国土交通省は、空港保安対策に要する費用の一部を賄うなどのため、ジェット機が国の管理する空港を離陸する場合の空港使用料として、旅客等の数に応じた額となるよう設定した保安料を航空会社から徴収している。ただし、東京国際空港を離陸する国際線については、保安料を徴収しないこととしている。しかし、空港保安対策は、国が管理するいずれの空港においても実施されているのであるから、空港の別や国際線、国内線の別を問わず、受益者負担の公平性の観点から統一的に保安料を設定する必要があると認められた。
したがって、国土交通省において、保安料設定の趣旨に沿って、東京国際空港を離陸する国際線に係る保安料を徴収することとするよう、国土交通大臣に対して平成22年9月に、会計検査院法第36条の規定により意見を表示した。
本院は、国土交通本省において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、国土交通省は、本院指摘の趣旨に沿い、東京国際空港を離陸する国際線に係る保安料を徴収するよう関係機関との間で調整を行っており、その調整が整い次第、告示の改正等、所要の措置を講ずることとしている。