	37	－	17	115,656,155	3,954,578	111,701,577
	農薬検査所（統合時）		－	18	31,551,541	3,156,658	28,394,883
31	種苗管理センター	38	－	17	193,742,230	0	193,742,230
32	家畜改良センター	39	－	17	1,458,753,129	90,472,969	1,368,280,160
33	水産大学校	40	－	17	715,695,593	31,004,059	684,691,534
34	農業・生物系特定産業技術研究機構	41	農業技術研究業務	17	5,168,568,474	1,496,831,718	3,671,736,756
		42	基礎的研究業務		34,569,208	29,569	34,539,639
		43	農業機械化促進業務		117,582,339	8,584,270	108,998,069
35	農業工学研究所	44	－	17	477,305,329	115,198,484	362,106,845
36	食品総合研究所	45	－	17	861,465,046	286,549,772	574,915,274
37	農業者大学校	46	－	17	37,945,424	79,964	37,865,460
38	農業生物資源研究所	47	－	17	1,621,317,094	531,544,937	1,089,772,157
39	農業環境技術研究所	48	－	17	804,425,735	226,547,890	577,877,845
40	国際農林水産業研究センター	49	－	17	347,717,711	7,244,167	340,473,544
41	林木育種センター（第1期）	50	－	17	308,996,380	1,297,903	307,698,477
	林木育種センター（統合時）		－	18	22,661,662	6,085,437	16,576,225
42	森林総合研究所	51	－	17	957,806,980	213,574,173	744,232,807
43	さけ・ます資源管理センター	52	－	17	266,298,451	206,351	266,092,100
44	水産総合研究センター	53	試験研究・技術開発	17	1,740,160,361	538,447,553	1,201,712,808
		54	海洋水産資源開発		697,481,794	2,252,899	695,228,895
45	経済産業研究所	55	－	17	83,060,642	0	83,060,642
46	工業所有権情報・研修館	56	－	17	2,290,542,329	0	2,290,542,329
47	日本貿易保険	57	－	16	49,169,480,214	24,584,740,107	24,584,740,107
48	産業技術総合研究所	58	－	16	15,981,142,601	15,227,162,903	753,979,698
49	製品評価技術基盤機構	59	－	17	897,312,044	392,173,415	505,138,629
50	日本貿易振興機構	60	－	18	895,119,238	895,119,238	0
51	原子力安全基盤機構	61	立地	18	752,962,117	0	752,962,117
		62	利用		619,353,058	0	619,353,058
		63	その他		481,791,765	46,676,663	435,115,102
52	北海道開発土木研究所	64	－	17	361,203,907	0	361,203,907
53	土木研究所	65	一般	17	844,714,633	5,293,225	839,421,408
		66	道路整備		173,082,784	0	173,082,784
		67	治水		60,405,939	0	60,405,939
54	建築研究所	68	－	17	989,904,477	0	989,904,477
55	交通安全環境研究所	69	一般	17	1,600,246,161	1,253,791,948	346,454,213
		70	審査		211,664,340	2,290,520	209,373,820
56	海上技術安全研究所	71	－	17	1,183,145,390	227,221,168	955,924,222
57	港湾空港技術研究所	72	－	17	546,885,115	30,235,447	516,649,668
58	電子航法研究所	73	一般	17	117,733,484	3,782,290	113,951,194
		74	空港整備		143,382,696	3,162,065	140,220,631
59	航海訓練所	75	－	17	797,622,063	37,800,080	759,821,983
60	海技大学校	76	－	17	313,866,583	9,781,249	304,085,334
61	航空大学校	77	一般	17	615,431,099	0	615,431,099
		78	空港整備		21,089,434	0	21,089,434
62	自動車検査	79	－	18	1,571,399,950	0	1,571,399,950
63	自動車事故対策機構	80	－	18	5,007,107,177	141,846,931	4,865,260,246
64	国立環境研究所	81	－	17	1,144,563,452	372,727,191	771,836,261
65	駐留軍等労働者労務管理機構	82	－	17	937,127,882	0	937,127,882
計					186,510,764,861 （65法人82勘定）	95,823,426,495 （47法人55勘定）	90,687,338,366 （64法人79勘定）

　なお、中期目標期間の最終年度における損益計算や損失処理の結果、次期の中期目標期間に欠損金を繰り越すこととなった法人が５法人７勘定あり、その状況を示すと、表２３のとおりである。

法人番号	法人名	勘定番号	勘定名	中期目標期間の終了年度	中期目標期間最終年度の繰越欠損金		次期中期目標期間に繰り越す欠損金（△） （A）＋（B）
					前期からの繰越欠損金（△） （A）	中期目標期間最終年度の未処分利益又は未処分損失（△） （B）
1	情報通信研究機構	1	基盤技術研究促進	平成 17	△36,805,767,823	△7,576,299,554	△44,382,067,377
		2	出資		△2,402,073,293	△347,279,752	△2,749,353,045
		3	通信・放送承継		△1,493,375,165	188,246,254	△1,305,128,911
2	科学技術振興機構	4	文献情報提供	18	△74,247,783,135	△1,245,820,396	△75,493,603,531
3	雇用・能力開発機構	5	財形	18	△32,790,374,658	5,337,076,206	△27,453,298,452
4	農業・生物系特定産業技術研究機構	6	民間研究促進業務	17	△26,800,658,134	△488,982,948	△27,289,641,082
5	海員学校	7	－	17	△397,362,866	50,717,965	△346,644,901
計					△174,937,395,074	△4,082,342,225	△179,019,737,299

　上記のうち、運営費交付金の交付を受けている雇用・能力開発機構（財形勘定）及び海員学校では、精算収益化額がそれぞれ１億７７１０万円及び１億２９８８万円発生している。
　独立行政法人は、中期目標期間の終了時点において期間中に交付された運営費交付金を精算することとされており、中期目標期間の最終年度末まで業務運営の財源に充てられずに残った運営費交付金（精算収益化額に相当）を、前記ａのとおり、次の中期目標期間に繰り越さず、基本的には国庫に納付することとなっている。
　しかし、両法人は、精算収益化額を上回る前期からの繰越欠損金があることなどから、精算対象積立金を計上できないことになる。このため、中期目標期間中に交付された運営費交付金のうち業務運営の財源に充てられなかった金額（計３億０６９８万円）が国庫に納付されず、両法人内部に現金・預金等として留保されることとなっている。
　上記について事例を示すと次のとおりである。

＜事例＞

　したがって、精算収益化額に相当する額を精算対象積立金に計上して国庫に納付している他の法人との均衡を失しないように、前記のように精算収益化額に相当する額が法人内部に留保されることとなる法人については、適切な取扱いを検討する必要がある。

カ　利益剰余金及び繰越欠損金の状況

　各独立行政法人の１８年度末における利益剰余金及び繰越欠損金の状況は、別表６のとおりであり、利益剰余金を計上しているのは９４法人１５０勘定、繰越欠損金を計上しているのは３０法人４６勘定となっている。 　このうち、それぞれ上位１０法人・勘定は、表２４のとおりである。

番号	法人名	勘定名	現中期目標期間初年度		平成18年度末の利益剰余金	発生の主な要因
			年度	年度期首の利益剰余金又は繰越欠損金（△）
1	年金積立金管理運用	厚生年金	18	104,900	120,954	独立行政法人に移行する際、承継した利益剰余金が10兆4900億円あったこと、総合勘定から資産運用収益の分配を受けたことなど
2	鉄道建設・運輸施設整備支援機構	特例業務	15 （10月）	△3,215	8,420	処分用資産（土地、有価証券）の売却益、助成勘定への貸付金の受取利息等を計上したこと、公的年金制度の改革により、将来の年金給付の伸び率が抑制されたため共済年金追加費用引当金の引き当てが減少したことなど
3	年金積立金管理運用	国民年金	18	7,093	7,938	独立行政法人に移行する際、承継した利益剰余金が7093億円あったこと、総合勘定から資産運用収益の分配を受けたことなど
4	鉄道建設・運輸施設整備支援機構	助成	15 （10月）	8,801	7,436	3年度に東日本、東海、西日本の各旅客鉄道株式会社に譲渡した新幹線鉄道施設の譲渡による評価差益を、独立行政法人移行時に積立金として承継したことなど
5	日本高速道路保有・債務返済機構	高速道路	17 （10月）	－	4,369	主な収益である道路資産貸付料収入と主な費用である減価償却費、財務費用の差により生じた利益があったことなど
6	福祉医療機構	承継債権管理回収	18	－	1,283	貸付金利息収入による利益が生じたことなど
7	日本貿易保険	－	17	245	1,055	債務国からの債権回収が進んだことにより、貸倒引当金戻入による利益が生じたことなど
8	勤労者退職金共済機構	建設業退職金共済事業等	15 （10月）	320	982	良好な市場環境もあって、逆ざやが解消し、利ざやによる利益が生じたことなど
9	水資源機構	－	15 （10月）	559	942	財務収益（主に割賦負担金利息）と財務費用（支払利息）の差により生じたことなど
10	中小企業基盤整備機構	一般	16 （7月）	137	397	債務者区分基準の見直しなどに伴う貸倒引当金戻入による利益が生じたことなど

番号	法人名	勘定名	現中期目標期間初年度		平成18年度末の繰越欠損金	発生の主な要因
			年度	年度期首の繰越欠損金
1	年金積立金管理運用	承継資金運用	18	27,293	26,196	独立行政法人に移行する際、承継した繰越欠損金が2兆7293億円あったことなど
2	中小企業基盤整備機構	小規模企業共済	16 （7月）	9,362	4,953	加入者に支払う共済金等の額の算定の基礎となる予定利率が法律で定められていたために、市場金利が低下する中で、長年にわたり運用の実績利回りが下回っていたこと、簿価会計原則から時価会計原則に移行したことなど
3	都市再生機構	都市再生	16 （7月）	7,011	3,480	地価下落等の影響を受け、主にニュータウン事業及び既成市街地整備等に係る保有地において含み損が発生したことにより、機構設立時の開始貸借対照表において約7300億円の繰越欠損金が生じたことなど
4	都市再生機構	宅地造成等経過	17	857	1,475	減損損失及び販売用不動産の強制評価減等を計上したことなど
5	科学技術振興機構	文献情報提供	15 （10月）	665	754	情報資産（データベース）が5年間で減価償却されることに伴い、毎年相当額の費用が計上されるが、これに見合う収益がないことなど
6	鉄道建設・運輸施設整備支援機構	海事	18	591	519	貸倒引当金及び船舶共有契約解除等損失引当金によるものなど
7	農畜産業振興機構	砂糖	15 （10月）	77	500	国際相場の高騰による調整金収入の減少に加え、調整金収入を上回る国内産糖交付金の交付を行う必要があったことなど
8	情報通信研究機構	基盤技術研究促進	18	443	480	受け入れた出資金を委託費として支出することから、当該支出分は欠損金として計上されることなど
9	福祉医療機構	保険	15 （10月）	355	424	年金受給者に将来支給するために必要な心身障害者扶養保険責任準備金の積立不足が生じたことなど
10	新エネルギー・産業技術総合開発機構	基盤技術研究促進	15 （10月）	165	414	受け入れた出資金を委託費として支出することから、当該支出分は欠損金として計上されることなど

　また、繰越欠損金を計上している３０法人４６勘定の中には、独立行政法人化に伴い、旧法人が計上していた繰越欠損金を政府出資金等で処理したものの、再び１０億円以上の繰越欠損金を計上しているものが、表２５のとおり、２法人２勘定ある。

法人名	勘定名	中期目標期間期首		平成15年度	16年度	17年度	18年度	18年度末の繰越欠損金	繰越欠損金の発生要因
		年月	繰越欠損金	当期総損失	当期総損失	当期総損失	当期総損失
労働者健康福祉機構	－	16年4月	0	／	△126	△72	△40	△240	医療機器等の減価償却費、廃止した労災病院の累積欠損、診療費のマイナス改訂等
新エネルギー・産業技術総合開発機構	石炭経過	15年10月	0	△2	△20	△57	△15	△96	旧鉱区の管理等に係る業務経費を、出資金を取り崩す形で支出する構造となっていることなど

　繰越欠損金を計上することとなった要因やその解消の見通しは法人や勘定により様々であるが、各法人においては、繰越欠損金の解消等に向けて計画的に取り組んでいく必要がある。特に上記の２法人２勘定については、別表５のとおり、政府出資金に係る台帳価格が出資金の累計額に比べて、労働者健康福祉機構で９７億円、新エネルギー・産業技術総合開発機構（石炭経過勘定）で９６億円、既にそれぞれ減少していることも踏まえて、より効率的な業務運営等に努めることが重要である。

キ　目的積立金の状況

　目的積立金は、法人の経営努力により生じた利益をその中期計画で定めている使途に充てることができるものである。
　各年度の損益計算の結果、利益金として計上されたものについて、これを目的積立金として主務大臣に申請しているものの状況は、表２６のとおりである。

法人名	勘定名	目的積立金の名称	年度	目的積立金の申請額（A）	目的積立金の承認額（B）	承認割合（B／A）
通信総合研究所	一般	広報・知財・環境	平成13	5,640	2,816	49.9％
			14	29,957	28,904	96.4％
			15	13,617	11,484	84.3％
情報通信研究機構	一般	広報・知財・環境	16	10,670	1,906	17.8％
	債務保証	代位弁済・利子補給	16	59,758	－	－
酒類総合研究所	－	研究用機器等購入	13	8,010	8,010	100.0％
			15	984	984	100.0％
造幣局	－	研修・研究・施設改善等	15	987,232	658,376	66.6％
			16	839,679	782,963	93.2％
			17	210,936	63,751	30.2％
日本万国博覧会記念機構	第1号	公園整備	15	169,966	37,988	22.3％
			16	35,294	14,661	41.5％
	第2号	助成事業	15	3,242	1,744	53.8％
			16	333	333	100.0％
物質・材料研究機構	－	研究促進対策等	18	4,312	8,518	197.5％
放射線医学総合研究所	－	研究促進開発等	18	11,427	11,427	100.0％
国立美術館	－	美術作品購入・修理	13	103,434	103,434	100.0％
			14	154,304	154,304	100.0％
			15	70,744	70,744	100.0％
			16	94,139	94,139	100.0％
			17	381,532	381,532	100.0％
国立博物館	－	業務拡充	13	78,825	78,825	100.0％
			14	247,058	247,058	100.0％
			15	313,534	212,791	67.8％
		施設改修	13	48,757	48,757	100.0％
			14	93,800	93,800	100.0％
文化財研究所	－	展示出版事業	13	46,760	46,760	100.0％
		情報公開事業	13	93,000	92,760	99.7％
		調査研究事業	13	43,029	43,029	100.0％
			14	16,900	16,900	100.0％
科学技術振興機構	一般	業務充実改善・施設改修等	15	432,681	7,469	1.7％
			16	657,290	4,157	0.6％
理化学研究所	－	知的財産管理・技術移転等	16	14,853	－	－
			18	21,844	21,844	100.0％
日本芸術文化振興会	－	基金助成事業	16	256,876	50,307	19.5％
			17	189,175	－	－
			18	123,170	－	－
		施設整備事業	16	214,384	59,214	27.6％
			17	101,255	－	－
			18	373,292	270,078	72.3％
		開場40周年記念事業	16	15,521	－	－
		公演事業充当	16	15,291	－	－
国立高等専門学校機構	－	教育研究・福利厚生・地域貢献充実	16	502,115	452,716	90.1％
			17	61,199	30,951	50.5％
			18	92,113	43,074	46.7％
国立健康・栄養研究所	－	国際産学研究支援	14	30,000	6,736	13.4％
		プロジェクト研究支援	14	20,000
産業安全研究所	一般	研究環境整備	13	8,573	8,573	100.0％
			14	6,588	－	－
産業医学総合研究所	一般	研究支援対策	13	3,961	3,961	100.0％
			14	6,214	3,119	50.2％
福祉医療機構	長寿・子育て・障害者基金	助成業務	15	92,165	－	－
雇用・能力開発機構	一般	雇用促進融資業務	15	172,604	－	－
	宿舎等宿	舎等勘定	15	2,559,985	－	－
国立病院機構	－	施設設備整備	18	7,741,204	7,741,204	100.0％
家畜改良センター	－	効率化及び質の向上	13	31,954	31,954	100.0％
			14	59,917	49,351	82.3％
農業技術研究機構	－	研究用機器整備	14	28,745	10,939	38.0％
農業・生物系特定産業技術研究機構	農業技術研究業務	研究用機器整備	15	8,550	3,881	45.3％
農業工学研究所	－	試験研究用機器更新等	13	4,014	4,014	100.0％
			14	3,305	－	－
			15	2,402	2,402	100.0％
			16	4,288	3,037	70.8％
国際農林水産業研究センター	－	研究用機器更新等	14	604	15	2.5％
			15	17	－	－
森林総合研究所	－	研究機器等購入	13	9,703	9,703	100.0％
			15	2,523	－	－
産業技術総合研究所	－	研究施設等整備	13	70,178	21,444	30.5％
			14	159,589	123,409	77.3％
			15	237,910	91,183	38.3％
			17	275,034	139,079	50.5％
			18	275,679	224,727	81.5％
製品評価技術基盤機構	－	研修費	13	127	127	100.0％
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	金属鉱業備蓄・探鉱融資等	希少金属鉱産物備蓄	15	3,971	3,971	100.0％
			16	447,230	447,230	100.0％
			17	317,166	317,166	100.0％
			18	3,210,354	3,210,354	100.0％
土木研究所	一般	研究開発及び研究基盤整備	13	15,947	15,002	94.0％
			14	40,825	8,261	20.2％
			15	62,389	31,316	50.1％
			16	44,342	36,474	82.2％
			18	45,049	44,949	99.7％
北海道開発土木研究所	一般	研究基盤整備	14	4,373	4,016	91.8％
			15	6,357	3,578	56.2％
			16	9,488	2,242	23.6％
建築研究所	－	研究開発及び研究基盤整備	13	16,115	16,115	100.0％
			14	21,977	16,833	76.5％
			15	4,610	4,610	100.0％
			16	9,037	9,037	100.0％
海上技術安全研究所	－	施設整備等	15	9,326	9,326	100.0％
			16	1,846	1,846	100.0％
港湾空港技術研究所	－	施設改修等	13	31,552	31,552	100.0％
		実験機器等購入	13	19,317	15,421	79.8％
		研究交流促進	13	12,248	11,916	97.2％
		研究基盤整備及び研究開発	14	32,903	15,773	47.9％
			15	54,536	1,831	3.3％
電子航法研究所	一般	研究開発及び研究基盤整備	14	1,225	466	38.0％
			15	54	－	－
	空港整備	研究開発及び研究基盤整備	14	2,647	1,713	64.7％
			15	350	－	－
			16	769	－	－
水資源機構	－	退職給付引当金負担軽減	15	3,129,000	－	－
		施設整備	15	162,509	－	－
国立環境研究所	－	研究設備等	15	6,886	3,624	52.6％
駐留軍等労働者労務管理機構	－	福利厚生事業	14	4,531	4,531	100.0％
		広報関係事業	14	10,250	10,250	100.0％

年度別計	申請法人数	承認法人数	目的積立金の申請額（A）	目的積立金の承認額（B）	承認割合（B／A）
平成13年度	15	15	651,152	594,183	91.2％
14年度	18	16	975,722	796,385	81.6％
15年度	23	17	8,508,157	1,157,310	13.6％
16年度	15	13	3,233,212	1,960,269	60.6％
17年度	6	5	1,536,301	932,481	60.6％
18年度	9	9	11,898,448	11,576,179	97.2％
計			26,802,994	17,016,810	63.4％

　目的積立金の申請額は、独立行政法人制度が発足した１３年度は１５法人の６億円であったが、１５年度には２３法人の８５億円に増加している。その後、減少傾向であったが、１８年度には国立病院機構による７７億円の目的積立金の申請があったことなどにより１１８億円に急増している。
　また、目的積立金として主務大臣に承認された金額は、１３年度は１５法人の５億円であったが、１６年度には１３法人の１９億円に増加している。その後、１７年度は減少したが、１８年度には上記国立病院機構の申請が全額認められたことなどにより１１５億円に急増している。
　目的積立金は、法人に対して一定の動機付けを与え、弾力的かつ効率的な財務運営を行うための仕組みとなるものであることから、その趣旨に沿って、名実ともに適切に運用されることが重要である。

ク　独立行政法人が保有する資産の状況

　会計検査院は、１９年報告において、独立行政法人が保有していた政府出資見合いの土地、建物等の資産を処分するなどして得た収入について、相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がないため、法人内部に留保されたままとなっている事態に関して、減資に関する立法措置を検討する必要があることを記述している。
　また、１９年１０月に財務大臣に対して、国立印刷局における土地及びその譲渡収入による資金などの保有資産について、その適正規模を検討して、不要な資産は国庫に納付させるよう適切な制度を整備する要がある旨、会計検査院法第３６条の規定により意見を表示している。
　一方、政府は、前述のとおり、１９年１２月に閣議決定された整理合理化計画において、次のような保有資産の見直しに関する措置を定めている。
〔1〕 　各独立行政法人は、保有する合理的理由が認められない土地・建物等の実物資産の売却、国庫返納等を着実に推進して、適切な形で財政貢献を行う。このため、所要の条件整備を行う。
〔2〕 　各独立行政法人は、上記の売却等対象資産以外の実物資産についても、引き続き、資産の利用度等のほか、本来業務に支障のない範囲での有効利用の可能性の多寡、効果的な処分、経済合理性といった観点に沿って、その保有の必要性について不断に見直しを実施する。
〔3〕 　各独立行政法人は、不要となった金融資産の売却やそれに伴う積立金の国庫返納を行う。
　そこで、各法人がこれまでに資産を処分したことにより得た収入の状況や、現在、保有している資産の状況等について検査した。

（ア）　資産の売却による収入の状況

ａ　資産の売却の概要

　独立行政法人が保有する現金・預金、有価証券、たな卸資産等の流動資産及び土地、建物、関係会社株式等の固定資産のうち、主務省令で定める重要な財産（以下「重要財産」という。）を譲渡し、又は担保に供しようとするときは、通則法第４８条第１項の規定により、原則として主務大臣の認可を受けなければならないこととなっている。また、主務大臣は、同条第２項の規定により、上記の認可をしようとするときは、あらかじめ、評価委員会の意見を聴かなければならないこととなっている。
　各法人における重要財産は、別表７のとおりであり、その主なものは、土地及び建物となっている。
　また、各法人が所有する重要財産以外の財産（以下「非重要財産」という。）については、譲渡に際して主務大臣の認可を要するなどの規定はなく、各法人の裁量により売却がなされている。

ｂ　資産の売却により得た収入の状況

　各独立行政法人が、設立から２０年３月末までの間に重要財産を売却したことにより得た収入の状況を示すと、表２７のとおりであり、売却による収入は３２法人で計５９２億円となっている。

法人名	売却年度	売却収入金額	売却資産の種別
情報通信研究機構	平成17	0.1	建物
	18	3.2	建物
	19	0.09	建物
国際協力機構	19	0.3	土地、建物
国際交流基金	19	0.2	土地、建物
造幣局	15	0.06	土地
	18	5.3	土地
国立印刷局	16	90.5	土地
	18	141.8	土地
	19	49.6	土地
国立科学博物館	18	0.02	土地
宇宙航空研究開発機構	16	0.01	土地
国立高等専門学校機構	18	0.02	土地
高齢・障害者雇用支援機構	17	2.0	土地
雇用・能力開発機構	18	1.9	土地、建物
	19	0.1	建物
労働者健康福祉機構	17	8.2	土地、建物
	18	2.3	土地、建物
		18.8	土地、建物
	19	1.6	土地、建物
国立病院機構	16	8.1	土地
	17	6.1	土地
	18	29.1	土地
	19	13.9	土地
種苗管理センター	13	0.2	土地
	14	5.1
	15	4.1
	16	0.1	土地、建物
	19	2.5	土地
家畜改良センター	16	0.09	土地
	19	0.002
水産大学校	19	0.8	船舶
農業・食品産業技術総合研究機構	14	0.1	土地
	16	0.09	土地
	19	7.3	土地
農業生物資源研究所	19	0.05	土地
森林総合研究所	14	0.3	土地
	17	0.01	土地
水産総合研究センター	13	0.06	船舶
	16	0.04	船舶
	17	0.07	土地
	19	0.07	船舶
農畜産業振興機構	16	0.2	土地、建物
	19	0.01	土地
農林漁業信用基金	16	2.1	土地、建物
緑資源機構	18	4.9	土地、建物
	19	0.6
産業技術総合研究所	17	80.9	建物等
	18	39.0
新エネルギー・産業技術総合開発機構	16	1.6	土地
日本貿易振興機構	16	11.8	土地、建物
	17	11.7
	19	0.9
情報処理推進機構	17	0.9	建物
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	19	10.5	土地、建物
中小企業基盤整備機構	19	3.8	土地、建物
航海訓練所	16	1.1	船舶
海技教育機構	17	0.07	建物、船舶
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	18	15.4	土地、建物
住宅金融支援機構	19	1.0	土地、建物
計（32法人）		592.9

　そして、このうち１億円以上の収入を得ている法人について、売却した資産の取得原資別の収入及びこれに伴う国庫納付の状況をみると、表２８のとおりである。

法人名	売却年度	売却収入金額					国庫納付規定の有無	国庫納付金額
			売却した資産の取得原資別の内訳
			政府出資	政府出資見合い	国庫補助金等	その他
情報通信研究機構	平成17	0.1	－	0.1	－	－	無	－
	18	3.2	－	－	3.2	－	有 （補助金公付要綱等）	3.2
	19	0.09	－	－	0.09	－		0.09 （20年度予定）
造幣局	15	0.06	－	0.06	－	－	無	－
	18	5.3	－	5.3	－	－
国立印刷局	16	90.5	－	90.5	－	－	無	－
	18	141.8	－	141.8	－	－
	19	49.6	－	49.6	－	－
高齢・障害者雇用支援機構	17	2.0	－	2.0	－	－	無	－
雇用・能力開発機構	18	1.9	－	1.9	－	－	無	－
	19	0.1	－	0.1	－	－
労働者健康福祉機構	17	8.2	－	8.2	－	－	有 （個別法）	8.2
	18	2.3	－	2.3	－	－		2.3
		18.8	－	18.8	－	－	無	－
	19	1.6	－	1.6	－	－
国立病院機構	16	8.1	8.1	－	－	－	無	－
	17	6.1	6.1	－	－	－
	18	29.1	29.1	－	－	－
	19	13.9	13.9	－	－	－
種苗管理センター	13	0.2	0.2	－	－	－	無	－
	14	5.1	5.1	－	－	－
	15	4.1	4.1	－	－	－
	16	0.1	0.1	－	－	－
	19	2.5	2.5	－	－	－
農業・食品産業技術総合研究機構	14	0.1	0.1	－	－	－	無	－
	16	0.09	0.09	－	－	－
	19	7.3	7.3	－	－	－
農林漁業信用基金	16	2.1	－	－	－	2.1	無	－
緑資源機構	18	4.9	－	4.9	－	－	無	－
	19	0.6	－	0.6	－	－
産業技術総合研究所	17	80.9	－	－	80.9	－	有 （補助金交付要綱）	80.9
	18	39.0	－	－	39.0	－		39.0
新エネルギー・産業技術総合開発機構	16	1.6	－	1.6	－	－	無	－
日本貿易振興機構	16	11.8	－	11.8	－	－	無	－
	17	11.7	－	11.7	－	－
	19	0.9	－	0.9	－	－
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	19	10.5	－	10.5	－	－	無	－
中小企業基盤整備機構	19	3.8	－	3.8	－	－	無	－
航海訓練所	16	1.1	1.1	－	－	－	無	－
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	18	15.4	－	－	－	15.4	無	－
住宅金融支援機構	19	1.0	－	－	－	1.0	無	－
計		589.4	78.2	369.2	123.3	18.6	／	134.0

　情報通信研究機構、労働者健康福祉機構及び産業技術総合研究所の３法人は、計１３４億円の売却収入を国庫に納付しているが、これらは、個別法等において売却収入を国庫に納付する旨の規定が定められていること、あるいは資産の購入に充てられた原資が国庫補助金で、補助金交付要綱等により国庫への納付が定められていることによるものである。
　また、非重要財産を売却したことにより１億円以上の収入を得ている法人の状況を示すと、表２９のとおりであり、売却による収入は１３法人で計１７５０億円となっている。

法人名	売却年度	売却資産の種別	売却収入金額					国庫納付規定の有無	国庫納付金額
				売却した資産の取得原資別の内訳
				政府出資	政府出資見合い	国庫補助金等	その他
平和祈念事業特別基金	平成19	有価証券	198.2	198.2	－	－	－	無	－
造幣局	15	白金、パラジウム、白銅、青銅地チ金等	0.009	－	0.009	－	－	無	－
	16		0.02	－	0.02	－	－
	17		0.02	－	0.02	－	－
	18		6.0	－	6.0	－	－
	19		12.4	－	5.5	－	6.9
科学技術振興機構	15	工具器具備品等	0.4	－	0.4	0.009	－	無	0.009
	16		2.1	－	2.0	0.07	－		0.07
	17		0.6	－	0.4	0.1	－		0.1
	18		1.2	－	1.2	0.02	－		0.02
	19		0.5	－	0.3	0.1	－		－
日本原子力研究開発機構	18	濃縮ウラン等	0.004	－	0.004	－	－	無	－
	19		4.2	－	4.2	－	－
雇用・能力開発機構	15	勤労者福祉施設、雇用促進住宅等	4.1	4.1	－	－	－	有（個別法）	4.1
	16		0.07	－	0.07	－	－	無	－
			61.7	61.7	－	－	－	有（個別法）	61.7
	17		7.6	7.6	－	－	－		7.6
	18		6.5	6.5	－	－	－		6.5
	19		0.02	－	0.02	－	－	無	－
			10.8	10.8	－	－	－	有（個別法）	3.2
労働者健康福祉機構	16	労災病院等	0.01	－	0.01	－	－	無	－
	17		0.05	－	0.05	－	－
			0.5	－	0.5	－	－	有（個別法）	0.5
	18		0.02	－	0.02	－	－	無	－
			0.4	－	0.4	－	－	有（個別法）	0.4
	19		0.01	－	0.01	－	－	無	－
国立病院機構	16	国立病院等	0.5	0.5	－	－	－	無	－
	17		3.4	3.4	－	－	－
	18		4.9	4.9	－	－	－
	19		6.1	6.1	－	－	－
農畜産業振興機構	15	生糸	4.6	－	－	－	4.6	無	－
	16		14.1	－	－	－	14.1
新エネルギー・産業技術総合開発機構	16	土地（書庫、宿舎跡地）	4.4	－	4.4	－	－	無	－
	17		0.1	－	0.1	－	－
	18		0.1	－	0.1	－	－
日本貿易振興機構	16	土地借地権	31.4	－	31.4	－	－	無	－
空港周辺整備機構	16	共同住宅等	0.1	－	－	－	0.1	無	－
	17		22.7	－	－	－	22.7
	19		0.0005	－	－	－	0.0005
都市再生機構	16	賃貸施設、鉄道資産、事務所、宿舎、保養所等	342.1	－	－	－	342.1	無	－
	17		15.8	－	－	－	15.8
	18		402.2	－	－	－	402.2
	19		26.8	－	－	－	26.8
日本高速道路保有・債務返済機構	17	道路資産等	289.8	－	－	－	289.8	無	－
	18		142.4	－	－	－	142.4
	19		120.3	－	－	－	120.3
計（13法人）			1,750.9	304.4	57.8	0.4	1,388.2	／	84.7

　そして、科学技術振興機構、雇用・能力開発機構及び労働者健康福祉機構の３法人は、計８４億円の売却収入を国庫に納付しているが、これらも前記と同様、個別法等で国庫への納付が定められていることによるものである。
　一方、前記の表２８ 及び表２９ のうち、売却した資産の取得原資が政府出資又は政府出資見合いのもので、国庫納付の規定がない法人の状況を示すと表３０のとおりとなっており、法人内部に留保されている現金・預金等は、１４法人で計２９０億円となっている。

法人名	売却年度	売却した資産の取得原資別の内訳		売却により得られた収入金の充当状況	売却により得られた収入金の国庫納付の状況	法人に留保されている現金・預金等
		政府出資	政府出資見合い
情報通信研究機構	平成17	－	0.1	－	－	0.1
造幣局	15	－	0.06	－	売却益189万円を計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	0.05
	18	－	5.3	－	売却益1億8730万円を計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	4.4
国立印刷局	16	－	90.5	－	売却益29億0002万円を計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	76.0
	18	－	141.8	－	売却益13億7587万円を計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	135.0
	19	－	49.6	－	売却益23億7013万円を計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	37.8
高齢・障害者雇用支援機構	17	－	2.0	－	－	2.0
雇用・能力開発機構	18	－	1.9	－	－	1.9
	19	－	0.1			0.1
労働者健康福祉機構	18	－	18.8	労災病院の事業費等に充当	－	－
	19	－	1.6			－
国立病院機構	16	8.1	－	債務の返済、機器・設備の購入費に充当	－	－
	17	6.1	－	病院建替のための土地購入費等に充当	－	－
	18	29.1	－			－
	19	13.9	－			－
種苗管理センター	13	0.2	－	西日本農場の土地購入費、施設整備費等に充当	－	－
	14	5.1	－			－
	15	4.1	－			－
	16	0.1	－	－	売却益を484万円計上。中期目標期間最終年度（17年度）の期末処理により、売却益については国庫に納付されたものとみなされる。	0.05
	19	2.5	－	－	－	2.5
農業・食品産業技術総合研究機構	14	0.1	－	－	－	0.1
	16	0.09	－			0.09
	19	7.3	－	5億7355万円を、農業者大学校の校舎新築費に充当	－	1.6
緑資源機構	18	－	4.9	－	売却益を1億1286万円計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、売却益については国庫に納付されたものとみなされる。	3.8
	19	－	0.6	－	－	0.6
新エネルギー・産業技術総合開発機構	16	－	1.6	1億1460万円を、職員宿舎用マンションの購入費に充当	－	0.4
日本貿易振興機構	16	－	11.8	本部ビルの購入費に充当	－	－
	17	－	11.7			－
	19	－	0.9	－	－	0.9
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	19	－	10.5	7億2183万円を、職員宿舎用マンションの購入費に充当	－	3.3
中小企業基盤整備機構	19	－	3.8	－	－	3.8
航海訓練所	16	1.1	－	－	－	1.1
計		78.2	358.5	／		277.4

法人名	売却年度	売却した資産の取得原資別の内訳		売却により得られた収入金の充当状況	売却により得られた収入金の国庫納付の状況	法人に留保されている現金・預金等
		政府出資	政府出資見合い
平和祈念事業特別基金	平成19	198.2	－	特別記念事業の執行に充当	－	（－）
造幣局	15	－	0.009	自動車の購入に充当	－	－
	16	－	0.02			－
	17	－	0.02	－	－	0.02
	18	－	6.0	－	売却益を1億9529万円計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	5.0
	19	－	5.5	－	売却益を3億3223万円計上。中期目標期間最終年度（19年度）の期末処理により、当該売却益の1／2が国庫に納付されたものとみなされる。	3.8
科学技術振興機構	15	－	0.48	300万円を、一般管理費に充当	－	0.45
	16	－	2.0	4万円を、一般管理費に充当	－	2.0
	17	－	0.4	－	－	0.4
	18	－	1.2			1.2
	19	－	0.3			0.3
日本原子力研究開発機構	18	－	0.004	事業費、一般管理費に充当	－	－
	19	－	4.2			－
雇用・能力開発機構	16	－	0.07	運営費交付金を充当する事業に充当	－	－
	19	－	0.02	－	－	0.02
労働者健康福祉機構	16	－	0.01	器具備品の購入費に充当	－	－
	17	－	0.05			－
	18	－	0.02			－
	19	－	0.01			－
国立病院機構	16	0.5	－	一般管理費等に充当	－	－
	17	3.4	－			－
	18	4.9	－			－
	19	6.1	－			－
新エネルギー・産業技術総合開発機構	16	－	4.4	退職給付引当金等に充当	－	（4.4）
	17	－	0.1			（0.1）
	18	－	0.1			（0.1）
日本貿易振興機構	16	－	31.4	本部ビルの購入費に充当	－	－
計		213.4	56.7	／		13.4 （4.7）

重要財産及び非重要財産の合計（14法人）	法人に留保されている現金・預金等
	290.9

　政府出資又は政府出資見合いの資産を売却しても、資産の売却による収入が当該資産の簿価を上回り売却益を計上した場合の簿価に相当する額や、簿価を下回り売却損が発生した場合の当該売却収入に相当する額については、現状では、相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がないため、法人内部に留保されることになる。ただし、売却益に相当する額については、各年度の損益計算の結果等にもよるが、中期目標期間の最終年度まで通則法第４４条第１項に規定する積立金として計上されて、その全部又は一部は将来国庫に納付される可能性もある。
　上記について事例を示すと次のとおりである。

＜事例＞

ｃ　売却予定資産の状況

　前記のとおり、各独立行政法人は、保有する合理的理由が認められない土地・建物等の実物資産の売却、国庫返納等を着実に推進するとともに、売却等対象資産以外の実物資産についても、引き続き、保有の必要性について不断の見直しを実施することとされている。
　そこで、各法人が、２０年度以降、売却を予定するなどしている資産の状況についてみると、表３１のとおり、その取得価額（法人設立時の簿価）は計５５１９億円に達する規模となっている。

〔1〕 今後、売却することを決定している資産

（単位：億円）

法人名	資産種別	取得価額
国際協力機構	土地	0.07
	建物	0.03
国立印刷局	土地	0.1
科学技術振興機構	建物	0.3
	その他	0.04
宇宙航空研究開発機構	土地	0.9
	建物等	0.7
日本スポーツ振興センター	土地	1.7
	建物等	0.2
日本原子力研究開発機構	土地	4.8
	その他	17.1
勤労者退職金共済機構	土地	1.2
高齢・障害者雇用支援機構	土地	0.4
福祉医療機構	土地	3.3
	建物	0.9
雇用・能力開発機構	土地	2,390.5
	建物等	2,441.0
労働者健康福祉機構	土地	65.3
	建物	25.6
農林水産消費安全技術センター	土地	12.5
	建物等	8.5
種苗管理センター	土地	2.4
農業・食品産業技術総合研究機構	土地	5.0
農業生物資源研究所	土地	54.9
水産総合研究センター	船舶	1.5
農業者年金基金	土地	0.7
	建物等	0.4
産業技術総合研究所	土地	48.7
	建物	15.5
新エネルギー・産業技術総合開発機構	土地	12.6
	建物	11.2
日本貿易振興機構	建物	7.4
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	土地	0.5
	建物	5.1
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	土地	13.4
	建物等	4.2
水資源機構	土地	18.3
	建物	0.8
住宅金融支援機構	土地	6.9
	建物	9.8
計（24法人）		5,196.4

〔2〕 独立行政法人整理合理化計画等で、売却を促されている資産

（単位：億円）

法人名	資産種別	取得価額
国際協力機構	土地	0.04
	建物	0.3
造幣局	土地	3.3
	建物	1.5
国立印刷局	土地	8.9
	建物	7.0
物質・材料研究機構	土地	24.8
	建物	4.8
科学技術振興機構	土地	0.1
	建物	0.4
勤労者退職金共済機構	土地	1.6
	建物等	0.9
雇用・能力開発機構	土地	26.6
	建物等	5.5
緑資源機構	土地	5.2
	建物	0.8
中小企業基盤整備機構	土地	3.6
	建物等	6.5
	その他	0.3
都市再生機構	土地	32.1
	建物等	41.3
環境再生保全機構	土地	0.8
計（11法人）		177.1

〔3〕 〔1〕 、〔2〕 のほか、売却を検討している資産

（単位：億円）

法人名	資産種別	取得価額
国際協力機構	土地	11.3
	建物等	10.4
造幣局	その他	0.5
国立印刷局	土地	12.5
国立青少年教育振興機構	土地	1.2
理化学研究所	土地	6.9
宇宙航空研究開発機構	土地	0.4
	建物等	0.5
日本学生支援機構	土地	0.9
雇用・能力開発機構	土地	12.1
	建物等	47.5
水産総合研究センター	その他	0.08
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	建物	0.1
中小企業基盤整備機構	土地	22.2
	建物等	18.7
	その他	0.009
計（11法人)		146.1

合計（33法人）

5,519.6

（イ）　その他の資産処分等の状況

　前項で独立行政法人の保有資産の売却により得られた収入について分析したが、これ以外に、政府出資見合いの保有資産について売却以外の処分により収入を得たり、旧法人から独立行政法人へ移行するに当たり、政府出資見合いの資産として、現金・預金、有価証券等の金融資産を承継したりしているものがある。

ａ　敷金・保証金の返戻による収入の状況

　敷金・保証金は、貸借対照表の資産の部において「投資その他の資産」として計上される資産である。これらは、不動産賃貸借契約の解除等に伴い、その一部又は全部が返戻されることになる。
　独立行政法人の中には、設立後、本部事務所の都内からの移転や、事務・事業の効率化に伴う支部の統廃合、借上面積の縮小、会議室の廃止等により、賃借していた不動産について契約の際に差し入れていた敷金・保証金の返戻を受けているものがある。
　そこで、法人設立以降２０年３月末までの間に、敷金・保証金について１億円以上の返戻を受けている法人の状況を示すと表３２のとおりである。

番号	法人名	差し入れていた敷金・保証金の原資別の内訳				返戻金 計
		政府出資見合い	運営費交付金	国庫補助金等	その他
1	情報通信研究機構	1.3	－	－	－	1.3
2	平和祈念事業特別基金	－	－	1.2	－	1.2
3	国際協力機構	2.9	－	－	－	2.9
4	国際交流基金	9.7	－	－	－	9.7
5	通関情報処理センター	－	－	－	1.5	1.5
6	日本原子力研究開発機構	1.9	0.03	－	－	1.9
7	高齢・障害者雇用支援機構	2.1	0.2	－	－	2.4
8	雇用・能力開発機構	3.7	0.1	－	0.1	4.0
9	労働者健康福祉機構	1.3	0.03	－	0.02	1.3
10	農畜産業振興機構	1.1	0.06	0.2	－	1.5
11	緑資源機構	5.9	－	－	－	5.9
12	産業技術総合研究所	－	1.0	－	0.01	1.1
13	新エネルギー・産業技術総合開発機構	10.7	－	－	0.0003	10.7
14	日本貿易振興機構	732.8	－	0.3	－	733.2
15	情報処理推進機構	0.2	－	－	3.1	3.4
16	中小企業基盤整備機構	2.2	－	－	0.8	3.0
17	鉄道建設・運輸施設整備支援機構	0.01	－	0.04	3.9	3.9
18	都市再生機構	－	－	－	6.7	6.7
19	住宅金融支援機構	－	－	－	1.7	1.7
20	環境再生保全機構	1.0	－	0.05	0.02	1.1
計		777.4	1.6	2.0	18.2	799.3

　そして、このうち、差し入れていた敷金・保証金の原資が政府出資見合いである１５法人における返戻金の状況は、表３３のとおりである。

番号	法人名	政府出資見合いの敷金・保証金の返戻金	左の返戻金の充当状況	法人に留保されている現金・預金等
1	情報通信研究機構	1.3	－	1.3
2	国際協力機構	2.9	2.6億円を、現本部ビルの追加敷金に充当	0.2
3	国際交流基金	9.7	6.3億円を、新本部ビルの敷金等に充当	3.4
4	日本原子力研究開発機構	1.9	1.2億円を、民間出資金の払戻金に充当	0.7
5	高齢・障害者雇用支援機構	2.1	－	2.1
6	雇用・能力開発機構	3.7	0.3億円を運営費交付金を充当する事業に充当	3.4
7	労働者健康福祉機構	1.3	－	1.3
8	農畜産業振興機構	1.1	－	1.1
9	緑資源機構	5.9	3.7億円を、新本部ビルの敷金等に充当	2.1
10	新エネルギー・産業技術総合開発機構	10.7	6.4億円を、新本部ビルの敷金等に充当	4.2
11	日本貿易振興機構	732.8	270億円を、個別法の規定により国庫納付 458億円を、新本部ビルの購入等に充当	4.3
12	情報処理推進機構	0.2	－	0.2
13	中小企業基盤整備機構	2.2	－	2.2
14	鉄道建設・運輸施設整備支援機構	0.01	－	0.01
15	環境再生保全機構	1.0	全額を、新本部ビルの敷金等に充当	－
計		777.4	／	27.0

　政府出資見合いの敷金・保証金の返戻により１５法人で計７７７億円の収入を得ている。そして、２０年３月末現在で、上記の収入について、１法人（日本貿易振興機構）は個別法の規定により２７０億円を国庫に納付して、８法人は新たな不動産の購入資金や賃借に係る敷金・保証金等として計４８０億円を支出しており、差引き２７億円が法人内部に留保されている。なお、７法人は返戻金収入の全額を現金・預金等として管理している。
　敷金・保証金の返戻による収入金は、損益計算上の収益としては計上されず、通則法第４４条第１項に規定する積立金には計上されない。このため、個別法の規定により国庫納付されるものなどを除き、当該収入金については、現状では、相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がないため、法人内部に留保されることになる。
　上記について事例を示すと次のとおりである。

＜事例＞

＜事例＞

ｂ　関係会社の清算分配金による収入の状況

　独立行政法人の中には、政策目的のために法令等で定められた業務として、政府出資金を原資として株式会社に対して出資をしているものがあり、当該株式会社に対する出資に係る権利は、関係会社株式として、貸借対照表の資産の部において「投資その他の資産」として計上されている。
　独立行政法人の出資先である特定関連会社（注６） 及び関連会社（注７） （以下、これらを合わせて「関係会社」という。）の中には、経営成績が思わしくなかったり、期待された成果が上がらなかったりなどして清算処理されているものがあり、清算処理に際して関係会社に残余財産がある場合、独立行政法人は、その残余財産について清算分配金を受け取る。また、独立行政法人によっては、関係会社株式を売却して、収入を得るものもある。
　そこで、各独立行政法人の設立以降２０年３月末までの間に、政府出資見合いなどの関係会社株式に係る清算分配金収入や株式売却収入を得ている法人の状況を示すと表３４のとおりである。

法人名	勘定名	清算売却	年度	関係会社名	出資額の累計	取得価額 （独立行政法人設立時）	清算分配金、株式売却収入	国庫納付規定の有無	備考
情報通信研究機構	出資	清算	平成19	（株）横浜画像通信テクノステーション	1,200,000,000	828,580,298	409,466,278	無	毎年度、損益計算において利益が生じたときは、前年度から繰り越した損失を埋め、なお残余があるときは、その90／100を国庫に納付することとなっているが、各年度とも損失を計上していたり、前年度からの繰越欠損金があったりしているため、清算益を国庫に納付した実績はない。
		売却	16	（株）北海道テレコムセンター	350,000,000	26,600,000	26,600,000
			17	（株）神奈川メディアセンター	350,000,000	175,250,776	114,450,000
	通信・放送承継	清算	16	（株）北九州情報ひろば	100,000,000	42,722,000	42,722,000	有	勘定廃止の際に残余財産がある場合、国庫に納付される（24年度までに予定されている業務の終了後に廃止予定）。
		売却	16	（株）諏訪広域総合情報センター	100,000,000	72,744,000	26,400,000
			16	久留米・鳥栖広域情報（株）	100,000,000	24,000,000	24,000,000
			16	（株）インフォメーションネットワーク福島	30,000,000	4,500,000	4,500,000
			16	（株）松江情報センター	180,000,000	58,032,000	58,032,000
			16	（株）鳥取テレトピア	80,000,000	13,600,000	13,600,000
			16	札幌総合情報センター（株）	470,000,000	103,400,000	103,400,000
			17	伊万里情報センター（株）	140,000,000	29,517,600	3,122,000
国際協力機構	－	清算	18	日伯農業開発協力（株）	1,000,000,000	428,445,102	385,000,000	有	中期目標期間終了時に、その他の資金及び債権の回収額と合わせ、政令で定める金額を控除して国庫に納付することとなっている。なお、18年度の第1期中期目標期間の終了に伴い、総額81.1億円の回収額のうち51.7億円が国庫に納付されている。
			19				49,000,000
医薬基盤研究所	承継	清算	17	（株）バイオセンサー研究所	1,082,000,000	3,919,431	3,487,251	有	勘定廃止の際に残余財産がある場合、国庫に納付される（35年度末廃止予定）。 毎年度、損益計算において利益が生じたときは、前年度から繰り越した損失を埋め、なお残余があるときは、その90／100を国庫に納付することとなっているが、各年度とも損失を計上しているため、清算益を国庫に納付した実績はない。
			17	（株）サイトシグナル研究所	1,515,500,000	82,977,091	82,097,577
			17	（株）人工血管技術研究研究所	1,214,000,000	6,351,100	5,558,703
			17	（株）生体機能研究所	2,244,000,000	32,896,811	30,877,440
			17	（株）アドバンストスキンリサーチ研究所	1,749,000,000	1,834,262	1,958,845
			17	（株）カージオペーシングリサーチ・ラボラトリー	1,153,000,000	21,974,167	21,285,050
			17	（株）エイチ・エス・ピー研究所	1,653,100,000	27,795,037	28,423,010
			18	（株）アール・アール・エフ研究所	723,000,000	9,675,618	0
			19	（株）ベッセルリサーチ・ラボラトリー	1,003,000,000	1,937,094	500,014
			19	（株）ジェノックス創薬研究所	2,432,700,000	84,501,058	14,522,762
			19	（株）ビーエフ研究所	2,516,200,000	26,389,640	3,019,440
農業・食品産業技術総合研究機構	特例業務	清算	15	（株）ナーサリーテクノロジー	1,315,800,000	54,384,001	55,504,269	有	勘定廃止の際に残余財産がある場合、国庫に納付される（27年度末廃止予定）。
			15	（株）岩手バイオマス研究所	315,300,000	21,748,484	21,400,211
			15	（株）醸造資源研究所	804,300,000	59,048,014	59,006,556
			15	（株）水産種苗開発センター	365,300,000	20,484,480	20,313,290
			15	（株）シーテックス	450,000,000	61,759,584	61,577,028
			15	（株）加工米育種研究所	575,000,000	37,746,025	37,497,536
			15	（株）エヌティーサイエンス	519,000,000	72,110,850	71,237,947
			15	（株）農作物生育管理システム研究所	698,000,000	15,448,426	18,074,101
			15	（株）植物防御システム研究所	675,000,000	25,304,796	25,542,528
			15	（株）エス・エル・エー研究所	817,000,000	22,987,099	21,594,453
			15	（株）マリーン・テクノロジー研究所	741,000,000	1	0
			16	（株）環境緑化資源開発センター	576,400,000	40,983,439	39,449,481
			16	（株）岐阜免疫研究所	484,000,000	84,706,432	85,514,852
			16	（株）和歌山アグリバイオ研究センター	673,000,000	129,673,664	128,727,079
			16	（株）テクノ・グラフティング研究所	691,000,000	7,089,162	6,007,601
			16	（株）飼料作物改良増殖技術研究所	380,000,000	13,468,006	14,495,328
			16	（株）ワイエスニューテクノロジー研究所	734,000,000	80,918,228	78,987,776
			16	（株）エム・エー・ティー	488,000,000	9,264,829	10,532,593
			16	（株）アレルゲンフリー・テクノロジー研究所	519,000,000	8,163,346	7,699,521
			16	（株）機能水研究所	916,000,000	26,627,943	21,816,816
			16	（株）ネマテック	346,000,000	1	0
			17	（株）ジャパンターフグラス	696,000,000	1	1,609,848
			18	（株）北海道グリーンバイオ研究所	601,000,000	102,050,022	79,218,403
			18	（株）沖永良部球根バイオ研究所	315,900,000	41,012,463	24,174,343
			18	（株）海藻資源研究所	765,000,000	6,937,522	4,398,171
			18	（株）採種実用技術研究所	500,000,000	2,358,392	1,216,483
			18	（株）サン・バイオレックス	511,000,000	5,544,297	768,033
			19	（株）沖縄蘭研	814,000,000	143,632,006	32,889,132
			19	（株）ジャニフテック	449,000,000	5,459,050	12,340,508
			19	（株）ティーセル研究所	551,000,000	22,604,276	9,174,175
			19	（株）陸上養殖工学研究所	626,000,000	235,265,952	14,559,092
			19	（株）日本動物工学研究所	358,000,000	153,452,225	21,446,617
		売却	18	（株）機能性ペプチド研究所	371,000,000	1	3,710,000
			18	（株）果実非破壊品質研究所	522,000,000	522,000,000	120,000,000
			19	（株）レオロジー機能食品研究所	637,000,000	42,464,269	38,500,000
農畜産業振興機構	畜産	清算	18	（株）全国液卵公社	900,000,000	675,857,816	666,720,000	無	－
新エネルギー・産業技術総合開発機構	研究基盤出資経過	清算	17	（株）イオン工学センター	2,600,000,000	727,808,000	154,596,000	有	18年4月に勘定が廃止されており、残余財産として納付された33.6億円の一部として納付されている。
			17	（株）超高温材料研究センター	1,500,000,000	549,960,000	40,365,000
		売却	17	（株）鉱工業海洋生物利用技術研究センター	2,000,000,000	723,426,000	725,000,000
	鉱工業承継	売却	16	（株）熊本流通情報センター	300,000,000	35,655,198	35,655,198	有	勘定廃止の際に残余財産がある場合、国庫に納付される（25年度末廃止予定）。
			16	（株）旭川保健医療情報センター	477,000,000	83,137,306	83,137,306
			19	ウツミリサイクルシステムズ（株）	60,000,000	60,000,000	63,840,000
情報処理推進機構	地域事業出資業務	清算	17	（株）京都ソフトアプリケーション	400,000,000	292,125,895	361,040,000	無	－
中小企業基盤整備機構	施設整備等	清算	16	（株）香川産業頭脳化センター	600,000,000	517,978,836	520,845,650	無	－
			17	（株）弘前産業開発センター	600,000,000	576,917,715	564,022,232
	一般	清算	17	霧島温泉郷まちづくり（株）	100,000,000	64,720,408	10,000,000	無	－

国庫納付規定がある法人・勘定　5法人6勘定の計	47,222,500,000	5,331,895,801	3,153,083,367
国庫納付規定がない法人・勘定　4法人5勘定の計	4,500,000,000	3,158,031,744	2,673,144,160
合計	51,722,500,000	8,489,927,545	5,826,227,527

　４法人５勘定の２６億７３１４万円については、相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がない。このため、清算分配金や売却収入が関係会社株式の簿価を上回り利益を計上した場合の簿価に相当する額や、損失が発生した場合の収入に相当する額は、法人内部に留保されることになる。ただし、上記の利益は、各年度の損益計算の結果等にもよるが、中期目標期間の最終年度まで通則法第４４条第１項に規定する積立金として計上されて、その全部又は一部が将来、国庫に納付される可能性もある。
　また、上記の法人・勘定を除く５法人６勘定については、関係会社の清算や株式の売却により得られた清算分配金及び売却収入について、個別法等において勘定の廃止時に残余財産を国庫に納付するなどの規定が設けられている。このうち新エネルギー・産業技術総合開発機構の研究基盤出資経過勘定については、１８年４月の勘定廃止の際に清算分配金１億９４９６万円及び売却収入７億２５００万円、計９億１９９６万円が残余財産の一部として国庫に納付されたものとみなされるが、これ以外の５法人５勘定については、勘定が廃止されるまでの間は、現状では相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がない。
　なお、毎年度の損益計算において利益が生じたときに、前年度から繰り越した損失を埋め、なお残余がある場合は、その一部を国庫に納付する規定を設けているものが２法人２勘定あるが、両勘定とも繰越欠損金が多額なため、利益を国庫に納付した実績はない。
　上記について事例を示すと次のとおりである。

＜事例＞

＜事例＞

　なお、表３４に記載している関係会社への出資累計額は５１７億２２５０万円であるが、独立行政法人化の際に独法会計基準に基づく資産評価が行われたことにより、関係会社株式の簿価は８４億８９９２万円に減少している。そして、清算処理又は株式売却により最終的に得られた収入は５８億２６２２万円となっており、回収額は出資累計額の約９分の１になっている。

ｃ　独立行政法人移行時に承継した金融資産の状況

　特殊法人等から独立行政法人に移行した法人の中には、移行の際に、個別法の規定により、旧法人が保有していた現金・預金、有価証券等の金融資産を政府出資見合いの資産として承継しているものがある。
　これらが、法人の業務を確実に実施するために必要な資産として活用されているかどうかをみたところ、次のような事例が見受けられた。

＜事例＞

　以上のように、独立行政法人において、政府出資又は政府出資見合いの資産の処分等により発生している資金には多種多様のものがあるが、これらはいずれも、国費で取得するなどした資産の処分等により得られた収入等であるにもかかわらず、相応の減資を行って政府出資金を国庫に納付する規定がないため、多額の資金が引き続き法人内部に留保されることとなる。したがって、これらの資金について国庫に納付することが可能となるよう、減資に関する立法措置が必要である。
　上記について、政府は、独立行政法人が国費で取得した不要財産の国庫納付を義務付けて、これに伴う減資等について所要の規定を設けるなどのため、２０年４月に、通則法の改正案を閣議決定した上、国会に提出している。したがって、こうした動きも踏まえて、上記の資金についての国庫納付の状況を注視していくこととする。