この特別会計は、国が管掌する船員保険事業を経営するため及び船舶所有者からの児童手当拠出金に関する経理を行うため設置されているものである。
54年度の歳入歳出決算についてみると、歳入では、徴収決定済額1986億3087万余円、収納済歳入額1950億4840万余円、不納欠損額2億3702万余円、収納未済歳入額33億4544万余円、歳出では、支出済歳出額1742億8053万余円、翌年度繰越額2億8893万余円、不用額295億6249万余円となっている。
不納欠損額の主なものは保険料収入(徴収決定済額1469億0966万余円)の2億1521万余円、収納未済歳入額の主なものは、保険料収入の27億9750万余円、雑収入(同15億0085万余円)の5億3363万余円であり、また、翌年度繰越額はすべて福祉施設費(歳出予算現額84億8712万余円)の分であり、不用額の主なものは、保険給付費(歳出予算現額1811億2681万余円)の167億7983万余円、福祉施設費の12億4420万余円である。
前記の経理の基礎となった船員保険の被保険者は54年度末で21万余人となっており、また、前記の支出に係る業務実績の主なものは、医療の給付に係る542億2305万余円の支払、傷病手当金等の現金給付197億3449万余円、失業保険金等103億6088万余円及び老齢年金等800億2854万余円の支給である。
なお、54年度における損益についてみると、保険料等の利益1944億1718万余円、保険給付費等の損失1724億2858万余円で、219億8859万余円の利益を生じており、前年度からの繰越利益と合わせ4233億4289万余円が翌年度へ繰り越されている。
また、54年度末における積立金の現在額は3782億0753万余円となっている。