平成１６年度決算検査報告
この研究所は、原子力の開発に関する研究等を総合的かつ効率的に行うとともに、併せて原子力船の開発のために必要な研究を行い、原子力の研究、開発及び利用の促進に寄与することを目的として設置されているものである。その資本金は１６事業年度末現在で１兆９４７５億０６３３万余円（うち国の出資１兆９４３９億７８１７万余円）となっている。
同研究所の１６事業年度の収入支出決算、損益及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 収入支出決算
| 区分 | 16事業年度 | (15事業年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (収入) | ||
| 収入決定済額 | 96,864,453 | 98,079,283 |
| (支出) | ||
| 支出予算現額 | 98,318,135 | 102,917,672 |
| 支出決定済額 | 96,633,189 | 97,875,609 |
| 翌事業年度繰越額 | — | 1,141,210 |
| 不用額 | 1,684,945 | 3,900,852 |
２ 損益
| 区分 | 16事業年度 | (15事業年度) |
| 千円 | 千円 | |
| 経常収益 | 78,492,532 | 80,455,408 |
| (うち国庫補助金収入) | (63,727,167) | (68,190,067) |
| 経常費用 | 105,499,167 | 114,052,644 |
| (うち試験研究費) | (61,498,213) | (69,502,892) |
| 特別利益 | 2,885,928 | 65,739 |
| 特別損失 | 5,227,800 | 820,762 |
| 当期損失金 | 29,348,506 | 34,352,259 |
| (損失金の処理) | ||
| 翌事業年度に繰越欠損金として整理 | 29,348,506 | 34,352,259 |
| (繰越欠損金 | 1,703,989,824 | 1,669,637,565) |
３ 主な業務実績
| 区分 | 16事業年度末 | (15事業年度末) |
| (研究者数) | (研究者数) | |
| 安全性研究 | 149人 | 150人 |
| 核融合研究 | 236人 | 236人 |
| 放射線利用研究 | 82人 | 82人 |
| 中性子科学研究 | 83人 | 77人 |
| 光量子・放射光科学研究 | 94人 | 94人 |
| 高温工学試験研究 | 65人 | 65人 |
なお、この研究所について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「燃料試験施設を外部利用させるに当たり、作業の実態を適切に反映した料金単価とするよう改善させたもの」 を掲記した。