国会からの検査要請事項に関する報告

<参考：報告書はこちら>

第３　特別会計の状況に関する会計検査の結果について

１　検査の背景及び実施状況

（１）検査の要請の内容

　会計検査院は、平成１７年６月８日、参議院から、下記事項について会計検査を行い、その結果を報告することを求める要請を受けた。

（２）平成１５年度決算審査措置要求決議の内容

　参議院決算委員会は、１７年６月７日に検査を要請する旨の上記の決議を行っているが、同日に「平成１５年度決算審査措置要求決議」を行っている。
　このうち、上記検査の要請に関連する項目の内容は、以下のとおりである。

（３）特別会計の設置状況

　特別会計は、財政法（昭和２２年法律第３４号）第１３条において、〔1〕特定の事業を行う場合、〔2〕特定の資金を保有してその運用を行う場合、〔3〕その他特定の歳入をもって特定の歳出に充て一般の歳入歳出と区分して経理する必要がある場合に限り、法律をもって設置できるとされており、１７年度末現在で表１のとおり、３１会計ある。
　これらの特別会計全体の１６年度における収納済歳入額は４１９兆円、支出済歳出額は３７６兆円となっている。

（４）検査の観点、着眼点及び方法

　今回の検査においては、合規性、経済性・効率性、有効性等の観点から、主として特別会計における財政統制の面に着眼し、各特別会計の予算決算関係書類等に基づき分析するとともに、各特別会計を所管している又は出資法人の主務省等である内閣府ほか９省（１５省庁）及び特別会計の出資先又は補助金の交付先である独立行政法人日本原子力研究開発機構（旧核燃料サイクル開発機構）ほか７箇所について実地検査を実施した。

２　検査の結果

（１）情報公開等、透明性の状況

　特別会計の財務等に関する財政情報は、予算決算関係書類が国会に提出されているほか、各種の媒体を通して国民がアクセス可能な状況となっているが、分量が膨大で内容も多岐にわたることから、必要な情報の有無等が把握しにくい場合がある。
　そこで、各種の媒体のうち、予算決算関係書類等において、国の財政の透明性をみる上でポイントと考えられる項目につき具体的にどのような財政情報が提供されているかをみると、次のとおりである。

ア　財源面における透明性の状況

〔1〕 一般会計からの繰入額については、いずれも予算書・決算書の科目名称「一般会計より受入」から把握することができるが、各特別会計における歳入合計額に対する一般会計からの繰入額の割合については、率という形では、定期的に作成されている媒体では提供されていない。
〔2〕 特定財源の額については、予算書・決算書においては、直入分は特定財源の具体的名称が歳入科目の「目」の名称になっていることから把握できるが、一般会計経由分は、特定財源以外の一般会計からの繰入額と合わせて「一般会計より受入」として表示されているため、把握できない状況となっている。

イ　歳出面における透明性の状況

〔1〕 一般会計からの繰入金の使用状況については、歳出を一般会計からの繰入金、特定財源、固有財源等の財源別に区分して整理することとされておらず、一部の特別会計を除き、その情報は提供されていない。
〔2〕 特別会計が支出している人件費及び事務費の額については、それぞれに該当する「目」の額を合計するなどしないと把握することができないものが多い。
〔3〕 予算と決算の対比については、一般会計と同様、事項と「項」が同じ区分となっている場合を除き、予算書・決算書において事項別に対比することはできず、また、予算で示されている「目」の積算内訳に対応する執行実績は、決算では示されていない。
〔4〕 繰越額については、科目ごとの金額並びに勘定ごとの繰越種類別金額及び発生事由が、不用額については、科目ごとの金額及び「項」ごとの発生事由がそれぞれ決算書等において示されているが、繰越額・不用額の推移に関する情報は、一覧できる形では提供されていない。また、決算剰余金については、金額と処理状況は決算書において示されているが、発生事由を説明した情報はほとんど提供されておらず、積立金等については、年度末残高の額及び推移に関する情報が予算書又は決算書において示されているが、妥当な保有規模を表す基準を具体的な額又は率で示した情報を提供しているものはほとんどない。
〔5〕 一般会計と他の特別会計が同一の出資法人に出資し又は補助金等を交付している場合、それらを集計した形での一覧情報は提供されていない。

ウ　特別会計全体の財務等に関する透明性の状況

　特別会計には、一般会計や各特別会計相互間、同一特別会計の勘定間の資金の繰入れ等の歳入歳出の重複以外にも、実質的に国内部の取引として捉えられるものとして、資金が年度を越えて移動したと捉えられる前年度剰余金等の受入れや歳入歳出外で経理されている積立金等との間の資金の受払いがある。しかし、このような取引区分別にみた財政収支の内訳を示しているものはない。
　また、特別会計の歳出科目には、一般会計と同じような主要経費別分類（社会保障関係費、公共事業関係費等の重点施策の種類を示すもの）を示すコード番号が付されていないため、主要経費別分類によって、財政全体としての資源配分の状況を把握することはできない状況となっている。

（２）繰越額・不用額、決算剰余金、積立金等残高の推移

ア　特別会計の繰越額・不用額の状況

（ア）特別会計全体の繰越額・不用額の動向

　特別会計全体の１４年度から１６年度までの繰越額と繰越率（歳出予算現額に対する繰越額の割合）、不用額と不用率（歳出予算現額に対する不用額の割合）は、表２のとおりである。

（イ）多額の繰越額が継続している特別会計

　１４年度から１６年度まで３年間連続して１００億円以上の繰越額が発生している特別会計は、１０会計（１２勘定）である。このうち、３年間連続して繰越率が１０％以上となっているのは、表３のとおり、４会計（５勘定）であり、いずれも公共事業特別会計である。これらに共通する繰越事由は、主として、事業計画の変更、用地交渉の遅延などとしている。

　これら４会計（５勘定）について、歳出予算現額に対する補正予算額の占める割合と繰越率の関係をみると、おおむね同様の動きを示しており、公共事業特別会計では、補正予算の規模が繰越率に影響する面があることがうかがえる。
　また、多額の繰越額が継続している科目についてみると、１４年度から１６年度まで３年間連続して繰越率３０％以上かつ繰越額１億円以上の「目」は、５会計（６勘定）の８目であるが、この中には、翌年度に補助金申請が見込まれる額を支出残額の繰越しとしたものの、翌年度における繰越額の執行状況をみると、全額を不用額としているものも見受けられた。

（ウ）多額の不用額が継続している特別会計

　１４年度から１６年度までの３年間連続して１００億円以上の不用額が発生している特別会計は、１８会計（２８勘定）である。このうち、３年間連続して不用率が１０％以上となっているのは、表４のとおり、８会計（１０勘定）である。

　これらに係る不用額の主な発生事由は、次のとおりである。
〔1〕 保険事業特別会計である地震再保険、貿易再保険両特別会計については、支払対象となる保険事故が発生していないため、又は少なかったためとしている。
〔2〕 食糧管理（輸入食糧管理、輸入飼料）、自動車損害賠償保障事業（保険料等充当交付金）、外国為替資金各特別会計については、それぞれ、輸入食糧及び輸入飼料の買入価格や買入数量が予定より低かったり、少なかったりしたこと、自動車損害賠償保障保険料等の一部に充当するための交付金の対象契約を多く見込んだこと、予見し難い将来の為替介入に対応して積算した外国為替資金証券の割引料が少なくて済んだことのほか、いずれの特別会計も、相当額を計上していた予備費を使用する事態が生じなかったためとしている。
〔3〕 農業経営基盤強化措置特別会計については、近年の農業を取り巻く環境下では、借入れをしてまで新規に投資しようとする農業者が少ないことなどから、農業改良資金等の資金需要が低下したことなどのためとしている。
〔4〕 電源開発促進対策特別会計（電源立地、電源利用）については、地元との調整が難航し事業の開始に至らなかったこと、予定より補助申請が少なかったこと、事業実施者数が予定を下回ったことなどのためとしている。
〔5〕 石油及びエネルギー需給構造高度化対策特別会計（石油及びエネルギー需給構造高度化）については、借入金の償還が予定より少なかったこと、国家石油備蓄の緊急放出をせずに済んだこと、補助申請が予定を下回ったことなどのためとしている。
　また、多額の不用額が継続している科目についてみると、１４年度から１６年度まで３年間連続して不用率３０％以上かつ不用額１億円以上の「目」は、２５会計（４４勘定）の（目）予備費のほか、１８会計（２６勘定）の４３目である。

イ　特別会計の決算剰余金の推移

（ア）特別会計全体の決算剰余金の動向

　特別会計全体の１４年度から１６年度までの決算剰余金と剰余金率（収納済歳入額に対する決算剰余金の割合）は、表５のとおりである。

（イ）多額の決算剰余金の発生が継続している特別会計

　１４年度から１６年度まで３年間連続して５００億円以上の決算剰余金が発生している特別会計は、１４会計（１６勘定）である。このうち、剰余金率３０％以上のものは、表６のとおり、６会計（７勘定）である。

　これらに係る決算剰余金の発生事由等は、保険事業特別会計である貿易再保険特別会計については、対象となる保険事故が少なかったことなどであり、それ以外については、次のとおりである。
〔1〕 農業経営基盤強化措置特別会計については、各年度とも不用額の発生要因と同様、貸付金の繰上償還等の影響によるほか、近年の農業を取り巻く環境下では借入れをしてまで新規に投資しようとする農業者が少ないことなどから、農業改良資金等の資金需要が低下したことなどのためとしている。
〔2〕 特許特別会計については、収支相償の原則の下、中長期的に収支がバランスする仕組みにより運営してきているが、実際の審査等が特許料等収入を受け入れる年度より後になるため一時的に前受金的な決算剰余金が生じること、特に、特許法（昭和３４年法律第１２１号）改正により、１３年１０月から審査請求期間が短縮化されたことに伴い、審査請求及び特許料等収入が急増し、審査未着手件数が増加していることなどによるとしている。同会計の決算剰余金は、将来発生する費用に充当するため、特許特別会計法（昭和５９年法律第２４号）では、翌年度の歳入に繰り入れることとしている。なお、同法では、政令で定める金額を除いた額は一般会計に繰り入れることができると規定しているが、この政令は制定されていない。
〔3〕 自動車損害賠償保障事業特別会計（保障）については、歳入に未経過賦課金が含まれていること、また、各年度とも政府保障事業対象となる事故の発生が少なく、保障金等の支払額が少なかったことなどのためとしている。
〔4〕 外国為替資金特別会計については、各年度とも外貨資産運用による運用収入に比べて外国為替資金証券の発行コストが低水準にとどまったこと、また、為替介入の結果売買差益が発生したことなどのためとしている。
〔5〕 電源開発促進対策特別会計（電源立地、電源利用）については、各年度とも原子力発電施設の立地の遅れ、新技術エネルギー導入に当たっての問題点の存在等から歳出予算の執行が予定より下回る一方、特定財源である電源開発促進税は歳出規模に連動せず直入されることなどが発生要因である。

（ウ）決算剰余金の処理

　１６年度の決算剰余金の４３．４兆円の処理状況は、表７のとおりとなっている。

　決算剰余金が上記の各方法で処理された後、翌年度以降においてそれぞれどのような性質の財源に充てられているかを、翌年度歳入への繰入額のうち整理区分特別会計等を除いた４．８兆円についてみたところ、表８のとおり、翌年度以降の見合い財源として確保しておくべき額が自動的に確定している財源部分（確定分）と未定の財源部分（未定分）とに大別できる。決算剰余金はその種類を問わず適正かつ効率的に利活用することは当然であるが、未定分２．４兆円のうち各特別会計やその財源の性格、事業に対する需要の動向等からみて可能なものについては、財政資金の有効活用を図る観点から、一般会計への繰入れも含めてその活用を図るなどの検討を行うことが特に重要になってくると考えられる。

ウ　特別会計の積立金等残高の推移

（ア）特別会計に設置されている積立金の状況

　特別会計に設置されている積立金等は、１６年度末現在で１８会計（３０勘定）に３３資金あり、現在又は将来における事業の財源に充て、あるいは決算上の不足に備えることなどを目的として設置されている。これらの積立金等の主たる財源は、決算剰余金の全部又は一部、一般会計からの繰入金等である。
　１６年度末現在における積立金等のうち、資金運用特別会計の「財政融資資金」及び「外国為替資金」を除く３１資金の残高をみると、全体では２０１．４兆円ある。

（イ）積立金等に係る積立額の基準及び規模

　３１資金については、保有規模に関する具体的な基準を定めているものはほとんどなく、積立金等の資金規模の適正水準について、判断できない状況となっている。そこで、仮の目安として、各積立金等の残高が、どの程度の水準となっているかを表す資金保有倍率（過去１０年間又は７年度以降に設置された積立金等は資金設置以降の期間における積立金等の使用実績のうちピークとなった年度の額で積立金等の１６年度末残高を除したもの）という指標を用いて３１資金を統一的に比較した。
　３１資金のうち１６年度末現在で残高のある２７資金についてみると、上記の期間使用実績のないものは１０資金あり、また、使用実績のある１７資金のうち、資金保有倍率が１００以上となっているものが３資金ある。これらの資金には、将来の保険料等の引上げを抑制して次世代の負担を軽減したり、異常災害等保険事故の発生に備えたりするための積立金等のほか、各年度の決算上の不足に充てることを目的としているが、結果的にそのような事態が発生しなかったものもある。

エ　政府の対応状況

　１８年度予算では、財政融資資金特別会計の積立金のうち１２兆円を国債整理基金特別会計に繰り入れ、さらに、外国為替資金、産業投資、電源開発促進対策、農業経営基盤強化措置各特別会計の剰余金の活用を図るため計１兆８３１２億円を一般会計に繰り入れることとし、合計１３兆８３１２億円を財政健全化に活用することとしている。また、現在、全額直入となっている電源開発促進税（特定財源）は、１９年度には、一般会計の歳入に組み入れた上で必要な金額を特別会計に繰入れとすることが予定されている。

（３）電源開発促進対策、財政融資資金及び農業経営基盤強化措置の各特別会計における予算の執行状況

ア　電源開発促進対策特別会計における予算の執行状況、特に予算積算との対比

　電源開発促進対策特別会計（以下、アにおいて「電源特会」という。）の歳出については、予算の執行に当たって、予算成立後の状況変化に応じて執行を見合わせる必要が生じたり、より効率的な執行が可能となったりして、予算積算額と実績額との間に開差が生ずることは考えられるが、予算積算をしているものの執行実績がない状況や、予算積算がないまま執行されている状況が継続しているなどの事態が見受けられた。一方、電源特会を所管する文部科学省、経済産業省（資源エネルギー庁）等では、国会等における特別会計の見直しの議論なども踏まえ、政策・歳出構造の見直しを行い、原子力などの長期固定電源に支援を重点化するなどとともに、広報関連予算を圧縮したり、過去の予算執行の実績等を踏まえて、予算の積算見積りと執行実態とのかい離を是正したりなどするとしている。そこで、抽出した電源立地勘定の７つの目の内訳及び電源利用勘定の５つの目又は目の内訳計１２の目又は目の内訳の歳出予算額について分析したところ、前記の予算積算をしているものの執行実績がないなどの事態が見受けられた各項目などについて精査するなどした結果、１８年度歳出予算額が１６年度予算額に比べ減少している。
　また、同特会の歳入については、電源立地勘定において、周辺地域整備資金への繰入れが開始されたことなどにより、１８年度の「前年度剰余金受入」の歳入予算額は、結果として対１６年度比４９．８％に減少しているが、電源利用勘定の「前年度剰余金受入」の１８年度歳入予算額は、前々年度である１６年度の純剰余金の額が引き続き多額であったため、対１６年度比１１２．２％に増加している。両勘定の「前年度剰余金受入」の収納率（歳入予算額に対する収納済歳入額の割合）が１５０％以上であるような状況を継続させないだけでなく、これを可能な限り低減させるためには、過去の実績を勘案するなどして歳出予算額の見積りを行うことにより、歳出予算額に多額の不用額を発生させ、ひいては多額の剰余金を発生させることのないよう努力を続けることが必要である。
　本院は、平成１６年度決算検査報告において電源特会の剰余金の状況について掲記したところであるが、電源特会全体についてみると、今後、同特会において一般会計への繰入れなどの新たな施策が見込まれている状況の中で、歳入及び歳出予算の積算において過去の実績等を勘案するなど一層精査することなどにより、予算積算と執行との間の開差を小さくするよう改善を図っていくことが望まれる。

イ　財政融資資金特別会計における予算の執行状況、特に予算積算との対比

　財政融資資金特別会計における歳出科目（項）のうち「事務費」を対象として、１４年度から１６年度までの予算額と決算額を科目（目）別に対比するなどして予算の執行状況について検査した（１６年度予算額６４億５９６２万円、決算額５８億０３８１万円）。
　「事務費」の執行状況をみたところ、一部の科目（目）において、継続して支出率が０％ないし５０％未満の低率となっていた。また、予算科目の目的に沿わない執行は見受けられなかったが、執行実績と予算積算を対比したところ、表９のとおり、予算積算がないまま執行が継続している経費や、表１０のとおり、予算積算をしているものの未執行が継続している経費が一部見受けられた。さらに、複数の事項内訳のものを一体として執行しているなどのため、決算額を事項内訳に区分できず、その対応関係が明確になっていない経費が見受けられた。
　予算の執行に当たって、予算成立後の状況の変化に応じて執行を見合わせたり、効率的な執行が行われたりしたことなどの結果として、年度によっては、支出率が低率となったり、想定した予算積算に沿って執行が行われなかったりする場合もある。しかし、予め立目しておく必要性があるものなど特段の事情がある場合を除き、執行実績と予算積算がかい離している状態が継続すること、また、予算の科目及び事項内訳別に積算された内容と決算額との関連が的確に把握できない状態にあることは、予算による執行に対する統制や執行結果に基づく歳出の合理化が困難となるおそれがある。
　財政融資資金特別会計については、１８年度予算で、過去の実績を踏まえて予算額を減額するなどの見直しを行うなどしたところであるが、今後とも、歳出の合理化に向けた予算執行管理の徹底を図るとともに、決算の内容を次年度以降の予算へ適切に反映させていくことが重要である。

ウ　農業経営基盤強化措置特別会計における予算の執行状況、特に決算剰余金の処理状況

（ア）平成１６年度決算検査報告に掲記した事項の概要

　本院では、「農業経営基盤強化措置特別会計における決算剰余金等の状況について」の検査の状況を、平成１６年度決算検査報告に「特定検査対象に関する検査状況」として掲記していて（平成１６年度決算検査報告参照 ）、その概要は以下のとおりである。

（イ）平成１６年度決算検査報告を踏まえた農林水産省の方策

ａ　農業経営基盤強化措置特別会計法第８条ただし書における政令の制定

　農林水産省では、１８年１月に農業経営基盤強化措置特別会計法施行令（昭和２１年勅令第６２３号）を改正し、決算剰余金を一般会計の歳入に繰り入れる際に控除する金額を定めるための規定を整備した。

ｂ　１７年度決算における決算剰余金の一般会計への繰入れ

　農林水産省では、従来、決算剰余金を翌年度の歳入に全額繰り入れていたが、１７年度決算における決算剰余金については、１８年度予算編成時において基盤特会における資金需要を精査し、財政資金の有効活用を図る観点から、２９５億円を１８年度一般会計の歳入へ繰り入れることとし、１８年８月に繰入れを行った。

ｃ　全国協会に対する補助金交付額の変更及び全国協会からの返還

　全国協会に対しては、１７年度当初予算において１３０億１２３４万円の補助金交付を予定していたが、全国協会における事業の執行状況を勘案し、６４億４１００万円の交付を見合わせるなどして、交付額を６３億４７５４万円とした。また、基金における資金需要を精査し、使用見込みのない資金として、計３２億４２７８万円を基盤特会に１７年度に返還させた。さらに、農地保有合理化事業資金供給事業に係る基金を廃止することにより、当該基金の１７年度末残高５４億８７９４万円のうち、全国協会が預金として保有している４６億２７５１万円を国庫へ１８年８月に返還させた。

ｄ　１８年度予算における措置

　基盤特会の歳入歳出予算は従来均衡していたが、１８年度においては歳入予算額を５０５億４９４２万円（前年度５０５億５６２２万円）、歳出予算額を３９６億４９９２万円（前年度５０５億５６２２万円、対前年度比７８．４％）とした。
　基盤特会については、１９年度において食糧管理特別会計との統合が予定されているところでもあり、本院としては、基盤特会における事業の運営状況等について、引き続き注視していくこととする。

（４）産業投資及び電源開発促進対策の両特別会計における政府出資法人への出資の状況

ア　産業投資特別会計産業投資勘定から研究開発法人への出資状況と出資先の財務状況

　１３年度から１７年度までの間における産業投資特別会計産業投資勘定（以下、アにおいて「産投勘定」という。）から７の研究開発法人への出資状況については、出資先の１２年度末出資残高（１１勘定）５１１４億円、１３年度から１７年度までの１８勘定の合計で、新規出資額１２２８億円、出資回収額３９億円、出資償却額２８７９億円、７研究開発法人以外からの承継額５億円となっており、１７年度末出資残高は６法人１４勘定で３４２８億円（省庁別財務書類算定方法による評価額１１０４億円）である。
　１３年１２月の特殊法人等整理合理化計画等により、研究開発法人が委託又は出資により行う研究開発業務等は、収益改善策を検討しつつ、外部有識者による評価に基づき、収益可能性のある場合等に限定することとなった。このことなどから、廃止された基盤技術研究促進センターを除く６研究開発法人への産投勘定からの新規出資額は、１３年度から１７年度まで順次３４６億円、２５８億円、２４３億円、２１３億円、１６６億円となっており、減少傾向にある。
　本院において、上記の１８勘定を１７年度までの業務状況等から態様別に区分すると、表１１のとおり、〔1〕引き続き事業を実施していく勘定（事業型勘定）は５勘定、〔2〕既に実施した出資金等の管理、回収業務のみを行うなどしていく勘定（管理型勘定）は９勘定、〔3〕事業の終了により廃止した勘定（廃止勘定）は４勘定である。

　１７年度末の出資先（研究開発法人）の財務状況を勘定の態様別にみると次のとおりとなっている。

〔1〕 事業型勘定５勘定への産投勘定出資残高は１７５３億円であり、その財務状況は５勘定で繰越欠損金１５９６億円（産投勘定出資相当分１４２８億円）を抱えている。しかし、収益改善措置の効果の発現の状況が見えてくるまでにはなお時間を要することなどから、現段階において、将来の状況を見極めるのは困難である。事業型勘定の財務状況等及び新規事業の採択の適正性については、引き続き、注視していくことが必要である。
〔2〕 管理型勘定９勘定への産投勘定出資残高は１６７５億円であり、その財務状況は８勘定で繰越欠損金１０４４億円（産投勘定出資相当分９８７億円）を抱えている。９勘定の１７年度末の資産総額は８１６億円、負債総額は８５億円、差引き純資産額は７３１億円（産投勘定出資相当分６８９億円）である。管理型勘定に対する産投勘定出資額の回収については、この純資産が基礎になる。管理型勘定へ産投勘定から出資した額については、各勘定の財務諸表等によりその債券等及び株式等の資産状況に留意し、産投勘定への回収状況等を注視していくことが必要である。
〔3〕 廃止勘定４勘定は、勘定廃止の際に産投勘定出資償却額が生じており、その合計額は２８７９億円となっていた。このように多額の出資償却額を生じた事態については、今後の産投勘定の出資に当たり十分に留意する要がある。

イ　電源開発促進対策特別会計から核燃料サイクル開発機構への出資状況と機構の財務状況

（ア）核燃料サイクル開発機構の概要

　核燃料サイクル開発機構（以下「サイクル機構」という。）は、１０年１０月１日に動力炉・核燃料開発事業団が移行したものであり、１７年１０月１日に解散し、同日、サイクル機構及び日本原子力研究所の権利及び義務を承継した独立行政法人日本原子力研究開発機構（以下「新機構」という。）が設立されている。

（イ）国の出資状況

　サイクル機構の収入支出は、国の一般会計からの出資金、補助金等に係る収入支出を経理する法人一般会計と、電源開発促進対策特別会計からの出資金、補助金等に係る収入支出を経理する法人特別会計の各会計に区分して整理することとなっている。
　サイクル機構（動力炉・核燃料開発事業団の期間も含む。）の昭和４２年度から平成１７年度（１７年度は９月３０日）までの収入決定済額は累計５兆２４８８億円（うち法人特別会計分３兆２４３５億円）である。収入決定済額累計のうち政府出資金は２兆９０７０億円（うち法人特別会計分１兆４６９０億円）で、国の出資金が収入の過半を占めている。なお、政府出資金の総額は、上記の２兆９０７０億円に昭和４２年１０月の設立時に引き継いだ原子燃料公社に対する政府出資１５５億円を加えた２兆９２２５億円である。

（ウ）サイクル機構の財務状況

　サイクル機構における損益構造をみると、補助金部門においては、平成１３年度以前は国の補助金及び事業外収入を収入として、役職員給与等を支出しており、いずれも損益計算書の収益及び費用に計上されるため、損益は基本的に均衡することとなる。出資金部門においては、１３年度以前は出資金並びに事業収入、事業外収入、借入金及び繰越金を収入として、研究開発に係る運営費や施設整備費等を支出している。収入については、事業収入及び事業外収入は収益に計上されるが、サイクル機構の主な財源となっている出資金は資本の増加となり収益には計上されない。一方、支出については、借入金返済を除き、すべて当年度の費用又は減価償却費等として後年度にわたる費用として費用化されることから、毎年度多額の損失金が発生し、１３年度末現在の欠損金は２兆３７３９億円となっている。
　１４年度以降は出資金に代わり、研究費補助金や施設整備費補助金が交付されることとなり、これらは収益に計上されるため、これらの補助金に係る収入支出に関しては、基本的に損益は均衡することとなった。そして、主として１３年度以前に取得した固定資産の減価償却費により毎年度損失金が発生しているが、その額は減少してきていて、１７年９月３０日現在の欠損金は２兆５６５７億円となっている。

（エ）新機構への資産及び負債の承継

　サイクル機構の最終貸借対照表の資産合計５５０７億円のうち、１７年９月３０日現在の一定額以上の資産を時価評価して、土地等が４７億円の評価増となり、時価評価したすべての資産５５４３億円と、資産見返補助金等６２４億円を除くすべての負債３７８億円を新機構の資産及び負債として承継した。そして、表１２のとおり、開始貸借対照表のうちサイクル機構から承継した資産、負債及びその差額については、新機構の電源利用勘定及び一般勘定として整理したが、資本金は最終貸借対照表の３兆０１６１億円（うち政府出資金２兆９２２５億円）から５１６４億円（同５００４億円）と大幅に減少した。

（５）各特別会計の財政統制の状況

　上記の（１）から（４）までの検査結果からみた各特別会計における財政統制上の課題は、次のとおりである。

ア　特別会計における透明性について

　国の会計の財務等に関し、その情報を積極的に国民に提供し、財政の透明性を高めていくことは、国の会計に対する財政統制を有効に機能させるための前提となるものである。しかし、前記（１）のとおり、透明性の確保は必ずしも十分には図られていない状況となっている。

イ　繰越額・不用額について

　繰越額・不用額の発生は、予算の執行上、当然その発生は想定されるものではあるが、その額が多額かつ継続的に発生していながら見直しがなされていない特別会計については、当該特別会計の事業の性格上やむを得ないものを除き、繰越しを例外的に認めている制度の趣旨及び決算の予算への的確な反映という要請からみて財政統制が十分に機能しているとは必ずしもいえない状況にあると認められる。

ウ　決算剰余金について

　特別会計の中には、各年度とも同種の事由により、多額の決算剰余金が継続して発生しているものが見受けられ、また、決算剰余金の処理として翌年度の歳入に繰り入れられる金額の中には、その有効活用を図るなど決算剰余金を縮減する措置の検討対象とすることが特に重要と考えられる部分も少なからずある。
　多額の決算剰余金が継続して発生する背景については、上記の繰越額・不用額の継続的な発生のほか、特別会計によっては、歳出規模に連動せず直入される特定財源があることがその要因の一つになっているものもあり、財政資金の効率的活用を図る上で、財政統制が機能しにくい状況となっている。

エ　積立金等について

　積立金等の保有量については、設置目的、使途、特別会計の事業規模等に応じ、それぞれ適正規模があると考えられるが、ほとんどの資金においては、そのような基準を具体的に定めていない。このため、積立金等の残高が適正な水準であるかどうかを判断できず、資金の有効活用を図る上での財政統制が機能しにくい状況となっている。

オ　予算積算と執行状況の対比について

　予算の執行に当たっては、予算成立後の状況変化に応じ、執行を見合わせる必要が生じたり、より効率的な執行が可能となったりして、予算積算とかい離が生じる場合があることは考えられる。しかし、特段の事情がない限り、執行実績と予算積算とがかい離している状態が継続すること、また、予算積算と執行実績とが対比できない事態が継続することは、財政統制が働きにくくなるおそれがある。

カ　出資法人への出資の状況について

　産業投資特別会計産業投資勘定の出資法人の財務状況をみると、１７年度末において、ほとんどの勘定は繰越欠損金を抱えており、その合計額は２６４１億円（産業投資勘定出資相当分２４１６億円）に上っている。また、電源開発促進対策特別会計の出資先であるサイクル機構における解散時の財務状況をみると、欠損金は２兆５６５７億円（特別会計からの出資金等に関する会計に係る分は１兆１８６８億円）に上っている。
　科学技術の研究開発に係る法人に対する国からの出資に関して、国は、出資法人に対し、新規事業の採択の適正性、財務状況等について常に注視し、適切な管理を行う要がある。

３　検査の結果に対する所見

　各府省が所管する特別会計について、参議院からの検査要請に基づき、財務等の情報に関する透明性、多額な繰越額・不用額、決算剰余金の状況、積立金等の残高の状況、予算の執行状況、特に予算積算との対比及び出資法人への出資の状況に関し、財政統制の面に着眼して検査した。
　これらの検査結果は、上記２の各項に記述したとおりであるが、本報告で特別会計の課題として示した事項については、政府においても、現在、特別会計に係る事務事業の合理化及び効率化を図り、国民への説明責任を十分に果たせるようにするとともに、財政の健全化に向けた特別会計改革への取組を行っている。
　特別会計は、一般会計とともにその財政活動を通して国民生活に大きな影響を及ぼしており、今後に予定されている統合等を経て特別会計が一新されたとしても、その財政活動に期待される基本的な役割は変わらないと考えられる。
　したがって、一般会計の厳しい財政の現状にかんがみ、各特別会計の今後の財政運営に当たっては、特別会計を所管している各府省において、次のような点に留意して見直しを進めるとともに、政府一体として、「簡素で効率的な政府を実現するための行政改革の推進に関する法律」（平成１８年法律第４７号）等の趣旨に沿い、財政状況の一覧性の確保、剰余金及び積立金の縮減等現在行っている特別会計の改革を着実に実施し、各特別会計における財政統制をより実効あるものにしていくことが重要である。
ア　一般会計からの繰入金や特定財源、繰越額・不用額、決算剰余金や積立金等、出資法人に対する出資等について、更に分かりやすい情報提供に努め、各特別会計の透明性の向上を図ること
イ　予算の執行状況や決算の精査、分析を一層徹底し、その結果を的確に予算に反映させること
ウ　決算剰余金及び積立金等の内容や残高に留意し、各特別会計やその財源の性格、事業に対する需要の動向等からみて可能な場合は、下記の方策等を講ずることにより、一般会計への繰入れも含めてその有効活用を図るなどの検討を行うこと
（ア）決算剰余金の一般会計への繰入れ等に必要な規定の整備を図ること
（イ）積立金等の適正な保有規模について検討すること
エ　事務事業の適切な管理を図り、歳出の合理化に向けた予算執行管理を徹底すること
オ　出資法人に対して、新規事業の採択の適正性、財務状況等について常に注視するなど出資者として適切な管理を行うこと
　本院としては、上記の各項を含む特別会計全体の見直しに関する進展を注視するとともに、各特別会計における財政統制の状況について、今後とも多角的な観点から検査を実施していくこととする。