この特別会計は、一般会計、特別会計等からの繰入資金による国債、借入金等の償還及び利子等の支払に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
54年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額、収納済歳入額ともに15兆7934億5525万余円、歳出では、支出済歳出額13兆2924億8965万余円、翌年度繰越額2兆4991億3919万余円、不用額299億4074万余円となっている。翌年度繰越額及び不用額はすべて国債整理基金支出(歳出予算現額15兆8215億6959万余円)の分である。
上記の支出によって、国債1020億2261万余円、借入金6兆6098億1344万余円及び短期証券2兆1590億円が償還され、また、国債利子3兆2441億6179万余円、借入金利子5503億9184万余円及び短期証券割引料5589億0973万余円が支払われている。