国会及び内閣に対する報告（随時報告）
独立行政法人は、効果的かつ効率的な業務運営、国民向けサービスの質の向上及び業務の成果の最大化を実現することが求められている。
そして、独立行政法人において、競争入札により契約相手方を選定する場合には原則として自動落札方式が用いられるが、調査・研究、広報等の技術的要素等を重視する民間委託の契約には、総合評価落札方式が取り入れられており、総合評価落札方式の実施に当たっては、国の場合と同様に、発注者による提案の審査の透明性及び公正性の確保が重要であるなどと考えられる。また、独立行政法人は、公共サービス改革法に基づく官民競争入札等も活用しながら、それぞれの業務の特性に応じて民間委託を実施するなどして、業務の効率化や提供するサービスの質の維持向上等に取り組むこととされている。
会計検査院は、これらの状況を踏まえて、独立行政法人における民間委託の状況について、合規性、経済性、効率性、有効性等の観点から、次の点に着眼して検査を実施した。
ア 民間委託の実施状況及び民間委託の実施に係る検討の状況はどのようになっているか。
イ 民間委託における総合評価落札方式の業務種別ごとの実施状況はどのようになっているか。また、総合評価落札方式に関する要領、マニュアル等は整備されているか。さらに、透明性及び公正性の確保に資する措置の実施状況はどのようになっているか、加点評価した提案内容の履行は契約上担保されているか。
ウ 民間委託において、サービスの質の維持向上及び経費削減が図られているか。また、サービスの質及びモニタリングの方法の設定は適切に行われているか。
28年3月末現在における独立行政法人98法人のうち、27年4月1日に設立された国立研究開発法人日本医療研究開発機構を除く97法人において、19年度から26年度までに事業が開始された対象公共サービス104事業（契約151件、計493億余円）及び25、26両年度の民間委託に係る契約51,358件、計1兆8112億余円（25年度契約25,519件、計9868億余円及び26年度契約25,839件、計8243億余円。25、26両年度に事業が開始された対象公共サービスに係る契約件数及び金額を含む。）を対象とし、計算証明規則（昭和27年会計検査院規則第3号）に基づき提出された22年度から26年度までの財務諸表等のほか、上記の104事業及び25、26両年度の民間委託に係る契約51,358件の実施状況に係る調書等の提出を求めるなどして、これらを在庁して分析した。また、40法人において会計実地検査を行った（表1参照）。
表1 独立行政法人一覧（平成28年3月末現在）
| 主務府省 | 検査対象法人 | 会計実地検査 注（1） | 主務府省 | 検査対象法人 | 会計実地検査 注（1） | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 内閣府 | 独立行政法人国立公文書館 | 厚生労働省 | 国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター 注（3） | |||
| 独立行政法人北方領土問題対策協会 | 国立研究開発法人国立国際医療研究センター 注（3） | ○ | ||||
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構 注（2）、注（6） | 国立研究開発法人国立成育医療研究センター 注（3） | |||||
| 独立行政法人国民生活センター | ○ | 国立研究開発法人国立長寿医療研究センター 注（3） | ||||
| 総務省 | 国立研究開発法人情報通信研究機構 注（3） | 農林水産省 | 独立行政法人農林水産消費安全技術センター | |||
| 独立行政法人統計センター | 独立行政法人種苗管理センター | |||||
| 独立行政法人郵便貯金・簡易生命保険管理機構 | 独立行政法人家畜改良センター | ○ | ||||
| 外務省 | 独立行政法人国際協力機構 | ○ | 独立行政法人水産大学校 | ○ | ||
| 独立行政法人国際交流基金 | ○ | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 注（3） | ||||
| 財務省 | 独立行政法人酒類総合研究所 | ○ | 国立研究開発法人農業生物資源研究所 注（3） | |||
| 独立行政法人造幣局 | ○ | 国立研究開発法人農業環境技術研究所 注（3） | ||||
| 独立行政法人国立印刷局 | ○ | 国立研究開発法人国際農林水産業研究センター 注（3） | ||||
| 文部科学省 | 独立行政法人国立特別支援教育総合研究所 | 国立研究開発法人森林総合研究所 注（3） | ○ | |||
| 独立行政法人大学入試センター | ○ | 国立研究開発法人水産総合研究センター 注（3） | ||||
| 独立行政法人国立青少年教育振興機構 | 独立行政法人農畜産業振興機構 | |||||
| 独立行政法人国立女性教育会館 | 独立行政法人農業者年金基金 | |||||
| 独立行政法人国立科学博物館 | ○ | 独立行政法人農林漁業信用基金 注（2） | ||||
| 国立研究開発法人物質・材料研究機構 注（3） | 経済産業省 | 独立行政法人経済産業研究所 | ||||
| 国立研究開発法人防災科学技術研究所 注（3） | 独立行政法人工業所有権情報・研修館 | |||||
| 国立研究開発法人放射線医学総合研究所 注（3） | 独立行政法人日本貿易保険 | |||||
| 独立行政法人国立美術館 | ○ | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 注（3） | ||||
| 独立行政法人国立文化財機構 | ○ | 独立行政法人製品評価技術基盤機構 | ||||
| 独立行政法人教員研修センター | ○ | 国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構 注（3） | ||||
| 国立研究開発法人科学技術振興機構 注（3） | 独立行政法人日本貿易振興機構 | ○ | ||||
| 独立行政法人日本学術振興会 | 独立行政法人情報処理推進機構 | ○ | ||||
| 国立研究開発法人理化学研究所 注（3） | 独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構 | ○ | ||||
| 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構 注（3） | 独立行政法人中小企業基盤整備機構 | ○ | ||||
| 独立行政法人日本スポーツ振興センター | ○ | 国土交通省 | 国立研究開発法人土木研究所 注（3） | |||
| 独立行政法人日本芸術文化振興会 | 国立研究開発法人建築研究所 注（3） | |||||
| 独立行政法人日本学生支援機構 | ○ | 独立行政法人交通安全環境研究所 | ||||
| 国立研究開発法人海洋研究開発機構 注（3） | 国立研究開発法人海上技術安全研究所 注（3） | |||||
| 独立行政法人国立高等専門学校機構 | 国立研究開発法人港湾空港技術研究所 注（3） | |||||
| 独立行政法人大学評価・学位授与機構 | 国立研究開発法人電子航法研究所 注（3） | |||||
| 独立行政法人国立大学財務・経営センター | 独立行政法人航海訓練所 | |||||
| 国立研究開発法人日本原子力研究開発機構 注（3） | 独立行政法人海技教育機構 | ○ | ||||
| 厚生労働省 | 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 注（4） | 独立行政法人航空大学校 | ○ | |||
| 独立行政法人労働安全衛生総合研究所 | 自動車検査独立行政法人 | ○ | ||||
| 独立行政法人勤労者退職金共済機構 | 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 | ○ | ||||
| 独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構 | ○ | 独立行政法人国際観光振興機構 | ||||
| 独立行政法人福祉医療機構 | ○ | 独立行政法人水資源機構 | ○ | |||
| 独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園 | ○ | 独立行政法人自動車事故対策機構 | ||||
| 独立行政法人労働政策研究・研修機構 | ○ | 独立行政法人空港周辺整備機構 | ○ | |||
| 独立行政法人労働者健康福祉機構 | ○ | 独立行政法人都市再生機構 | ○ | |||
| 独立行政法人国立病院機構 | ○ | 独立行政法人奄美群島振興開発基金 注（2） | ○ | |||
| 独立行政法人医薬品医療機器総合機構 | ○ | 独立行政法人日本高速道路保有・債務返済機構 | ||||
| 独立行政法人地域医療機能推進機構 注（5） | ○ | 独立行政法人住宅金融支援機構 注（2） | ○ | |||
| 年金積立金管理運用独立行政法人 | 環境省 | 国立研究開発法人国立環境研究所 注（3） | ||||
| 国立研究開発法人国立がん研究センター 注（3） | 独立行政法人環境再生保全機構 | ○ | ||||
| 国立研究開発法人国立循環器病研究センター 注（3） | 防衛省 | 独立行政法人駐留軍等労働者労務管理機構 | ○ | |||
| 計 | 98法人 | 40法人 | ||||
（以下、各法人の名称中、「独立行政法人」又は「国立研究開発法人」は記載を省略した。）