平成２４年度決算検査報告
国土交通省は、地方公共団体や民間事業者等を事業主体として、国庫補助金を交付することにより各種の補助事業を実施している。しかし、事業主体が国庫補助金の交付を受けた後に、消費税の確定申告により補助対象事業費に含めていた消費税額を仕入税額控除しているのに、仕入控除税額に係る国庫補助金相当額について、国への報告及びその返還を行っていないなどの事態が見受けられた。
したがって、国土交通省において、指導、審査等を充実させるとともに、事業主体に対して消費税の取扱いの趣旨について周知徹底を図り、特に新規の補助事業を実施する場合等にはこれを徹底することとし、また、仕入税額控除に係る報告書を必要に応じて確定申告後速やかにその内容が確認できる確定申告書等の書類と合わせて提出させて、国庫補助金を交付してから一定期間経過後も同報告書等を提出していない事業主体については、時期を定めて報告を求めることなどにより、国庫補助金の返還の要否を確実に確認できるようにするよう、国土交通大臣に対して平成24年10月に、会計検査院法第34条の規定により是正改善の処置を求めた。
本院は、国土交通本省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、国土交通省は、本院指摘の趣旨に沿い、次のような処置を講じていた。