この特別会計は、一般会計、特別会計等からの繰入資金による国債、借入金等の償還及び利子等の支払に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
52年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額、収納済歳入額ともに9兆3568億8798万余円、歳出では、支出済歳出額8兆3095億6433万余円、翌年度繰越額1兆0434億2037万余円、不用額1499億1169万余円となっている。翌年度繰越額及び不用額はすべて国債整理基金支出(歳出予算現額9兆5028億9640万余円)の分である。
上記の支出によって、国債5057億7538万余円、借入金3兆7785億7334万余円、短期証券1兆5121億6500万円が償還され、また、国債利子1兆8934億3357万余円、借入金利子2814億4381万余円、短期証券割引料2829億9290万余円が支払われている。