社会保険診療報酬の所得計算の特例に係る租税特別措置が有効かつ公平に機能しているかの検証を行い、当該特例について、その目的に沿ったより適切なものとするための検討を行うなどの措置を講ずるよう意見を表示したもの

（１）　社会保険診療報酬の所得計算の特例に係る租税特別措置が有効かつ公平に機能しているかの検証を行い、当該特例について、その目的に沿ったより適切なものとするための検討を行うなどの措置を講ずるよう意見を表示したもの

【意見を表示したものの全文】

　　　社会保険診療報酬の所得計算の特例に係る租税特別措置について

　標記について、会計検査院法第３６条の規定により、下記のとおり意見を表示する。

１　制度の概要

（１）　租税特別措置の概要

　租税特別措置（以下「特別措置」という。）は、所得税法（昭和４０年法律第３３号）、法人税法（昭和４０年法律第３４号）等で定められた税負担に対して、租税特別措置法（昭和３２年法律第２６号。以下「措置法」という。）に基づいて、特定の個人や企業の税負担を軽減することなどにより、国による経済政策や社会政策等の特定の政策目的を実現するなどのための特別な政策手段であるとされている。
　税収の減少をもたらす特別措置には、税額控除や所得計算上の特別控除等の手法を用いて税の減免になるものなどがあり、税の減免は、実質的には減免された税額相当額の補助金を交付したことと同様の効果があるといわれている。

（２）　社会保険診療報酬の所得計算の特例の概要

　税の減免に該当する特別措置として、医業又は歯科医業を営む医師又は歯科医師（以下「医業事業者」という。）に対する社会保険診療報酬の所得計算の特例（措置法第２６条。以下「特例」という。）がある。この特例は、小規模医療機関の事務処理の負担を軽減することにより、その経営の安定化を図り、良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保を図ることを目的として、各年において、社会保険診療につき支払を受けるべき金額が５０００万円以下である医業事業者が、社会保険診療報酬に係る売上原価、経費等の合計額（以下「実際経費」という。）により収支計算を行うことに代えて、社会保険診療報酬の金額を表１に掲げる階層に区分して、各階層の金額に所定の経費率を乗じて計算した金額の合計額（以下「概算経費」という。）を必要経費とすることができるものである。

　特例は、昭和２９年に、社会保険診療報酬の適正化が実現するまでの暫定措置として創設されたもので、当初は医業事業者に対して、社会保険診療報酬の金額の多寡にかかわらず、一律にその７２％　相当額を必要経費として認めるものであった。その後、５４年に社会保険診療報酬の金額を５段階の階層に区分し、各階層の金額に所定の経費率を乗じて計算した金額の合計額を必要経費とする改正が行われ、さらに、６３年に社会保険診療報酬の金額が５０００万円を超えるときは特例を適用しないとする現行の取扱いに改められている。
　特例の適用による平成２０、２１、２２各年度における租税の減収見込額（財務省試算）は、それぞれ２３０億円、２５０億円、２５６億円となっている。
　また、特例の対象とされていない自由診療収入（注１） がある場合には、社会保険診療と自由診療のいずれに係る必要経費であるか明らかでない必要経費を合理的に両者に案分するために医業又は歯科医業に係る事業所得の収入金額（以下「医業収入」という。）全体に係る必要経費の計算を行わなければならないこととされている。

（３）　特別措置の策定等

　厚生労働省は、毎年行われる税制改正の審議に当たり、各政策の目的に基づき、特別措置の新設、拡充及び期限の延長を希望する旨を記載した要望書等を財務省に提出している。それらの内容については、財務省と厚生労働省との折衝や税制調査会での議論を経て、税制改正大綱の閣議決定が行われ、この大綱に沿った措置法等の改正案は、閣議決定を経た上で内閣から国会に提出され、国会で審議・議決されることになる。

（４）　特例の検証及び政策体系

　厚生労働省は、前記の要望書等を財務省に提出する際に、措置法等の適用に伴う減収見込額を提示することなどにより特別措置の効果等の検証を行っている。また、厚生労働省は、「行政機関が行う政策の評価に関する法律」（平成１３年法律第８６号。以下「政策評価法」という。）、「政策評価に関する基本方針」（平成１７年１２月閣議決定）等に基づき、「厚生労働省における政策評価に関する基本計画（第２期）」（平成１９年３月厚生労働大臣決定）等を策定し、これに基づき、政策評価の対象となる政策等について、評価を行い、その結果について評価書を作成し公表している。
　特別措置に関しては、平成２２年度税制改正大綱において、その抜本的な見直しの方針が示されたことを踏まえ、「政策評価に関する基本方針」が変更され、これに基づき、２２年度から法人税関係の特別措置については、政策評価を実施することが行政機関に義務付けられ、それ以外の特別措置については、積極的かつ自主的に政策評価の対象とするよう努めるものとされている。
　上記の基本方針を受け、厚生労働省は特例について、２２年度から政策評価を行うこととするとともに、政策体系における特例の位置付けを表２のとおりとし、施策小目標の「医療法人等の経営の安定化を図ること」を、特例の達成目標である「小規模医療機関の事務処理の負担を軽減する」ことなどで達成するとしている。そして、２１年度の実績について評価を行い、「租税特別措置に係る政策の事後評価書」として２２年９月に公表した。

２　本院の検査結果

（検査の観点及び着眼点）

　前記のとおり、社会保険診療に係る必要経費を一律に社会保険診療報酬の金額の７２％とすることとして創設された特例は、税制調査会において、税負担の公平の見地から問題とされ、昭和３１年以来再三にわたり、その是正について答申が出されていた。そして、本院においても、昭和５１年度決算検査報告に、医業又は歯科医業に係る所得金額が１０００万円以上で特例の適用を受けている医業事業者の収支を分析し、社会保険診療報酬の金額に対する実際経費の割合（以下「実際経費率」という。）の平均値が５２％であることなどを記述した「社会保険診療報酬の所得計算の特例について」 を特に掲記を要すると認めた事項として掲記したところである。また、平成１５年度決算検査報告において、社会保険診療報酬の金額に対する概算経費の割合（以下「概算経費率」という。）の平均値と実際経費率の平均値の差が１８．３ポイントであること、特例の検証について、特例の減税見込額の算定等に課題等が見受けられたこと、特例を政策評価による検証の対象としていなかったことなどを記述した「租税特別措置（社会保険診療報酬の所得計算の特例）の実施状況について」 を特定検査対象に関する検査状況として掲記するとともに、この中で、今後とも特例の実施状況についてその推移を引き続き注視していくとしたところである。
　特例は、創設以降これまで長期にわたり存続する一方で、法令上その適用期限が定められていないため、厚生労働省において平成１７年度以降要望書等を財務省に提出しておらず、昨今の税制調査会等における見直し議論の中で十分な検討が行われにくい状況にあった。また、所得税法上、必要経費に算入すべき金額は、記帳等に基づき売上原価、その他収入を得るため直接に要した費用の額等とされていて、特例のように社会保険診療報酬の金額に経費率を乗じて必要経費の額を計算することは、申告納税制度の在り方からみて他の事業所得者との公平性の面で特異な取扱いとなっている。
　そこで、本院は、有効性等の観点から、特例の適用の状況はどのようになっているか、概算経費と実際経費の状況はどのようになっているか、特例の政策の達成目標とされている小規模医療機関の事務処理の負担は軽減されているか、財務省及び厚生労働省における政策の検証状況はどのようになっているかなどに着眼して検査した。

（検査の対象及び方法）

　２２年１２月から２３年５月までに会計実地検査を行った５４税務署（注２） において、２１年分の社会保険診療報酬の金額が５０００万円以下の医業事業者から無作為で抽出した２，８２３人の２０、２１両年分の確定申告書（延べ５，４９７人）のうち、特例を適用していた者（以下「特例適用者」という。）延べ１，９２９人に係る同申告書等により特例の適用状況等の検査を行うとともに、財務省及び厚生労働省において、関係資料の提出を受けて特例の検証状況について会計実地検査を行った。
　なお、特例と同様の特別措置が医療法人に対しても設けられている（措置法第６７条）が、平成１５年度決算検査報告における検査結果（検査対象６８２法人のうち特例を適用していた法人３法人）等から特例を適用している法人が少数にとどまると見込まれるため、今回の検査においては、医療法人は対象としていない。

（検査の結果）

　検査したところ、次のような事態が見受けられた。

（１）　特例の適用状況

ア　医業収入等別の状況

　特例適用者延べ１，９２９人について、医業収入の階層別の適用状況についてみると、表３のとおりとなっている。
　すなわち、特例適用者延べ１，９２９人のうち医業収入５０００万円以下の階層の特例適用者が１，６４１人と全体の８５．０％を占めており、この階層の医業収入の平均は２９７１万余円、そのうちの自由診療収入は２４４万余円（８．２％）となっていた。これに対して、医業収入５０００万円超の階層の特例適用者は延べ２８８人と全体の１４．９％　であり、その医業収入の平均は５９１１万余円、そのうちの自由診療収入は１４５７万余円（２４．６％）となっていた。この中には、医業収入が１億円を超える特例適用者が延べ６人おり、この６人の医業収入の平均は１億３５４９万余円、そのうちの自由診療収入は９０８７万余円（６７．０％）となっていた。
　このように、多額の自由診療収入があっても社会保険診療報酬の金額が５０００万円以下であれば特例を適用できることとなっていて、特例のこの基準は、医業事業者の経営規模を測るための基準としては必ずしも適切ではなく、このため小規模医療機関を対象にその事務処理の負担を軽減するという特例の目的に十分沿ったものとはなっていないと認められる。
　なお、特例適用者の平均年齢は５８．５歳であり、厚生労働省調査（注３） による診療所で診療に従事する医師の平均年齢５８．０歳と比較して差異は認められないものの、医業収入が低い階層ほど高齢化している状況となっていた。

イ　年齢階層別及び地域別の適用状況

　前記のとおり、医業収入が低い階層ほど特例適用者が高齢化している状況が認められたので、さらに、特例適用者の年齢を階層別にみてみると、表４のとおり、全体では「５０歳〜５９歳」が３２．７％と最も多く、前記の厚生労働省調査による全国の診療所の調査結果と同様の傾向となっていた。
　また、地域別の状況をみると、同表のとおり、大都市における特例適用者は延べ１，５２６人（全体に占める構成割合７９．５％）と大多数を占めていて、過疎地域等における特例適用者は延べ６１人（同３．１％）となっていた。そして、地域別の平均年齢をみると、地域の違いにより顕著な差異は認められないものの、過疎地域等の平均年齢は５４．２歳であり、特例適用者全体の平均年齢５８．５歳と比較して若干低くなっていた。そのほか医業収入や診療所の平均勤務者数についても、地域の違いにより平均値に顕著な差異は認められなかった。

ウ　診療科別の適用状況等

　特例の適用状況を主な診療科別にみると、表５のとおり、診療科別の特例適用率（医業事業者数に対する特例適用者数の割合をいう。以下同じ。）に開差が認められた。この うち、特例適用率の最も高い精神科（５８．９％）は医業収入全体に占める必要経費の割合が ６０．１％　となっており、特例適用率が最も低い整形外科（１８．５％）における同割合８７．０％と の間に、２６．９ポイントの開差が生じていた。

（２）　概算経費と実際経費の状況等

ア　概算経費率と実際経費率の開差の状況

　特例適用者延べ１，９２９人のうち、青色申告決算書等において実際経費を計算していた者（以下、これらの特例適用者を「実額計算者」という。）は延べ１，６５４人（８５．７％）となっていた。
　そして、実額計算者について、社会保険診療報酬の金額別に４階層に区分し、各階層における概算経費率と実際経費率のそれぞれの平均値をみると、表６のとおり７０．４％及び５１．５％となっていて、その開差は１８．８ポイントとなっていた。

　また、実額計算者延べ１，６５４人について、概算経費率と実際経費率の開差を階層別にみると、表７のとおり、開差が２０％以下の者で全体の６割超を占めていたが、一方で開差が３０％超の者も全体の２割超を占めていた。

　前記のとおり、本院は、平成１５年度決算検査報告において、概算経費率と実際経費率のそれぞれの平均値の開差が１８．３ポイントとなっている状況を記述したところであるが、今回の検査においてもその開差は１８．８ポイントとなっていて、同様の事態が継続していると認められる。

イ　税額軽減の状況

　概算経費と実際経費の差額（以下「措置法差額」という。）をみると、表８のとおり、２年分で計９５億３００７万余円となっていた。このうち、措置法差額が１０００万円を超える者は延べ２９４人となっていた。

　このように、概算経費率と実際経費率に開差があることにより多額の措置法差額が生じている状況は、税負担の公平性の見地から適切とは認められない。
　そして、実額計算者延べ１，６５４人は、概算経費を必要経費として所得金額の計算を行っていて、合計所得税額は４０億０７９６万余円となっているが、これを実際経費に基づき推計すると７２億１９０６万余円となり、その開差は３２億１１０９万余円となる。
　これを事例で示すと次のとおりである。

＜事例＞

（３）　事務処理の負担の軽減の状況

　特例適用者延べ１，９２９人について、実際経費の計算等の状況をみると表９のとおりとなっており、前記のとおり、延べ１，６５４人は実額計算者であり、特例適用者の８５．７％が実際経費の計算を行っている状況となっていた。そして、これらの者はいずれも実際経費と概算経費を比較して概算経費が有利なために特例を適用していた者である。
　さらに、実額計算者延べ１，６５４人のうち実際経費の計算を行わなければならない自由診療収入のある者は延べ１，５９２人（９６．２％）、申告書の作成等の事務を税理士に依頼していた者は（注４） 延べ１，３９６人（８４．４％）となっていた。また、青色申告者、白色申告者（注５） 別に見ると、申告に際して損益計算書等の提出が義務付けられている青色申告者は特例適用者延べ１，９２９人のうち延べ１，６２８人とその大部分を占めており、その中で実額計算者は延べ１，４７９人（９０．８％）となっていた。

　このように、特例適用者のほとんどが実際経費を計算した上で、概算経費と比較して有利な方を選択して申告している現状からみると、申告書等の作成事務上は、小規模医療機関の事務処理の負担を軽減するという特例の目的は達成されているとは認められない。

（４）　特例の検証状況

　特別措置の効果等の検証は、前記のとおり、要望書等を財務省に提出する際に行われるものと、政策評価法に基づいて行われる政策評価がある。
　特例の検証は、前記のとおり、１７年度以降は要望書等を財務省に提出していないため、厚生労働省において行われておらず、財務省においても行われていない。また、厚生労働省の「租税特別措置等に係る政策の事後評価書」（２１年度実績）によると、特例の政策評価について、「特例の適用によって事務の負担が軽減された医療機関の割合（以下「測定指標」という。）は、白色申告者で８５．２％となっていて、特例が小規模医療機関に対し医業に専念できる環境に寄与している。」と評価している。
　しかし、上記の測定指標８５．２％　は、社団法人日本医師会が２０年度に実施した調査結果に基づくものであり、評価の測定指標から青色申告者（調査対象者３８３人中１１４人、２９．８％）が除外されていて白色申告者に限定されていること、また、医業事業者の半数を占める歯科医師（注６） が評価の対象になっていないことから、特例の達成目標（小規模医療機関の事務処理の負担を軽減する）の実現状況を示す測定指標の適切な算出方法とはなっていないと認められる。

　また、厚生労働省では、特例の目標達成時期及び目標値を設定しておらず、いつの時点でどのような状況において達成目標が達成されたといえるのか不明であるため、効果の検証が困難となっていると認められる。

（改善を必要とする事態）

　多額の自由診療収入があっても社会保険診療報酬の金額が５０００万円以下であることにより特例を適用していたり、特例の概算経費率と実際経費率に開差があることにより多額な措置法差額が生じていたり、特例適用者のほとんどが実際経費を計算した上で、概算経費と比較して有利な方を選択していたりしている事態は、小規模医療機関の事務処理の負担を軽減するという特例の目的に沿ったものとは認められず、また、特例の適用を受けることができない他の事業所得者との間で公平性が大きく損なわれていると認められ、改善の要があると認められる。

（発生原因）

　このような事態が生じているのは、厚生労働省において、特例の有効性について適切な検証が行われていないため、多額の自由診療収入があっても社会保険診療報酬の金額が５０００万円以下であることにより特例を適用していたり、特例の概算経費率と実際経費率に開差があることにより多額な措置法差額が生じていたり、特例適用者のほとんどが実際経費を計算した上で、概算経費と比較して有利な方を選択していて小規模医療機関の事務処理の負担を軽減するという特例の目的に沿っていなかったりなどしているのに、その見直しを行うための検討が十分なされていないこと、また、財務省において、１７年度以降は要望書等が提出されていないことにもよるが、このような状況を十分に把握しておらず、同様の検証が行われていないことによると認められる。

３　本院が表示する意見

　平成２２年度税制改正大綱によると、特例のように特定の政策目的のため税負担の軽減等を行う特別措置については、今後４年間で抜本的に見直しを行うこととされている。また、平成２３年度税制改正大綱によると、個人の白色申告者に記帳が義務化されることに伴い、必要経費を概算で控除する特別措置の在り方については、今後検討を行うこととされている。これらのことを踏まえると、特例のように特定の医業事業者のみを対象とする特別措置の適用に当たっては、政策目的のために有効かつ公平に機能しているかを不断に検証することが求められる。
　ついては、多額の自由診療収入があっても社会保険診療報酬の金額が５０００万円以下であることにより特例を適用していたり、特例の概算経費率と実際経費率に開差があることにより多額な措置法差額が生じていたり、特例適用者のほとんどが実際経費を計算した上で、概算経費と比較して有利な方を選択していたりする事態が見受けられたことを踏まえ、財務省及び厚生労働省において、特例が有効かつ公平に機能しているかの検証を行い、特例について、その目的に沿ったより適切なものとするための検討を行うなどの措置を講ずるよう意見を表示する。