平成２３年度決算検査報告
| 科目 | （一般勘定） | 現金及び預金 |
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| （電源利用勘定） | 現金及び預金 | ||
| 部局等 | 独立行政法人日本原子力研究開発機構本部 | ||
| 不要財産の概要 | 独立行政法人が保有する財産のうち、将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる財産 | ||
| 平成24年3月末現在の現金及び預金の額 | 616億2360万余円 | ||
| 上記のうち不要財産として国庫納付すべき額 | 1億1339万円 | ||
独立行政法人日本原子力研究開発機構（以下「機構」という。）は、独立行政法人日本原子力研究開発機構法（平成１６年法律第１５５号）に基づき、平成１７年１０月に、原子力に関する基礎的研究及び応用の研究並びに核燃料サイクルを確立するための高速増殖炉及びこれに必要な核燃料物質の開発等を行うとともに、これらの成果の普及等を行う業務に関し、日本原子力研究所（以下「旧研究所」という。）及び核燃料サイクル開発機構（以下「旧機構」という。）の有する権利及び義務を承継して設立された法人である。設立に当たり、機構は、旧研究所及び旧機構から政府出資及び政府以外の者からの出資を承継している。
そして、機構は、経理を一般勘定、電源利用勘定及び埋設処分業務勘定に分けて整理しており、このうち一般勘定及び電源利用勘定には、独立行政法人通則法（平成１１年法律第１０３号。以下「通則法」という。）第４６条の規定に基づき、業務運営の財源に充てる資金として、毎事業年度（以下、事業年度を「年度」という。）、国から運営費交付金が交付されている。
独立行政法人は、２２年の通則法の改正により、中期目標期間の途中であっても、同法第８条第３項の規定により、その保有する重要な財産であって主務省令で定めるものが将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる場合には、当該財産（以下「不要財産」という。）を処分しなければならないこととされ、同法第４６条の２の規定により、不要財産であって政府からの出資又は支出（金銭の出資に該当するものを除く。）に係るものについては、遅滞なく、主務大臣の認可を受けて、これを国庫納付するものとされている。
そして、政府は、「独立行政法人の事務・事業の見直しの基本方針」（平成２２年１２月閣議決定。以下「基本方針」という。）において、各独立行政法人が、幅広い資産を対象に、自主的な見直しを不断に行い、保有する必要性があるかなどについて厳しく検証して、不要と認められるものについては速やかに国庫納付を行うことなどを掲げている。
本院は、独立行政法人における不要財産の認定等の状況について、２３年１２月に参議院から国会法（昭和２２年法律第７９号）第１０５条に基づく検査要請を受け、その検査結果を２４年１０月に会計検査院長から参議院議長に対して報告している（「独立行政法人における不要財産の認定等の状況に関する会計検査の結果について 」）。そして、当該要請に係る会計検査の一環として、有効性等の観点から、機構が保有する資産のうち、不要財産となっているものがないかなどに着眼して、機構本部において、財務書類等の関係書類、不要財産の認定等の状況について提出を求めた調書等により会計実地検査を行った。
検査したところ、次のような事態が見受けられた。
機構は、設立の際に、旧研究所及び旧機構が事務所及び宿舎を借り上げる際に民間業者等に差し入れていた敷金、保証金等（以下「敷金等」という。）を一般勘定及び電源利用勘定において政府出資見合いなどの資産として承継していた。また、機構は、運営費交付金を設立後に新たに借り上げた事務所及び宿舎に係る敷金等の支出に充てていた。
一方、機構は、事務所を廃止したり、宿舎を解約したりなどしており、１７年１０月から２４年３月末までの間に、これらの事務所及び宿舎に係る敷金等の返戻金として、計１億１４７４万余円（うち政府出資に係る分１億１３３９万余円）を受け取っていた。そして、機構は、これらの返戻金を機構内部に預金等として留保していた。
しかし、この機構内部に留保されている資金については、第２期中期目標期間（２２年度から２６年度まで）に係る中期計画において、今後の使用に係る計画が定められておらず、予算にも組み込まれていないこと、また、法人設立後に差し入れられている敷金等については、毎年度、国からの運営費交付金が充てられていることなどから、機構において、当該資金を業務の財源に充てることは想定されていないと認められた。
したがって、このように将来にわたり機構の業務を確実に実施するために必要な財産とは認められない資金を保有していることは、前記通則法の改正の趣旨及び基本方針等にのっとっていないものとなっていて適切とは認められず、通則法に基づき国庫納付する必要があると認められた。
このような事態が生じていたのは、機構において、通則法の改正の趣旨及び基本方針等にのっとって資産の見直しを行い、将来にわたり機構の業務を確実に実施する上で必要がないと認められる資金を不要財産と認定することについての認識が十分でなかったことなどによると認められた。
上記についての本院の指摘に基づき、機構は、２２年度までに返戻を受けた１億０９７７万余円（うち政府出資に係る分１億０８４５万余円）については２４年７月に、２３年度に返戻を受けた４９６万余円（うち政府出資に係る分４９４万余円）については２４年９月に文部科学大臣及び経済産業大臣に対して、不要財産の国庫納付に係る認可申請書を提出し、機構内部に留保されている資金のうち政府出資に係る分１億１３３９万余円について、国庫納付することとなるよう処置を講じた。