国会及び内閣に対する報告（随時報告）
地方公共団体は、総務省及び厚生労働省から整備費補助金の交付を受けて、26年度からマイナンバー制度の導入に必要な補助対象システムの整備を開始しており、整備費補助金の交付額の総額は、国が行うマイナンバー制度に係る情報システムの整備に要する経費の総額と比較しても多額となることが見込まれている。
また、地方公共団体は、前記のとおり、国が示すスケジュールに沿って、住民基本台帳システムについては国等の多くの情報システムに先行して27年10月から、その他の補助対象システムについては28年1月から利用を開始しており、今後は、29年7月からの情報連携に向けて、総合運用テスト等が続くことになる。
さらに、市町村は、総務省から事業費補助金及び事務費補助金の交付を受けて、27年10月から個人番号の付番及び通知カードによる個人番号の通知を行い、28年1月から個人番号の利用及び個人番号カードの交付を開始していた。しかし、交付に係る人員体制等の確保が十分でなかったり、J－LISの情報システムに障害が発生したりしたこと、さらに、個人番号カードの交付の本格化と3月から始まる住民の異動に係る繁忙期が重なったことなどの複合的な要因により、個人番号カードの交付に遅れが生じていた。
そして、上記のJ－LISの情報システムの障害に関して、参議院決算委員会は、28年5月に、平成26年度決算に関する内閣に対する警告決議において、システム障害を未然に防ぐことができなかった原因を究明し明らかにするとともに、再発防止策を策定するなどして、個人番号カード等の交付の遅延を速やかに解消すべきであると議決している。
そこで、会計検査院は、これらの状況等を踏まえて、地方公共団体が行うマイナンバー制度の導入に係る補助事業の実施状況等について、合規性、経済性、有効性等の観点から、次の点に着眼して検査した。
ア 補助対象システムの整備は国が示すスケジュールどおりに進捗しているか。また、地方公共団体における補助対象システムの整備に当たり、仕様書の記載内容や徴取した見積書は適正なものとなっているか。
イ 事業費補助金及び事務費補助金により行われる通知カード及び個人番号カードの交付事業は遅滞なく適切に実施されているか。また、市町村において個人番号カードの利活用の検討が行われているか。J－LISの情報システムにおいて発生した障害はどのような状況であり、これに対して適切な措置が講じられているか。
26、27両年度において、総務省及び厚生労働省から交付された整備費補助金により906地方公共団体（21都道府県（注6）、管内の852市町村、15一部事務組合、18広域連合）が整備した8,692システム（総務省分2,550システム、厚生労働省分6,142システム。これらに係る契約7,916件、契約金額922億余円、国庫補助金相当額500億余円）、27年度において総務省から交付された事業費補助金及び事務費補助金により852市町村が実施した通知カード及び個人番号カードの交付事業（事業費152億余円、国庫補助金交付額131億余円）並びに総務省が25年9月にJ－LISと締結した付番等業務委託契約（支払額94億3801万余円）を対象として検査した。
検査に当たっては、内閣官房、総務省及び厚生労働省において、マイナンバー制度の導入に係る補助事業に関する地方公共団体への支援の状況等について確認するなどの方法により会計実地検査を行った。
また、21都道府県、管内395市町村等において、補助対象システムの整備に係る契約並びに通知カード及び個人番号カードの交付事業等について、契約書、見積書等の関係書類を確認するなどして会計実地検査を行うとともに、21都道府県管内の残りの490市町村等についても調書の作成及び提出を求めるなどして検査した（検査の対象とした地方公共団体の内訳については別図表2参照）。
さらに、J－LISにおいて、付番等業務委託契約について、契約書、実績報告書等の関係資料を確認するなどして会計実地検査を行うとともに、J－LISが地方公共団体の負担金により行っている中間サーバーPFの整備等及び市町村がJ－LISに行わせている通知カード・個人番号カード関連事務について、J－LISに依頼して関係資料の提出を受けるなどして調査した。