補助事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していなかったもの

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（２）　補助金を過大に受給していたもの

補助事業の実施に当たり、仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していなかったもの

	部局等	補助事業者等 （所在地）	間接補助事業者等 （所在地）	補助事業等	年度	事業費 （補助対象事業費等）	左に対する国庫補助金等交付額	不当と認める補助対象事業費等	不当と認める国庫補助金等相当額
						千円	千円	千円	千円
（244）	経済産業本省	テンプスタッフ株式会社 （東京都渋谷区） 〈事業主体〉	—	経済連携促進のための産業高度化推進	18	83,238 （83,238）	62,428	3,089	2,317
						千円	千円	千円	千円
（245）	資源エネルギー庁	JX日鉱日石エネルギー株式会社（注） （東京都千代田区） 〈事業主体〉	—	石油精製等高度化技術開発 （革新的次世代石油精製等技術開発）	22	3,815,452 （3,815,452）	2,451,250	180,964	116,292
（244）（245）の計						3,898,690 （3,898,690）	2,513,678	184,053	118,609

　これらの補助事業は、事業主体が重質原油等の効率的な利用等を進めるために必要となる革新的な石油精製等の技術開発を実施したものなどである。そして、これらの補助事業においては、補助対象事業費に補助事業で取得した設備等に係る消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）額が含まれていた。
　消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務を生ずるが、生産及び流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」という。）する仕組みが採られている。
　そして、補助事業の事業主体が補助対象となる設備等を取得することなども課税仕入れに該当して、上記の仕組みにより確定申告の際に補助事業で取得した設備等に係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は当該設備等の取得等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
　このため、補助事業の事業主体は、補助金の交付要綱等により、補助事業完了後に消費税の確定申告により仕入税額控除した消費税額に係る補助金の額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととされている。
　しかし、２事業主体は、消費税の確定申告の際、本件補助事業に係る消費税額計１８４,０５３,８７２円を仕入税額控除していたのに、これに係る国庫補助金相当額計１１８,６０９,２５４円の報告及び返還を行っておらず、不当と認められる。
　このような事態が生じていたのは、２事業主体において補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、経済産業本省及び資源エネルギー庁において事業主体に対する指導及び確認が十分でなかったことなどによると認められる。