この特別会計は、国が行うあへんの収納、輸入又は売渡しの事業に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
52年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額、収納済歳入額ともに11億1520万余円、歳出では、支出済歳出額8億8943万余円、不用額4億9863万余円となっている。不用額の主なものはあへん購入費(歳出予算現額11億1512万円)の2億5601万余円である。
上記の収入支出に係る業務実績の主なものは、あへんの購入5,211kg(モルヒネ量。以下同じ。)、売渡し4,811kgで、年度末における保有量は6,323kgとなっている。
なお、52年度における損益についてみると、売上高等の利益8億9893万余円、売上原価等の損失7億7232万余円で、1億2661万余円の利益を生じており、この利益は53年度に積立金に組み入れられている。また、積立金の52年度末現在額は11億2722万余円となっている。