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本院は、厚生労働本省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、厚生労働省は、本院指摘の趣旨に沿い、6年度以降の一体的実施特別交付金の対象経費について、市区町村が負担していない医療専門職の人件費に係る消費税相当額を含めずに算定することとし、6年3月に、「令和6年度特別調整交付金交付基準(算定省令第6条第9号関係)」を制定して、広域連合等に周知する処置を講じていた。