平成２２年度決算検査報告
（平成２０年度決算検査報告 参照）
（平成２１年度決算検査報告 参照）
政府は、行政の情報化を積極的に推進することとしており、各府省等は、その一環として、電子申請等関係システムを整備・運用してきている。しかし、内閣に設置されている高度情報通信ネットワーク社会推進戦略本部が策定した施策を受け、各府省等において原則として全ての手続を一律にオンライン化してきたこと、電子申請率が低迷しているシステムについて費用対効果の検討が十分でなく、抜本的な見直しを行っていないことなどのほか、内閣官房においてシステムを停止等させる際の基準となる指標や停止等に至るまでの手順等を明確にしていないことなどから、内閣府本府、公正取引委員会、警察庁、総務省、財務省、国税庁、厚生労働省、農林水産省、経済産業省及び国土交通省が運用している１２システムについて、電子申請率が１０％以下と低迷していて、システムの整備・運用等に係る経費に対して効果が十分発現していない事態が見受けられた。
したがって、内閣官房において、システムの停止等の抜本的な措置を執る際の基準となる指標や当該措置を執るに至るまでの手順等を明確化することについて、各府省等と所要の調整を行うよう、内閣総理大臣に対して平成２１年９月に、会計検査院法第３６条の規定により意見を表示した。
本院は、内閣官房において、その後の処置状況について会計実地検査を行った。
検査の結果、内閣官房は、本院指摘の趣旨に沿い、２３年８月までに、前記の戦略本部において、費用対効果等を踏まえて、オンライン利用が可能となっている手続について、申請等があっても効果が費用を下回る場合は原則として停止するなどシステム停止等の措置を執る際の基準となる指標を明確にするとともに、当該手続を所管する府省がオンライン利用の継続又は停止の判断を行い、内閣官房及び総務省が当該判断結果を取りまとめて戦略本部企画委員会に報告するなどの手順を明らかにするなどを内容とする「新たなオンライン利用に関する計画」を策定するなどの処置を講じていた。
なお、電子申請率が低迷していた前記の１２システムについては、各府省等において、本院指摘の趣旨に沿い、２１年度までに、システムを停止したり、運用を継続するシステムについて、利用の拡大、経費の節減等、費用対効果の発現を図ったりする処置を講じていた。