還付金が高額となっている申告について他の還付申告と区分するなどして支払事務に要する日数を短縮することなどにより、還付加算金の節減を図るよう国税庁長官に対して改善の処置を要求したもの

２　本院の検査結果

（検査の観点及び着眼点）

　貴庁が支払った還付加算金を含む還付金支払決定済額は、１７年度５兆９７０５億余円、１８年度７兆１２１５億余円、１９年度７兆５４２３億余円となっていて、年々増加している。
　そして、前記のとおり、還付加算金は、支払までの日数に応じて還付金の額に一定の割合を乗じて計算されるものであることから、還付金が高額であるほど、また、支払事務に多くの日数を要するほど多額となる。
　そこで、経済性等の観点から、還付申告に係る支払事務に要する日数が長期間となっているものについて、税務署等における還付金の支払事務等が適切に行われているかなどに着眼して検査を実施した。

（検査の対象及び方法）

　還付金支払決定済額の多い源泉所得税、法人税及び消費税について、全５２４税務署が２０年１月から１２月までの間に支払った還付金のうち、法人の還付申告書により生じた１件３００万円を超える還付金（還付加算金を含む。）を対象として、計算証明規則（昭和２７年会計検査院規則第３号）に基づき提出された国税収納金整理資金支払命令額計算書及び同計算書証拠書類により検査した。
　また、３国税局及び３８税務署において会計実地検査を行い、還付金の支払事務の実態を確認するとともに、貴庁に対して調査、報告及び関係資料の提出を求めるなどして検査した。

（検査の結果）

　検査したところ、次のような事態が見受けられた。
　５２４税務署が支払った上記の検査の対象とした還付金の件数、金額及びそのうちの還付加算金の金額は、表１のとおり、支払件数計７６，２７７件、還付金計４兆１８１１億８３８２万余円、還付加算金計３３８億２５４０万余円となっている。
　そして、上記の検査の対象とした還付金のうち、高額還付金（本院において、国税局等別に１税務署当たりの還付処理件数を勘案して設定した１件当たり一定金額（注２） 以上の還付金）は、表１のとおり、支払件数計１，１５７件、還付金計２兆１１９８億５６３７万余円、還付加算金計１１８億５２６１万余円となっていて、その割合は件数比では１．５％と低いものの、金額比では３５．０％と３分の１を上回るものとなっている。
　そこで、高額還付金について、支払事務の状況や還付保留の解除の状況について検査した。

（１）　高額還付金の支払事務に要した日数

　高額還付金の支払事務に要した日数を検査したところ、表２のとおりとなっている。

　高額還付金の支払事務に要した日数は、１０日以内のものが１３４件（１１．５％）、１１日以上のものが１，０２３件（８８．４％）となっていて、平均２３日となっている。
　多くの税務署では、高額還付金があっても他の還付申告と区分することなく、申告書の受付順に５０件程度のバッチに取りまとめて支払事務を行っているが、一方、高額還付金に係る申告を他の還付申告と区分して支払事務を行っている税務署もみられた。
　高額還付金に係る申告を他の還付申告と区分することなく支払事務を行っている事例を示すと次のとおりである。

＜事例＞

　麹町税務署は、Ａ株式会社の消費税の還付金の還付申告書を法定申告期限の平成２０年６月２日に受け付けた。
　賦課部門は、その還付申告に係る整理表を他の還付申告と区分することなく通常どおり５０件程度のバッチに取りまとめてから、ＯＣＲによりデータ入力を行い、受付から３日後の同月５日に管理部門に整理表を送った。
　そして、管理部門は、還付金照合リストと当該整理表の照合等に１２日間を要して、同月１７日に照合等を終えたが、他の還付金の支払に併せて支払うこととしていたため、Ａ株式会社の照合等が終了してから１０日後の同月２７日に２５日分の還付加算金を含む還付金を他の還付金の支払と併せて支払った。

　一方、高額還付金に係る申告を他の還付申告と区分して支払事務を行っている参考事例を示すと次のとおりである。

＜参考事例＞

　直方税務署は、Ｂ株式会社の消費税の還付金の還付申告書を法定申告期限の平成２０年６月２日に受け付けた。
　賦課部門は、通常、整理表を５０枚程度のバッチとして取りまとめてからＯＣＲによりデータ入力を行うところ、Ｂ株式会社の還付申告金額が多額であることなどから、その還付申告書の整理表１件を他の還付申告と区分して、速やかにデータ入力を行い、受付の翌日の同月３日に管理部門に整理表を送った。
　そして、管理部門は、還付金照合リストと当該整理表との照合等を速やかに行い、３日後の同月６日に４日分の還付加算金を含む還付金を支払った。

　高額還付金に係る申告については、他の還付申告に比べて同じ支払事務１件でも還付加算金の額が多額となることから、他の還付申告と区分して支払事務を行うことによりその日数を短縮することで、還付加算金を節減することが可能であると認められる。

（２）　上場法人等及び輸出業者の還付申告に係る審査

　高額還付金のうち、上場法人等に係る申告の状況は８５８件、還付金計１兆８７４９億３４６４万余円、還付加算金計９２億９６８４万余円となっており、高額還付金の大宗を占めている。
　上場法人等の還付申告については、前記のとおり、２０年５月から還付保留を解除するための審査を簡素化していることから、審査に要する日数を短縮することができ、これにより支払事務に要する日数をより短縮することが可能であると認められる。
　また、消費税に係る高額還付金のうち、上場法人等を除く輸出業者で課税期間が１か月及び３か月のものは５６件、還付金計４５１億５７４０万余円、還付加算金計１億２６３５万余円となっている。
　消費税の課税期間を１か月（年１２回申告）又は３か月（年４回申告）としている輸出業者の還付申告については、還付の理由が輸出による免税であることが明らかであることから、還付保留を解除するための審査に要する日数を短縮することができ、これにより支払事務に要する日数を短縮することが可能であると認められる。

（３）　還付保留解除の迅速化

　高額還付金で還付保留となっていたもののうち、還付申告書（電子）以外の還付申告書の受付から還付保留の解除決定までの日数が確認できた１２１件について、支払事務に要した日数を検査したところ、平均で３０日となっており、このうち、賦課部門において整理表のデータ入力を行ってから還付保留の解除までに要した日数は平均で１６日となっていた。
　還付保留を解除するための審査は、月次処理により出力された調査票等に基づき行われていることから、整理表のデータ入力を行ってから月次処理までの間は還付保留を解除するための審査ができないこととなり、その日数は平均で３日となっていた。
　前記のとおり、貴庁は、２０年５月から、還付申告書（電子）の還付保留に係るものについては、月次処理を待つことなく随時に調査票等を出力できるようにＫＳＫシステムを変更するなどして還付保留解除の迅速化を図っていることから、還付申告書（電子）以外の通常の還付申告に係る還付保留についても同様の取扱いとすることにより、還付保留を解除するまでの日数を短縮することが可能であると認められる。

　上記（１）、（２）及び（３）のことから、還付金額が高額な申告、特に上場法人等の還付申告や輸出業者の消費税に係る還付申告については、他の還付申告と区分して支払事務を行うことにより、また、還付保留となったものについては、保留解除までの日数を短縮することにより、支払事務に要する日数を短縮することが可能であると認められ、ひいては還付加算金を節減することが可能であると認められる。
　そこで、支払事務に要する日数が１１日以上の高額還付金１，０２３件に係る還付加算金１０８億５１７０万余円について、その支払事務に要する日数を、１０日（注３） として計算すると、還付加算金の額は計８０億６２２８万余円となり、２７億８９４２万余円節減できたと認められる。

（改善を必要とする事態）

　還付加算金は、所定の日の翌日から還付金の支払決定日までの日数に応じて加算される利子に相当するものであり、還付金額が高額であるほど、また、支払事務に要する日数が長くなるほど多額となる。
　したがって、還付金額が高額な申告、特に上場法人等の還付申告や輸出業者の消費税に係る還付申告を他の還付申告と区分していないことなどから支払事務に多くの日数を要していて、その結果、還付加算金を多額に支払っている事態は適切とは認められず、改善の要があると認められる。

（発生原因）

　このような事態が生じているのは、貴庁において、還付金額が高額な申告を他の還付申告と区分して支払事務を短縮するよう、国税局等及び税務署に対して指導及び監督を十分に行っていないこと、また、還付金額が高額なもので還付保留となった申告に係る調査票等を月次処理による出力としているなどのため、還付保留の解除までに日数を要していることなどによると認められる。