防衛省は、駐留軍が軍用車両により移動する際には、日米地位協定に基づき道路使用料が課されないとされていることから、有料道路事業者に対して、有料道路の通行料金相当額を補償している。しかし、駐留軍が有料道路を使用した際に提出した通行証において、発行責任者の署名及び官職等の必要事項が記載されていなかったり、レンタカーで休日等に使用されていたりしているのに、記載状況の確認や、駐留軍に対する事実確認の照会等の調査が十分行われず、「公の目的」のために使用されたものであることなどが確認されないまま補償額が支払われている事態が見受けられた。
したがって、防衛省において、駐留軍が使用した通行証について、記載状況を十分確認するとともに、駐留軍側と調整を図り、「公の目的」のために使用されていることを確認するなどのための調査体制を整備する処置を講ずるよう、防衛大臣に対して平成21年10月に、会計検査院法第36条の規定により改善の処置を要求した。
本院は、防衛本省、地方防衛局等において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、防衛省は、本院指摘の趣旨に沿い、22年5月に事務連絡を発し、各地方防衛局等において通行証に記入すべき項目について記載漏れがないかなどを確認する手順を指示するとともに、駐留軍と調整を図り、発行責任者の署名又は官職等が記載されていないなどの通行証について、その写しを駐留軍に送付して事実を確認するなどの調査体制を整備する処置を講じていた。
そして、防衛省は、「公の目的」のための通行証の使用について、関係機関とも協議の上、個人的なレジャーや観光等の目的による使用に対しては、通行証の発給を行わないよう駐留軍に申し入れており、引き続き適切な対応を図っていくこととしている。