仕入税額控除した消費税額に係る補助金を返還していなかったもの［内閣府本府］(13)

この補助事業は､医療法人社団村松会が､平成25､26両年度に､同法人が所有する老人保健施設の建物等に係る放射線防護対策を実施したものである｡そして､本件補助事業の補助対象経費には､外注により実施した放射線防護対策工事に係る消費税(地方消費税を含む｡以下同じ｡)額が含まれていた｡

消費税の課税事業者である事業主体が補助の対象となる放射線防護対策工事を外注することは課税仕入れに該当することから､確定申告の際に課税売上高に対する消費税額から当該放射線防護対策工事の外注に係る消費税額を仕入税額控除（注）した場合には､事業主体はこれに係る消費税額を実質的に負担していないことになる｡このため､原子力災害対策施設整備費補助金交付要綱(平成25年府原対第166号)等により､事業主体は､補助事業完了後に､消費税の確定申告により補助金に係る消費税額のうち仕入税額控除した額が確定した場合には､その額を速やかに報告し､当該金額を返還しなければならないこととなっている｡

（注）

仕入税額控除　　課税売上高に対する消費税額から課税仕入れに係る消費税額を控除すること

しかし､同法人は､補助事業完了後の消費税の確定申告の際に､補助金に係る消費税額のうち仕入税額控除した額が2,059,857円と確定していたのに､この額について報告及び返還を行っておらず､不当と認められる｡

このような事態が生じていたのは､同法人において補助事業における消費税の取扱いに対する理解が十分でなかったこと､茨城県において補助事業における消費税の取扱いについての指導が十分でなかったことなどによると認められる｡