大阪大学では、医学の臨床教育及び研究を行うため、医学部附属病院(以下「大学病院」という。)で毎年多量の電気及びガスを使用し電力会社及びガス会社にそれぞれ電気料金及びガス料金を支払っている。これらの料金には、地方税法(昭和25年法律第226号)に基づき大阪市に納付する電気税とガス税とが含まれているが、同法等によれば、大学病院の施設で使用する電気及びガスのうち直接教育又は学術研究の用に供するものに対しては課税することができないこととされているのに、同市が決定した課税対象の範囲をそのまま受け入れていたため過大な税金を納付することとなっていて、適切とは認められない事態が見受けられたので、大学病院の施設について課税対象又は非課税対象の把握に努めてそれを明確化し同市と折衝するなどして納付税額の適正化を図る要があると認め、昭和62年12月に是正改善の処置を要求した。
これに対し、大阪大学では、本院指摘の趣旨に沿い、大学病院の施設について課税対象又は非課税対象を明確化し大阪市と折衝するなどして、63年7月に大学病院における電気税及びガス税の納付税額の適正化を図る処置を講じた。