平成２３年度決算検査報告
法人税法では、期末における資本金等の額が１億円以下の普通法人（以下「中小企業者」という。）については、当該事業年度の所得金額のうち８００万円以下の部分の金額に対する法人税率は、中小企業者のぜい弱な資金調達能力や零細な事業規模を踏まえて、中小企業者は担税力が弱いという理由から特例が適用されている。しかし、多額の所得があり、担税力が弱いとは必ずしも認められない中小企業者に対しても、一律に法人税率の特例が適用されている事態が見受けられた。 一方、財務省及び経済産業省において、法人税率の特例が有効に機能しているかについて、法人の所得金額の状況から検証することは行われていなかった。
したがって、財務省及び経済産業省において、中小企業者に対する法人税率の特例の適用範囲について検討を行うなどの措置を講ずるよう、財務大臣及び経済産業大臣に対して平成２２年１０月に、会計検査院法第３６条の規定により意見を表示した。
本院は、財務本省及び経済産業本省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、財務省及び経済産業省は、本院指摘の趣旨に沿い、中小企業者に対する法人税率の特例の適用範囲について検討するために、次のような処置を講じていた。
ア 財務省は、本院が表示した意見を税制調査会に示して、税制調査会はこれを検討事項としていた。 そして、税制調査会で検討が行われた結果、平成２３年度税制改正大綱（平成２２年１２月１６日閣議決定）において、経済産業省が中小企業者に対する法人税率の特例の適用実態を精査した上で、２４年度税制改正において更に検討することとされた。
イ 経済産業省は、当該大綱を受けて、中小企業者に対する法人税率の特例の効果の検証を行うために、２３年６月から８月にかけて、所得の状況からみた中小企業者の実態等の調査を行い、この調査結果を踏まえて、法人税率の特例の適用実態を精査するとともに、中小企業者に対する法人税率の特例について検討して、その結果を同年１１月に税制調査会に報告した。 また、財務省は、当該検討結果について確認等を行った。
そして、この検討結果に基づく税制調査会での議論を踏まえて、平成２４年度税制改正大綱（平成２３年１２月１０日閣議決定）において、中小企業者に対する法人税率の特例の適用範囲の見直しについては、企業の予測可能性にも留意しつつ、所得金額のみならず、各種指標による中小企業者の定義付けの可能性も含めて、その在り方について引き続き検討することとされた。