この特別会計は、農業経営基盤の強化に資するための農地等の買収、売渡し等及び農地保有合理化事業等に係る補助金の交付等、農業経営の改善等に資するための農業改良資金の貸付け並びに青年等の就農促進を図るための就農支援資金の貸付けに関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
   同特別会計の13年度の歳入歳出決算、積立金及び主な業務実績は次のとおりである。
1 歳入歳出決算
| 区分 | 13年度 | (12年度) | 
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 155,150,126 | 143,573,074 | 
| 収納済歳入額 | 154,609,018 | 143,087,739 | 
| 不納欠損額 | 52 | 3,594 | 
| 収納未済歳入額 | 541,055 | 481,740 | 
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 81,383,238 | 99,144,129 | 
| 支出済歳出額 | 31,453,654 | 32,597,745 | 
| 不用額 | 49,929,583 | 66,546,383 | 
不用額の主なものは、農業改良資金貸付金(歳出予算現額232億9731万余円)の232億3911万余円、農地保有合理化促進対策費(同425億9993万余円)の158億5502万余円及び就農支援資金貸付金(同114億1866万余円)の89億5875万余円である。
2 積立金
| 区分 | 13年度末 | (12年度末) | 
| 千円 | 千円 | |
| 積立金現在額 | 22,992,965 | 30,495,187 | 
3 主な業務実績
| 区分 | 13年度 | (12年度) | 
| (農地等の売渡し等) | ||
| 農地等の売渡し | 818千m2 | 658千m2 | 
| 農地等の買収 | 13千m2 | 2千m2 | 
|  (注)
 年度末所有農地等  | 
53,479千m2 | 53,762千m2 | 
| (うち貸付け農地等) | (3,036千m2 ) | (3,083千m2 ) | 
| (農地保有合理化事業等に係る補助金の交付等) | ||
| 農地保有合理化法人に対する補助金の交付 | 4,133,959千円 | 4,538,822千円 | 
| 全国農地保有合理化協会に対する補助金の交付 | 5,275,427千円 | 2,586,742千円 | 
| 農林漁業金融公庫等に対する貸付金の貸付け | 14,523,865千円 | 16,728,997千円 | 
| (農業改良資金) | ||
| 都道府県に対する農業改良資金貸付金の貸付け | 58,200千円 | 95,384千円 | 
| (就農支援資金) | ||
| 都道府県に対する就農支援資金貸付金の貸付け | 2,459,908千円 | 2,707,971千円 | 
なお、この特別会計について検査した結果、「第4章 特定検査対象に関する検査状況」に「特別会計の決算分析について」 を掲記した。