農林省で、農政局等を通じ都道府県が行う市町村等への補助の財源として都道府県に交付している国庫補助金について、その交付状況を調査したところ、府県における国庫補助金の受入れ又は市町村等への交付が適期に行われず、国庫補助金が府県に滞留している結果となっている事態が見受けられたので、補助金交付額及び交付時期の適正化を図るための具体的な指針を明確にし、都道府県における国庫補助金滞留の解消に努め、国庫補助事業の円滑かつ適正な遂行を図る要があると認め、昭和52年11月に是正改善の処置を要求した。
これに対し、農林省では、52年12月に農政局等の長に対して、具体的な指針を明確にした通達を発し、これに基づいて農政局等は、都道府県から概算払請求書の送付を受けた場合は、間接補助事業の進ちょく状況等を十分審査し、必要に応じて現地調査をするなどしてその実態をは握したうえ補助金を交付する、また、都道府県に対しては、補助金交付決定通知書において、補助金の交付を受けた場合は遅滞なく間接補助事業者に交付しなければならない旨の条件を明示する、都道府県補助金交付規則等で補助金の適期交付の支障となるものがある場合には、その改正を指導するなどの措置を講じ、国庫補助金の滞留の解消に努めている。