平成１５年度決算検査報告
この特別会計は、国立学校の充実に資するとともに、その経理を一般会計と区分して行うため設置されていたもので、「国立大学法人法等の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」（平成１５年法律第１１７号）第２条の規定により１６年４月１日に廃止された。同特別会計に所属していた権利及び義務は、国立大学法人、大学共同利用機関法人、独立行政法人国立高等専門学校機構、独立行政法人大学評価・学位授与機構、独立行政法人国立大学財務・経営センター、独立行政法人メディア教育開発センター及び独立行政法人海洋研究開発機構がそれぞれ承継したものを除き、一般会計に帰属するものとされた。
同特別会計の１５年度の歳入歳出決算、借入金等及び主な業務実績は次のとおりである。
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 15年度 | (14年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 3,032,333,114 | 3,314,645,617 |
| 収納済歳入額 | 3,006,033,930 | 3,293,229,200 |
| 不納欠損額 | 20,419,230 | 18,897,032 |
| 収納未済歳入額 | 5,879,953 | 2,519,385 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 3,026,976,131 | 3,313,482,014 |
| 支出済歳出額 | 2,959,286,705 | 2,985,196,108 |
| 翌年度繰越額 | − | 275,696,770 |
| 不用額 | 67,689,425 | 52,589,136 |
不納欠損額の主なものは授業料及入学検定料（徴収決定済額３７４７億５５１０万余円）の１９６億４５４３万余円である。また、不用額の主なものは、国立学校（歳出予算現額１兆５６１６億０７３７万余円）の３１０億３２９７万余円、特別施設整備費（同１７３億５１０１万余円）の１７３億５１０１万余円及び施設整備費（同３１４１億２２４５万余円）の１２５億６０２８万余円である。
２ 借入金等
| 区分 | 15年度末 | (14年度末) |
| 千円 | 千円 | |
| 借入金現在額 (財政融資資金) | 1,004,736,562 | 1,020,111,061 |
| 積立金現在額 | 7,181,907 | 23,681,907 |
| 特別施設整備資金現在額 | 2,603,134 | 2,602,405 |
３ 主な業務実績
| 区分 | 15年度末 | (14年度末) |
| (国立大学等における教育、研究) | ||
| 国立大学 | 87校 | 97校 |
| 国立短期大学 | 2校 | 2校 |
| 国立高等専門学校等 | 56校 | 56校 |
| 大学共同利用機関等 | 16箇所 | 17箇所 |
| (国立大学医学部附属病院等の運営) | ||
| 附属病院 | 45箇所 | 55箇所 |
なお、この特別会計について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「医薬品等の購入などに係る予算執行について、当該年度に行うべき会計事務処理を行わず、翌年度において事実と異なる不適正な会計経理を行って代金を支払っているもの」 、「職員の不正行為による損害が生じたもの」 及び「奨学を目的とする寄附金のうち教員等個人あての寄附金を適切に経理するため、学内規程等の整備等を図るよう改善の処置を要求したもの」 ）を、「第４章 特定検査対象に関する検査状況」に「国立大学病院及び国立病院における寝具の賃貸借等契約に係る入札談合について」 を掲記した。