平成２３年度決算検査報告
| 部局等 | 補助事業者 | 間接補助事業者 （事業主体） |
補助事業等 | 年度 | 事業費 （国庫補助対象事業費） |
左に対する国庫補助金等交付額 | 不当と認める事業費 （国庫補助対象事業費） |
不当と認める国庫補助金等相当額 | |
| 千円 | 千円 | 千円 | 千円 | ||||||
| （305） | 環境本省 | 青森県 | 株式会社岩木スカイライン | 環境保全施設整備 | 22 | 52,668 （49,224） |
24,612 | 2,508 （2,344） |
1,172 |
この補助事業は、株式会社岩木スカイラインが、自然環境の保全及び登山利用の安全確保を図るため、岩木山八合目に排水・し尿処理施設（トイレ）を整備したものである。
そして、同会社は、補助対象事業費に補助事業で取得した施設等に係る消費税（地方消費税を含む。以下同じ。）を含めて事業費５２,６６８,０００円（うち補助対象事業費４９,２２４,０００円）で実施したとして、平成２３年３月に青森県に実績報告書を提出して、これにより補助金２４,６１２,０００円の交付を受けていた。
消費税は、事業者が課税対象となる取引を行った場合に納税義務を生ずるが、生産及び流通の各段階で重ねて課税されないように、確定申告において、課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除（以下、この控除を「仕入税額控除」という。）する仕組みが採られている。
そして、補助事業の事業主体が補助対象の施設等を取得することなども課税仕入れに該当して、上記の仕組みにより確定申告の際に補助事業で取得した施設等に係る消費税額を仕入税額控除した場合には、事業主体は当該施設等に係る消費税額を実質的に負担していないことになる。
このため、補助事業の事業主体は、補助金の交付要綱により、補助事業完了後に消費税の確定申告により仕入税額控除した消費税額に係る補助金の額が確定したときには、その金額を速やかに報告するとともに、当該金額を返還しなければならないこととされている。
しかし、同会社は、消費税の確定申告の際に、本件補助事業に係る消費税額２,５０８,０００円を仕入税額控除していたのに、これに係る補助金相当額１,１７２,０００円について報告及び返還を行っておらず、不当と認められる。
このような事態が生じていたのは、同会社において補助事業における消費税の取扱いについての理解が十分でなかったこと、同県において補助事業における消費税の取扱いについての指導及び審査が十分でなかったことなどによると認められる。