独立行政法人改革等による制度の見直しに係る主務省及び独立行政法人の対応状況について

改正通則法では、主務大臣が中期目標等を策定した上で、独立行政法人の業務の実績を自ら評価することとされ、評価の結果については、独立行政法人の組織・事業の見直しや改廃、国の政策への反映に活用することとされた。そして、主務大臣が行う目標の策定及び業務の実績評価の指針として、目標指針及び評価指針が総務大臣により策定されている。独立行政法人の目標策定・評価の仕組みについて、中期目標管理法人を例に示すと、図表1-1のとおりである。

ア　評価単位とセグメントの対応状況

前記のとおり、会計検査院は、国立研究開発法人随時報告の中で、セグメントを研究開発評価項目と適切に対応させることを所見として記述している。

そこで、改正通則法に基づく中期目標等策定53法人の29事業年度の自己評価及び主務大臣評価における評価単位とセグメントの対応状況をみると、図表1-5のとおり、49法人（中期目標管理法人20法人、国立研究開発法人22法人、行政執行法人7法人）においては評価単位とセグメントが全て対応していたものの、4法人（中期目標管理法人3法人（注6）、国立研究開発法人1法人（注7））においてはこれらの一部又は全部が対応していなかった。

（注6）

3法人　　国立青少年教育振興機構、国立美術館、教職員支援機構

（注7）

1法人　　医薬基盤・健康・栄養研究所

そして、評価単位とセグメントが対応していない原因は、図表1-7のとおり、改訂会計基準Q＆A第43-2において「開示するセグメント情報は、事業等のまとまりごとの区分に基づく情報であり、目標の単位を集約した単位に基づく情報とすることは認められない。」とされていることに対する認識が十分でなかったことなどによるものである。

図表1-7　評価単位とセグメントが対応していない原因

このように、評価単位とセグメントが対応していない状況は、目標策定及び評価に資する情報となる財務情報の有用性をより担保するために、「独立行政法人における開示すべきセグメント情報は、当該法人の中期目標等における一定の事業等のまとまりごとの区分に基づくセグメント情報とする。」とされている改訂会計基準の規定や、法人の長の下での自律的なPDCAサイクルを設定し、法人内部のマネジメントを発揮できるようにするために、適正かつ厳正な評価に資する「一定の事業等のまとまり」ごとに中期目標等の項目を設定し、中期目標等を設定した項目を評価単位とするとされている目標指針に沿っていないものである。

したがって、29事業年度末時点において自己評価及び主務大臣評価における評価単位とセグメントが対応していない独立行政法人について、主務大臣及び独立行政法人は、目標策定及び評価にセグメント情報を有効に活用するために、セグメントを評価単位である「一定の事業等のまとまり」に対応させることができるように十分に検討した上で、セグメントの設定の見直しを図るなどして、評価単位とセグメントを適切に対応させる必要がある。

なお、国立青少年教育振興機構、国立美術館及び教職員支援機構は、会計検査院の検査を踏まえて、30事業年度の財務諸表からセグメントを「一定の事業等のまとまり」に対応できるよう、セグメントの設定の見直しを図るとしている。また、医薬基盤・健康・栄養研究所は、国立研究開発法人随時報告における会計検査院の所見を踏まえて、令和4事業年度から始まる次期中長期目標期間からセグメントを評価単位と対応させるとしている。

前記のとおり、評価指針によれば、主務大臣評価は、独立行政法人が作成した自己評価書を十分に活用して行うとともに、中期目標等を設定した項目を細分化した単位で評価を行うことは妨げないとされている。そして、独立行政法人は、自己評価書の作成に当たっては、可能な限り最小の単位で評価を行うこと、当該単位を統合したものが主務大臣が行う評価単位と整合するよう留意することなどに努めるとされた。その後、平成31年3月に評価指針が改定され、中期目標管理法人及び行政執行法人については、事務・事業の特性に応じた適切な単位で評価を行い、主務大臣が行う評価にも活用できるよう留意することなどに努めるとされている。

また、評価制度委員会は、改正通則法第29条第3項及び第35条の4第3項の規定に基づき、28事業年度から新たに中期目標等の期間が始まる中期目標管理法人の中期目標及び国立研究開発法人の中長期目標に関して、対象となる独立行政法人の主務大臣に対して、28年2月に示した「独立行政法人の平成28年度から始まる中（長）期目標案についての意見」（以下「評価制度委員会の意見」という。）の中で、主務大臣評価について、「評価指針では、より的確な評価を実施するため「一定の事業等のまとまり」をより細分化した単位で項目別評定を行うことも妨げないとされている。ただし、このような場合であっても、「一定の事業等のまとまり」がセグメント情報を開示する区分であり、インプット情報とアウトプット情報の対比による評価が必要であることから、「一定の事業等のまとまり」の単位での評価についてもあわせて実施しなければならない。このため、今後の評価における評定単位を細分化するかどうか、細分化した項目の評定をどのように「一定の事業等のまとまり」として評価するか等について、「一定の事業等のまとまり」の設定の際に留意することが重要である。」としている。

そして、行政執行法人は評価制度委員会の意見の対象となっていないが、行政執行法人も、中期目標管理法人及び国立研究開発法人と同様に、評価指針によれば、「一定の事業等のまとまり」ごとに目標を策定して評価を実施することとされている。

そこで、改正通則法に基づく中期目標等策定53法人のうち、「一定の事業等のまとまり」と評価単位が対応していない医薬基盤・健康・栄養研究所を除いた52法人について、29事業年度の自己評価及び主務大臣評価における評価単位の状況をみると、図表1-8のとおり、一部又は全部の「一定の事業等のまとまり」を細分化した単位で評価を行っている独立行政法人は、自己評価において25法人、主務大臣評価において23法人となっていた。

主務大臣評価については、前記のとおり、評価制度委員会の意見によれば、細分化した単位で評価を行う場合であっても「一定の事業等のまとまり」の単位での評価についても併せて実施しなければならないとされている。一方、独立行政法人は、前記のとおり、31年3月に評価指針が改定され、事務・事業の特性に応じて適切な単位で評価を行い、主務大臣が行う評価にも活用できるよう（国立研究開発法人は、目標に応じたマネジメントに係る実効的な単位で評価を行い、当該単位を統合したものが主務大臣が行う評価単位と整合するよう）留意することなどに努めることなどとなっている。

しかし、前記のとおり、独立行政法人の自己評価において「一定の事業等のまとまり」の単位での評価が行われていない状況が見受けられた。このように「一定の事業等のまとまり」の単位での評価が行われていない場合には、主務大臣評価においてセグメントと「一定の事業等のまとまり」が対応していても、セグメント情報を用いたインプット情報とアウトプット情報の対比による評価を適切に行うことができないおそれがあると思料される。また、主務大臣評価において細分化した単位での評定に異なる評定が混在している場合には、「一定の事業等のまとまり」の単位での評定が分からない状況となる。

したがって、自己評価において「一定の事業等のまとまり」の単位で評価を行っていない独立行政法人においては、細分化した単位で評価を行う場合であっても、主務大臣評価の円滑化に資するために、評定を付す際には「一定の事業等のまとまり」の単位で評価を行うことが必要であり、また、中期目標等に定めた「一定の事業等のまとまり」の単位で主務大臣評価を行っていない主務大臣においては、細分化した単位で評価を行う場合であっても、独立行政法人の評価等にセグメント情報を十分に活用し、独立行政法人が政策実施機能を発揮する上で、主務大臣の下での政策のPDCAサイクルの機能の強化に資するために、中期目標等に定めた「一定の事業等のまとまり」の単位での評価を行うことが必要である。

評価指針によれば、主務大臣は、「一定の事業等のまとまり」ごとのインプット情報に係るセグメント情報等を活用し、中期目標管理法人及び行政執行法人について、定量的な成果実績であるアウトプット情報と資源投入量である財務情報等のインプット情報との対比を行うことなどにより、また、国立研究開発法人について、研究開発活動に係る成果等とインプット情報との対比を行うことなどにより、効率性の観点等からも評価を行うなどして評価の実効性を確保することとされている。そして、主務大臣は、主務大臣評価の評価書（以下「主務大臣評価書」という。）に、主要なアウトプット情報と合わせて、主要なインプット情報を記載することとされている。主務大臣は、主務大臣評価において、目標・計画（予算）と実績（決算）の差異が生じたことの要因分析を実施することとされており、計画（予算）と実績（決算）の要因分析に関しては、「会計基準の改訂について」によれば、「予算と実績の比較分析が適切に行われている場合、生じた利益が経営努力によって生じたものであることの合理的な説明を可能にし、その結果、経営努力が一層促進され、自主的、自律的な運営につながるものと期待される。」とされている。

また、前記のとおり、会計検査院は、国立研究開発法人随時報告の中で、インプット情報を評価に活用することにより評価の実効性の確保に努めるとともに、評価した内容を評価書に記述することなどについて検討すること、評価書にはインプット情報に対応するセグメント情報等の数値を適切に用いて記載することを所見として記述している。

そこで、インプット情報が評価に活用されているかをみるために、改正通則法に基づく中期目標等策定53法人から前記の評価単位とセグメントが対応していない4法人を除いた49法人に係る29事業年度の主務大臣評価において評定を付している項目のうち、「一定の事業等のまとまり」の単位での評価を行っていて、評価項目がセグメントと対応している38法人172項目の主務大臣評価書のインプット情報についてみると、図表1-10のとおり、予算額の記載がないため、決算額と予算額の対比ができない項目が3法人8項目あった。

このように、インプット情報として記載されている決算額が予算額に対してかい離しているにもかかわらず主務大臣評価書の当該項目にその理由を踏まえた評価等の記載がなく評価にセグメント情報等を活用しているかが確認できなかったり、インプット情報にセグメント情報等の数値が適切に記載されておらず計数の転記誤りなどによる差異が生じたりしている状況は、評価の実効性の確保が図られないおそれがある。

したがって、インプット情報を主務大臣評価に活用しているかが確認できない状況となっている独立行政法人の主務大臣評価書について、主務大臣は、成果に対して要したインプットに係る評価についても適切に主務大臣評価書に記載し、セグメント情報等を評価にどのように活用しているかが分かるようにするなどして、国民に対する説明責任を果たすとともに、評価の実効性を確保するなどする必要がある。また、主務大臣評価書に記載されているインプット情報が評価単位に対応する適切なセグメント情報等の数値となっていない独立行政法人に対する主務大臣評価書においては、対応するセグメント情報等の数値を適切に記載して、評価を適切に行う必要がある。

基本的な方針によれば、「法人への運営費交付金が国民から徴収された税金を財源にしていることを踏まえ、法人に対し運営費交付金を適切かつ効率的に使用する責務を課す」とされている。

しかし、前記のとおり、会計基準の改訂前においては、多くの独立行政法人において費用進行基準が採用されていたため、支出した費用と同額が収益として計上されることから、効率化のインセンティブが働きにくいことなどが指摘されていた。

このような背景等を踏まえ、前記のとおり、基本的な方針によれば、収益化基準は原則として業務達成基準を採用することとされ、また、独立行政法人における管理会計の活用等により自律的マネジメントの実現を図ることとされている。

そして、前記のとおり、「会計基準の改訂について」によれば、業務達成基準を採用するために必要となる収益化単位の業務ごとの見積費用と実績費用の管理体制を構築することとされている。

また、経営努力認定については、前記のとおり、基本的な方針によれば、運営費交付金で賄う経費の節減により生じた利益の一定割合についても新たに経営努力として認めることなどとされている。

そこで、会計基準の見直しなどに伴う対応が適切かつ効果的に運用されているかなどについて、運営費交付金の収益化等の状況、法人の長における管理会計の活用に資することとされた収益化単位の業務ごとの財務情報の把握状況及び経営努力認定の状況をみると、次のとおりとなっていた。

ア　業務達成基準を採用したことによる運営費交付金の収益化等の状況

前記のとおり、会計基準によれば、独立行政法人は、国から運営費交付金を受領したときは、その相当額を運営費交付金債務として負債に計上することとされている。

そして、運営費交付金債務の収益化に当たっては、前記のとおり、改訂前の会計基準では業務達成基準、期間進行基準及び費用進行基準の三つの収益化基準のいずれの方法も採用することが認められていた。しかし、独立行政法人の経営改善や合理化努力のインセンティブを最大限機能させるなどのために、改訂会計基準においては、収益化単位の業務と運営費交付金の対応関係を明確にし、事業年度末時点の業務の進行状況を測定する必要のある業務達成基準を原則として採用することとされた。ただし、「会計基準の改訂について」において、27事業年度までは改訂会計基準第81に係る経過措置を適用することも容認されている。

前記の74法人について、改訂会計基準の適用前後における収益化基準の採用状況をみると、図表2-2のとおり、改訂会計基準適用前の26事業年度は、50法人において全ての業務で費用進行基準を採用していた。これに対し、改訂会計基準適用直後の27事業年度は、当該50法人のうち、全ての業務で期間進行基準を採用していた独立行政法人は1法人（勤労者退職金共済機構）であり、残る49法人は、改訂会計基準第81に係る経過措置を適用して全ての業務で費用進行基準を採用していた。そして、改訂会計基準第81に係る経過措置適用終了後の28、29両事業年度は、上記の1法人を除く73法人において、少なくとも一部の業務を除き業務達成基準を採用していた。

上記73法人のうち63法人は、業務達成基準を採用していた業務がある一方、一部の業務で期間進行基準を採用していたが、これは、改訂会計基準において、管理部門の活動については運営費交付金財源と期間的に対応していると考えられることから管理部門の活動に限り期間進行基準の採用が認められるとされているためであった。そして、勤労者退職金共済機構は、運営費交付金を管理部門の活動にのみ充てているため、27事業年度から期間進行基準のみを採用している。また、1法人（国際協力機構）は三つの収益化基準を採用していたが、当該法人は、期中に災害援助のために突発的に発生した災害援助業務について費用進行基準を採用している。これは、改訂会計基準において業務の予算、期間等を見積もることができない場合等に限り費用進行基準の採用が認められるとされているためであった。

改訂会計基準によれば、収益化単位の業務とは、「法人の事務・事業など継続的に実施される活動を示し、運営費交付金予算が配分され、投入費用の管理が行われている業務とする」とされており、基本的には収益化単位の業務を集積したものが「一定の事業等のまとまり」であるとされていて、また、「一定の事業等のまとまり」ごとの区分に基づく会計情報をセグメント情報として開示することとされている。これらのことから、収益化単位の業務ごとの会計情報は、評価に活用することとされたセグメント情報の基礎となるものである。

そして、改訂会計基準等によれば、独立行政法人は、業務完了の考え方については、主務大臣や国民、監事等が客観的に判断できる必要があるため明確化する必要があるとされている。また、業務の進行状況の測定方法については、損益計算書の利益額が影響を受けることから明確に定めておく必要があるとされている。

これらの改訂会計基準等の趣旨を踏まえると、収益化単位の業務ごとの業務完了の考え方や業務の進行状況の測定方法を明確にするためには、各独立行政法人の規程、通知、マニュアル等（以下「規程等」という。）により明文化しておく必要があると考えられる。

そこで、業務達成基準を採用していた73法人における収益化単位の業務ごとの業務完了の考え方や業務の進行状況の測定方法について、各独立行政法人の規程等により明文化されているかをみると、31法人（注8）においては、図表2-3のとおり、改訂会計基準Q＆Aの記載に沿って測定等をしていること、業務が単年度で完了するとしていることなどを理由として、明文化されていなかった。

しかし、①については、改訂会計基準Q＆Aでは「独立行政法人の業務の多様性を前提とすると、収益化単位の業務の進行状況を測定する指標は、様々なものが想定されるため、一概に示すことはできない。各法人の業務の性質や実態を踏まえつつ、合理性や実現性等を考慮して定めることになる。」などとして指標の設定等の考え方を示しているにすぎず、改訂会計基準Q＆Aの記載だけでは、主務大臣や国民、監事等が、各独立行政法人がどのような指標を用いて業務の進行状況を測定するなどしているのか判断することができない。

また、業務完了の考え方や業務の進行状況の測定方法は、業務によって様々なものが想定されることから、②については、複数年度で完了する業務も想定される中で当該業務が単年度で完了するもの（単年度で業務完了するとみなした場合を含む。）であるのか、③については、中期目標等で設定された各指標のうち具体的にどの指標を用いて測定する業務であるとしているのか、④については、業務ごとに具体的にどのような指標を用いて測定するとしているのかなどを、いずれも規程等により明文化されていないため客観的に判断することができない。

したがって、31法人は、前記改訂会計基準等の趣旨を踏まえ、収益化単位の業務ごとの業務完了の考え方や業務の進行状況の測定方法を規程等により明確にしておく必要があると考えられる。

なお、上記31法人のうち6法人(（注9）)は、会計検査院の検査を踏まえて、令和元年5月末までに、業務完了の考え方や業務の進行状況の測定方法について、規程等により明文化している。

（注8）

31法人　　国立公文書館、北方領土問題対策協会、日本医療研究開発機構、国民生活センター、情報通信研究機構、国立特別支援教育総合研究所、国立青少年教育振興機構、国立女性教育会館、防災科学技術研究所、国立文化財機構、教職員支援機構、日本スポーツ振興センター、日本芸術文化振興会、大学改革支援・学位授与機構、高齢・障害・求職者雇用支援機構、国立重度知的障害者総合施設のぞみの園、労働政策研究・研修機構、労働者健康安全機構、医薬品医療機器総合機構、医薬基盤・健康・栄養研究所、国際農林水産業研究センター、経済産業研究所、工業所有権情報・研修館、新エネルギー・産業技術総合開発機構、土木研究所、建築研究所、海上・港湾・航空技術研究所、海技教育機構、自動車技術総合機構、国際観光振興機構、駐留軍等労働者労務管理機構

（注9）

6法人　　国立公文書館、国立特別支援教育総合研究所、防災科学技術研究所、高齢・障害・求職者雇用支援機構、工業所有権情報・研修館、国際観光振興機構

前記のとおり、運営費交付金債務は、業務の進行に応じて収益化することとされている。そして、業務達成基準を採用した業務について業務が完了したと判定した場合は、当該業務に要した費用の額にかかわらず、運営費交付金債務は、固定資産の取得に充てられたなどにより資産見返運営費交付金等へ振り替えられた額を除き、当該業務に係る運営費交付金配分額の全額が収益化されることとなる。また、業務が未了であると判定した場合は、当該業務の進行状況に応じて運営費交付金配分額の一部が収益化され、収益化されなかった運営費交付金配分額は、翌事業年度に運営費交付金債務のまま繰り越されることとなる。

前記73法人の平成29事業年度における業務達成基準による運営費交付金収益への振替額及び業務達成基準を採用していた業務に係る運営費交付金債務の繰越しの状況をみると、図表2-4のとおり、73法人の業務達成基準による運営費交付金収益への振替額は計1兆2963億余円となっていた。そして、73法人のうち42法人は、業務達成基準を採用していた業務において業務が未了であると判定したものがあったことから、当該業務に係る運営費交付金債務計1276億余円が30事業年度に繰り越されていた。

(オ)　業務の進行状況を測定する指標の設定状況

前記のとおり、独立行政法人改革等が実施される以前には、法人全体で支出した費用と同額が収益として計上されるために効率化（費用節減）のインセンティブが働きにくいことなどが指摘されていた。そして、基本的な方針において、管理会計の活用等により自律的マネジメントの実現を図ることとされたことを踏まえ、独立行政法人の会計に管理会計の考え方を取り入れることが検討されて、改訂会計基準において業務達成基準を原則として適用することとされた。

この点に関しては、「会計基準の改訂について」によれば、業務達成基準を採用するに当たり収益化単位の業務ごとの見積費用と実績費用の管理体制を構築することは、会計情報を用いたマネジメントの実現に貢献するものと考えるとされている。また、法人の長による収益化単位の業務ごとの予算と実績の比較分析が適切に行われている場合、生じた利益が経営努力によって生じたものであることの合理的な説明を可能にし、その結果、経営努力が一層促進され、自主的、自律的な運営につながるものと期待されるとされている。

そして、各独立行政法人は、「会計基準の改訂について」を踏まえて、会計システムに収益化単位の業務ごとの予算や執行額等の財務情報を入力するなどの方法により、収益化単位の業務ごとの予算と実績を管理する体制を構築することになる。

また、改訂会計基準Q＆Aによれば、独立行政法人には、運営費交付金を適切かつ効率的に使用する責務が課されている一方で、業務効率化だけではなく政策効果の最大化も求められているため、必要に応じて、事業年度途中において運営費交付金配分額の見直しを行うことも認められるとされている。ただし、適切かつ計画的な業務実施の観点からは、運営費交付金配分額の見直しは第3四半期末までに確定されるべきであるとされており、法人の長は、事業年度開始時点の運営費交付金配分額を決定するだけでなく、当該見直しについても行う必要があるとされている。

これらの趣旨を踏まえると、予算や運営費交付金配分額の見直しを行う際等の事業年度途中の適時において、管理会計の活用等による自律的マネジメントに資するよう、法人の長が収益化単位の業務ごとの予算とそれまでの実績等を把握することは、適切かつ計画的な業務実施のために法人の長が行う運営費交付金配分額の見直しの判断や、政策効果の最大化及び経営努力の促進を図ることにつながる重要なことであると考えられる。

そこで、29事業年度において、業務達成基準を採用していた73法人について、法人の長における事業年度途中の収益化単位の業務ごとの予算と実績等の財務情報の把握の状況をみると、図表2-5のとおり、57法人では、法人の長において事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報を把握していた。具体的には、経理担当部門等が事業年度途中において収益化単位の業務ごとに予算や執行実績を把握した上で、収益化単位の業務ごとに予算や執行実績、執行見込額等の財務情報を一覧表に整理するなどして資料を作成し、法人の長が出席する役員会等の会議において経理担当部門等が当該資料について報告するなどしていた。そして、法人の長は、収益化単位の業務ごとの財務情報を把握し、これを踏まえた予算等の見直しを行うなどしていた。

一方、16法人（注10）では、法人の長において事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報を把握していなかった。このうち11法人では、法人の長において収益化単位の業務と異なる単位の業務ごとに財務情報を把握しており、3法人では、法人の長において経理担当部門等が予算等の見直しが必要と判断した業務に係る財務情報のみを把握していた。また、残りの2法人では、経理担当部門等が予算等の見直しを行う必要がないと判断したことから、法人の長においては事業年度途中における財務情報を把握していなかった。

なお、16法人のうち2法人（注11）は、会計検査院の検査を踏まえて、30事業年度から、法人の長が事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報を把握することとしている。

（注10）

16法人　　日本医療研究開発機構、情報通信研究機構、国立青少年教育振興機構、国立女性教育会館、教職員支援機構、国立高等専門学校機構、日本原子力研究開発機構、国立循環器病研究センター、国立精神・神経医療研究センター、国立国際医療研究センター、国立長寿医療研究センター、森林研究・整備機構、海技教育機構、航空大学校、自動車技術総合機構、国際観光振興機構

（注11）

2法人　　情報通信研究機構、国立循環器病研究センター

法人の長が事業年度途中において収益化単位の業務ごとに予算や執行実績等の財務情報を把握して、当該財務情報を踏まえて予算の見直しを行っていたものについて、参考事例を示すと次のとおりである。

前記のとおり、独立行政法人改革等による制度の見直しとして、基本的な方針等において、業務達成基準を原則として適用し、また、管理会計の活用等により自律的マネジメントの実現を図ることとされた。このため、収益化単位の業務ごとの予算や執行実績等の財務情報について、法人の長のマネジメントによる政策効果の最大化や経営努力の促進等が効果的なものとなるよう、法人の長において収益化単位の業務ごとの財務情報を適時適切に把握することが重要であると考えられる。

したがって、法人の長が事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報を把握していない独立行政法人においては、法人の長の事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報の把握の必要性等について検討する必要がある。

前記のとおり、独立行政法人の経営改善や合理化努力のインセンティブを最大限機能させるために、基本的な方針によれば、運営費交付金で賄う経費の節減により生じた利益の一定割合（原則として5割）を新たに経営努力として認めること、中期目標の期間の最終事業年度における経営努力相当額を翌中期目標の期間へ繰り越すことを認めることなどとされている。そして、これを踏まえ、26年経営努力通知及び繰越通知において、運営費交付金で賄う経費の節減により生じた利益について新たに経営努力として認めるなど経営努力認定の対象を拡大等している。なお、30年経営努力通知において、経営努力認定される利益の要件から、収入の増加や費用の節減が新規に生じたものであることや外部要因によらず独立行政法人の自主的な活動によるものであることなどを証明する要件が削除されるなど、経営努力認定の要件が緩和されている。

また、改正通則法等によれば、中期目標管理法人及び国立研究開発法人は、中期目標又は中長期目標の期間の最終事業年度以外の各事業年度に生じた利益のうち、経営努力認定された額（以下「経営努力認定額」という。）を目的積立金として積み立て、前中期目標又は前中長期目標の期間からの繰越積立金も含め、当該中期目標又は中長期目標の期間内において、中期計画又は中長期計画（以下、これらを合わせて「中期計画等」という。）に記載した剰余金（目的積立金及び繰越積立金）の使途に充てることができることとされているが、2法人（注12）においては、個別法の規定により目的積立金の計上が制度上認められておらず、7法人（注13）においては、経営努力による経費節減の余地が小さく利益が生じにくいなどの理由により、29事業年度末時点における中期計画に剰余金の使途を定めていない。さらに、前記のとおり、行政執行法人は、国の単年度予算管理と合わせた単年度の目標管理により事業等を実施する法人とされたことから、目的積立金を計上する仕組みとはなっていない。

（注12）

2法人　　郵便貯金・簡易生命保険管理機構、年金積立金管理運用

（注13）

7法人　　国立女性教育会館、勤労者退職金共済機構、農業者年金基金、都市再生機構、奄美群島振興開発基金、日本高速道路保有・債務返済機構、環境再生保全機構

そこで、中期計画等に剰余金の使途が記載されている71法人の27事業年度から29事業年度までの当期総利益及び当期未処分利益（当期総利益から前期繰越欠損金を差し引いた額）の状況をみると、図表2-6のとおり、29事業年度は71法人のうち58法人が当期総利益計5929億余円を計上し、このうち55法人が当期未処分利益計5442億余円を計上していた。

なお、29事業年度において経営努力認定額及び経営努力相当額に運営費交付金で賄う経費の節減分が含まれる9法人は、事業年度途中において収益化単位の業務ごとに予算や実績等の財務情報を把握、整理した資料により、法人の長が事業年度途中における収益化単位の業務ごとの財務情報を把握していた。

前記のとおり、旧通則法においては、内部統制に関する取組が義務付けられていなかったり、独立行政法人の業務を監査する監事に関し、その権限が具体的に定められていなかったりしていた。このため、改正通則法では、内部統制に関する取組の実施の義務付けなどがなされることにより、独立行政法人における内部統制・ガバナンスの強化が図られることとなり、また、監事機能の強化に関連し、監事の任命方法に係る規定が追加され、監事補佐体制について、監事の機能強化通知が発出されている。

ア　内部統制システムの整備状況

体制整備通知によれば、監事によるモニタリングに必要な措置に関して業務方法書に記載する具体的項目として、「監事の役員会等重要な会議への出席」等の7項目が提示されている。

そこで、監事によるモニタリングに必要な措置に係る具体的項目の業務方法書への記載状況をみると、該当する全ての具体的項目を業務方法書に記載していた独立行政法人は、26事業年度末においては皆無であったが、図表3-2のとおり、29事業年度末においては87法人中84法人となっており、体制整備通知の発出に伴い監事のモニタリングに係る具体的項目の業務方法書への記載が進んでいる。

そして、29事業年度末において業務方法書に記載していない理由について、「監事と会計監査人との連携」について記載なしとしている2法人は、任意で会計監査人の監査を受けているため、「監事と内部監査担当部門との連携」について記載なしとしている1法人は、既に法人の内部監査規程が整備されているためであるとしていた。

また、これらの具体的項目が業務方法書等に記載されたことによって監事のモニタリングの実施に影響があったとしている独立行政法人は、図表3-3のとおり具体的項目ごとに11法人から27法人までとなっていて、「業務執行の意思決定に係る文書を監事が調査できる仕組み」については「監事監査規程が改正され、調査する書類が明確化され、決裁時に必ず回付されている。更に規程等で対象とされていない書類でも監事の要求に応じて回付されている。」等としている独立行政法人が26法人、「監事と内部監査担当部門との連携」については「内部監査の結果を監事監査で利用することが明確に可能となるなど、より一層双方の連携強化が図られた。」等としている独立行政法人が20法人、「役職員の不正、違法、著しい不当事実の監事への報告義務」については「監事の立場・権限が明確にされ、モニタリングの精度が向上した。」等としている独立行政法人が27法人となっているなど、監事によるモニタリングに必要な措置に係る具体的項目が独立行政法人の業務方法書等に記載されたことによる一定の効果が見受けられた。

一方、監事のモニタリングの実施に影響がなかったとしている独立行政法人は、具体的項目ごとに60法人から76法人までとなっていて、7項目のいずれについても影響がなかったとしている独立行政法人が多くなっていた。そして、これらの独立行政法人は、その理由について、業務方法書等に記載された事項については従来行っていたり、役職員の不正等に該当する事案が発生していなかったりしたためであるなどとしていた。

前記のとおり、主務大臣は、中期目標等を策定するに当たり、内部統制については研究会報告を参照することとされている。また、研究会報告によれば、内部統制は、独立行政法人のミッションを有効かつ効率的に果たすことなどを目的として、リスクを洗い出し、組織が一丸となってそれに対応する仕組みであり、それは法人の長が戦略的なマネジメントを行う際に有用な手段であるとされている。

そして、リスクの評価と対応に係る具体的な取組方法に関しては、「リスクマネジメントを活用した一般的な内部統制の取組のイメージ」（図表3-4参照）が参考として示されている。

これによれば、「A目標の設定」において、独立行政法人のミッション、中期目標等及び独立行政法人内外の環境を勘案しつつ、リスクの評価と対応に係る目標・計画を策定し、このリスクの評価と対応に係る目標・計画を踏まえ独立行政法人のミッション遂行の障害となるものをリスクと位置付け、それらを網羅的に洗い出す「Bリスクの識別」を行うこととされている。そして、識別されたリスクが顕在化した場合の影響度及び発生可能性を評価し、それらを勘案して重要度の高いリスクを把握する「Cリスクの評価」を行い、対応すべきリスクを決定し、職員・部署が行うべき対応等について示した対応計画（以下「リスク対応計画」という。）を策定する「Dリスクへの対応」を行うこととされている（以下、BからDまでの一連の作業を「リスクの識別から対応まで」という。）。そして、策定したリスク対応計画に従い、各現場においてリスク対応に取り組む「E統制活動」を行い、リスク対応計画に従い統制活動が実施されているかを監視し、統制活動の定着化を図る「Fモニタリング」を行った結果が「A目標の設定」にフィードバックされることとなっている。

また、内部統制の基本要素として、図表0-6のとおり、独立行政法人のミッション遂行の障害となる要因をリスクとして識別、分析及び評価し、当該リスクへの適切な対応を行う一連のプロセスとして「リスクの評価と対応」が示されており、リスクが顕在化する前にリスクを識別し、分析及び評価を行うことで、リスクが顕在化した際に適切な対応を執ることが可能となることなどから、内部統制は、独立行政法人のミッションの遂行に有用であると考えられる。

図表3-4の「Bリスクの識別」においては、独立行政法人のミッション遂行の障害となるものをリスクと位置付け、それらを網羅的に洗い出すために、まず独立行政法人の業務フローを把握することが有用であることから、体制整備通知では、具体的項目の一つとして、「WBS（注15）（ワークブレークダウンストラクチャー）などの手法を用いた業務部門ごとの業務フローの認識及び明確化」が示されている（図表0-7番号33参照）。

そこで、全87法人における29事業年度末現在のWBS等の手法を用いた業務部門ごとの業務フローの認識及び明確化の状況をみると、業務フローの認識及び明確化を行ったとしている独立行政法人は71法人となっていた。一方、WBS等の手法を用いて業務フローの認識及び明確化を行っていなかったとしている独立行政法人は16法人（注16）となっていた。そして、16法人は、その理由について、WBS等の手法を用いて業務フローの認識及び明確化をどのように行えばよいか分からなかったり、組織規模が小さいため業務フローの認識及び明確化をしなくても柔軟で効率的な対応ができると判断したりしたためであるなどとしていた。

リスクの識別を行う前段階として、業務フローの認識及び明確化は独立行政法人の業務ごとのリスクを網羅的に洗い出すために重要なプロセスであり、上記の16法人においては、リスク対応計画の作成や見直しなどの際に、業務ごとにリスクが網羅的に洗い出されるよう、WBS等の手法を用いるなどして業務フローの認識及び明確化を行うことにより、リスクの識別をより効果的に行うことを検討することが望ましい。

（注15）

WBS　　Work Breakdown Structuresの略称であり、体制整備通知によれば、プロジェクト全体を細かい作業に分割した構成図のこととされている。

（注16）

16法人　　国立公文書館、国立特別支援教育総合研究所、国立青少年教育振興機構、国立女性教育会館、国立美術館、教職員支援機構、日本芸術文化振興会、国立高等専門学校機構、国立重度知的障害者総合施設のぞみの園、医薬基盤・健康・栄養研究所、地域医療機能推進機構、国立精神・神経医療研究センター、国立長寿医療研究センター、森林研究・整備機構、情報処理推進機構、海上・港湾・航空技術研究所

体制整備通知においては、リスクの識別から対応までに係るプロセスに関連して業務方法書に「業務フローのプロセスごとのリスク因子、リスク発生原因の分析」及び「把握したリスクに対する評価を年1回以上実施し、リスク低減策の検討を実施」の2項目を記載することとされている。そこで、各独立行政法人における29事業年度末のリスクの識別から対応までに係る2項目の業務方法書への記載状況についてみると、全87法人で2項目とも記載されており、リスクの識別から対応までについて取り組むことが定められていた。

しかし、全87法人の29事業年度末現在におけるリスクの識別から対応までに係る2項目の進捗状況（注17）についてみると、図表3-5のとおり、リスクの識別の作業が未着手の段階の独立行政法人（以下「未着手段階法人」という。）が5法人、リスクの識別から対応までの作業を行っている途中段階であり、前記の「Fモニタリング」が実施できる段階までに至っていない独立行政法人（以下「途中段階法人」という。）が21法人、リスクの識別から対応までを行い、リスク対応計画を策定し、当該計画を基に統制活動を行い、モニタリングが実施できる段階の独立行政法人（以下「実施段階法人」という。）が61法人となっており、進捗状況に差がみられる状況となっていた。

（注17）

防災業務計画や事業継続計画等の事故・災害等の緊急時に関する具体的項目に係る計画については、これらの計画そのものをリスクの識別とすると全ての独立行政法人でリスクの識別が行われていることとなるため、これらについては除外している。

また、未着手段階法人5法人及び途中段階法人21法人の計26法人について、リスクの識別から対応までが完了していない理由をみたところ、図表3-6のとおり、未着手段階法人においては、全ての独立行政法人で、リスクの識別から対応までをいつから実施して、いつまでに終わらせるかなどの計画（以下「作業計画」という。）を作成していないとしており、途中段階法人においては、作業に従事する職員が足りず、作業が停滞したとしている独立行政法人が最も多くなっていた（複数回答あり）。

前記のとおり、リスクの評価と対応は、独立行政法人のミッション遂行の障害となる要因をリスクとして識別、分析及び評価をし、当該リスクへの適切な対応を行う作業であり、リスクの識別から対応までの作業を行わない場合、リスクが顕在化した際に適切な対応を執ることができず、独立行政法人のミッションの遂行の障害となるおそれがある。

したがって、未着手段階法人5法人においては、法人の長のリーダーシップの下、早期にリスクの識別から対応までの作業に着手する必要がある。途中段階法人21法人においては、「Fモニタリング」が実施できる段階まで早期に作業を進める必要がある。そして、実施段階法人61法人においては、モニタリングの結果等を踏まえ、「A目標の設定」に反映させていく取組を引き続き適切に実施していく必要がある。

なお、会計検査院の検査を踏まえて、上記の未着手段階法人5法人のうち、1法人（工業所有権情報・研修館）については令和元年5月末までに「Fモニタリング」が実施できる段階まで作業を進めたとしていて、3法人（注18）については同月末までにリスクの識別から対応までに係る作業に着手したとしている。また、途中段階法人21法人のうち、6法人（注19）については同月末までに「Fモニタリング」が実施できる段階まで作業を進めたとしている。

（注18）

3法人　　国立青少年教育振興機構、日本芸術文化振興会、国立がん研究センター

（注19）

6法人　　労働者健康安全機構、国立病院機構、国立国際医療研究センター、国立成育医療研究センター、日本貿易振興機構、自動車技術総合機構

前記のとおり、改正通則法では、主務大臣は、監事を任命しようとするときは、必要に応じ、公募の活用に努めなければならず、公募によらない場合であっても、透明性を確保しつつ、候補者の推薦の求めその他の適任と認める者を任命するために必要な措置を講ずるよう努めなければならないとする監事の任命方法に係る規定が追加され、また、監事補佐体制について、監事の機能強化通知が発出されている。

そこで、監事の機能強化を踏まえて、主務大臣及び法人の長による監事監査の実効性を担保するための取組について、①監事の任命方法及び人数の状況、②監事補佐体制の状況をみると、次のとおりとなっていた。

(ア)　監事の任命方法及び人数の状況

また、監事の人数及び常勤・非常勤の構成については、各独立行政法人の個別法において監事を複数置くことは明記されているが、監事の常勤・非常勤の別等は特段の定めがない。

そこで、全87法人について、監事の人数及び常勤・非常勤の構成をみると、図表3-8のとおりであり、27年4月に設立された日本医療研究開発機構を除いた86法人について改正法施行前の26事業年度末の状況と施行後の29事業年度末における状況を比較すると、監事の人数、構成に変化があったのは4法人となっていて、残りの82法人において変化は見受けられなかった。

監事補佐体制については、監事の機能強化通知によれば、監事監査の実効性を担保するためには、その職務を補助する職員の確保が重要であり、監事直属の補助職員が置かれていない場合、内部監査室や財務・企画部門等の職員を臨時に監事監査要員に充てることが多いところ、主務大臣においては、このような実情を踏まえ、監事を補助する職員の充実のために、法人の長に、人事及び予算面で配慮を要請するなど、可能な限り体制整備に協力するものとするとされている。

そこで、全87法人の監事補佐体制についてみると、26事業年度末に対して29事業年度末に監事を補助する専属の職員が改正法の施行等に伴い増加したとしている独立行政法人（16法人21人増）がある一方で、組織又は業務の見直しにより減少したとしている独立行政法人（3法人3人減）も見受けられた（図表3-8参照）。

そして、29事業年度末に監事を補助する専属の職員が皆無であるとしている独立行政法人は64法人（この中には、役職員数が1,000人以上である24法人のうち13法人が含まれている。）となっていて、多くの独立行政法人が監事の補助業務と内部監査業務を兼務する職員を配置していた。

したがって、監事の補助業務と内部監査業務を兼務する職員は、監事のみでなく役員（監事を除く。）の指揮命令も受けることとなり、監事の業務遂行が少なからず影響を受けるおそれもあることから、独立行政法人においては、監事監査の実効性を担保するために、監事の機能強化通知を踏まえ、引き続き監事補佐体制の強化を図ることが望ましい。