平成１６年度決算検査報告
この独立行政法人は、学術研究の助成、研究者の養成のための資金の支給、学術に関する国際交流の促進、学術の応用に関する研究等を行うことにより、学術の振興を図ることを目的として設置されているものである。その資本金は１６事業年度末現在で１０億６３５８万余円（全額国の出資）となっている。
同法人の１６事業年度の貸借対照表、損益計算書及び主な業務実績は次のとおりである（注１）
。
１ 貸借対照表
| 区分 | 16事業年度末 | (15事業年度末) |
| 千円 | 千円 | |
| 資産 | 3,694,389 | 3,087,758 |
| (うち建物及び附属設備) | (330,564) | (314,614) |
| (うち工具器具及び備品) | (72,134) | (63,372) |
| 負債 | 2,705,543 | 2,047,610 |
| (うち運営費交付金債務) | (521,474) | (419,088) |
| (うち未払金) | (692,254) | (484,760) |
| (うち長期預り寄付金) | (920,117) | (950,002) |
| 資本 | 988,845 | 1,040,148 |
| (うち資本金) | (1,063,587) | (1,063,587) |
| (うち資本剰余金) | (△71,852)(注2) | (△25,976) |
| (うち利益剰余金) | (△4,409) | (1,017) |
２ 損益計算書
| 区分 | 16事業年度 | (15事業年度) |
| 千円 | 千円 | |
| 経常費用 | 117,616,128 | 18,965,672 |
| (うち業務費) | (116,987,309) | (18,654,898) |
| 経常収益 | 117,615,189 | 18,966,690 |
| (うち運営費交付金収益) | (29,694,127) | (14,708,919) |
| (うち寄付金収益) | (332,201) | (145,758) |
| 経常利益(△経常損失) | △939 | 1,017 |
| 臨時損失 | 4,664 | — |
| 臨時利益 | 247 | — |
| 当期純利益(△当期純損失) | △5,427 | 1,017 |
| 当期総利益(△当期総損失) | △5,427 | 1,017 |
| (利益の処分又は損失の処理) | ||
| (当期未処分利益又は当期未処理損失) | ||
| 当期総利益(△当期総損失) | △5,427 | 1,017 |
| (利益処分額又は損失処理額) | ||
| 積立金 | — | 1,017 |
| 積立金取崩額 | 1,017 | — |
| 次期繰越欠損金 | 4,409 | — |
３ 主な業務実績
| 区分 | 16事業年度 | (15事業年度) | |
| 科学研究費補助事業 | 交付件数 | 26,653件 | 1,080件 |
| 交付金額 | 86,558,850千円 | 2,982,953千円 | |
| 特別研究員の採用 | 4,151人 | 3,769人 |
なお、この法人について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「科学研究費補助金の経理において、架空の取引により大学に購入代金を支払わせていたため、補助金が過大に交付されているもの」 を掲記した。