平成２２年度決算検査報告
補助事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していなかったもの［環境本省］（３８１）（３８２）
| 補助事業者 (事業主体) |
補助事業等 | 年度 |
|
左に対する国庫補助金等交付額 |
|
不当と認める国庫補助金等相当額 | |||||
| 千円 | 千円 | 千円 | 千円 | ||||||||
| (381) | 日産自動車株式会社 | 二酸化炭素排出抑制対策 | 20 | 414,424 (379,381) |
189,690 | 18,065 (18,065) |
9,032 | ||||
| (382) | 株式会社横浜国際平和会議場 | 同 | 20 | 52,489 (45,347) |
22,673 | 2,159 (2,159) |
1,079 | ||||
| (381)(382)の計 | 466,913 (424,728) |
212,363 | 20,225 (20,225) |
10,112 | |||||||
これらの補助事業は、ヒートアイランド現象（注）
の緩和を図ることを目的として、二酸化炭素排出抑制対策事業費等補助金（水・大気環境分野［民間団体］）のクールシティ中枢街区パイロット事業により、事業主体の有する建築物等に対して屋上緑化等を実施したものである。そして、これらの補助事業においては、補助対象事業費に補助事業で取得した設備等に係る消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）が含まれていた。
消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務を生ずるが、生産及び流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」という。）する仕組みが採られている。
そして、補助事業の事業主体が補助対象の設備等を取得することなども課税仕入れに該当して、上記の仕組みにより確定申告の際に補助事業で取得した設備等に係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は当該設備等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、補助金の交付要綱により、補助事業完了後に消費税の確定申告により仕入税額控除した消費税額に係る補助金の額が確定したときには、その金額を速やかに環境大臣に報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととされている。
しかし、２事業主体は、消費税の確定申告の際、本件補助事業に係る消費税額計２０，２２５，１６３円を仕入税額控除していたのに、これに係る国庫補助金相当額計１０，１１２，５２３円についての所要の報告及び返還を行っておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、２事業主体において補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、環境省において補助事業における消費税の取扱いについての指導及び審査が十分でなかったことなどによると認められる。