独立行政法人改革等による制度の見直しに係る主務省及び独立行政法人の対応状況について

独立行政法人は、国民生活及び社会経済の安定等の公共上の見地から確実に実施されることが必要な事務及び事業であって、国が自ら主体となって直接に実施する必要のないもののうち、民間の主体に委ねた場合には必ずしも実施されないおそれがあるもの又は一の主体に独占して行わせることが必要であるものを効果的かつ効率的に行わせることを目的として設立される法人である。

独立行政法人制度は、平成13年1月の中央省庁等改革の一環として、行政における企画立案部門と実施部門を分離し、企画立案部門の能力を向上させる一方で、実施部門に法人格を与え、運営裁量を与えることにより、政策実施機能を向上させることを目的として創設された。そして、独立行政法人制度は、国による事前関与・統制を極力排し、事後チェックへの重点の移行を図るために、独立行政法人を所管する主務大臣の監督、関与その他の国の関与を必要最小限のものとすることとされた。

独立行政法人の運営の基本その他の制度の基本となる共通の事項については、独立行政法人通則法（平成11年法律第103号。以下「通則法」という。）において定められており、各独立行政法人の目的及び業務の範囲については、各独立行政法人の名称、目的、業務の範囲等に関する事項を定める法律（以下「個別法」という。）等において定められている。

通則法によれば、政府は、その業務を確実に実施させるために必要があると認めるときは、個別法で定めるところにより各独立行政法人に出資することができるとされている。また、通則法によれば、政府は、予算の範囲内において、各独立行政法人に対し、その業務の財源に充てるために必要な金額の全部又は一部に相当する金額を交付することができるとされており、国は、業務運営の財源に充てるために必要な資金として運営費交付金を交付している。

そして、独立行政法人制度創設時の制度では、通則法により、独立行政法人の業務運営等に関し、目標策定と業務実績に係る事後評価の仕組みを導入することとされており、主務大臣が独立行政法人に対して中期目標を策定して指示し、各府省に置かれた有識者から成る「独立行政法人評価委員会」（以下「府省評価委員会」という。）が、当該中期目標に沿って行われた独立行政法人の業務実績について評価し、更に総務省に置かれた有識者から成る「政策評価・独立行政法人評価委員会」が、府省評価委員会が行った評価結果を評価することとされていた。

一方、独立行政法人は、公共的な性格を有し、利益の獲得を目的とせず、独立採算制を前提としないなどの特殊性があることから、この特殊性を踏まえた「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」」（平成12年2月独立行政法人会計基準研究会（以下「会計基準研究会」という。）策定。以下「会計基準」という。）及び「「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するQ＆A」（平成12年8月中央省庁等改革推進本部事務局及び日本公認会計士協会策定。以下「会計基準Q＆A」といい、会計基準と合わせて「会計基準等」という。）が定められている。会計基準等は、主務省令に基づき、独立行政法人がその会計を処理するに当たって従わなければならない基準とされている。そして、独立行政法人制度創設時の会計基準によれば、独立行政法人は、その財務諸表の附属明細書において、財務諸表に計上された数値を独立行政法人の事業内容等に応じて適切に区分して、それぞれの事業等に係るコストや資産の状況を明らかにしたセグメント情報を開示することとされていた。

独立行政法人は、国から運営費交付金を受領したときは、その相当額を運営費交付金債務として負債に計上することとなっていて、その後、会計基準に基づき業務の進行に応じて負債から収益に振り替えることなどとなっている（以下、運営費交付金債務を運営費交付金収益に振り替えることを「収益化」といい、収益化に係る基準を「収益化基準」という。）。独立行政法人制度創設時の制度では、独立行政法人は、中期目標期間の最終事業年度以外の事業年度に、損益計算において利益が生じたときは、当該利益のうち、独立行政法人の経営努力として主務大臣が承認（以下、主務大臣の承認を「経営努力認定」という。）した利益を目的積立金として積み立て、中期計画に記載した使途に使用することができることとなっていた。そして、中期目標期間の最終事業年度末には運営費交付金債務を全て収益化し、これにより生じた利益も含めて最終事業年度における当期未処分利益は全て積立金に振り替えることとなっていた。また、目的積立金が残っている場合には、その残額を積立金に振り替えなければならないこととなっていて、これらの積立金は、翌中期目標期間に必要となる額を除き、国庫納付することとなっていた。

独立行政法人制度については、図表0-1のとおり、制度創設以降、改革の必要性が認識されて、議論されており、政府は、25年2月に、内閣に設置された行政改革推進本部の下、行政改革推進会議において独立行政法人改革について議論するとともに、同会議における議論に資するために、内閣府副大臣の下で「独立行政法人改革に関する有識者懇談会」（以下「有識者懇談会」という。）を開催し、独立行政法人改革に関する専門的かつ実務的な検討を行うこととした。そして、有識者懇談会は、同年6月、検討の結果を「独立行政法人改革に関する中間とりまとめ」として公表するとともに、行政改革推進会議に報告している。

その後、行政改革推進会議は、同会議の下に「独立行政法人改革等に関する分科会」を設置するなどして検討を進め、同年12月に、その結果を「独立行政法人改革等に関する基本的な方針について」（平成25年12月行政改革推進会議決定）として取りまとめている。

上記の行政改革推進会議決定を踏まえ、政府は、「独立行政法人改革等に関する基本的な方針」（平成25年12月閣議決定。以下「基本的な方針」という。）を決定した。基本的な方針によれば、独立行政法人改革等の目的は、独立行政法人制度を導入した本来の趣旨にのっとり、主務大臣から与えられた明確なミッションの下で、独立行政法人の長（以下「法人の長」という。）のリーダーシップに基づく自主的・戦略的な運営、適切なガバナンスにより、国民に対する説明責任を果たしつつ、独立行政法人の政策実施機能の最大化を図るとともに、官民の役割分担の明確化、民間能力の活用等により官の肥大化防止・スリム化を図ることとされている。

基本的な方針に沿った独立行政法人改革等（以下「独立行政法人改革等」という。）を進めるために、「独立行政法人通則法の一部を改正する法律」（平成26年法律第66号。以下「改正法」という。）が26年6月に公布され、27年4月から施行された（以下、改正法による改正後の通則法を「改正通則法」といい、改正前の通則法を「旧通則法」という。）。また、基本的な方針を踏まえ、会計基準研究会等における議論を経て、「独立行政法人会計基準の改訂について」（平成27年1月独立行政法人会計基準研究会、財政制度等審議会財政制度分科会法制・公会計部会了承。以下「「会計基準の改訂について」」という。）が公表され、同年1月に会計基準が改訂された（以下、改訂された会計基準を「改訂会計基準」という。）。さらに、同年3月及び28年2月に会計基準Q＆Aが改訂された（以下、改訂された会計基準Q＆Aを「改訂会計基準Q＆A」といい、改訂会計基準と合わせて「改訂会計基準等」という。）。

そして、前記の目的を達成するために、独立行政法人改革等においては、次のような措置を講ずることとされた。

ア　独立行政法人の事務及び事業の特性に応じた分類を踏まえた主務大臣の目標策定及び評価並びにセグメント情報の評価への活用

会計基準によれば、運営費交付金の会計処理に当たっては、運営費交付金が独立行政法人に対して国から負託された業務の財源であり、運営費交付金が交付されたことをもって直ちに収益として認識することは適当ではないことから、運営費交付金受領時に「運営費交付金債務」として負債に計上し、収益化基準に基づき収益化することとされている。改訂前の会計基準では、収益化基準として、業務達成基準（業務の達成度に応じて収益化を行う基準）、期間進行基準（一定の期間の経過を業務の進行とみなし収益化を行う基準）、費用進行基準（業務と運営費交付金の対応関係を明らかにすることが困難であることなどを理由に対応関係が示されない場合に支出額を限度として収益化を行う基準）の三つの基準が示されており、改訂前の会計基準Q＆Aによれば、独立行政法人の業務内容からみてその業務の進捗状況を最も適切に反映して、独立行政法人にできるだけ成果達成へのインセンティブを与える手法を独立行政法人ごとに定める必要があるとされていた。

そして、独立行政法人改革等が実施される以前は、多くの独立行政法人が、業務の進捗状況を測定する客観的な指標の設定や業務達成基準を採用する際に必要となる業務と運営費交付金との対応関係を明らかにすることが困難であることなどを理由として、費用進行基準を採用していた。しかし、費用進行基準を採用する場合には、業務ごとに着目した見積費用や実績費用の管理が適切に行われないことや、法人全体で支出した費用と同額が収益として計上されるために効率化（費用節減）のインセンティブが働きにくいことなどが会計基準研究会等において指摘されていた。

また、前記のとおり、経営努力認定された利益については目的積立金として積み立てることができることとなっていた。しかし、経営努力認定される利益の要件としては、収入の増加や費用の節減が新規に生じたものであることや外部要因によらず独立行政法人の自主的な活動によるものであることなどの証明が必要とされているなどしていて、要件が厳しいため経営努力認定されにくいこと、経営努力認定の対象となるのは運営費交付金や補助金等に基づかない収入から生じた利益に限られており、運営費交付金で賄う経費の節減は経営努力認定されないことなどから、制度創設時に想定された独立行政法人の経営努力を促すインセンティブとして十分ではないことが有識者懇談会において指摘されていた。

そこで、これらの指摘を踏まえ、独立行政法人の経営改善や合理化努力のインセンティブを最大限機能させるために、基本的な方針においては、①収益化基準については原則として業務達成基準を採用すること、②独立行政法人における管理会計の活用等により自律的マネジメントの実現を図ること、③経営努力認定の要件を緩和することとされた。

そして、改訂会計基準第81において、運営費交付金の収益化基準として、事業年度末時点の業務の進行状況を測定する必要のある業務達成基準の採用を原則とし、収益化基準の単位としての業務（運営費交付金予算が配分され、投入費用の管理を行う単位の業務であり、管理部門の活動を除いたもの。以下「収益化単位の業務」という。）を設定して、収益化単位の業務ごとに業務の進行状況を測定した上で配分された運営費交付金債務を収益化することとされた。また、期間進行基準及び費用進行基準は例外的な方法として限定された場合のみに適用される取扱いとされた。なお、「会計基準の改訂について」において、この改訂会計基準第81の適用については、27事業年度から適用することが原則とされているが、各独立行政法人の会計システム上の対応等、実務上早期の対応が困難なことが想定されることから、28事業年度から適用することも容認されている（以下、これを「改訂会計基準第81に係る経過措置」という。）。

また、管理会計の活用等による自律的マネジメントに関し、その考え方が「会計基準の改訂について」において、「独立行政法人の会計に管理会計的な発想を取り入れることを検討し、今回の基準及び注解の改訂においては、業務達成基準の原則適用を求めている。業務達成基準を採用するためには、独立行政法人において、収益化単位の業務ごとの見積り費用と実績費用の管理体制を構築することが必要となる。当該管理体制を構築することは、独立行政法人の長による収益化単位の業務ごとの予算と実績の比較分析を通じたPDCAを可能にし、これにより会計情報を用いたマネジメントの実現に貢献するものと考える。」等と示されている。

さらに、経営努力認定に関しては、独立行政法人改革等が実施される以前は運営費交付金で賄う経費の節減により生じた利益について認められないことになっていたが、基本的な方針において、運営費交付金で賄う経費の節減により生じた利益の一定割合（原則として5割）について新たに経営努力として認められることなどとされた。そして、総務省は、各独立行政法人の主務省（内閣府を含む。以下同じ。）に対して発出した「独立行政法人の経営努力認定について」（平成26年総管査第226号総務省行政管理局長通知。以下「26年経営努力通知」という。）の中で、運営費交付金で賄う経費の節減が、当該事業年度において新規に生じたものであり、かつ外部要因によらず独立行政法人の自主的な活動によるものであることを、独立行政法人が合理的に説明できる場合等には、当該経費の節減により生じた利益について新たに経営努力として認めるなど、経営努力認定の対象を拡大等している。

また、前記のとおり、中期目標の期間の最終事業年度における当期未処分利益は、全て積立金に振り替えることとなっており、当該積立金は、個別法により原則として国庫納付することとされていたことから、中期目標の期間の最終事業年度における経営努力に対する目的積立金を計上する仕組みとはなっていなかった。しかし、基本的な方針においては、中期目標の期間の最終事業年度においても経営努力を促すために、中期目標の期間の最終事業年度に経営努力認定に相当する事由がある場合は、経営努力認定に相当する額（以下「経営努力相当額」という。）を次期中期目標期間に繰り越すことを認めることとされた。これを踏まえ、総務省は、各独立行政法人の主務省に対して「次期中期目標期間への積立金の繰越しについて」（平成26年総管査第227号総務省行政管理局長通知。以下「繰越通知」という。）を発出しており、この中で、中期目標又は中長期目標の期間の最終事業年度に経営努力認定に相当する事由がある場合についても、個別事情を勘案の上、合理的な範囲内で、次期中期目標又は次期中長期目標の期間へ繰り越す積立金（当中期目標又は当中長期目標の期間中に使用できなかった合理的な理由があるもの、棚卸資産や前払費用等の経過勘定が計上されているものなどに係る積立金。以下「繰越積立金」という。）に、中期目標又は中長期目標の期間の最終事業年度における経営努力相当額を含めることができると考えられる旨を通知している。

さらに、総務省は、基本的な方針を踏まえ、経営努力認定の申請を阻害している要因の解消等を図るなどのために、30年3月に各独立行政法人の主務省に対して「独立行政法人における経営努力の促進とマネジメントの強化について」（平成30年総管査第10号総務省行政管理局長通知。以下「30年経営努力通知」という。）を発出している。そして、これにより、経営努力認定される利益の要件から、収入の増加や費用の節減が新規に生じたものであることや外部要因によらず独立行政法人の自主的な活動によるものであることなどを証明する要件が削除されるなど、その要件が緩和されている。

なお、行政執行法人は、基本的な方針において、国の相当な関与の下に国の行政事務と密接に関連した事業等を確実・正確に執行することを目的として、国の単年度予算管理と合わせた単年度の目標管理により事業等を実施する法人とされており、改正通則法において、行政執行法人は目的積立金を計上する仕組みとはなっていない。

民間企業において18年の会社法（平成17年法律第86号）の施行により内部統制に関する取組の導入が義務付けられたことなどを背景に、行政改革推進会議等において、独立行政法人においても内部統制・ガバナンスの強化に向けた体制整備を講ずることの必要性が議論された。

そこで、内部統制の取組に関して、改正通則法において、独立行政法人の業務方法書に、役員（監事を除く。）の職務の執行が通則法、個別法又は他の法令に適合することを確保するための体制その他独立行政法人の業務の適正を確保するための体制（以下「内部統制システム」という。）の整備に関する事項を記載しなければならないこととされた。

そして、総務省は、改正法の施行に先立つ26年11月に、独立行政法人の業務方法書に記載すべき内部統制システムの整備に係る事項について、各独立行政法人の主務省に対して「「独立行政法人の業務の適正を確保するための体制等の整備」について」（平成26年総管査第322号総務省行政管理局長通知。以下「体制整備通知」という。）を発出した。この中で、独立行政法人における内部統制とは、「中期目標等に基づき法令等を遵守しつつ業務を行い、独立行政法人のミッションを有効かつ効率的に果たすため、法人の長が法人の組織内に整備・運用する仕組み」であり、独立行政法人が内部統制システムを整備する目的を、①業務の有効性及び効率性、②事業活動に関わる法令等の遵守、③資産の保全、④財務報告等の信頼性を達成することの四つであるとしている。また、内部統制の目的を達成するために必要とされる内部統制の基本要素は、図表0-6のとおり、①統制環境、②リスクの評価と対応、③統制活動、④情報と伝達、⑤モニタリング、⑥ICT（Information and Communication Technology）への対応の六つであり、これらの要素に対する対応状況が、内部統制が有効に機能しているかどうかの判断基準となるものとしている。

なお、目標指針によれば、主務大臣は、独立行政法人の中期目標等を策定するに当たり、内部統制については「独立行政法人における内部統制と評価について」（平成22年3月独立行政法人における内部統制と評価に関する研究会報告書。以下「研究会報告」という。）を参照することとされている。研究会報告によれば、「内部統制は、独立行政法人のミッションを有効かつ効率的に果たすこと等を目的として、リスク（課題）を洗い出し、組織が一丸となってそれに対応する仕組みであり、それは法人の長が戦略的なマネジメントを行う際に有用な手段（ツール）である。このため、マネジメントの観点から内部統制は必要とされるものである。」「独立行政法人の最終的な目的は、利潤を獲得することではなく、ミッションを果たすことであるため、民間企業に比べ、法人が設定すべき具体的な目標・計画は、多種多様かつ複雑であると考えられる。このため、独立行政法人においては、マネジメントに有用な手段である内部統制が適切に整備・運用されるべき要請は、民間企業よりも強いと考えられる。」とされていて、独立行政法人における内部統制の適切な整備・運用の重要性が記述されている。

そして、体制整備通知によれば、内部統制の基本要素の6要素を更に細分化するなどした106項目（図表0-7参照）を、各独立行政法人の業務方法書に具体的に記載することとされている（以下、これらの項目を「具体的項目」という。）。ただし、研究開発や子法人に関する具体的項目等の独立行政法人の形態等により記載する必要がないものについては、記載を省略することができることとされている。

以上の独立行政法人改革等において講ずることとされた(3)アからウまでの措置のほか、基本的な方針においては、研究開発型の独立行政法人について、研究開発の特性を踏まえて、その特性に応じた見直しを行うことなどとされている。

なお、研究開発型の独立行政法人については、会計検査院は、目標や評価の状況等を含めて多角的な観点から検査を実施し、その結果を取りまとめて、29年3月に、会計検査院法第30条の2の規定に基づき、「国立研究開発法人における研究開発の実施状況について」として、国会及び内閣に対して報告している（以下、この報告を「国立研究開発法人随時報告」という。）。そして、会計検査院は、国立研究開発法人随時報告において、次のことなどを所見として記述している。

• ①　中長期目標が既に策定されている法人のうち、研究開発評価項目とセグメントとが適切に対応していない法人においては、セグメントを研究開発評価項目と適切に対応させること
• ②　インプット情報に対応するセグメント情報等を適切に用いて評価書に記載していない法人においては、対応するセグメント情報等の数値を適切に用いて記載すること
• ③　中長期目標が既に策定されている法人及び当該法人を所管する主務省においては、自己評価及び主務大臣評価の実施に当たり、研究開発評価項目ごとの研究開発活動に係る成果等とインプット情報とを対比するなどしてインプット情報を評価に活用することにより評価の実効性の確保に努めるとともに、評価した内容を評価書に記述することなどについて検討すること

独立行政法人については、13年4月に57法人が設立された後、15年10月に、特殊法人等改革に伴って特殊法人等から移行するなどして31法人が設立されるなどの経緯を経て、26事業年度末現在における独立行政法人の総数は98法人となった。

そして、図表0-8のとおり、27事業年度から29事業年度までに更に統合等がなされて、29事業年度末現在では87法人が設置されている。