各府省等における研究開発事業の実施状況等について

ア　研究開発事業経費の執行状況等

そして、研究開発事業における費用について、全体の約8割を占める資金配分事業における主な経費の内訳を、e－Radを通じてCSTIに提供された26年度の情報に基づいてみると、図表1-2のとおり、物品費、人件費等の研究開発に直接要する経費（直接経費）が4456億余円（全配分金額5365億余円の83.0％）、研究開発の実施に伴う研究機関の管理等に要する経費（間接経費）が889億余円（同16.5％）、研究開発の一部を第三者に委託するなどの経費（再委託費）が20億余円（同0.3％）となっていた。

各府省等が研究開発に必要な経費を直接執行する直接実施事業と異なり、資金配分事業では補助事業又は委託事業として資金配分先に研究開発の資金を配分している。資金配分事業の配分方法別の状況を示すと、図表1-3のとおり、事業数では委託事業が26年度176事業（336事業の52.3％）、27年度203事業（332事業の61.1％）と補助事業を上回っていたが、支出額でみると補助事業が26年度4096億余円（6637億余円の61.7％）、27年度3952億余円（7011億余円の56.3％）と委託事業を上回っていた。これは、補助事業の事業数に支出額が多額な科研費事業25事業（26年度2252億余円、27年度2197億余円）が含まれるためである（26、27両年度に実施した研究開発事業一覧及び事業ごとの配分方法については別表1参照）。

また、第3期基本計画によれば、競争的資金の配分機能を、各府省等から独立した配分機関に移行させることを基本とすることとされている。このことから、競争的資金制度における競争的資金の配分機能の独立した配分機関への移行状況をみると、図表1-4のとおり、独立行政法人等の独立した配分機関が資金の配分を行っていたのは、26年度では、事業数で40事業（128事業の31.2％）、支出額で3113億余円（3843億余円の81.0％）、27年度では事業数で89事業（137事業の64.9％）、支出額で3663億余円（4014億余円の91.2％）となっており、支出額でみると、競争的資金制度に係る研究開発事業の大部分では、独立行政法人等が資金の配分を行っていた（26、27両年度に実施した研究開発事業一覧及び事業ごとの独立行政法人等による資金配分状況については別表1参照）。

26、27両年度に実施した研究開発事業の研究の性格別及び主な研究開発の分野別の支出額の状況をみると、図表1-5のとおりとなっている。このうち、研究の性格別の支出額でみると、最も多いのが基礎研究のみを対象とする事業の6665億余円（1兆6689億余円の39.9％）、次いで多いのが基礎研究から開発研究まで一貫して対象とする事業の5634億余円（同33.7％）となっており、基礎研究のみを対象とする事業が全体に占める割合は他の事業と比べ大きい状況となっていた。

また、研究開発事業の主な研究開発の分野別の支出額をみると、最も多いのが社会基盤分野の3196億余円（1兆6689億余円の19.1％）、次いで多いのがライフサイエンス分野の2625億余円（同15.7％）となっていた（26、27両年度に実施した研究開発事業一覧及び事業ごとの研究の性格、主な研究開発の分野については別表1参照）。

資金配分事業における資金配分先について、e－Radを通じてCSTIに提供された26年度の情報に基づき資金配分先別の研究開発課題の件数及び配分金額の状況をみると、図表1-6のとおりとなっている。研究開発課題の件数では、国立大学法人が42,650件（研究開発課題の全件数77,367件の55.1％）と最も多く、次いで学校法人が19,716件（同25.4％）となっていた。配分金額では、国立大学法人が2363億余円（全配分金額5365億余円の44.0％）と最も多く、次いで民間企業が1659億余円（同30.9％）となっていた。

(ア)　研究開発事業経費の執行状況に係る情報の収集

前記のとおり、公募型研究資金制度における研究開発の資金の配分状況に係る情報は、e－Radを通じてCSTIに提供されることとなっている。そして、資金配分機関は、当年度の各研究開発事業に係る情報について、翌年度の7月末までにe－Rad上でCSTIへの提供を承認する手続（以下「開示承認手続」という。）を行うこととなっている。

そこで、資金配分機関における開示承認手続の実施状況をみると、資金配分機関が26年度に実施した競争的資金制度に係る研究開発事業128事業に関するe－Rad上の事業の区分である136区分のうち、図表1-9のとおり、CSTIの依頼に基づいて27年7月末（開示承認手続を行う期限である翌年度の7月末）までに開示承認手続を行っていたものは、7区分（136区分の5.1％）にとどまっていた。これは、システムの変更に伴って、複数年度にわたって実施される研究開発課題のe－Radへの入力手続が変更されたことなどについて、研究開発に関して総括する部局等から資金配分事業を担当する部局等への周知が十分でなく、開示承認手続の対象となる情報の入力が期限までに行われなかったり、研究開発課題に係る情報の修正作業等に時間を要するなどして入力が遅れるなどしたりしたこと、また、研究開発事業の全ての研究開発課題を登録しないと開示承認手続を行うことができないシステムとなっていたことなどから、大部分の事業では期限内に開示承認手続が行われていなかったことによるものであった。そして、翌年度である28年4月から7月までに開示承認手続が行われていたものが91区分（同66.9％）、期限の1年後である28年7月末までに開示承認手続が行われていなかったものが22区分（同16.1％）となっていた（28年7月末までに開示承認手続が行われていなかったものについては、別表2参照）。28年7月末までに開示承認手続が行われていない区分が特に多い資金配分機関は、厚生労働省（20区分）であった。このため、e－Radを通じてCSTIに情報が提供されることとなっているのに、公募型研究資金制度における研究開発の資金の配分状況の分析等に必要な情報が適時適切にe－Radを通じてCSTIに提供されていない状況となっていた。

ア　研究開発課題等の公募及び決定の状況

また、公募を実施している資金配分事業308事業のうち随時募集しているなどの13事業を除く295事業の公募について、上記の三つの公募型ごとに公募の応募期間と応募件数の状況をみると、図表2-2のとおり、平均応募期間は、課題公募型136事業では55.5日、実施内容公募型137事業では45.4日、実施者公募型22事業では55.8日となっていた。また、応募期間がこれらの平均応募期間と比べて短い30日未満となっているもので応募件数が1件のみとなっているものが、課題公募型の1事業、実施内容公募型の9事業において見受けられた。そして、この課題公募型の1事業については、研究開発課題等も公募の対象とするものであるが、応募期間は19日となっており、この事業を実施する資金配分機関によると、速やかに研究を開始し年度内に執行できるように応募期間を設定するためとしている。また、実施内容公募型の9事業のうち応募期間が最短（16日）の2事業については、これらの事業を実施する資金配分機関によると、年度当初（4月1日）に研究開発事業が開始することができるように応募期間を設定することとしたためとしている。

各府省等は、直接実施事業の研究開発課題等の決定に当たり、研究開発評価指針に基づき、予算要求前に評価委員会等を開催して、事前評価を実施している。また、資金配分事業の研究開発課題等の決定については、資金配分機関は、公募又は非公募による選定において、審査委員会等の事前評価を経て研究開発課題等を決定して、採択の手続をとっている。そして、事前評価を行う評価委員会、審査委員会等は、研究開発評価指針によれば、外部専門家等を評価委員等とする外部の者により構成され、評価結果の客観性を十分保つため、年齢、所属機関、性別等にとらわれず対象ごとに十分な能力を有する専門家等を選任することとされており、また、公正性を確保するため、原則として利害関係者が評価に加わらないようにすることなどとされている。このため、評価の実施に当たっては、利害関係となる範囲を明確に定めて利益相反（注20）を排除することが重要となる。

そこで、直接実施事業に比べて事業数が多い資金配分事業における利益相反の排除の状況をみたところ、図表2-3のとおり、26年度又は27年度に研究開発課題を新規に採択した資金配分事業240事業に係る事前評価の実施に当たり、240事業全てにおいて利益相反を排除していた。

そして、240事業のうち利益相反の排除に関する規程等に基づき利益相反を排除していたものは191事業（240事業の79.5％）となっていて、これらの利益相反の確認方法は、評価委員等からの申告により確認しているものが61事業（同25.4％）、研究機関の職員の調査により確認しているものが4事業（同1.6％）、評価委員等及び研究機関の職員両者により確認しているものが89事業（同37.0％）等となっていた。また、排除実績は延べ3,555人となっていた。

一方、240事業のうち利益相反の排除に関する規程等を定めていないなどの49事業（同20.4％）は、利益相反の排除について明文の規定がないものの、実際には利益相反の有無を確認していたり、評価委員等の選定に当たり利害関係のないと見込まれる者を選定することにしていたりなどしていたものであった。また、排除実績は延べ81人となっていた。

基本計画等においては、若手研究者（39歳以下の研究者をいう。以下同じ。）について、研究環境を整備して活躍を促すことなどを求め、特に教育機関等において、人材育成を進めるとともに活躍促進に向けた取組を実施することとなっている。

そこで、資金配分事業において、若手研究者が研究代表者として26年度末時点で実施している研究開発課題の採択の状況を、e－Radを通じてCSTIに提供された26年度の情報に基づいてみると、図表2-4のとおり、研究代表者の延べ採択人数7万7千人のうち、若手研究者は同2万4千人で全体の31.1％となっていた。そして、若手研究者が採択された事業をみると、独立行政法人日本学術振興会（以下「JSPS」という。）の科研費事業における若手研究者が1人で行う研究である若手研究（A・B）等の応募区分のように、若手研究者のみを応募対象者とする応募区分を設定した事業において採択された研究者が同1万6千人と、採択された若手研究者全体（同2万4千人）の約6割を占めていた。また、若手研究者が研究代表者となっている研究開発課題の配分金額の合計は、625億余円で全体の配分金額5365億余円の11.6％であり、そのうち、若手研究者のみを応募対象者とする応募区分を設定した事業の配分金額の合計は297億余円と625億余円の約半分を占めていた。

また、前記の26年度又は27年度に研究開発課題を新規に採択した資金配分事業240事業のうち、公募の対象が個人の研究者である110事業における若手研究者の活躍促進に向けた資金配分機関の取組についてみると、次のような取組が実施されていた。

• ①　研究開発課題等の決定において若手研究者を積極的に選定しているもの
  31事業
• ②　研究開発課題等の決定においては、特段の配慮をしないものの、採択されている研究開発課題を実施する研究機関等に若手研究者を派遣して研究に参加させることにより人材育成を図るもの
  4事業
• ③　研究開発事業として、若手研究者のみを応募対象者とする応募区分（39歳以下等）を設定して公募を行っているもの
  3事業

「競争的資金の適正な執行に関する指針」（平成17年9月競争的資金に関する関係府省連絡会申合せ）によれば、競争的資金制度での不合理な重複及び過度の集中を排除するために、資金配分機関において、①e－Radを活用し、応募内容に係る情報を競争的資金の担当課間で共有すること、②応募時に、他府省を含む他の競争的資金等の応募・受入状況を応募書類に記載させること、③e－Radを活用し、研究開発課題採択前に、採択予定課題に関する情報を競争的資金の担当課間で共有化し、不合理な重複又は過度の集中の有無を確認すること、④不合理な重複又は過度の集中と認められる場合には、研究開発課題の不採択、採択取消又は減額配分を行うことなどとされている。

そして、資金配分機関は、不合理な重複及び過度の集中の排除のため、応募書類に加えてe－Radを活用することにより、他の競争的資金制度等における研究開発課題等の応募受理状況とその内容、研究者のエフォート等について確認を行っている。

(ア)　採択結果及び交付・配分決定の情報のe－Radへの登録状況

これらのうち、交付・配分決定の情報がe－Radに登録されていなかったものについて、事例を示すと次のとおりである。

(イ)　エフォートのe－Radへの登録状況等

e－Rad上のエフォートの合計値が100％を超えていたものについて、事例を示すと次のとおりである。

ア　研究開発評価指針の適用状況

研究開発の評価のうち中間評価は、研究開発の実施期間が長期にわたる場合、資金配分機関等において、3年程度ごとを目安に情勢の変化、進捗状況等を把握し、中断・中止を含めた計画変更の要否の確認等を行うものである。中間評価には、研究開発期間中に毎年度行う継続評価又は年度評価、研究開発期間の中間年度に行う評価等がある。

26、27両年度に実施された研究開発事業515事業のうち、26、27両年度に中間評価を実施した研究開発課題がある研究開発事業は、図表3-2のとおり、26年度153事業、27年度178事業となっていた。そして、上記の事業における中間評価を実施した研究開発課題26年度2,272件、27年度2,293件のうち、26年度2,253件（2,272件の99.1％）、27年度2,265件（2,293件の98.7％）と大部分の研究開発課題が中間評価を経て研究開発を継続しており、中間評価の結果により中止された研究開発課題は、26年度19件（2,272件の0.8％、中止に係る返還額計1441万余円）、27年度28件（2,293件の1.2％、同8103万余円）となっていた。

そして、中止された研究開発課題の評価結果をみると、研究開発終了までに目標達成が見込めなくなったなどの理由によるものであった。

研究開発の評価のうち事後評価は、資金配分機関等において、目標の達成状況や成果の内容等を把握し、その後の研究開発課題の発展への活用等を行うために、研究開発課題の終了時に行うものである。

26、27両年度に実施された研究開発事業515事業のうち、26、27両年度に事後評価を実施した研究開発課題がある研究開発事業は、図表3-3のとおり、26年度146事業、27年度112事業となっていた。

事後評価においては、研究開発課題の目標の達成度合等に応じて、評価結果を点数で評価する場合は基準点を、また、A、B、C等の段階で評価する場合は基準段階をそれぞれ設定して、研究目標が達成されたとされる基準点以上又は基準段階以上を合格、基準点未満又は基準段階未満を不合格として評価する場合がある。そこで、上記の26年度146事業、27年度112事業における研究開発課題26年度2,508件、27年度1,560件のうち、研究目標が達成されたとされる場合の基準点又は基準段階が設定されていた研究開発課題26年度1,786件、27年度859件についてみると、基準点又は基準段階以上の研究開発課題は、26年度1,758件（1,786件の98.4％）、27年度844件（859件の98.2％）となっていて、大部分の研究開発課題が研究目標を達成したとしていた。

そして、基準点又は基準段階が設定されていなかった研究開発課題は、26年度722件、27年度701件となっていたが、このうち、基礎研究を対象に含む研究開発課題が26年度658件（722件の91.1％）、27年度648件（701件の92.4％）と大部分を占めており、基礎研究では、その性質上、基準点又は基準段階による評価に必ずしもなじまないとして基準点又は基準段階を設定していない事業が多く見受けられた。

国費総額が約300億円以上の大規模な研究開発その他の国家的に重要な研究開発については、CSTIが、各府省等の事後評価の結果も参考として、専門調査会の調査検討結果に基づいて事後評価を実施している。CSTIが行う事後評価は、研究開発成果と目標の達成状況、科学技術的・社会経済的・国際的な効果、研究開発マネジメントの妥当性等の点について行われている。

26、27両年度において、CSTIによる事後評価の対象となったのは文部科学省、厚生労働省、農林水産省及び経済産業省が15年度から25年度までの間に実施した6事業である。CSTIは、事後評価の実施後、指摘事項や今後のための提案内容等を含めた評価結果を公表するとともに、対象府省等の長に通知しており、各府省等は評価結果を同一又は同種の施策に反映することとしている（26、27両年度にCSTIの事後評価の対象となった6事業の主な評価結果については別表5参照）。

研究開発評価指針等によれば、研究開発の評価結果は、各府省等の特性に応じて予算等の資源配分への反映等に活用し、研究開発への国費の投入等に関して国民に対する説明責任を果たすとともに、評価の公正さと透明性を確保するなどのため、国民に積極的に公表することとされている。

そこで、評価結果の公表の状況をみると、図表3-5のとおり、26、27両年度において行われた事前、中間、事後の各評価において評価結果を公表していないものは、資金配分事業でそれぞれ3事業（308事業の0.9％）、85事業（308事業の27.5％）、40事業（227事業の17.6％）となっていた。また、直接実施事業でそれぞれ4事業（14事業の28.5％）、2事業（23事業の8.6％）、4事業（31事業の12.9％）となっていた。評価結果を公表していない理由は、評価結果には機密情報を含むためなどとなっていた。

ア　成果の公開状況

(ア)　実用化の概要

(イ)　実用化の状況を把握する取組

研究開発の成果の実用化の状況をみると、直接実施事業を行う各府省等又は資金配分機関が26、27両年度に実用化されたとして把握した件数は1,703件となっていた。研究開発事業が対象とする主な研究開発の分野別等の実用化の状況は、図表4-3のとおり、実用化された1,703件のうち、ものづくり技術分野が540件（1,703件の31.7％）、ライフサイエンス分野が461件（同27.0％）、社会基盤分野が188件（同11.0％）となっていた。製品化・事業化による実用化についてはものづくり技術分野が、各府省等の業務への導入による実用化については社会基盤分野がそれぞれ中心となっていた。

また、実用化までの年数は、研究開発事業に係る研究開発課題の実施中に実用化したとしているものが41件（同2.4％）、研究開発事業に係る研究開発課題の終了後5年以内に実用化したとしているものが1,506件（同88.4％）であり、比較的早期に実用化しているものが大部分となっていた。研究開発事業に係る研究開発課題終了後6年以上要したものは156件（同9.1％）となっており、このうち最長のものは8年を要していた。

また、26、27両年度に資金配分機関が任意のアンケート等により実施した追跡調査の結果に基づいて、資金配分先における研究開発の継続状況をみると、図表4-4のとおり、資金配分先からの総回答件数4,566件のうち、実用化したと回答があったものが1,164件（総回答件数の25.4％）、継続して研究開発を行っていると回答があったものが2,061件（同45.1％）、回答時点で資金配分事業に係る研究開発課題と同じ内容の研究開発は行っていないと回答があったものが487件（同10.6％）となっていた。このように、回答があったものの大部分は、実用化した又は継続して研究開発を行っているとの調査結果となっていた。

(ア)　特許権等の取得及び活用の概要

直接実施事業を実施する6省等（11部局等）（注23）における特許権等の取得及び活用の状況をみると、図表4-6のとおり、国内外で特許出願等を行い、28年4月1日時点で979件が登録されていた。これらは、意匠権4件を除き全て特許権となっていた。そして、特許権等の活用の状況は、実施権の許諾を行ったものが28件（979件の2.8％）、自ら実施しているものが17件（同1.7％）となっていた。

また、特許権等979件の権利の存続期間の満了までの年数は、存続期間が10年以上あるものが223件（979件の22.7％）、満了まで5年以上10年未満のものが297件（同30.3％）、5年未満のものが459件（同46.8％）となっていた。我が国における特許権は、権利の存続期間が特許出願の日から20年とされているが、大部分の特許権等が存続期間の満了まで10年未満となっていて、特許出願等を行ってから時間が経過した特許権等の保有が多くなっていた。特許出願等を行ってから時間が経過した特許権等を多く保有している理由としては、特許権を維持するためには原則として毎年特許料を特許庁に納付する必要があるが、国が保有する特許権は特許料の納付が免除されているため、費用面から活用の見込みなどの維持の要否を判断する必要がないことなどが考えられる。

前記のとおり、資金配分事業における特許権等は、資金配分先が取得等を行っていることから、多くの資金配分機関は、委託契約、補助金交付要綱等に基づき報告を求めるなどして、資金配分先における特許権等の状況を把握することとしている。

そこで、資金配分機関が26、27両年度中に把握した研究開発課題延べ28,576件について、資金配分先における特許権等の取得及び活用の状況をみると、図表4-7のとおり、特許出願等を行っていたものが11,299件、特許権等として登録されていたものが1,790件となっていた。活用の状況は、特許発明の実施又は実施権の許諾等を行っているものが502件、専用実施権（注24）の設定を行っているものが1件、他法人に権利を移転したものが175件となっていた。

また、登録した特許権等1,790件の登録するまでに要した年数は、研究開発課題の実施中に登録したものが259件、研究開発課題の終了後2年以内に登録したものが738件、3年から5年以内に登録したものが458件と5年以内に登録したものが大部分を占めていた。10年以上を要して登録したものも56件あり、このうち最長のものは14年を要していた。

前記のとおり、国の資金を原資とする委託契約による研究開発については、日本版バイ・ドール制度が導入されており、産業技術力強化法は、受託者である資金配分先に研究開発の成果に係る特許権等を帰属させる条件について、次のとおり定めている。

• ①　研究開発の成果が得られた場合には遅滞なく、資金配分機関にその旨を報告することを約すること
• ②　資金配分機関が、公共の利益のために特に必要があるとしてその理由を明らかにして求める場合には、無償で実施権を資金配分機関に許諾することを約すること
• ③　特許権等を相当期間活用していないと認められ、かつ、相当期間活用していないことについて正当な理由が認められない場合において、資金配分機関が特許権等の活用を促進するために特に必要があるとしてその理由を明らかにして求める場合には、実施権を第三者に許諾することを約すること
• ④　特許権等の他者への移転又は専用実施権の設定等を行う際は、原則として事前に資金配分機関の承認を受けることを約すること

資金配分機関は、日本版バイ・ドール制度に基づき、上記の報告等の義務を資金配分先に課すことを条件として、研究開発の成果に係る特許権等を資金配分先に帰属させる条項（以下「バイ・ドール条項」という。）を委託契約書に設け、資金配分先と委託契約を締結しており、27年度では、国の資金を原資として研究開発を行う委託契約のほとんどにバイ・ドール条項を設けている。

そして、日本版バイ・ドール制度の目的の一つである研究開発の成果の効率的な活用・普及を促進するためには、資金配分先が委託契約書に基づき遅滞なく資金配分機関に研究開発の成果に係る報告を行うこと又は事前の承認を受けることにより、資金配分機関において資金配分先における特許権等の取得及び活用の状況を適切に把握して、その上で、資金配分機関が特許権等の効率的な活用・普及の促進の検討を行う必要がある。

会計検査院が会計実地検査を行った資金配分先14法人のうち、26年度中に国の資金を原資とした委託契約の成果について特許権の登録、実施権の許諾、特許権の移転又は廃棄のいずれかを行っていた法人は12法人となっていた。この資金配分先12法人について、バイ・ドール条項に基づく報告又は承認の状況をみたところ、4法人は全て適切に報告等を行っていたが、8法人（国立研究開発法人情報通信研究機構、国立大学法人北海道大学、同東北大学、同京都大学、同大阪大学、同九州大学、学校法人慶應義塾、同早稲田大学）は全て又は一部について適切に報告を行っていなかった。8法人における特許権の登録等に係る報告又は承認の状況は、28年4月1日時点で図表4-8のとおりとなっており、8法人は特許権計203件のうち165件（特許権に係る研究開発を行った委託契約68件、支払額計226億余円）について、バイ・ドール条項に基づき行うこととされている資金配分機関への報告を、特許権の登録等から1年以上経過しているにもかかわらず、行っていなかった。このため、資金配分機関は、資金配分先における特許権の取得及び活用の状況を把握できない状況となっていた。資金配分機関への報告を行っていなかった165件の内訳は、特許権の登録時の報告が163件と大部分を占めていた。

オ　国の特許権等に係る管理等の状況

特許を受ける権利の研究者から国への承継手続に係る書類を作成していないため、承継手続が適切に行われたことが確認できなかったものについて、事例を示すと次のとおりである。

(イ)　国有財産台帳への登録の状況

特許権等が国有財産台帳に適正に登録されていないのは、上記の各省等によると、国有財産管理担当者における特許権等に係る国有財産台帳の管理についての理解が十分でなかったこと、研究開発を実施している部署と国有財産の管理部署との間での情報共有が十分でなかったことなどが理由であるとしている。特許権を国有財産台帳に適正に登録していなかったものについて、事例を示すと次のとおりである。