平成２３年度決算検査報告
| 科目 | （試験研究・技術開発勘定）現金及び預金 | |
| 部局等 | 独立行政法人水産総合研究センター本部 | |
| 不要財産の概要 | 独立行政法人が保有する財産のうち、将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる財産 | |
| 平成24年3月末現在の現金及び預金の額 | 15億5394万余円 | |
| 上記のうち不要財産として国庫納付すべき額 | 7386万円 | |
独立行政法人水産総合研究センター（以下「センター」という。）は、独立行政法人水産総合研究センター法（平成１１年法律第１９９号。以下「センター法」という。）に基づき、平成１３年４月に、水産に関する技術の向上に寄与するための総合的な試験及び研究等を行う業務に関し、国の有する権利及び義務を承継して設立された法人である。その後、センターは、１８年４月に解散した独立行政法人さけ・ます資源管理センターの権利及び義務を承継するなどしている。
そして、センターは、経理を試験研究・技術開発勘定及び海洋水産資源開発勘定に分けて整理している。
独立行政法人の利益及び損失の処理については、独立行政法人通則法（平成１１年法律第１０３号。以下「通則法」という。）第４４条第１項において、毎事業年度（以下、事業年度を「年度」という。）、損益計算において利益を生じたときは、前年度から繰り越した損失を埋めて、なお残余があるときは、その残余の額は、積立金として整理しなければならないこととされている。そして、同条第２項において、毎年度、損益計算において損失を生じたときは、同条第１項の規定による積立金を減額して整理し、なお不足があるときは、その不足額は、繰越欠損金として整理しなければならないこととされている。
センターは、センター法第１４条の規定に基づき、中期目標期間の最終年度において上記により積立金の整理を行った後、当該積立金の額から次の中期目標期間の業務の財源に充てるために農林水産大臣の承認を受けて繰り越す額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫納付しなければならないこととされている。
独立行政法人は、２２年の通則法の改正により、中期目標期間の途中であっても、同法第８条第３項の規定により、その保有する重要な財産であって主務省令で定めるものが将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる場合には、当該財産（以下「不要財産」という。）を処分しなければならないこととされ、同法第４６条の２の規定により、不要財産であって政府からの出資又は支出（金銭の出資に該当するものを除く。）に係るもの（以下「政府出資等に係る不要財産」という。）については、遅滞なく、主務大臣の認可を受けて、これを国庫納付するものとされている。また、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成２２年法律第３７号）附則第３条（以下「附則第３条」とう。）において、施行日（２２年１１月２７日）前に独立行政法人が行った財産の譲渡であって、施行日において政府出資等に係る不要財産の譲渡に相当するものとして主務大臣が定めるものは、施行日においてされた政府出資等に係る不要財産の譲渡とみなすこととされている。
そして、政府は、「独立行政法人の事務・事業の見直しの基本方針」（平成２２年１２月閣議決定。以下「基本方針」という。）において、各独立行政法人が、幅広い資産を対象に、自主的な見直しを不断に行い、保有する必要性があるかなどについて厳しく検証して、不要と認められるものについては速やかに国庫納付を行うことなどを掲げている。
本院は、独立行政法人における不要財産の認定等の状況について、２３年１２月に参議院から国会法（昭和２２年法律第７９号）第１０５条に基づく検査要請を受け、その検査結果を２４年１０月に会計検査院長から参議院議長に対して報告している（「独立行政法人における不要財産の認定等の状況に関する会計検査の結果について」 ）。そして、当該要請に係る会計検査の一環として、有効性等の観点から、センターが保有する資産のうち、不要財産となっているものがないかなどに着眼して、センター本部において、財務書類等の関係書類、不要財産の認定等の状況について提出を求めた調書等により会計実地検査を行った。
検査したところ、次のような事態が見受けられた。
センターは、２０年３月に、調査船「探海丸」（承継時の帳簿価額８１００万円）を７３５万円で譲渡していた。そして、センターは、この譲渡に係る収入金額７３５万円を附則第３条の規定により適用する通則法第４６条の２の規定に基づき２３年３月に不要財産として国庫納付していた。
一方、センターは、上記「探海丸」の譲渡に係る会計処理に関し、「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」」（平成１２年２月独立行政法人会計基準研究会策定）に従い、１９年度の試験研究・技術開発勘定の損益計算書に固定資産売却損７３６５万円を計上していた。
上記の固定資産売却損はキャッシュ・フローを伴わない費用として計上されるため、これと同額で現金の裏付けのある収益が相殺され、この収益に相当する額は、利益処分において積立金として整理されないこととなる。その結果、積立金として整理されなかった資金７３６５万円は、センター法に基づく中期目標期間終了後の国庫納付がされず、センター内部に預金等として留保されていた。
また、センターは、１７年１０月に、中央水産研究所高知庁舎の土地の一部（承継時の帳簿価額５４７万余円）を５２５万余円で譲渡して、同額を不要財産として国庫納付しているが、上記の事態と同様に、固定資産売却損に相当する資金２１万余円が、センター内部に預金等として留保されていた。
しかし、これらのセンター内部に留保されている資金については、第３期中期目標期間（２３年度から２７年度まで）に係る中期計画において、今後の使用に係る計画が定められておらず、予算にも組み込まれていないことなどから、センターにおいて、当該資金を業務の財源に充てることは想定されていないと認められた。
したがって、このように将来にわたりセンターの業務を確実に実施するために必要な財産とは認められない資金を保有していることは、前記通則法の改正の趣旨及び基本方針等にのっとっていないものとなっていて適切とは認められず、通則法に基づき国庫納付する必要があると認められた。
このような事態が生じていたのは、センターにおいて、通則法の改正の趣旨及び基本方針等にのっとって資産の見直しを行い、将来にわたりセンターの業務を確実に実施する上で必要がないと認められる資金を不要財産と認定することについての認識が十分でなかったことなどによると認められた。
上記についての本院の指摘に基づき、センターは、２４年９月に、農林水産大臣に対して、不要財産の国庫納付に係る認可申請書を提出し、センター内部に留保されている資金７３８６万余円について、国庫納付することとなるよう処置を講じた。