第6　租税特別措置（法人税関係）の適用状況等について

租税特別措置（以下「特別措置」という。）は、所得税法（昭和40年法律第33号）、法人税法（昭和40年法律第34号）等で定められた税負担に対して、租税特別措置法（昭和32年法律第26号。以下「措置法」という。）に基づいて、特定の個人や企業の税負担を軽減することなどにより、国による特定の政策目的を実現するための特別な政策手段であるとされ、「公平・中立・簡素」という税制の基本原則の例外措置として設けられているものである。特別措置には、産業政策等の特定の政策目的のための税負担の軽減等を図るもの（政策税制）に係るもののほか、課税の公平確保や納税環境整備を図るための税負担を不当に減少させる行為の防止や手続の特例等に係るものがある。

特別措置全体の項目数は、平成26年4月1日現在で385項目（注1）となっており、その主なものは、所得税関係の特別措置151項目、法人税関係の特別措置116項目及び相続税関係の特別措置27項目となっている。

（注1）

385項目　　所得税関係の特別措置151項目のうち法人税関係と共通する特別措置40項目、法人税関係の特別措置116項目のうち所得税関係と共通する特別措置23項目、計63項目の重複する項目を除くと322項目となる。

14年11月に政府税制調査会から内閣総理大臣に答申された「平成15年度における税制改革についての答申」によれば、特別措置は、特定の政策目的を実現するための政策手段の一つであるが、「公平・中立・簡素」という租税原則に反する例外措置であり、政策税制の集中、重点化を図るに当たっては、既存の特別措置等について本格的な統廃合を行うこととされている。

また、26年6月に政府税制調査会から報告された「法人税の改革について」（以下「26年税調報告」という。）においては、法人税改革の具体的な改革事項として、成長志向の法人税改革を行うに当たり、課税ベースの拡大等を行うこととしている。この中で、政策税制については、経済社会環境の変化に応じて必要性と効果を検証し、真に必要なものに限定する必要があるとされていて、特に特定の産業が集中的に支援を受ける優遇措置は、可能な限り廃止又は縮減して、既存産業への政策支援の偏りを是正することにより、新産業が興りやすい環境を整備していく必要があるとされている。

特別措置とは別に、23年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震及びこれに伴う原子力発電所の事故による災害（以下「東日本大震災」という。）の被災者等の負担の軽減を図るなどのために、東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成23年法律第29号。以下「震災特例法」という。）が制定され、この中で、東日本大震災に対する税制上の対応措置（以下「震災特例」という。また、特別措置と震災特例を合わせて「特別措置等」という。）が設けられている。

震災特例全体の項目数は26年4月1日現在で81項目（注2）となっており、その主なものは、所得税関係の震災特例27項目、法人税関係の震災特例21項目及び相続税関係の震災特例11項目となっている。

（注2）

81項目　　所得税関係の震災特例27項目のうち法人税関係と共通する震災特例10項目、法人税関係の震災特例21項目のうち所得税関係と共通する震災特例3項目、計13項目の重複する項目を除くと68項目となる。

法人税関係の特別措置等の方式として、法人税を免除し、又は軽減するもの（以下「直接控除」という。）及び一時的にその課税を猶予し、課税の延期を行うもの（以下「課税の繰延べ」という。）の二つの方式がある。そして、直接控除には、税額控除、所得控除、税率の軽減及び非課税といった手法が用いられ、課税の繰延べには、特別償却、準備金等、引当金及び圧縮記帳といった手法が用いられている。このうち、直接控除は、補助金の交付と比較すると、直接的な効果は異なるが、負担軽減やインセンティブ付与の観点から、実質的には減免された税額相当額の補助金を交付されたことと同様の効果があるといわれている。また、課税の繰延べは、投下資金の早期回収効果があるなど、企業の資金繰りに利点があるといわれている。

税制上の措置を行政上の事務事業に導入している行政機関（税制上の措置を行政上の事務事業に導入している行政機関としての財務省を含む。以下「関係省庁」という。）は、毎年度行われる税制改正に当たり、特別措置等の制度ごとに、各政策の目的に基づき、税制の新設、拡充、延長等について要望（以下、関係省庁が毎年度行う税制に関する要望のことを「税制改正要望」という。）する事項を記載した「税制改正要望書」（以下「要望書」という。）を、租税に関する制度の企画、立案等を所掌する財務省に提出している。

税制改正要望の内容については、財務省による要望事項の査定、税制調査会での議論等を経て、税制改正大綱の閣議決定が行われる。そして、この大綱に沿った措置法等の改正案は、閣議決定を経た上で内閣から国会に提出されて、国会で審議、議決された後、施行される。

ア　関係省庁における特別措置に関する政策評価法等に基づく検証

イ　特別措置等に係る税制改正要望の際に行われる検証及び財務省による検証

特別措置に関して、適用実態の調査及びその結果の国会への報告等の措置を定めることにより、適用の状況の透明化を図るとともに、適宜、適切な見直しを推進し、もって国民が納得できる公平で透明性の高い税制の確立に寄与することを目的として、租税特別措置の適用状況の透明化等に関する法律（平成22年法律第8号。以下「租特透明化法」という。）が制定され、22年4月から施行された。

租特透明化法に基づき実施される特別措置の適用実態の調査（以下「適用実態調査」という。）等の概要は、次のとおりである。

• ①　財務大臣は、適用額明細書（注3）を利用する適用実態調査の対象となる特別措置（以下「調査対象特別措置」という。）について、適用額明細書に記載された事項を集計することにより、調査対象特別措置ごとの適用法人数、適用総額等の適用の実態を調査する。
• ②　財務大臣は、適用実態調査を実施した特別措置について、特別措置ごとの適用者数、適用総額等を記載した「租税特別措置の適用実態調査の結果に関する報告書」（以下「適用実態報告書」という。）を作成し、内閣は作成された適用実態報告書を国会へ提出する。
• ③　行政機関の長や総務大臣は、特別措置について政策評価を行うために必要があるときは、適用実態調査によって集められた情報（以下「適用実態調査情報」という。）の提供を求めることができることとなっており、財務大臣は、この求めに対して、正当な理由がない限り、適用実態調査情報を提供する。

そして、25年8月に改正された租特ガイドラインによれば、政策評価において租特透明化法に基づき把握される適用実態等に関する情報等を分析することとされている。

（注3）

適用額明細書　　法人税申告書を提出する法人が、当該申告書に係る事業年度において適用を受ける調査対象特別措置の内容、適用額その他の事項を記載した一覧表

本院は、平成14年度決算検査報告において、特定検査対象に関する検査状況として「租税特別措置法（法人税関係）の実施状況について」を掲記し、措置法の適用状況の把握に努めていくことや、税制改正の際の検証等の内容を充実することにより、施策の実効性を高めていくことが望まれることなどを記述している。また、中小企業者に適用される特別措置の適用範囲について検討するなどの措置を講ずるよう、22年10月に、財務大臣及び経済産業大臣に対して、会計検査院法第36条の規定により、意見を表示したところである。

少子・高齢化の急速な進展等経済社会の構造が大きく変化している中で、持続的な経済社会の活性化の実現を図る取組として税制改革に期待が寄せられている。特に調査対象特別措置については、適用実態報告書によれば、適用法人数、適用件数及び適用総額のいずれも過去3回の適用実態報告書で増加の傾向が見受けられる状況にあり、また、26年税調報告においては、具体的な改革事項として法人税関係の特別措置の見直しが取り上げられたところである。

さらに、震災特例は、税制以外の他の復興支援施策とともに、東日本大震災からの復興に向けた取組の一層の推進が図られている。

そこで、本院は、政府税制調査会の議論等を念頭に置きながら、法人税関係の特別措置等の適用状況並びに関係省庁及び財務省による検証状況について、有効性等の観点から、法人税関係の特別措置等の適用状況はどのようになっているか、関係省庁及び財務省による法人税関係の特別措置等の検証は適切に行われているかなどに着眼して検査した。

23年度適用実態報告書の調査対象特別措置の適用件数1,254,869件、24年度適用実態報告書の調査対象特別措置の適用件数1,323,396件、25年度適用実態報告書の調査対象特別措置の適用件数1,443,402件、計4,021,667件及び震災特例の23年度から25年度までの適用件数267件を対象として検査した。

検査に当たっては、適用実態報告書を分析したほか、計算証明規則（昭和27年会計検査院規則第3号）等に基づき、全524税務署から国税収納金整理資金徴収額計算書の証拠書類として提出されたe―Taxデータ（注4）による法人税確定申告書（以下「e―Taxデータ」という。）、23事業年度52,342法人、24事業年度57,202法人、25事業年度49,382法人、計延べ158,926法人について調査対象特別措置等の適用があった延べ98,487法人のe―Taxデータを分析するなどして検査を行った。

そして、内閣府本府等13府省庁（注5）において、税制改正要望の際に財務省に提出した要望書等や事前評価書等の関係資料における法人税関係の特別措置等の検証状況及び各関係省庁において所管する政策を実現するための手段として基礎的な単位となる事務事業の別に区分した場合の状況を確認するなどの方法により会計実地検査を行った。また、財務省において、適用実態調査の内容を聴取したり、法人税関係の特別措置等の検証状況等を確認したりするなどの方法により会計実地検査を行った。

（注4）

e―Taxデータ　　国税電子申告・納税システム（e―Tax）により提出された法人税確定申告書のうち、「計算証明規則」、「電子情報処理組織を使用して処理する場合等における計算証明の特例に関する規則」（平成15年会計検査院規則第4号）等に基づき本院に証拠書類として提出されたもので税務署の規模に応じて資本金や税額が一定額以上の法人税申告書のデータ

（注5）

13府省庁　　内閣府本府、金融庁、復興庁、総務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省、防衛省

法人税関係の特別措置116項目のうち、課税の強化となるものなど32項目を除いた調査対象特別措置84項目（26年4月1日現在で施行されている特別措置）について、25年度適用実態報告書を分析したところ、各調査対象特別措置の適用状況は、適用件数1,441,570件（直接控除方式829,263件、課税の繰延べ方式612,307件）、減収額（財務省試算）1兆4711億円（直接控除方式9809億円、課税の繰延べ方式4902億円）となっていた。

23、24、25各年度の適用実態報告書における調査対象特別措置の適用件数は、23年度1,254,869件、24年度1,323,396件、25年度1,443,402件と増加傾向にあり、財務省が適用実態報告書を基に試算した減収額（26年4月1日現在で廃止されている調査対象特別措置を含む。）は、23年度9049億円、24年度1兆0003億円、25年度1兆4805億円と増加傾向となっていた。減収額の主なものは「試験研究を行った場合の法人税額の特別控除（研究開発税制）」（以下「研究開発税制」という。）が、23年度3395億円（37.5％）、24年度3952億円（39.5％）、25年度6240億円（42.1％）、「中小企業者等の法人税率の特例」が、23年度942億円（10.4％）、24年度999億円（9.9％）、25年度1084億円（7.3％）となっており、各年度いずれもこれらの2項目で全体の約半分を占めていた。

前記法人税関係の特別措置116項目及び震災特例21項目の計137項目のうち、関係省庁が所管する政策に係る特別措置等は109項目となる。そして、109項目の中には、複数の関係省庁の政策目的に関連する法人税関係の特別措置等があり、26年4月1日現在で57項目となっていた。これらについては、当該複数の関係省庁が共同して税制改正要望を行う場合もある。

上記の109項目について、関係省庁から提出された資料等を基に、更に各関係省庁が所管する政策を実現するための手段として基礎的な単位となる事務事業に区分すると、図表1のとおり、特別措置関係216項目、震災特例関係27項目、計243項目（以下、このように区分された法人税関係の特別措置等を「事務事業別特別措置」という。）となっていた。

図表1　事務事業別特別措置の概要

（単位：項目）

関係省庁	特別措置の事務事業別特別措置の項目数	震災特例の事務事業別特別措置の項目数	左の計	左のうち要望事項の取りまとめを行う項目数
内閣府本府	25	―	25	19
金融庁	17	1	18	14
復興庁	1	13	14	13
総務省	18	―	18	5
外務省	2	―	2	―
財務省	5	―	5	3
文部科学省	2	―	2	―
厚生労働省	20	―	20	12
農林水産省	25	―	25	11
経済産業省	40	9	49	26
国土交通省	37	4	41	28
環境省	18	―	18	14
防衛省	6	―	6	2
計	216	27	243	147

（注）　関係省庁から提出された資料に基づいて作成した。

適用実態報告書によれば、23年度から25年度までの研究開発税制の適用実績は図表2のとおりとなっていて、適用件数についてみると、製造業を中心に幅広い業種で適用されていた。また、適用額についてみると、3か年度分の全業種の適用総額の合計が1兆2254億余円となっていて、このうち「化学工業」が2965億余円（24.2％）と最も多額で、次いで「輸送用機械器具製造業」が2651億余円（21.6％）となっていた。

図表2　研究開発税制の適用実績

業種	平成23年度		24年度		25年度		計
	適用件数 （件）	適用額 （百万円）	適用件数 （件）	適用額 （百万円）	適用件数 （件）	適用額 （百万円）	適用件数 （件）	適用額 （百万円）	割合 （％）
農林水産業	30	94	45	143	33	172	108	410	0.0
鉱業	24	651	31	655	27	804	82	2,111	0.1
建設業	350	2,976	398	3,381	495	4,227	1,243	10,586	0.8
製造業	6,345	274,226	7,005	302,397	7,919	474,716	21,269	1,051,340	85.7
食料品製造業	684	10,432	719	10,550	749	9,760	2,152	30,744	2.5
繊維工業	145	679	158	866	185	1,387	488	2,934	0.2
木材、木製品製造業	39	142	40	165	51	187	130	495	0.0
家具、装備品製造業	32	187	29	183	43	221	104	592	0.0
パルプ、紙、紙製品製造業	112	1,098	119	1,457	122	1,916	353	4,472	0.3
新聞業、出版業又は印刷業	54	408	54	584	59	490	167	1,483	0.1
化学工業	1,148	102,600	1,200	85,012	1,349	108,977	3,697	296,590	24.2
石油製品製造業	64	1,582	73	2,219	69	1,480	206	5,282	0.4
石炭製品製造業	5	63	7	104	8	143	20	312	0.0
ゴム製品製造業	95	5,962	108	8,263	115	9,070	318	23,296	1.9
皮革、同製品製造業	11	27	10	53	18	103	39	184	0.0
窯業又は土石製品製造業	175	7,592	192	5,023	215	7,959	582	20,574	1.6
鉄鋼業	92	1,668	91	1,061	110	7,496	293	10,227	0.8
非鉄金属製造業	77	1,076	113	1,430	130	3,555	320	6,062	0.4
金属製品製造業	556	3,889	623	4,372	741	5,386	1,920	13,648	1.1
機械製造業	730	20,813	892	40,270	999	48,546	2,621	109,630	8.9
産業用電気機械器具製造業	581	21,907	622	20,814	741	27,663	1,944	70,385	5.7
民生用電気機械器具電球製造業	127	747	178	3,241	181	7,861	486	11,850	0.9
通信機械器具製造業	114	2,029	136	4,316	148	5,951	398	12,297	1.0
輸送用機械器具製造業	393	29,182	437	64,266	540	171,745	1,370	265,194	21.6
理化学機械器具等製造業	252	7,352	273	5,000	282	8,004	807	20,356	1.6
光学機械器具等製造業	90	19,339	97	2,300	117	4,111	304	25,751	2.1
時計、同部品製造業	6	71	9	116	10	71	25	259	0.0
その他の製造業	763	35,371	825	40,719	937	42,619	2,525	118,711	9.6
卸売業	1,270	12,897	1,344	8,438	1,482	12,370	4,096	33,706	2.7
小売業	207	1,850	212	1,344	222	1,227	641	4,421	0.3
料理飲食旅館業	27	27	21	26	38	25	86	80	0.0
金融保険業	23	192	26	200	35	2,223	84	2,617	0.2
不動産業	35	258	35	97	41	79	111	435	0.0
運輸通信公益事業	65	23,220	70	23,173	103	31,618	238	78,012	6.3
サービス業	1,043	7,554	1,175	4,720	1,346	7,580	3,564	19,855	1.6
その他	61	6,469	82	4,945	110	10,497	253	21,912	1.7
計	9,480	330,421	10,444	349,524	11,851	545,544	31,775	1,225,490	100.0

注(1)

「租税特別措置の適用実態調査の結果に関する報告書」（財務省作成）に基づいて作成した。

注(2)

繰越控除制度分は集計から除いている。

注(3)

「割合」の数値は、小数点第2位以下を切り捨てているため、各項目を合計しても「計」の数値と一致しない。

適用実態報告書では、「化学工業」及び「輸送用機械器具製造業」に含まれる具体的な適用業種の内訳については明らかにされていないことから、e―Taxデータにより集計した研究開発税制の適用総額2467億円（繰越控除制度分は集計から除いている。）のうち、「化学工業」及び「輸送用機械器具製造業」の適用件数及び適用額を適用業種ごとに更に細分類したところ、適用件数は、幅広い業種で適用されていた。一方、適用額は、「化学工業」のうち「医薬品製造業」が618億円で、化学工業全体の適用額743億円の83.1％を占めており、「輸送用機械器具製造業」のうち「自動車・同付属品製造業」が819億円で、輸送用機械器具製造業全体の適用額850億円の96.4％を占めていた。

前記のとおり、調査対象特別措置のうち、研究開発税制に係る減収額が最も多額であることから、23、24、25各年度の適用実態報告書により研究開発税制の適用による減収額の多額な単体法人（注6）上位10法人、連結法人（注7）上位10法人、計20法人の状況をみたところ、これらの20法人で各年度の研究開発税制に係る減収額全体の38.6％（23年度）、41.9％（24年度）、50.2％（25年度）を占めていた。そして、研究開発税制の減収額23年度3395億円、24年度3952億円、25年度6240億円のところ、減収額が100億円を超える法人は、23年度3法人、24年度5法人、25年度8法人となっていた。

（注6）

単体法人　　連結納税制度における連結法人以外の法人

（注7）

連結法人　　連結納税制度における連結親法人及び当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人

法人税関係の震災特例は、東日本大震災により被災した法人等の負担の軽減を図るなどのための税制上の政策手段として震災特例法において規定されている。その内容は、震災損失の繰戻しによる法人税額の還付、復興産業集積区域等において機械等を取得した場合の特別償却等となっていて、前記のとおり26年4月1日現在で21項目ある。

震災特例は、適用実態調査の対象とされていないことから、上記の震災特例21項目のうち、手続の特例等6項目を除いた15項目（以下「法人税関係震災特例」という。）について、23、24、25各事業年度のe―Taxデータにより集計したところ、各法人税関係震災特例の適用状況は、適用件数は267件、適用総額は直接控除方式のうち税額控除が7億余円、課税の繰延べ方式のうち特別償却が53億余円となっていた。

ア　関係省庁における政策評価の実施状況

図表3　事務事業別特別措置の政策評価の単位の件数及び政策評価の実施状況

（単位：件）

関係省庁	政策評価の単位の件数	政策評価実施件数						政策評価未実施件数
			平成 22年度	23年度	24年度	25年度	26年度	政策評価の義務付け対象	政策評価の義務付け対象外
内閣府本府	17	16	2	6	4	9	5	1	0
金融庁	21	14	3	4	7	4	3	3	4
復興庁	14	12	0	0	6	6	0	0	2
総務省	17	15	2	4	5	8	7	1	1
外務省	2	1	1	0	0	0	0	1	0
財務省	6	2	1	0	1	1	0	0	4
文部科学省	2	2	1	2	1	2	1	0	0
厚生労働省	21	21	10	6	11	10	11	0	0
農林水産省	59	55	32	7	27	15	13	1	3
経済産業省	49	45	11	19	13	22	8	2	2
国土交通省	110	92	24	11	23	66	18	11	7
環境省	14	10	3	3	4	3	4	4	0
防衛省	6	6	2	0	4	2	0	0	0
計	338	291	92	62	106	148	70	24	23

注(1)

平成26年4月1日現在で関係省庁が所管している事務事業別特別措置を対象として、関係省庁から提出された資料に基づいて作成した。

注(2)

「政策評価の単位の件数」は、事務事業別特別措置に係る政策評価を実施した単位ごとに1件として集計した。なお、政策評価を実施していないものについては、根拠条文ごとなどに1件として集計した。

注(3)

「政策評価実施件数」は、重複分を控除しているため、各年度の件数を合計しても一致しない場合がある。

注(4)

政策評価の単位は、租特ガイドラインに基づいて関係省庁が決めたもので、複数の事務事業別特別措置についてまとめて政策評価を実施したり、一つの事務事業別特別措置について所管課ごとに政策評価を実施したりする場合もある。

イ　要望書による検証状況

ウ　適用実態調査情報及び適用実態報告書の活用状況

エ　調査対象特別措置の適用実態等からみた検証状況

少子・高齢化の急速な進展等経済社会の構造が大きく変化している中で、持続的な経済社会の活性化の実現を図る取組として税制改革に期待が寄せられている。そして、26年税調報告においては、特別措置の見直しについても法人税改革の具体的な改革事項として取り上げられているところである。

さらに、震災特例は、税制以外の他の復興支援施策とともに、東日本大震災からの復興に向けた取組の一層の推進が図られている。

このような特別措置等を取り巻く状況を踏まえ、本院は、法人税関係の特別措置等の適用状況並びに関係省庁及び財務省による検証状況を検査したところ、次のような状況となっていた。

ア　調査対象特別措置等の適用状況

イ　法人税関係の特別措置等の検証状況

特別措置等は、「公平・中立・簡素」という税制の基本原則の例外措置として設けられているものであり、その効果等を不断に検証して、真に必要なものに限定すべきであるとされている。

関係省庁においては、実態調査情報等を一層活用することなどにより、適用額からみた業種や企業の偏りの状況や、特別措置の適用に伴う減収額が減収見込額を上回る状況等について、検証内容を一層充実させ、拡充等の要望に当たっては適用実態等からみて拡充後もなお措置の内容が必要最小限であるとする説明を十分行い、特別措置の実効性を高めるとともに、国民に対する説明責任を的確に果たしていくことが望まれる。

また、財務省においては、特別措置等について今後とも十分に検証していくことが望まれる。