平成２２年度決算検査報告
| 部局等 | 補助事業者等 | 間接補助事業者等 （事業主体） |
補助事業等 | 年度 | 事業費 （国庫補助対象事業費） |
左に対する国庫補助金等交付額 | 不当と認める事業費 （国庫補助対象事業費） |
不当と認める国庫補助金等相当額 | |
| 千円 | 千円 | 千円 | 千円 | ||||||
| （359） | 国土交通本省 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 | 社団法人鉄道建築協会 | 鉄道駅耐震補強 | 18〜22 | 5,464,445 （5,464,445） |
1,817,937 | 42,922 （42,922） |
14,280 |
この補助事業は、社団法人鉄道建築協会（以下「協会」という。）が、８鉄道事業者が運営する鉄道の駅の耐震補強を行うために、駅の建築物、こ線橋等にブレース（注）
等の耐震施設を設置するなどの工事を工事費計５，４６４，４４５，２１１円（国庫補助金１，８１７，９３７，４１４円）で鉄道事業者に委託して実施したものである。
本件委託工事は、耐震施設を設置する工事（以下「施設設置工事」という。）とこれに伴い支障となる既存の鉄道施設の移設等を行う工事（以下「移設等工事」という。）からなっている。
そして、委託工事費の算定に当たっては、施設設置工事に要する費用（以下「施設設置工事費」という。）と移設等工事に要する費用（以下「移設等工事費」という。）を区分することなく、これらを合わせた５，２３１，３５４，１８６円に、この額を課税対象とするなどして算定した消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）相当額２３３，０９１，０２５円を加算していた。
しかし、上記のうち移設等工事費については、鉄道事業者が所有する鉄道施設に係る工事費を協会が負担するものであり、工事を行った後の資産は鉄道事業者に帰属するものであることから、消費税法（昭和６３年法律第１０８号）上の資産の譲渡等の対価に該当せず、消費税の課税対象外として処理しなければならないものである。
したがって、施設設置工事費と移設等工事費を区分すると、施設設置工事費は４，０６１，５４８，３８４円、移設等工事費は１，１６９，８０５，８０２円となり、これに施設設置工事費に係る消費税相当額１９０，１６８，２５９円を加えて適正な委託工事費を算定すると計５，４２１，５２２，４４５円となることから、前記の委託工事費計５，４６４，４４５，２１１円は４２，９２２，７６６円が過大となっており、これに係る国庫補助金相当額１４，２８０，２７０円が不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、協会において、委託工事費の算定に当たり、移設等工事費に係る消費税の取扱いについての理解が十分でなかったことなどによると認められる。