会計検査院は、国の収入支出の決算等を検査した。その結果、決算を確認したものなどは次のとおりである。
会計検査院は、下記の決算額を確認した。
| 円 | ||
| 歳入 | 89,208,229,535,617 | |
| 歳出 | 84,697,395,043,011 | 
会計検査院は、下記の特別会計の決算額を確認した。
| 所管及び会計名 | 歳入 | 歳出 | ||
| 円 | 円 | |||
| 内閣府、総務省及び財務省 | ||||
| 交付税及び譲与税配付金 | ||||
| 交付税及び譲与税配付金勘定 | 51,127,046,587,480 | 50,502,918,048,898 | ||
| 交通安全対策特別交付金勘定 | 80,265,787,634 | 74,277,931,178 | ||
| 法務省 | ||||
| 登記 | 189,413,890,815 | 161,915,485,435 | ||
| 財務省 | ||||
| 地震再保険 | 65,358,040,887 | 76,013,522 | ||
| 国債整理基金 | 194,751,644,107,431 | 178,284,150,260,979 | ||
| 財政投融資 | ||||
| 財政融資資金勘定 | 42,586,889,024,147 | 40,284,621,052,962 | ||
| 投資勘定 | 246,719,184,221 | 171,926,759,486 | ||
| 外国為替資金 | 3,924,804,961,344 | 548,704,415,180 | ||
| 財務省及び国土交通省 | ||||
| 特定国有財産整備 | 192,150,366,631 | 73,042,614,394 | ||
| 文部科学省、経済産業省及び環境省 | ||||
| エネルギー対策 | ||||
| エネルギー需給勘定 | 2,288,852,738,138 | 2,035,847,866,065 | ||
| 電源開発促進勘定 | 383,974,872,868 | 346,147,152,005 | ||
| 厚生労働省 | ||||
| 国立高度専門医療センター | 169,874,955,887 | 152,437,826,476 | ||
| 労働保険 | ||||
| 労災勘定 | 1,447,405,042,202 | 1,083,402,587,240 | ||
| 雇用勘定 | 2,812,603,398,629 | 2,028,744,457,944 | ||
| 徴収勘定 | 3,674,833,619,095 | 3,641,299,722,378 | ||
| 船員保険 | 67,391,644,100 | 63,360,747,506 | ||
| 年金 | ||||
| 基礎年金勘定 | 20,844,806,031,564 | 19,252,584,958,556 | ||
| 国民年金勘定 | 5,414,434,546,478 | 5,834,378,289,878 | ||
| 厚生年金勘定 | 36,421,701,918,861 | 36,107,751,976,667 | ||
| 福祉年金勘定 | 9,439,410,148 | 9,367,275,648 | ||
| 健康勘定 | 8,810,507,623,702 | 8,175,814,970,949 | ||
| 児童手当勘定 | 484,656,523,676 | 462,011,670,728 | ||
| 業務勘定 | 534,586,146,786 | 463,376,949,630 | ||
| 農林水産省 | ||||
| 食料安定供給 | ||||
| 農業経営基盤強化勘定 | 19,504,536,996 | 13,630,906,080 | ||
| 農業経営安定勘定 | 210,165,606,159 | 175,316,620,471 | ||
| 米管理勘定 | 635,290,464,899 | 632,305,636,270 | ||
| 麦管理勘定 | 466,403,772,640 | 460,691,486,078 | ||
| 業務勘定 | 13,746,669,575 | 13,746,669,575 | ||
| 調整勘定 | 1,275,055,488,724 | 1,238,471,099,952 | ||
| 国営土地改良事業勘定 | 119,127,694,155 | 108,097,652,753 | ||
| 農業共済再保険 | ||||
| 再保険金支払基金勘定 | 21,766,956,836 | 0 | ||
| 農業勘定 | 14,921,928,044 | 6,693,212,667 | ||
| 家畜勘定 | 45,622,340,113 | 31,982,291,316 | ||
| 果樹勘定 | 5,913,567,775 | 1,380,025,600 | ||
| 園芸施設勘定 | 4,311,667,547 | 2,147,815,067 | ||
| 業務勘定 | 963,067,579 | 963,067,558 | ||
| 森林保険 | 11,067,376,098 | 2,751,726,923 | ||
| 国有林野事業 | 459,061,651,806 | 451,002,304,632 | ||
| 漁船再保険及び漁業共済保険 | ||||
| 漁船普通保険勘定 | 7,253,627,864 | 6,806,737,728 | ||
| 漁船特殊保険勘定 | 47,097,681 | 0 | ||
| 漁船乗組員給与保険勘定 | 12,230,001 | 0 | ||
| 漁業共済保険勘定 | 8,135,429,854 | 7,771,568,175 | ||
| 業務勘定 | 963,560,057 | 963,559,059 | ||
| 経済産業省 | ||||
| 貿易再保険 | 219,309,629,362 | 64,983,719,737 | ||
| 特許 | 307,267,894,226 | 109,486,180,400 | ||
| 国土交通省 | ||||
| 社会資本整備事業 | ||||
| 治水勘定 | 1,390,023,431,705 | 1,184,409,600,468 | ||
| 道路整備勘定 | 4,557,516,618,392 | 3,699,582,242,803 | ||
| 港湾勘定 | 379,685,707,874 | 346,034,636,282 | ||
| 空港整備勘定 | 630,647,213,849 | 584,186,055,893 | ||
| 業務勘定 | 262,386,257,902 | 225,141,330,157 | ||
| 自動車安全 | ||||
| 保障勘定 | 79,060,234,605 | 17,432,223,905 | ||
| 自動車検査登録勘定 | 50,002,582,967 | 39,608,482,293 | ||
| 自動車事故対策勘定 | 14,935,114,690 | 14,477,939,756 | ||
| 計 | 387,739,529,842,699 | 359,198,223,825,302 | ||
会計検査院は、下記の受払額を検査完了した。
| 円 | |||
| 受入 | 収納済額 | 56,185,781,796,814 | |
| 支払 | 支払命令済額 | 10,474,898,545,353 | |
| 歳入組入額 | 45,053,497,194,837 | 
会計検査院は、下記の政府関係機関の決算額を検査完了した。
| 政府関係機関名 | 収入 | 支出 | |
| 円 | 円 | ||
| 国民生活金融公庫 | 86,809,642,807 | 66,474,937,088 | |
| 農林漁業金融公庫 | 35,222,927,574 | 38,806,265,859 | |
| 中小企業金融公庫 | 215,570,347,611 | 393,302,069,446 | |
| 公営企業金融公庫 | 314,934,016,134 | 161,453,217,489 | |
| 沖縄振興開発金融公庫 | 27,374,557,566 | 23,244,446,959 | |
| 日本政策投資銀行 | 161,588,625,701 | 121,075,530,476 | |
| 国際協力銀行 | 312,417,818,542 | 208,061,825,206 | |
| 株式会社日本政策金融公庫 | |||
| 国民一般向け業務 | 87,092,572,764 | 65,556,229,173 | |
| 農林水産業者向け業務 | 58,675,617,598 | 41,988,417,434 | |
| 中小企業者向け業務 | 64,950,440,184 | 38,337,463,029 | |
| 信用保険等業務 | 156,795,571,460 | 434,066,303,332 | |
| 国際協力銀行業務 | 176,225,631,147 | 153,975,153,862 | |
| 危機対応円滑化業務 | 598,754,894 | 428,242,194 | |
| 独立行政法人国際協力機構 有償資金協力部門 | 126,586,396,203 | 37,966,108,239 | |
| 計 | 1,824,842,920,185 | 1,784,736,209,786 | |
会計検査院が一般会計歳入歳出決算の金額と日本銀行の提出した計算書の金額を対照したところ符合していた。
会計検査院が特別会計歳入歳出決算の金額と日本銀行の提出した計算書の金額を対照したところ符合していた。
平成20年度における予備費使用決定額については、すべて国会の承諾を受ける手続を了している。また、21年度における予備費使用決定額で国会の承諾を受ける手続を採っていないものは、21年10月21日現在で次のとおりである。
| 平成21年度分 | |
| 1 一般会計 | |
| 所管 | 使用決定額 | 
| 千円 | |
| 総務省 | 3,510,011 | 
| 厚生労働省 | 49,776,860 | 
| 農林水産省 | 1,478,920 | 
| 防衛省 | 1,911,512 | 
| 計 | 56,677,303 | 
| 2 特別会計 | |
| (該当なし) | |