国土交通省の地方整備局等は、国営公園の植物管理、建物管理等の業務(以下「維持管理業務」という。)を財団法人公園緑地管理財団、財団法人河川環境管理財団、財団法人海洋博覧会記念公園管理財団(以下、これらを合わせて「各財団法人」という。)に委託している。一方、各財団法人は、独立行政法人都市再生機構が国営公園に設置又は管理するレストラン、駐車場等の収益施設(以下「特定公園施設」という。)の営業及び管理業務を同機構との契約により行っている。しかし、維持管理業務に係る委託費の精算に当たって、維持管理業務と特定公園施設の営業及び管理業務に従事している職員の人件費について、それぞれの業務の従事割合が明確でないまま、その全額を維持管理業務に要した経費(以下「実支出額」という。)に計上したり、一般管理費について、維持管理業務等の業務の負担額の根拠が明確でないまま、維持管理業務の契約額で計上できる額と同額又はほぼ同額を実支出額に計上したりしている事態が見受けられた。
したがって、国土交通省において、地方整備局等に対して、各財団法人等に業務従事者の勤務状況を把握できる証拠書類を整備保管させたり、一般管理費の負担額の合理的な配賦方法等を周知したりなどすることにより、維持管理業務の従事割合や負担額を把握し、実支出額を的確に確認する具体的な方法を指導するなどして、精算等を適切に行うよう、国土交通大臣に対して平成22年10月に、会計検査院法第34条の規定により是正改善の処置を求めた。
本院は、国土交通本省、地方整備局等において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、国土交通省は、本院指摘の趣旨に沿い、次のような処置を講じていた。