平成２０年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 | （組織）農林水産本省 | （項）農地等保全管理事業費 |
| 部局等 | 農林水産本省 | ||
| 補助の根拠 | 予算補助 | ||
| 補助事業者 （事業主体） |
全国土地改良事業団体連合会等 | ||
| 補助事業 | 土地改良施設維持管理適正化 | ||
| 補助事業の概要 | 全国土地改良事業団体連合会が土地改良施設整備補修のための資金を造成して管理運営するとともに、この資金を利用して土地改良区等が土地改良施設の定期的な整備補修を行うもの | ||
| 平成19年度末の運用益残額 | 6142万余円
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| 上記のうち国庫補助金に係る運用益相当額 | 1701万円
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標記について、会計検査院法第３６条の規定により、下記のとおり改善の処置を要求する。
貴省は、土地改良区等土地改良施設管理者の管理意識の高揚を図るとともに、土地改良施設の機能の保持と耐用年数の確保に資することを目的として、土地改良施設維持管理適正化事業実施要綱（昭和５２年５２構改Ｂ第６００号農林事務次官依命通知）等に基づき、昭和５２年度以降、土地改良施設維持管理適正化事業（以下「適正化事業」という。）を実施している。
適正化事業は、全国土地改良事業団体連合会（以下「全土連」という。）が土地改良施設維持管理適正化資金（以下「適正化資金」という。）を造成して管理運営するとともに、土地改良区等が適正化資金からの交付金を事業費の一部として、揚水機、水門等の土地改良施設の定期的な整備補修を行うものである。適正化資金は、土地改良区等が行う土地改良施設の整備補修に要する経費（以下「整備補修費」という。）の１０分の９に相当する額を賄うものであり、国庫補助金及び都道府県土地改良事業団体連合会（以下「都道府県土連」という。）からの拠出金（土地改良区等からの拠出金と都道府県からの補助金から成っている。）を財源としている。
また、適正化事業に要する事務費については、国庫補助金及び都道府県土連からの事務費賦課金により支弁されることとなっている。
そして、貴省は、適正化資金の財源及び適正化事業に要する事務費について、全土連に対して土地改良施設維持管理適正化事業費補助金（以下「適正化補助金」という。）を交付している。その補助率は、適正化資金の財源については造成額の３分の１以内、適正化事業に要する事務費については整備補修費の総額に１００分の２．８５を乗じて得た額の２分の１以内としている。
全土連は、毎年度、造成した適正化資金を財源として、適正化事業交付金（以下「適正化交付金」という。）を、都道府県土連を経由して土地改良区等に交付している。なお、適正化事業の対象となる土地改良施設の整備補修は、揚水機のオーバーホール、水門の塗装等、１地区当たりの整備補修費が２００万円以上となり、数年に１回行うような土地改良施設の定期的な整備補修とされている。
また、貴省は、適正化補助金について、毎年度、額の確定を行い、その結果過大に交付されていた額については国庫に納付させている。
一方、全土連は、適正化交付金を都道府県土連に交付するまでの間、適正化資金、事務費に係る国庫補助金、事務費賦課金等（以下、これらを「適正化資金等」という。）の一部を定期預金等により運用して、その際に生ずる利息（以下「運用益」という。）を、農村振興局長の承認を受けた「全国土地改良事業団体連合会土地改良施設維持管理適正化資金拠出約款」（以下「拠出約款」という。）に基づき事務費の不足分に充当することとしている。
そして、平成１８、１９両年度における適正化事業の事業費は１０８億８０３８万余円（国庫補助金３６億８２３７万余円）及び１０５億４４５１万余円（同３５億６８７４万余円）、運用益は１５６０万余円及び２３４６万余円、運用益から事務費に充当された額は９３４万余円及び９５１万余円となっている。
貴省及び全土連において、経済性等の観点から、適正化資金等の運用益が適切に取り扱われているかなどの点に着眼して、１８、１９両年度の適正化資金等の管理運営状況を対象として、実績報告書、適正化資金の収入支出決算書等の書類を精査することなどにより会計実地検査を行った。
検査したところ、次のような事態が見受けられた。
すなわち、前記のとおり、全土連は、毎年度、適正化資金等を定期預金等により運用して、この運用益を拠出約款に基づき事務費の不足分に充当していたが、充当後の残額については、別途管理を行っていた（以下、別途管理していた運用益の残額を「運用益残額」という。）。そして、運用益が事務費の不足分を上回る年度には、その残額を運用益残額に繰り入れて、逆に運用益が事務費の不足分を下回る年度には、その差額を運用益残額から取り崩して事務費に充当するなどして、毎年度運用益残額の管理を継続しており、１９年度末における運用益残額は６１，４２４，２１４円となっていた。
しかし、貴省は、この運用益残額の管理状況について、全土連から報告させることとしていなかった。適正化補助金は、毎年度、額の確定を行い、その結果過大に交付されていた額については国庫に納付させているのであるから、事務費の不足分に充当した後の残額のうち適正化補助金に係る運用益相当額についても、毎年度国庫に納付させることが適切であると認められる。
１８、１９両年度の運用益に占める適正化補助金の比率を、定期預金等への預入時点における預入額に占める割合等を基に算出すると、２７．７％となる。そして、この率を用いて前記の運用益残額６１，４２４，２１４円のうち適正化補助金に係る運用益相当額を算定すると、１７，０１４，５０７円となる。
上記のように、全土連が、適正化資金等の運用益の残額のうち国庫補助金に係る運用益相当額を国庫に納付せず保有している事態は適切ではなく、改善を図る要があると認められる。
このような事態が生じていたのは、貴省において運用益についての取扱いを十分に定めていないこと、運用益残額の管理状況を十分に把握していないことなどによると認められる。
貴省は、今後とも全土連に適正化資金等を造成させるなどして、適正化事業を実施することとしており、運用益も引き続き生ずることが見込まれる。
ついては、貴省において、適正化事業に係る適正化資金等の管理運営をより適切に実施することができるよう、適正化資金等の運用益の収支状況及び使途を報告させて、運用益残額のうち適正化補助金に係る運用益相当額については国庫に納付させることとするなど、運用益についての具体的な取扱いを定めて、これを全土連に通知してその周知徹底を図るなどの改善の処置を要求する。
本院は、農林水産省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、農林水産省は、本院指摘の趣旨に沿い、全土連に対して通知を２０年１１月に発出して、適正化資金等の運用益の収支状況及び使途を報告させるとともに、運用益残額のうち適正化補助金に係る運用益相当額については国庫に納付させることとして、その周知徹底を図る処置を講じていた。そして、上記の通知に基づき、全土連は、適正化資金等の運用益の収支状況及び使途を同省に報告するとともに、運用益残額のうち適正化補助金に係る運用益相当額を国庫に納付していた。