平成１６年度決算検査報告
この特別会計は、国が施行する港湾整備事業に関する経理及び港湾管理者が施行する港湾整備事業に対する負担金又は補助金の交付等に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
同特別会計は、港湾整備及び特定港湾施設工事の２勘定に区分して経理されており、その勘定別の１６年度の歳入歳出決算及び主な業務実績は次のとおりである。
（港湾整備勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 416,423,386 | 435,946,781 |
| 収納済歳入額 | 416,421,865 | 435,945,386 |
| 収納未済歳入額 | 1,521 | 1,395 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 462,921,907 | 482,352,153 |
| 支出済歳出額 | 399,808,973 | 418,179,179 |
| 翌年度繰越額 | 57,639,589 | 60,479,732 |
| 不用額 | 5,473,344 | 3,693,241 |
翌年度繰越額の主なものは、港湾事業費（歳出予算現額２７８４億１７０１万余円）の４１５億８７８６万余円、沖縄港湾事業費（同３５５億９４３２万余円）の７１億６１５６万余円及び離島港湾事業費（同３１４億２６３５万余円）の５５億２７７１万余円である。
２ 主な業務実績
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| (直轄事業) | ||
| 港湾の整備 | 119港 | 122港 |
| 航路の整備 | 16航路 | 16航路 |
| (補助事業) | ||
| 港湾の整備 | 333港 | 356港 |
（特定港湾施設工事勘定）
１ 歳入歳出決算
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 9,084,814 | 14,630,736 |
| 収納済歳入額 | 9,084,814 | 14,630,736 |
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 8,998,015 | 14,524,384 |
| 支出済歳出額 | 8,791,764 | 13,653,810 |
| 翌年度繰越額 | 149,500 | 758,670 |
| 不用額 | 56,751 | 111,904 |
２ 主な業務実績
| 区分 | 16年度 | (15年度) |
| (直轄事業) | ||
| エネルギー港湾施設の整備 | 4港 | 4港 |
なお、この特別会計について検査した結果、「第３章 個別の検査結果」に「港湾環境整備事業の実施に当たり、転落防止柵等の防錆・防食処理の設計及び施工が適切でなかったため、工事の目的を達していないもの」
、「浚渫等工事の積算に当たり、高精度の測位システムを利用することなどにより施工精度等が向上した工事について、検測待ちの拘束費を計上しないよう改善させたもの」
及び「港湾ＥＤＩシステム等について、利活用の促進を図るよう改善させたもの」
を掲記した。