平成２３年度決算検査報告
| 会計名及び科目 | 一般会計 | （組織）農林水産本省 | |
| （項） | 総合食料対策費 | ||
| （項） | 食品産業競争力強化対策費 | ||
| （項） | 食の安全・消費者の信頼確保対策費（平成19年度以前は、（項）総合食料対策費） | ||
| （項） | 国産農畜産物競争力強化対策費 | ||
| （項） | 担い手育成・確保対策費（平成19年度は、（項）農業・食品産業強化対策費） | ||
| （項） | 農業・食品産業強化対策費 | ||
| （項） | 農業経営対策費 | ||
| （項） | 農業経営支援対策費（平成19年度以前は、（項）農業保険費） | ||
| （項） | 農業生産基盤整備・保全事業費（平成19年度以前は、（項）農業生産基盤整備事業費） | ||
| （項） | 農村振興費 | ||
| （項） | 農山漁村活性化対策費（平成21年度は、（項）農村振興費） | ||
| （項） | 農村整備事業費 | ||
| （項） | バイオマス利用等対策費 | ||
| （項） | 沖縄開発事業費 | ||
| （項） | 地域活性化・公共投資推進費 | ||
| （組織）林野庁 | |||
| （項） | 森林整備・保全費 | ||
| （項） | 治山事業費 | ||
| （項） | 森林整備事業費 | ||
| （項） | 森林整備・林業等振興対策費 | ||
| （項） | 沖縄開発事業費 | ||
| （組織）水産庁 | |||
| （項） | 水産業振興費 | ||
| （項） | 漁港施設費 | ||
| 食料安定供給特別会計（農業経営基盤強化勘定） | |||
| （項） | 農業経営基盤強化事業費（平成19年度は、（項）農地保有合理化促進対策費） | ||
| 平成18年度以前は、 | |||
| 農業経営基盤強化措置特別会計 | |||
| （項） | 農地保有合理化促進対策費 | ||
| 部局等 | 農林水産本省、林野庁、水産庁、6農政局、沖縄総合事務局 | ||
| 補助等の根拠 | 農業災害補償法（昭和22年法律第185号）、森林法（昭和26年法律第249号）等 | ||
| 補助事業者等 （事業主体） |
県12、市1、団体16、その他2、計31補助事業者等（県4、市1、団体12、その他2、計19事業主体） | ||
| 間接補助事業者等 （事業主体） |
市4、町3、団体4、その他21、計32間接補助事業者等（市2、町2、団体3、その他21、計28事業主体） | ||
| 補助事業等 | 農業共済事業事務費負担金事業、森林整備加速化・林業再生基金事業等 | ||
| 事業費の合計 | 17,467,956,020円 | ||
| 上記に対する国庫補助金等交付額の合計 | 15,466,883,953円 | ||
| 不当と認める事業費の合計 | 1,760,622,210円 | ||
| 上記に対する不当と認める国庫補助金等相当額の合計 | 1,160,226,330円 | ||
農林水産省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性、経済性、有効性等の観点から、４０都道府県及びその管内の１,３９５市町村等並びに５８０団体において、実績報告書、設計図面等の書類によるなどして会計実地検査を行った。また、上記のほか、２団体について、実績報告書等の書類により書面検査を行った。
その結果、４県、１９都道府県管内の２８市町等、１５団体、計４７事業主体が実施した農業共済事業事務費負担金事業、森林整備加速化・林業再生基金事業等に係る国庫補助金１,１６０,２２６,３３０円が不当と認められる。
これを不当の態様別に示すと次のとおりである。
(１) 補助の対象とならないなどのもの
１３件 不当と認める国庫補助金 ２９０,２２４,１２７円
(２) 補助対象事業費を過大に精算するなどしていたもの
１１件 不当と認める国庫補助金 ５２５,９５５,０１６円
(３) 工事の設計が適切でなかったもの
６件 不当と認める国庫補助金 ６８,５２６,３３０円
(４) 事業の一部を実施していなかったもの及び補助の対象とならないもの
２件 不当と認める国庫補助金 ２２８,２３４,９０１円
(５) 補助の目的を達していなかったもの
２件 不当と認める国庫補助金 ３９,７９６,２２３円
(６) 補助金を過大に受給していたもの
２件 不当と認める国庫補助金 ２,３２６,４５３円
(７) 補助の目的外に使用していたもの
１件 不当と認める国庫補助金 ２,１８６,４５７円
(８) 機器の設計が適切でなかったもの
１件 不当と認める国庫補助金 １,７４５,５１７円
(９) 補助金の交付額の算定が適切でなかったもの
１件 不当と認める国庫補助金 １,２３１,３０６円
また、不当の態様別・事業主体別に掲げると次のとおりである。