平成２２年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 | （組織）農林水産本省 | |
| （項） | 食品産業競争力強化対策費（平成19年度以前は、（項）総合食料対策費） | ||
| （項） | 食の安全・消費者の信頼確保対策費（平成19年度以前は、（項）総合食料対策費） | ||
| （項） | 国産農畜産物競争力強化対策費（平成19年度以前は、（項）水田農業構造改革対策費） | ||
| （項） | 担い手育成・確保対策費 | ||
| （項） | 農業・食品産業強化対策費 | ||
| （項） | 農業構造改善対策費 | ||
| （項） | 農地等整備・保全推進費（平成19年度以前は、（項）農村振興費） | ||
| （項） | 海岸事業費 | ||
| （項） | 農業生産基盤整備・保全事業費（平成19年度以前は、（項）農業生産基盤整備事業費、（項）農地等保全管理事業費） | ||
| （項） | 農村振興費 | ||
| （項） | 農村整備事業費 | ||
| （項） | 農山漁村活性化対策費 | ||
| （項） | 離島振興事業費 | ||
| （項） | 農林漁業用揮発油税財源身替農道整備事業費 | ||
| （組織）林野庁 | |||
| （項） | 治山事業費 | ||
| （項） | 森林環境保全整備事業費 | ||
| （項） | 森林居住環境整備事業費 | ||
| （組織）水産庁 | |||
| （項） | 水産物安定供給対策費 | ||
| （項） | 水産業振興費 | ||
| 食料安定供給特別会計（農業経営基盤強化勘定） | |||
| （項） | 農業経営基盤強化事業費（平成19年度は、（項）農地保有合理化促進対策費） | ||
| （米管理勘定） | |||
| （項） | 米管理費 | ||
| 平成18年度以前は、 | |||
| 食糧管理特別会計（国内米管理勘定） | |||
| （項） | 国内米管理費） | ||
| 部局等 | 農林水産本省、林野庁、水産庁、6農政局 | ||
| 補助等の根拠 | 土地改良法（昭和24年法律第195号）、森林法（昭和26年法律第249号）等 | ||
| 補助事業者等 （事業主体） |
県11、団体35、計46補助事業者等（県3、団体32、計35事業主体） | ||
| 間接補助事業者等 （事業主体） |
市6、町3、団体2、その他18、計29間接補助事業者等（市3、町3、団体1、その他18、計25事業主体） | ||
| 補助事業等 | 中山間地域等直接支払交付金事業、農業・食品産業強化対策整備事業等 | ||
| 事業費の合計 | 45,914,635,296円 | ||
| 上記に対する国庫補助金等交付額の合計 | 24,644,437,637円 | ||
| 不当と認める事業費の合計 | 1,175,217,865円 | ||
| 上記に対する不当と認める国庫補助金等相当額の合計 | 500,546,690円 | ||
農林水産省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性、有効性等の観点から、４４都道府県及びその管内の１，１３０市町村等並びに４０２団体において、実績報告書、設計図面等の書類によるなどして会計実地検査を行った。また、上記のほか、５団体について、実績報告書等の書類により書面検査を行った。
その結果、３県、１３県管内の２４市町等及び３２団体計５９事業主体（うち補助事業者等と間接補助事業者等の両方に該当するものが1事業主体ある。）が実施した中山間地域等直接支払交付金事業、農業・食品産業強化対策整備事業等に係る国庫補助金５００，５４６，６９０円が不当と認められる。
これを不当の態様別に示すと次のとおりである。
（１） 補助対象事業費を過大に精算していたもの
（２） 補助の対象とならないなどのもの
（３） 補助金を過大に受給するなどしていたもの
（４） 補助の対象とならないもの及び補助金の交付額の算定が適切でなかったもの
（５） 事業の一部を実施していなかったもの及び補助の対象とならないもの
（６） 補助事業に係る国の事務が適正でなかったもの
（７） 工事の設計が適切でなかったもの
（８） 補助の目的を達していなかったもの
（９） 事業の一部を実施していなかったもの及び補助対象事業費を過大に精算していたもの
（１０） 補助の目的外に使用していたもの
（１１） 事業の一部を実施していなかったもの
（１２） 補助の対象とならないもの及び補助の目的を達していなかったもの
また、不当の態様別・事業主体別に掲げると次のとおりである。