実際に支払われた給与等の額に基づかない時間単価により人件費を算定していたため、補助対象事業費を過大に精算するなどしていたもの［資源エネルギー庁］（374）

この補助事業は、我が国の非化石エネルギー及び省エネルギー設備の設置の促進等を目的として、調査、研究活動等を実施したものである。事業主体は平成18年度から22年度までの間に、本件補助事業を事業費計3,017,898,073円（補助対象事業費同額）で実施したとして資源エネルギー庁に実績報告書を提出して、これにより国庫補助金計2,995,901,191円の交付を受けていた。

経済産業省の補助事業事務処理マニュアルによると、補助事業における人件費は、従事者ごとに実際に支払われた給与等の額から算出される1時間当たりの単価（以下「実績単価」という。）を用いて、これに当該事業に直接従事した時間数を乗じて算定することとされている。

しかし、事業主体は、補助対象事業費における研究員等に対する人件費の算定に当たり、給与の支払見込額等を基にして内規で定めた受託単価を用いていたり、休暇を取得するなどして本件補助事業に直接従事していない時間数を補助事業に従事した時間数に含めていたりしていた。また、補助対象事業費に補助の対象とはならない健康診断料等を含めていた。

したがって、実績単価及び本件補助事業に直接従事した時間数を基にするなどして適正な補助対象事業費を算定すると計2,846,064,795円となり、前記の補助対象事業費計3,017,898,073円との差額計171,833,278円が過大に精算されるなどしていて、これに係る国庫補助金相当額計150,000,457円が不当と認められる。

このような事態が生じていたのは、事業主体において人件費の算定についての理解が十分でなかったこと、資源エネルギー庁において事業主体に対する指導、審査及び確認が十分でなかったことなどによると認められる。