独立行政法人における関連法人の状況について

(ア) 特定関連会社等に対する出資目的等

9独立行政法人について、特定関連会社等に対する出資目的、個別法に新たな出資を行うための規定があるかどうかなどについてみたところ、表5のとおりとなっていた（出資目的等の詳細については巻末別表4参照）。

表5　9独立行政法人における出資目的等の概要

独立行政法人名	出資目的の概要	規定の有無（注）	出資残高（平成24年度末）
情報通信研究機構	有線テレビジョン放送番組充実事業等の実施に必要な資金等のための出資	○	8億円
国際協力機構	我が国又は開発途上地域の法人等が行う開発事業の遂行等のために行う出資	○	973億余円
医薬基盤研究所	民間において行われる医薬品技術に関する試験研究に必要な資金のための出資	×	53億余円
農業・食品産業技術総合研究機構	高性能な農業機械の実用化を促進する事業を実施する者に対する当該事業の実施に必要な資金等のための出資	○	38億余円
農畜産業振興機構	農畜産業及びその関連産業の健全な発展等に寄与することを目的とする出資	×	86億余円
情報処理推進機構	ソフトウェア供給力開発事業に必要な資金のための出資	×	52億円
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	海外及び本邦周辺の海域における石油等の探鉱、採取に必要な資金等のための出資	○	3066億余円
中小企業基盤整備機構	中心市街地の活性化を図ることなどに必要な資金のための出資	○	509億余円
都市再生機構	再開発事業により建設した事務所、店舗等の施設管理に係る業務等を行うために設立した会社等に対する出資	○	122億余円

（注）

「規定の有無」欄については、個別法に新たな出資を行うための規定がある場合には「○」、個別法に新たな出資を行うための規定がなく、特殊法人等から承継した出資に係る権利等の管理及び処分のみを行っている場合には「×」をそれぞれ記載している。

9独立行政法人のうち8独立行政法人においては、他の法人が行う事業に必要な資金を供給する目的で出資を行っている一方で、都市再生機構のように、他の法人に独立行政法人の業務の一部を代行させるのに必要な資金等を供給する目的で出資を行っている独立行政法人も見受けられた。

また、個別法に新たな出資を行うための規定があるかどうかなどについてみると、個別法に基づき新たな出資を行っている独立行政法人と、個別法に新たな出資を行うための規定がなく、特殊法人等から承継した株式の管理及び処分のみを行っている独立行政法人が見受けられた。

(イ) 出資対象事業の実施状況等

前記のとおり、独立行政法人が行う出資は、国の一般会計及び特別会計からの出資金を主な財源として行われている。そのため、資金の有効活用を図るなどの観点から、独立行政法人が出資した資金を用いて実施される特定関連会社等の事業（以下「出資対象事業」という。）の実施状況について、独立行政法人は、出資対象事業を取り巻く社会経済情勢等の変化を考慮の上、適宜フォローアップを行って、必要に応じて適切な措置を執ることが重要となる。

そこで、9独立行政法人の出資先である192特定関連会社等について、出資対象事業の実施状況等をみたところ、農畜産業振興機構において、特定関連会社等の株式を処分して出資金を回収するなどの適切な措置を執る必要があると認められる事態が、また、医薬基盤研究所において、出資対象事業が終了した後、特定関連会社等の行う事業が大きく変更されている事態が、それぞれ事例1、事例2のとおり見受けられた。

＜事例1＞　株式を処分して出資金を回収するなどの適切な措置を執る必要があるもの

＜事例2＞　出資対象事業が終了した後、特定関連会社等の行う事業が大きく変更されているもの

出資後相当の期間が経過し、特定関連会社等において、出資対象事業が順調に実施され、利益剰余金が発生していて、独立行政法人が特定関連会社等の株式を全部又は一部処分したとしても出資対象事業を継続していくことが可能となっているなどの場合、独立行政法人において、出資目的の達成状況を踏まえて、特定関連会社等の株式を処分することなどにより出資金の回収を図ることを十分に検討して適切な措置を執ることが求められる。また、特定関連会社等の行う事業が大きく変更されるような場合、独立行政法人において、その後の出資金の回収についての見通しなどを踏まえつつ、慎重に対応を検討することなどが求められる。

(ア) 出資先である特定関連会社等の決算の状況

9独立行政法人の出資先である192特定関連会社等について、24年度末における利益剰余金、繰越欠損金等の状況を確認したところ、表6のとおり、利益剰余金を計上しているのは73特定関連会社等、繰越欠損金を計上しているのは119特定関連会社等であり、119特定関連会社等のうち10法人が債務超過となっていた。

表6　特定関連会社等における利益剰余金等の状況（平成24年度末）

（単位：法人）

独立行政法人名	利益剰余金を計上し ている特定関連会社 等	繰越欠損金を計上している特定関連会社等		計
			うち債務超過となっている特定関連会社等
情報通信研究機構	0	2	0	2
国際協力機構	4	3	0	7
医薬基盤研究所	0	1	0	1
農業・食品産業技術総合研究機構	0	5	1	5
農畜産業振興機構	13	6	0	19
情報処理推進機構	4	9	0	13
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	11	39	6	50
中小企業基盤整備機構	29	52	3	81
都市再生機構	12	2	0	14
計	73	119	10	192

9独立行政法人のうち、国際協力機構、農畜産業振興機構及び都市再生機構においては、利益剰余金を計上している特定関連会社等の数が繰越欠損金を計上している特定関連会社等の数を上回っている。これらの特定関連会社等が利益剰余金を計上している要因は次のとおりであった。

①　国際協力機構については、特定関連会社等が、大規模なナショナルプロジェクトとして海外の合弁会社等に直接又は間接的に出資したところ、当該プロジェクトが軌道に乗って、合弁会社等から配当金を受け取ることで利益を計上していたこと

②　農畜産業振興機構については、畜産物の流通等の事業を行っていた特定関連会社等が、少額ではあるが利益を積み重ねてきたこと

③　都市再生機構については、特定関連会社等が同機構からの業務委託事業等や、ニュータウン地区の商業施設に入居しているテナントからの賃貸料収入等により安定して利益を計上していたことなど

なお、利益剰余金を計上している特定関連会社等のうち、国際協力機構の1法人、農畜産業振興機構の3法人及び都市再生機構の1法人は、出資対象事業が不調だったことなどにより発生した繰越欠損金を減少させるなどのために、24年度までに減資を行っている。そして、このうちの国際協力機構の1法人及び農畜産業振興機構の3法人については、減資した額より24年度末における利益剰余金の額の方が小さいことから、仮に減資を行っていなかったとすると、24年度末において繰越欠損金を計上していた可能性がある。

一方、情報通信研究機構、医薬基盤研究所、農業・食品産業技術総合研究機構、情報処理推進機構、石油天然ガス・金属鉱物資源機構及び中小企業基盤整備機構については、繰越欠損金を計上している特定関連会社等の数が利益剰余金を計上している特定関連会社等の数を上回っている。これらの特定関連会社等が繰越欠損金を計上している要因は次のとおりであった。

①　情報通信研究機構、情報処理推進機構及び中小企業基盤整備機構については、地方公共団体の出資を受けた第3セクターである特定関連会社等において、地域の経済的事情の変化等により出資対象事業が軌道に乗らなかったことなど

②　医薬基盤研究所及び農業・食品産業技術総合研究機構については、研究開発事業に必要な資金の出資を受けた特定関連会社等において、研究開発費用に見合う収益が上がらなかったこと

③　石油天然ガス・金属鉱物資源機構については、石油の探鉱等に必要な資金の出資を受けた特定関連会社等において、探鉱中であり収益が得られていないこと

なお、債務超過となっている10特定関連会社等について、その一例を示すと、次のとおりである。

＜事例3＞　債務超過となっているもの

(イ) 資産の運用状況等

特定関連会社等の中には、子会社を支配するなどの目的で株式を保有したり、余裕金の運用の一環として、投資等の目的で、株式、社債、外貨建てなどの外国債券（以下「外債」という。）、仕組債（注4）又は国債等の公債を保有したりしているものがある。これらの有価証券は、金融市場や為替市場の状況によってその価値が変動するものであり、価値の下落により独立行政法人からの出資金が毀損され、独立行政法人の財務状況にも影響を及ぼす結果となる可能性がある。

（注4）

仕組債　　為替相場の変動等に応じて債券の利率が変化する条件で発行された債券

そこで、9独立行政法人の出資先である192特定関連会社等が24年度末に保有している有価証券の状況について、特定関連会社等の貸借対照表の「投資有価証券」、「関係会社株式」等の科目の内訳を確認したところ、8独立行政法人の105特定関連会社等において、これらの科目に有価証券が計上されていた。

そこで、独立行政法人ごとに、特定関連会社等が貸借対照表のこれらの科目に計上している有価証券について、その種別ごとの計上額をみたところ、表7のとおりとなっていた。

表7　105特定関連会社等が保有している有価証券の貸借対照表への計上額（平成24年度末）

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	株式				社債、外債、仕組債				国債、地方債、政府 保証債等
			うち投資等の目的で 保有している株式				うち外債及び仕組債
	特定関連会社等数	貸借対照表計上額	特定関連会社等数	貸借対照表計上額	特定関連会社等数	貸借対照表計上額	特定関連会社等数	貸借対照表計上額	特定関連会社等数	貸借対照表計上額
情報通信研究機構	0	-	0	-	0	-	0	-	1	101
国際協力機構	6	172,889	0	-	0	-	0	-	0	-
農業・食品産業技術総合研究機構	0	-	0	-	1	221	1	100	1	492
農畜産業振興機構	13	1,253	1	0	0	-	0	-	1	100
情報処理推進機構	0	-	0	-	2	327	2	114	3	460
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	15	144,993	1	2	0	-	0	-	1	13
中小企業基盤整備機構	35	249	5	140	9	2,333	4	826	24	10,210
都市再生機構	7	1,005	1	576	0	-	0	-	2	5,040
計	76	320,391	8	719	12	2,882	7	1,040	33	16,419

株式を保有していたのは、5独立行政法人の76特定関連会社等で、貸借対照表への計上額は計3203億余円となっていた。また、株式のうち、特定関連会社等が自らの子会社を支配するなどの目的で保有しているものが、3196億余円とほとんどを占めているが、4独立行政法人の8特定関連会社等においては、投資等の目的で保有している株式（以下「投資目的の株式」という。）があり、その貸借対照表への計上額は計7億余円となっていた。

なお、国際協力機構及び石油天然ガス・金属鉱物資源機構の特定関連会社等が投資等以外の目的で保有している多額の株式は、特定関連会社等が資源開発等を行わせる目的で海外の合弁会社等に出資を行って取得したものである。

一方で、これらの有価証券のうち、社債、外債又は仕組債（以下、これらを合わせて「社債等」という。）を保有していたのは、3独立行政法人の12特定関連会社等で、貸借対照表への計上額は計28億余円となっていた。また、これらのうち、外債及び仕組債については、高い利率で配当を受け取ることなどが期待できる一方で、為替相場の変動等により実質利回りが変化したり、投資元本が損なわれたりするおそれがあるが、3独立行政法人の7特定関連会社等が外債及び仕組債を保有しており、その貸借対照表への計上額は計10億余円となっていた。

そして、投資目的の株式又は社債等を保有しているのは、6独立行政法人の19特定関連会社等であり、このうちの1特定関連会社等は、投資目的の株式と社債等の両方を保有している。これらの投資目的の株式及び社債等について、24年度末における時価が取得価額と比較してどのようになっているかについて独立行政法人ごとにみたところ、表8のとおりとなっていた。

表8　特定関連会社等が保有している投資目的の株式及び社債等の状況（平成24年度末）

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	時価と取得価額との比較			投資目的の株式			社債等						計
							外債及び仕組債を除く			外債及び仕組債
				特定関連会社等数	時価	取得価額	特定関連会社等数	時価	取得価額	特定関連会社等数	時価	取得価額	特定関連会社等数	時価	取得価額
農業・食品産業技術総合研究機構	時価	≧	取得価額	0	-	-	1	0	0	1	100	100	1	100	100
		＜		0	-	-	1	121	121	1	-	99	1	121	221
農畜産業振興機構	時価	≧	取得価額	0	-	-	0	-	-	0	-	-	0	-	-
		＜		1	0	30	0	-	-	0	-	-	1	0	30
情報処理推進機構	時価	≧	取得価額	0	-	-	1	203	200	2	105	102	2	308	302
		＜		0	-	-	1	10	20	1	9	10	2	19	30
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	時価	≧	取得価額	1	1	1	0	-	-	0	-	-	1	1	1
		＜		1	0	3	0	-	-	0	-	-	1	0	3
中小企業基盤整備機構	時価	≧	取得価額	4	123	106	6	1,451	1,402	4	586	580	11	2,162	2,088
		＜		2	10	20	2	99	100	2	215	250	6	325	370
都市再生機構	時価	≧	取得価額	1	520	175	0	-	-	0	-	-	1	520	175
		＜		1	56	300	0	-	-	0	-	-	1	56	300
計	時価	≧	取得価額	6	645	282	8	1,654	1,602	7	792	782	H8-CHU1注(1) 16	3,092	2,667
		＜		5	67	353	4	230	241	4	224	359	H8-CHU1注(1) 12	523	954

注(1)

時価が取得価額以上となっている16法人及び時価が取得価額を下回っている12法人の中に重複している特定関連会社等が9法人あるため、投資目的の株式又は社債等を保有している特定関連会社等の数は19法人となっている。

注(2)

特定関連会社等が保有している有価証券の中には貸借対照表上への計上額と時価とが一致しないものがあるため、時価と表7の貸借対照表への計上額とは必ずしも一致しない。

時価が取得価額以上となっているのは16特定関連会社等で、時価が計30億余円、取得価額が計26億余円、評価差額が計4億余円、また、時価が取得価額を下回っているのは12特定関連会社等で、時価が計5億余円、取得価額が計9億余円、評価差額が計4億余円となっていた。そして、社債と比べて、投資目的の株式並びに外債及び仕組債については、時価と取得価額とのかい離が大きくなる傾向にあった。

そして、特定関連会社等が保有している社債等の中には、投資先が債務不履行に陥ったために、時価が取得価額を大幅に下回っている社債や、時価が評価できない外債も見受けられた。

このような事態に鑑みれば、独立行政法人は、特定関連会社等が投資目的で保有する有価証券に損失が生ずることにより独立行政法人からの出資金が毀損される結果となることを極力回避するように、出資者として、特定関連会社等に適切な運営等を求める必要がある。

(ア) 独立行政法人に対する配当の状況

出資対象事業は、収益性が低かったり、成否に関するリスクが高かったりしていることなどから、短期的には配当は見込めないが、長期的には配当を可能とする利益が発生し、配当を受け取れる場合もある。そして、株式を保有している間に受け取った配当金は、出資金の回収そのものではないが、独立行政法人にとっては特定関連会社等から出資に伴う経済的な利得を得たという意味では出資金の回収と同一の効果を有していると考えられる。

そこで、24年度末において192特定関連会社等に出資している9独立行政法人（出資残高計4909億余円）が、特定関連会社等の株式を取得してから25年度までの間に受け取った配当金の状況をみたところ、表9のとおりとなっていた。

表9　独立行政法人が特定関連会社等の株式を取得してから平成25年度までの間に受け取った配当金の状況

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	出資残高を有している特定関連会社等数	うち配当を行っている特定関連会社等数	配当金収入累計額
情報通信研究機構	2	0	-
国際協力機構	7	5	96,291
医薬基盤研究所	1	0	-
農業・食品産業技術総合研究機構	5	0	-
農畜産業振興機構	19	1	75
情報処理推進機構	13	2	4
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	50	3	10,233
中小企業基盤整備機構	81	5	15
都市再生機構	14	2	7,453
計	192	18	114,073

9独立行政法人の192特定関連会社等のうち、6独立行政法人の18特定関連会社等が配当を行った実績があり、6独立行政法人が受け取った配当金の累計額は、計1140億余円に上っている。

これらの配当金のうち、国際協力機構及び石油天然ガス・金属鉱物資源機構に8特定関連会社等から支払われた計1065億余円については、外国の石油化学事業や石油の開発等に関する大規模なプロジェクトである出資対象事業が軌道に乗って、利益が発生したことによるものである。

また、都市再生機構に2特定関連会社等から支払われた配当金74億余円のうち72億余円は、独法見直し方針において、同機構の関連法人の利益剰余金等について国庫納付等を行うこととなったのを受けて、同機構が特定関連会社等の利益剰余金等を精査して、その一部について25年度に配当を行わせたことによるものである。

一方、192特定関連会社等のうち174法人は、独立行政法人が株式を取得してから25年度までの間に一度も配当を行っていない。

そこで、174法人が25年度までに一度も配当を行っていない理由について、独立行政法人を通じて確認したところ、経営不振等により繰越欠損金を計上していたり、利益剰余金を計上しているもののその額が少額であり配当を行う余力がなかったり、施設整備等のために内部留保を行ったりなどしているためであるとしていた。

＜事例4＞　多額の利益剰余金を計上しているが、配当を行っていなかったもの

(イ) 株式の処分に関する規定等

独立行政法人が行う出資は、国の一般会計や特別会計からの出資金を主な財源として行われている。そのため、資金の有効活用を図るなどの観点から、3(2)イ(イ)のとおり、出資後相当の期間が経過し、特定関連会社等において、出資対象事業が順調に実施され、利益剰余金が発生していて、独立行政法人が特定関連会社等の株式を全部又は一部処分したとしても、出資対象事業を継続していくことが可能となっているなどの場合、独立行政法人において、出資目的の達成状況を踏まえて、特定関連会社等の株式を処分することなどにより出資金の回収を図ることを十分に検討して適切な措置を執ることなどが求められる。

そこで、9独立行政法人において、どのような場合に特定関連会社等の株式を処分して出資金を回収するかなどの業務方法書等の規定の有無及びその内容についてみたところ、多くの独立行政法人では、業務方法書等において、出資目的を達成するなどして株式の全部又は一部を処分することが適当であると認められる場合には株式を処分するなどといった規定を設けていた。しかし、国際協力機構を除いて、出資金を回収するかどうかを判断するための具体的な判断基準等までは定めていなかった（巻末別表5参照）。

そして、9独立行政法人の出資先である192特定関連会社等の株式について、24年度末の実質価額（当該法人の純資産額に独立行政法人の出資割合を乗じて得た額）が出資額と比較してどのようになっているかみたところ、表10のとおりとなっていた。

表10　特定関連会社等の株式の実質価額（平成24年度末）

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	実質価額と出資額の比較			特定関連会社等数	実質価額（Ａ）	出資額（Ｂ）	差引（（Ａ）－（Ｂ））
情報通信研究機構	実質価額	≧	出資額	0	-	-	-
		＜		2	564	800	△ 235
	小計			2	564	800	△ 235
国際協力機構	実質価額	≧	出資額	3	30,058	15,639	14,418
		＜		4	53,361	81,682	△ 28,320
	小計			7	83,420	97,321	△ 13,901
医薬基盤研究所	実質価額	≧	出資額	0	-	-	-
		＜		1	55	5,310	△ 5,254
	小計			1	55	5,310	△ 5,254
農業・食品産業技術総合研究機構	実質価額	≧	出資額	0	-	-	-
		＜		5	488	3,871	△ 3,382
	小計			5	488	3,871	△ 3,382
農畜産業振興機構	実質価額	≧	出資額	10	13,705	4,542	9,163
		＜		9	2,922	4,072	△ 1,149
	小計			19	16,628	8,614	8,013
情報処理推進機構	実質価額	≧	出資額	2	827	800	27
		＜		11	3,106	4,400	△ 1,293
	小計			13	3,933	5,200	△ 1,266
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	実質価額	≧	出資額	11	118,886	116,477	2,408
		＜		39	115,291	190,135	△ 74,843
	小計			50	234,178	306,612	△ 72,434
中小企業基盤整備機構	実質価額	≧	出資額	17	11,811	10,955	856
		＜		64	29,344	39,959	△ 10,614
	小計			81	41,155	50,914	△ 9,758
都市再生機構	実質価額	≧	出資額	12	55,438	7,661	47,777
		＜		2	297	4,600	△ 4,302
	小計			14	55,736	12,261	43,475
計	実質価額	≧	出資額	55	230,727	156,076	74,651
		＜		137	205,433	334,829	△ 129,395
	合計			192	436,161	490,905	△ 54,744

192特定関連会社等のうち55法人は株式の実質価額が出資額以上となっており、独立行政法人ごとの合計額でみると、特に、都市再生機構から業務委託等を受けている特定関連会社等の株式について、実質価額が出資額を大きく上回っていた（独立行政法人と関連法人との契約等の状況については、後述(3)参照）。

また、特定関連会社等の株式の中には、譲渡による株式の取得について特定関連会社等の取締役会の承認が必要とされるなどの株式の譲渡制限が設けられているものがある。

そこで、9独立行政法人の出資先である192特定関連会社等を対象として、特定関連会社等において株式の譲渡制限が設けられているかについて、独立行政法人が株式を全部又は一部処分したとしても出資対象事業を継続していくことが可能かという観点から、利益剰余金を計上している法人と、繰越欠損金を計上している法人に分けてみたところ、表11のとおり、利益剰余金を計上している73特定関連会社等のうち59法人において、株式の譲渡制限が設けられているなど、多数の特定関連会社等において株式の譲渡制限が設けられていた。

表11　特定関連会社等における株式の譲渡制限の状況（平成24年度末）

（単位：法人）

＼	株式の譲渡が制限されている法人	株式の譲渡が制限されていない法人	計
利益剰余金を計上している特定関連会社等	59	14	73
繰越欠損金を計上している特定関連会社等	99	20	119
計	158	34	192

株式の譲渡制限は、好ましくない者が株式を取得して会社の運営が混乱することを防止するという利点があるとされているものの、一方で、独立行政法人が保有する株式の処分を行おうとする際に、取締役会の承認が得られなかったり、承認を得るのに時間を要したりなどして処分を迅速に行えない可能性もある。

(ウ) 全株式の譲渡又は清算が行われた特定関連会社等における出資金の回収状況

9独立行政法人が、設立されてから24年度までの間に、出資目的が達成されたなどとして全株式の譲渡を行ったり、期待された成果が上がらなかったなどとして清算を行ったりした特定関連会社等は、93法人となっている。

そして、これらの特定関連法人等から株式を保有している間に受け取った配当金、株式の譲渡代金及び清算分配金（以下、これらを合わせて「回収金」という。）による出資金の回収状況についてみたところ、表12のとおりとなっていた。

表12　特定関連会社等の株式に係る回収金の状況（独立行政法人設立から平成24年度まで）

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	分類	特定関連会社等数　H12-CHU1注(1)	出資金累計額（Ａ）	回収金（Ｂ）		差額（（Ｂ）－（Ａ））		回収金が全く得られなかった特定関連会社等数
				配当金収入累計額	譲渡代金、清算分配金	回収益	回収不能額
情報通信研究機構	譲渡	2	700	-	141	-	△ 558	0
	清算	1	1,200	-	409	-	△ 790	0
	小計	3	1,900	-	550	-	△ 1,349	0
国際協力機構	譲渡	3	29,172	18,506	64,474	53,808	-	0
	清算	3	2,040	-	1,147	-	△ 892	0
	小計	6	31,213	18,506	65,622	53,808	△ 892	0
医薬基盤研究所	譲渡	0	-	-	-	-	-	0
	清算	14	23,116	-	242	-	△ 22,874	1
	小計	14	23,116	-	242	-	△ 22,874	1
農業・食品産業技術総合研究機構　H12-CHU2注(2)	譲渡	3	1,530	37	162	-	△ 1,330	0
	清算	39	23,807	-	1,053	-	△ 22,753	3
	小計	42	25,337	37	1,215	-	△ 24,084	3
農畜産業振興機構	譲渡	0	-	-	-	-	-	0
	清算	2	1,075	-	666	-	△ 408	1
	小計	2	1,075	-	666	-	△ 408	1
情報処理推進機構	譲渡	0	-	-	-	-	-	0
	清算	4	1,600	-	895	-	△ 704	1
	小計	4	1,600	-	895	-	△ 704	1
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	譲渡	0	-	-	-	-	-	0
	清算	2	29	-	12	-	△ 16	0
	小計	2	29	-	12	-	△ 16	0
中小企業基盤整備機構	譲渡	4	355	-	10	-	△ 345	3
	清算	15	5,123	-	2,235	-	△ 2,887	9
	小計	19	5,478	-	2,245	-	△ 3,232	12
都市再生機構	譲渡	1	200	-	200	-	-	0
	清算	0	-	-	-	-	-	0
	小計	1	200	-	200	-	-	0
計	譲渡	13	31,957	18,544	64,988	53,808	△ 2,234	3
	清算	80	57,991	-	6,662	-	△ 51,328	15
	合計	93	89,948	18,544	71,650	53,808	△ 53,562	18

注(1)

株式を段階的に譲渡したことにより、全株式を譲渡した際には、特定関連会社等ではなくなっていた法人を含む。

注(2)

農業・食品産業技術総合研究機構については、前身の独立行政法人である農業・生物系特定産業技術研究機構による回収金の実績を含む。

都市再生機構を除く8独立行政法人の89特定関連会社等については、出資金累計額から回収金を差し引いた結果、当該特定関連会社等に対する出資金に係る計535億余円の回収不能額が生じており、89特定関連会社等のうち、清算等が行われた際に債務超過になっていたことなどにより独立行政法人は回収金を得ることができなかったため、出資金累計額の全てが回収不能額となっている状況が18特定関連会社等において見受けられた。これらの例として、医薬基盤研究所及び農業・食品産業技術総合研究機構による事業化へのリスクが高い研究開発の分野に係る出資について、その成果が事業化されなかったことなどから回収不能額が多額となったものがあり、また、医薬基盤研究所の1特定関連会社等及び農業・食品産業技術総合研究機構の3特定関連会社等に対する出資について、出資金累計額の全てが回収不能額となっているものがある。

一方、全株式の譲渡が行われた国際協力機構の3特定関連会社等は、同機構が海外投融資業務に関して保有していた当該特定関連会社等の株式について、簿価以上で譲渡できることが見込まれるなど出資金を回収できる条件が整ったことから株式を他の株主に譲渡することとしたもので、回収金が出資金累計額を計538億余円上回っていた。

(ア) 契約を締結している関連法人の数、契約額等

検査の対象とした98独立行政法人が、20年度から24年度までの各年度において、独立行政法人の支出の原因となる契約（以下「支出原因契約」という。）及び収入の原因となる契約を締結している関連法人の数についてみたところ、表13のとおりとなっていた。

表13　独立行政法人が契約を締結している関連法人の状況

（単位：法人）

年度	関連法人と契約を締結した独立行政法人数		独立行政法人と契約を締結した関連法人数
				特定関連会社		関連会社		関連公益法人等		対20年度割合
	対20年度割合				対20年度割合		対20年度割合		対20年度割合
平成20	100.0％	29 (1)	155 (14)	20 (6)	100.0％	21 (6)	100.0％	114 (2)	100.0％	100.0％
21	96.5％	28 (1)	145 (14)	18 (5)	90.0％	20 (6)	95.2％	107 (3)	93.8％	93.5％
22	82.7％	24 (1)	125 (11)	18 (3)	90.0％	17 (5)	80.9％	90 (3)	78.9％	80.6％
23	72.4％	21 (1)	73 (15)	17 (4)	85.0％	18 (6)	85.7％	38 (5)	33.3％	47.0％
24	79.3％	23 (1)	76 (16)	19 (2)	95.0％	19 (9)	90.4％	38 (5)	33.3％	49.0％

注(1)

関連法人数には、少額随意契約又は不落・不調随意契約のみの関連法人を除く。

注(2)

括弧書きは、独立行政法人の収入の原因となる契約のみが締結されている法人で、内数である。

独立行政法人が契約を締結した特定関連会社及び関連会社の数は、いずれも横ばい傾向となっていた。これは、独立行政法人の中には、自らの業務目的を達成するために不可欠な附帯業務等を特定関連会社等に継続的に行わせている独立行政法人があることなどによると考えられる。なお、20年度に独立行政法人が契約を締結していた20特定関連会社及び21関連会社のうち、24年度まで毎年度契約を継続していたのは、それぞれ17特定関連会社及び13関連会社となっていた。また、関連公益法人等の数は、20年度の114法人から24年度の38法人と大幅に減少している。これは、3(1)のとおり、高齢・障害・求職者雇用支援機構において、それまで関連公益法人等への委託により実施していた業務を23年度以降は自ら実施することとし、同機構が有する関連公益法人等の数が減少したことなどによる。

また、24年度に関連法人と支出原因契約を締結した独立行政法人について、関連法人との支出原因契約の契約額等をみると、表14のとおりとなっていた。

表14　独立行政法人が支出原因契約を締結している関連法人の状況（平成24年度）

（単位：法人、百万円）

独立行政法人名	種別ごとの法人数・契約額						関連法人計		各独立行政法人計　H14-CHU1注(1)	全支出原因契約の契約額に占める関連法人との契約額の割合(d)/(e)
	特定関連会社		関連会社		関連公益法人等		法人数	契約額(d)=(a)+(b)+(c)
	法人数	契約額(a)	法人数	契約額(b)	法人数	契約額(c)			契約額(e)
国際協力機構	-	-	-	-	2	1,677	2	1,677	103,614	1.6％
科学技術振興機構	-	-	-	-	3	218	3	218	155,547	0.1％
理化学研究所	-	-	-	-	1	4,004	1	4,004	52,649	7.6％
宇宙航空研究開発機構	-	-	-	-	3	2,759	3	2,759	117,230	2.3％
日本芸術文化振興会	-	-	-	-	3	5,032	3	5,032	8,767	57.3％
海洋研究開発機構	-	-	-	-	1	3	1	3	33,328	0.0％
日本原子力研究開発機構	-	-	-	-	4	1,327	4	1,327	142,734	0.9％
高齢・障害・求職者雇用支援機構	-	-	-	-	1	3,044	1	3,044	18,490	16.4％
医薬基盤研究所	-	-	-	-	1	127	1	127	6,295	2.0％
国立がん研究センター	-	-	-	-	1	149	1	149	17,112	0.8％
農業・食品産業技術総合研究機構	1	18	-	-	-	-	1	18	11,485	0.1％
工業所有権情報・研修館	-	-	-	-	1	115	1	115	2,073	5.5％
製品評価技術基盤機構	-	-	-	-	2	204	2	204	4,100	4.9％
新エネルギー・産業技術総合開発機構	-	-	-	-	3	1,537	3	1,537	21,569	7.1％
情報処理推進機構	-	-	1	4	-	-	1	4	2,665	0.1％
石油天然ガス・金属鉱物資源機構	1	1,087	4	3,265	2	389	7	4,743	103,411	4.5％
中小企業基盤整備機構	-	-	1	559	-	-	1	559	21,632	2.5％
鉄道建設・運輸施設整備支援機構	-	-	-	-	1	612	1	612	272,532	0.2％
水資源機構	-	-	-	-	1	125	1	125	35,266	0.3％
都市再生機構	13	225,751	4	92	2	173	19	226,016	475,806	47.5％
住宅金融支援機構	2	12,296	-	-	-	-	2	12,296	60,734	20.2％
国立環境研究所	-	-	-	-	1	164	1	164	8,177	2.0％
22独立行政法人計	17	239,153	10	3,921	33	21,666	60	264,740	1,675,226	＼

注(1)

「各独立行政法人計」欄は、関連法人との契約以外も含めた当該独立行政法人が締結している全支出原因契約に係る合計額である。

注(2)

少額随意契約及び不落・不調随意契約は除いている。

独立行政法人が支出原因契約を締結した関連法人のうち特定関連会社は、60法人のうち17法人（28.3％）であるが、契約額でみると2647億余円のうち2391億余円（90.3％）とほとんどを占める状況となっていた。

また、独立行政法人ごとに、全支出原因契約の契約額に占める関連法人との契約額の割合をみると、日本芸術文化振興会は50％を超えており、都市再生機構も47.5％と高くなっていた。また、契約額については、都市再生機構が計2260億余円と多額になっていた。

各独立行政法人は、これまでも、関連法人との契約の透明性を確保するために様々な取組を行ってきているが、全支出原因契約の契約額に占める関連法人との契約額の割合が高い独立行政法人を始めとして、関連法人と取引がある独立行政法人においては、引き続き契約の透明性を確保するための取組を継続する必要があると認められる。

(イ) 独立行政法人ごとの関連法人との契約の内訳

独立行政法人が支出原因契約を締結した各関連法人について、事業収入に占める独立行政法人との契約に基づく収入の割合を算定し、その割合別に年度ごとの関連法人の数の推移等をみたところ、表15のとおりとなっていた。

表15　関連法人の事業収入に占める独立行政法人との契約に基づく収入の割合

（単位：法人）

関連法人の種別	特定関連会社					関連会社					関連公益法人等
年度 契約額割合	平成20	21	22	23	24	20	21	22	23	24	20	21	22	23	24
3分の2以上	8 (57.1％)	7 (53.8％)	7 (46.6％)	8 (61.5％)	9 (52.9％)	2 (13.3％)	2 (15.3％)	2 (16.6％)	2 (18.1％)	3 (30.0％)	76（35) (67.8％)	63(27) (60.5％)	47(18) (54.0％)	18 (54.5％)	19 (57.5％)
3分の1以上3分の2未満	2 (14.2％)	2 (15.3％)	2 (13.3％)	1 (7.6％)	0 (0.0％)	2 (13.3％)	1 (7.6％)	2 (16.6％)	2 (18.1％)	1 (10.0％)	28(21) (25.0％)	36(24) (34.6％)	31(16) (35.6％)	11 (33.3％)	10 (30.3％)
3分の1未満	4 (28.5％)	4 (30.7％)	6 (40.0％)	4 (30.7％)	8 (47.0％)	11 (73.3％)	10 (76.9％)	8 (66.6％)	7 (63.6％)	6 (60.0％)	8(8) (7.1％)	5(5) (4.8％)	9(5) (10.3％)	4 (12.1％)	4 (12.1％)
計	14 (100.0％)	13 (100.0％)	15 (100.0％)	13 (100.0％)	17 (100.0％)	15 (100.0％)	H15-CHU1注(1) 13 (100.0％)	12 (100.0％)	H15-CHU1注(1) 11 (100.0％)	10 (100.0％)	112(64) (100.0％)	104(56) (100.0％)	87(39) (100.0％)	33 (100.0％)	33 (100.0％)
全関連法人数	45	41	38	38	35	172	172	175	179	177	144	147	131	73	80

注(1)

関連会社の平成21年度及び23年度の法人数については、契約を締結しているが事業収入がない1法人を除いている。

注(2)

「関連公益法人等」欄における平成20年度から22年度までに記載されている上段括弧書きは、高齢・障害・求職者雇用支援機構の22年度までの委託契約に係る関連公益法人等の数を除いた法人数である。

注(3)

下段括弧書きは、当該年度における関連法人の種別ごとの全体に占める割合を示す。

特定関連会社については、独立行政法人からの収入の割合が3分の2以上の区分に該当する法人の数が、独立行政法人が支出原因契約を締結している特定関連会社の数全体の46.6％から61.5％までの比較的高い率でほぼ横ばいで推移している。この中には、独立行政法人と毎年度継続して締結する受託契約等を主要業務としている法人が見受けられた。

関連会社については、24年度における全関連会社177法人のうち、独立行政法人と支出原因契約を締結しているのが10法人と少なく、また、独立行政法人からの収入の割合が3分の1未満の区分に該当する関連会社の数が、独立行政法人が支出原因契約を締結している関連会社の数全体の60.0％から76.9％までとなっており、関連法人の種別の中で、事業収入に占める独立行政法人との契約に基づく収入の割合が最も低くなっていた。

関連公益法人等については、24年度において、独立行政法人からの収入の割合が3分の2以上の区分に該当する関連公益法人等の数が、独立行政法人が支出原因契約を締結した関連公益法人等全体の57.5％に当たる19法人であったが、このうち16法人は、独立行政法人が研究施設の運営を委託するなどしているもので、残りの3法人は、独立行政法人が研究業務を委託しているものであった。

事業収入に占める独立行政法人との契約に基づく収入の割合が高い特定関連会社や関連公益法人等の多くは、独立行政法人との契約が安定的な収入源となっていると認められることから、独立行政法人は、これらの関連法人との契約について、引き続き契約の透明性を確保するための取組を積極的に行っていく必要があると認められる。

(ウ) 契約方式別の契約の推移

98独立行政法人が締結している支出原因契約について、契約方式別の件数及び契約額の推移をみたところ、表16のとおりとなっていた。

表16　独立行政法人が締結している支出原因契約の契約方式別の件数及び契約額の推移

（単位：件、百万円）

年度	競争性のある契約								競争性のない契約		計
	一般競争（価格競争）		一般競争（総合評価）		随意契約（企画競争）		随意契約（公募）		随意契約（特命等）
	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額
平成20	37,814 (16,277)	902,092 (306,520)	1,381 (566)	312,117 (113,482)	8,153 (2,703)	310,711 (146,091)	8,404 (3,634)	144,395 (68,911)	19,324	586,152	75,076 (23,180)	2,255,468 (635,005)
21	39,121 (15,299)	795,329 (237,555)	1,906 (486)	347,703 (82,592)	8,164 (2,868)	308,320 (143,338)	10,694 (4,493)	170,304 (76,824)	17,807	488,732	77,692 (23,146)	2,110,390 (540,310)
22	38,338 (11,986)	794,835 (200,739)	3,817 (778)	491,973 (101,064)	7,063 (1,925)	261,165 (85,264)	8,968 (5,145)	158,690 (84,591)	12,868	502,280	71,054 (19,834)	2,208,946 (471,659)
23	36,831 (11,177)	841,817 (200,766)	3,134 (797)	389,398 (108,188)	6,455 (1,903)	223,755 (89,519)	8,546 (4,448)	149,987 (88,014)	10,187	428,277	65,153 (18,325)	2,033,237 (486,489)
24	35,937 (10,899)	814,205 (214,663)	4,557 (1,728)	694,970 (357,457)	5,561 (1,833)	211,675 (81,700)	11,281 (3,959)	285,861 (113,168)	9,730	415,075	67,066 (18,419)	2,421,788 (766,989)

注(1)

括弧書きは1者応札又は1者応募の件数及び契約額であり、各項目の件数及び契約額の内数である。

注(2)

少額随意契約及び不落・不調随意契約の件数及び契約額は除いている。

年度ごとの契約件数及び契約額について、24年度を20年度と比較すると、件数では75,076件から67,066件と10.6％減少している一方で、契約額は2兆2554億余円から2兆4217億余円と7.3％増加しており、1者応札又は1者応募の契約件数及び契約額についてもそれぞれ同様の減少傾向又は増加傾向が見受けられる。

契約件数が減少する一方で、契約額が増加しているのは、独立行政法人全体の24年度における契約額のうち、19.6％と最も高い割合を占める都市再生機構において、23年度まで賃貸住宅1戸ごとに少額随意契約で実施していた修繕等の契約を、24年度から工区ごとに3か年度又は6か年度の複数年度分を一括して一般競争（総合評価）により発注したことなどによる。そこで、この少額随意契約から変更された一般競争（総合評価）による契約の件数993件及び契約額2426億余円を、24年度における独立行政法人全体の一般競争（総合評価）の件数及び契約額から除き、件数及び契約額の合計について24年度を20年度と比較すると、件数では75,076件から66,073件、契約額では2兆2554億余円から2兆1791億余円と、それぞれ減少傾向となっている。また、1者応札又は1者応募についても同様に減少傾向となっている。

そして、この都市再生機構による、少額随意契約から変更された一般競争（総合評価）による契約の件数及び契約額を除き、支出原因契約全体に占める競争性のある契約の割合について、24年度を20年度と比較すると、図3のとおり、件数比では74.3％が85.3％、契約額比では74.0％が81.0％となっており、件数は11.0ポイント、契約額は7.0ポイント増加している。

図3　独立行政法人全体の契約に占める競争性のある契約の割合

次に、98独立行政法人が締結している支出原因契約のうち関連法人との間で締結している契約について、契約方式別の件数及び契約額の推移をみたところ、表17のとおりとなっていた（独立行政法人ごとの内訳については巻末別表6参照）。

表17　独立行政法人が関連法人との間で締結している支出原因契約の契約方式別の件数及び契約額の推移

（単位：件、百万円）

年度	競争性のある契約								競争性のない契約		計
	一般競争（価格競争）		一般競争（総合評価）		随意契約（企画競争）		随意契約（公募）		随意契約（特命等）
	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額	件数	契約額
平成20	213 (149)	7,102 (5,376)	68 (55)	29,226 (28,097)	579 (347)	45,192 (30,335)	60 (49)	14,202 (6,394)	701	70,331	1,621 (600)	166,055 (70,205)
21	466 (206)	16,648 (6,300)	51 (34)	21,164 (18,506)	1,531 (339)	63,818 (43,281)	57 (51)	5,280 (5,242)	452	47,074	2,557 (630)	153,985 (73,330)
22	307 (161)	7,603 (5,795)	766 (143)	91,889 (33,323)	760 (100)	16,552 (9,211)	32 (27)	2,606 (2,569)	365	30,287	2,230 (431)	148,939 (50,900)
23	257 (88)	11,345 (8,200)	435 (131)	47,769 (16,981)	131 (24)	6,668 (4,915)	25 (20)	1,595 (1,557)	29	10,478	877 (263)	77,858 (31,654)
24	260 (68)	10,959 (7,477)	1,170 (492)	238,125 (188,347)	113 (23)	5,845 (3,482)	16 (14)	879 (851)	18	8,929	1,577 (597)	264,740 (200,158)

注(1)

括弧書きは1者応札又は1者応募の件数及び契約額であり、各項目の件数及び契約額の内数である。

注(2)

少額随意契約及び不落・不調随意契約の件数及び契約額は除いている。

各年度の契約件数及び契約額について、24年度を20年度と比較すると、件数では1,621件から1,577件と2.7％減少している一方で、契約額は1660億余円から2647億余円と59.4％増加している。また、1者応札又は1者応募の契約件数及び契約額については、件数はほぼ横ばいであるものの、契約額は185.1％と大幅に増加している。

契約件数がほぼ横ばいである一方で、契約額が増加している主な理由は、都市再生機構における上記の少額随意契約から変更された一般競争（総合評価）により発注した業務を特定関連会社が受注したことによるものである。そこで、この少額随意契約から変更された一般競争（総合評価）による契約の件数395件及び契約額1794億余円を、24年度における独立行政法人全体の関連法人との間で締結している一般競争（総合評価）の件数及び契約額から除き、件数及び契約額の合計について24年度を20年度と比較すると、件数では1,621件から1,182件、契約額では1660億余円から853億余円と、それぞれ減少傾向となっている。また、1者応札又は1者応募についても同様に減少傾向となっている。

そして、この都市再生機構による、少額随意契約から変更された一般競争（総合評価）による契約の件数及び契約額を除き、支出原因契約全体に占める競争性のある契約の割合について、24年度を20年度と比較すると、図4のとおり、件数比では56.8％が98.5％、契約額比では57.6％が89.5％となっており、件数は41.7ポイント、契約額は31.9ポイント増加している。

図4　独立行政法人が関連法人と締結している契約に占める競争性のある契約の割合

独立行政法人が締結する契約、特に、関連法人との間で締結する契約について、上記のように競争性のある契約方式による契約の占める割合が増加しているのは、1(5)のとおり、整理合理化計画に基づき、随意契約の見直しなどに取り組むなどして、競争性のある契約方式への移行が推進されたことなどによると考えられる。

(エ) 1者応札又は1者応募となっていた契約の状況

独立行政法人は、1(5)のとおり、「契約状況の点検・見直し」に基づいて、随意契約のほか、1者応札又は1者応募となっていた契約等について、点検及び見直しを行い、随意契約等見直し計画を策定することとなっている。そして、各独立行政法人は、随意契約等見直し計画において改善することとなった契約について、1者応札又は1者応募となった原因を分析して契約条件を見直すなど、競争性を確保するための様々な取組を行い、その改善状況を毎年公表している。

そこで、独立行政法人が関連法人との間で締結している支出原因契約のうち、24年度に1者応札又は1者応募であった契約であって、同じ内容の契約が25年度にも締結された契約47件（契約額47億余円）の改善状況をみたところ、25年度に複数応札又は複数応募となっていた契約は46件（契約額47億余円）で、これらの契約における平均落札率は、24年度が96.0％であったのに対して、25年度は90.0％となっていた。この要因としては、公告期間の延長、関連業務を実施した実績のある者への情報提供、仕様の内容による分割、複数年度にわたる契約の導入、入札参加資格の拡大等の改善策が講じられて、応札者又は応募者が増加するなどした結果、平均落札率が低下したことによるものと考えられる。

なお、前記の表17のとおり、独立行政法人が関連法人との間で締結している支出原因契約のうち、1者応札又は1者応募の件数及び契約額について、24年度を20年度と比較すると、件数はほぼ変わらないものの、契約額は大幅に増加している。件数がほぼ変わっていないのは、1者応札又は1者応募であった契約について点検及び見直しが行われるなどして改善がなされる一方で、随意契約（特命等）から競争性のある契約方式に移行したものの1者応札又は1者応募となったものがあったことなどによると考えられる。また、件数がほぼ変わっていないのに、契約額が大幅に増加しているのは、1者応札又は1者応募の契約について、契約1件当たりの契約額が他の契約方式に比べて大きい一般競争（総合評価）の割合が増加していることなどによると考えられる。

(オ) 契約方式の選定

1(5)のとおり、基本的方針によれば、各独立行政法人は、一般競争入札等を原則としつつも、事務・事業の特性を踏まえ、随意契約によることができる事由を明確化し、公正性・透明性を確保しつつ合理的な調達を実施することとなっている。

独立行政法人が関連法人との間で締結する契約の中には、特定の公益法人等のみが所有する施設を使用する必要がある業務を当該公益法人等に委託する業務委託契約、あるいは、特定の研究開発の委託を行うために設置した公益法人等にその研究開発を委託する業務委託契約が見受けられる。

そして、このような契約は、随意契約（特命等）により行うことの合理性があると考えられるが、一部の独立行政法人において、このような契約について、公告、入札、公募等の手続が必要となる一般競争入札等の契約方式により行っている事態が見受けられた。

＜事例5＞　随意契約（公募）により契約を締結しているが、随意契約（特命等）によることの合理性があると考えられるもの

このように特殊性及び専門性が高い開発研究に係る業務委託であって契約相手方が特定されるなどの場合には、随意契約（特命等）によることの合理性があると考えられることから、随意契約等見直し計画に基づき一律に一般競争入札等に移行させるのではなく、透明性を確保しつつ、一般競争入札等に要する事務処理量の増加、契約締結や成果物納入までに必要となる期間等も勘案した上で、合理的な調達になるよう取り組むことが重要であると考えられる。

(ア) 特定関連会社の分類

独立行政法人が有する各特定関連会社について、会計基準において定められた特定関連会社に該当する条件ごとに分類したところ、表19のとおり、独立行政法人が議決権の過半数を所有していることにより特定関連会社に該当するとされた法人が大半を占めていた。このほか、独立行政法人及び特定関連会社が、出資又は投資を行い、多大な影響力を与えていると認められることにより特定関連会社に該当するとされた法人等が見受けられた。

表19　特定関連会社の分類

（単位：法人）

年度	特定関連会社
		独立行政法人が議決権の過半数を所有していることによるもの（会計基準第107第2項(1)）	その他のもの
平成20	45(8)	39(7)	6(4)
21	41(7)	36(6)	5(4)
22	38(7)	33(6)	5(4)
23	38(7)	33(6)	5(4)
24	35(7)	30(6)	5(4)

（注）

各欄の括弧書きは、当該特定関連会社を有する独立行政法人の数である。括弧書きについては、異なる条件に該当する複数の特定関連会社を有している独立行政法人があるため、各欄の計と「特定関連会社」欄は一致しない。

(イ) 特定関連会社に係る情報開示の状況

1(3)イ(ア)のとおり、連結財務諸表を作成するに当たっては、原則として関連法人のうち特定関連会社を連結に含めることとなっている。ただし、特定関連会社であっても、その資産、収益等を考慮して、連結の範囲から除いても財政状態、運営状況及び公的資金の使用状況等に関する合理的な判断を妨げない程度に重要性が乏しいものは、連結の範囲に含めないことができることとなっている。そして、独立行政法人は、連結に含める特定関連会社を有する場合、連結財務諸表を作成しなければならないこととなっている。

また、1(3)イ(ウ)のとおり、独立行政法人は、連結財務諸表を作成する場合、関連法人情報を連結財務諸表において開示しなければならないこととなっている。

さらに、連結財務諸表を作成しない場合であっても、関連法人のうち関連公益法人等については、関連法人情報を個別財務諸表において開示することが求められている。一方、特定関連会社等の関連法人情報の取扱いについては、会計基準等において明文の規定が設けられていない。

24年度において、特定関連会社を有する7独立行政法人のうち、連結財務諸表を作成していたのは5独立行政法人、特定関連会社の重要性が乏しいとして連結財務諸表を作成していなかったのは2独立行政法人となっていた。

そして、特定関連会社の関連法人情報に係る情報開示の状況についてみたところ、連結財務諸表を作成している独立行政法人は、いずれも会計基準等に基づいて、連結財務諸表において情報開示を行っていた。

また、連結財務諸表を作成していない2独立行政法人のうち住宅金融支援機構は、同機構が有する特定関連会社の関連法人情報の有用性を踏まえた自主的な判断に基づき、個別財務諸表において情報開示を行っていた。一方、医薬基盤研究所は、特定関連会社であるディナベック研究所（前記の事例2参照）の資産、収益等を考慮して、連結の範囲から除いても財政状態、運営状況及び公的資金の使用状況等に関する合理的な判断を妨げない程度に重要性が乏しいと判断して連結の範囲に含めていない。本来、連結の範囲からの除外に関する重要性の判断と、詳細な情報が含まれるべき附属明細書において開示される関連法人情報の有用性の判断は、1(3)イ(ウ)のとおり、異なった観点から行われる必要がある。しかし、17年度に医薬品医療機器総合機構から承継した当該特定関連会社に対する出資残高が53億余円と多額に上っていることなどから当該特定関連会社の関連法人情報は有用な情報であると考えられるのに、会計基準等において明文の規定が設けられていないこと、及び連結の範囲に関して重要性が乏しいとする判断のみにより、関連法人情報の有用性が乏しいという判断を行ったことから、個別財務諸表において情報開示を行っていなかった。

このように、連結財務諸表を作成しない場合における特定関連会社の関連法人情報に係る情報開示については、情報の有用性を踏まえた自主的な判断に基づき、個別財務諸表において情報開示を行っている独立行政法人と、会計基準等において明文の規定が設けられていないなどのことから情報開示を行っていない独立行政法人があり、ばらつきが生じていた。そして、これと同様の状況が、関連会社についても見受けられた（後述3(4)イ(イ)参照）。

しかし、1(2)アのとおり、独立行政法人の会計は、国民その他の利害関係者の独立行政法人の状況に関する判断を誤らせないようにするため、取引及び事象の金額的側面及び質的側面の両面からの重要性を勘案して、適切な記録、計算及び表示を行わなければならないこととなっている。また、複数の独立行政法人間における財務諸表の比較可能性が確保された方が、財務諸表の有用性が高まると考えられる。

さらに、連結財務諸表を作成しない場合における特定関連会社等の関連法人情報に関しては、次の①及び②の点に留意する必要があると考えられる。

①　連結財務諸表を作成する場合には、特定関連会社等について、関連法人情報が連結財務諸表において開示されることとなっているが、連結財務諸表を作成しない場合には、特定関連会社等の関連法人情報の開示について会計基準等において明文の規定が設けられていないことから、開示されないおそれがあること

②　特定関連会社等の株式の状況については、個別財務諸表の「有価証券の明細」において「関係会社株式」として記載されるものの、記載される株式のうち、どの株式が特定関連会社の株式又は関連会社の株式であるかが明らかにならないこと

このような事態に鑑みれば、連結財務諸表を作成しない場合における特定関連会社等の関連法人情報について、情報開示の一層の促進に努める必要がある。

(ア) 関連会社の分類

独立行政法人が有する各関連会社について、会計基準において定められた関連会社に該当する条件ごとに分類したところ、表20のとおり、独立行政法人及び特定関連会社が議決権の100分の20以上を実質的に所有していることにより関連会社に該当するとされた法人が大半を占めていた。このほか、議決権の所有割合が100分の20未満であっても、一定の議決権を有しており、かつ、独立行政法人の役職員経験者等が代表取締役等に就任していることにより関連会社に該当するとされた法人等が見受けられた。

表20　関連会社の分類

（単位：法人）

年度	関連会社
		独立行政法人及び特定関連会社が議決権の100分の20以上を実質的に所有していることによるもの（会計基準第118第3項(1)）	その他のもの
平成20	172(7)	165(7)	7(3)
21	172(7)	164(7)	8(4)
22	175(7)	168(7)	7(3)
23	179(7)	172(7)	7(3)
24	177(7)	170(7)	7(3)

（注）

各欄の括弧書きは、当該関連会社を有する独立行政法人の数である。括弧書きについては、異なる条件に該当する複数の関連会社を有している独立行政法人があるため、各欄の計と「関連会社」欄は一致しない。

(イ) 関連会社に係る情報開示の状況

1(3)イ(イ)のとおり、関連会社に対する出資について、連結財務諸表を作成する場合には、持分法を適用しなければならないこととなっており、また、連結財務諸表を作成しない場合には、個別財務諸表において持分法損益等の注記を行うこととなっている。

そこで、関連会社を有する各独立行政法人が、連結財務諸表を作成しない場合に持分法損益等の注記を行っているかについてみたところ、いずれも会計基準等に基づいて注記を行っていた。

さらに、関連会社を有する各独立行政法人における関連会社の関連法人情報に係る情報開示の状況についてみたところ、連結財務諸表を作成している独立行政法人は、いずれも会計基準等に基づいて、連結財務諸表において情報開示を行っていた。また、24年度において、連結財務諸表を作成していない3独立行政法人のうち、国際協力機構及び農畜産業振興機構は、両機構が有する関連会社の関連法人情報の有用性を踏まえた自主的な判断に基づき、個別財務諸表において、情報開示を行っていた。一方、情報通信研究機構は、会計基準等において明文の規定が設けられていないことから、個別財務諸表において関連法人情報に係る情報開示を行っていなかった。このように、連結財務諸表を作成しない場合における関連会社の関連法人情報に係る情報開示については、3(4)ア(イ)に記述した特定関連会社の場合と同様に、ばらつきが生じていた。

(ア) 関連公益法人等の分類

独立行政法人が有する各関連公益法人等について、会計基準において定められた関連公益法人等に該当する条件ごとに分類したところ、表21のとおり、事業収入に占める独立行政法人との取引額が3分の1以上であること（以下「事業収入条件」という。）により関連公益法人等に該当するとされた法人が大半を占めていた。このほか、理事等のうち独立行政法人の役職員経験者の占める割合が3分の1以上であること（以下「理事等割合条件」という。）により、又は事業収入条件と理事等割合条件の両方に該当することにより関連公益法人等に該当するとされた法人等が見受けられた。

表21　関連公益法人等の分類

（単位：法人）

年度	関連公益法人等 H21-CHU1注(1)
		事業収入条件に該当するもの（事業収入条件と理事等割合条件の両方に該当するものを除く。） （会計基準第129第2項(2)に該当）	理事等割合条件に該当するもの（事業収入条件と理事等割合条件の両方に該当するものを除く。） （会計基準第129第2項(1)に該当）	事業収入条件と理事等割合条件の両方に該当するもの	その他のもの
平成20	144(30)	104(21)	11(5)	12(7)	17(5)
21	147(29)	105(20)	13(6)	11(6)	18(6)
22	131(26)	83(17)	12(7)	8(5)	28(6)
23	73(22)	40(14)	13(8)	6(4)	14(4)
H21-CHU2注(2) 24	80(22)	48(15)	12(9)	8(4)	12(4)

注(1)

「関連公益法人等」欄は、複数の独立行政法人が同一の公益法人等を関連公益法人等としている場合には、当該公益法人等を複数の関連公益法人等として集計しているため、関連公益法人等の実数とは一致しない。

注(2)

平成24年度における関連公益法人等につき、該当する条件ごとの分類については巻末別表2参照。

注(3)

各欄の括弧書きは、当該関連公益法人等を有する独立行政法人の数である。括弧書きについては、異なる条件に該当する複数の関連公益法人等を有している独立行政法人があるため、各欄の計と「関連公益法人等」欄は一致しない。

このうち事業収入条件と理事等割合条件の両方に該当していて、取引及び人事の双方において独立行政法人と密接な関係にある関連公益法人等は、減少傾向にあるものの、24年度においても全80関連公益法人等のうちの1割に当たる8関連公益法人等が該当していた。

なお、23年度において関連公益法人等の数が大きく減少しているのは、3(1)のとおり、独法見直し方針に基づく事務・事業の見直しが行われたことなどによるものである。

(イ) 関連公益法人等に該当するかどうかの調査及び判断

独立行政法人が、取引先等の公益法人等について、関連公益法人等に該当するかどうかを判断するに当たっては、公益法人等の事業収入に占める独立行政法人との取引額の割合等を公益法人等に確認するなど、特定関連会社等に該当するかどうかを判断するときよりも広範な情報を収集する必要がある。

一方、1(3)イ(ウ)のとおり、関連法人情報についての会計監査人の監査において、関連公益法人等の計算書類等によらなければ確認することが困難な事項については、会計監査人の責任外となっており、関連公益法人等に該当するか否かの判断及び財務諸表に記載する関連公益法人等の網羅性についても、会計監査人の監査対象外となっている。

そこで、各独立行政法人が、関連公益法人等に該当するかどうかをどのように判断しているかについて確認したところ次のとおりとなっていた。

(ウ) 関連公益法人等の関連法人情報に係る情報開示の状況

1(3)イ(ウ)のとおり、独立行政法人は、連結財務諸表を作成する場合、関連法人情報を連結財務諸表において開示しなければならないこととなっている。そして、連結財務諸表を作成しない場合であっても、関連公益法人等の関連法人情報については、個別財務諸表において開示することが求められている。

そこで、各独立行政法人が関連公益法人等に該当すると判断した公益法人等について、関連法人情報に係る情報開示が適切に行われているかについてみたところ、いずれも会計基準等に基づいて、上記の情報開示が行われていた。

(ア) 監事が行う関連法人に対する調査

1(2)エのとおり、独立行政法人の監事は、独立行政法人の財務諸表の監査を行うこととなっている。独立行政法人の監事の権限等は、通則法において基本的な事項が規定されているが、その他の事項については、各独立行政法人が定める監事監査に関する内部規程（以下「監事監査規程等」という。）に委ねられている。このため、監事が、その職責を果たすために必要な事項は、各独立行政法人の監事監査規程等において明確にされていることが重要である。

そして、監事が行う関連法人に対する調査についても、通則法において特に定められていないため、独立行政法人等の監事が監事監査規程等を整備するに当たって参考にし、活用するものとして取りまとめられた「監事監査に関する参考指針について」（平成16年3月独立行政法人、特殊法人等監事連絡会策定）においては、監事は、必要があると認めるときは、子会社及び重要な関連会社に対して業務及び財産の状況の調査の協力を求めることができるものとするとなっている。

そこで、24年度末において特定関連会社を有する7独立行政法人について、監事監査規程等の整備状況及びその内容についてみたところ、全ての独立行政法人において監事監査規程等が整備されていたが、特定関連会社に対する調査について監事監査規程等において定めているのは、3独立行政法人のみであった。

なお、通則法については、「独立行政法人通則法の一部を改正する法律」（平成26年法律第66号。以下「改正通則法」という。）が26年6月に成立しており、27年4月から施行されることとなっている。そして、これにより、監事及び会計監査人は、その職務を行うため必要があるときは、独立行政法人がその経営を支配している法人として総務省令で定める子法人に対して、事業の報告又は会計に関する報告を求めたり、子法人の業務及び財産の状況の調査を行ったりすることができるとされ、監事及び会計監査人の調査権限が明確化されることとなっている。

(イ) 関連公益法人等の財務情報の信頼性

3(4)ウ(イ)のとおり、独立行政法人が、取引先等の公益法人等について関連公益法人等に該当するかどうかを判断するに当たっては、特定関連会社等に該当するかどうかを判断する際よりも広範な情報を収集する必要がある。

そして、独立行政法人は、関連公益法人等に該当するかどうかを判断して、関連公益法人等の関連法人情報に係る情報開示を行うに当たり、関連公益法人等の財務諸表を入手して利用している。

一方、1(3)イ(ウ)のとおり、関連法人情報についての会計監査人の監査において、関連公益法人等の計算書類等によらなければ確認することが困難な事項については、会計監査人の責任外となっている。

そこで、各独立行政法人において、関連公益法人等の財務諸表の内容の正確性についてどのような確認を行っているかみたところ、財務諸表に記載された数値間の整合性を確認したり、関連公益法人等のホームページ等で公開された財務諸表や定時総会招集通知に添付された財務諸表と一致していることを確認したりしていた。また、これに加えて、関連公益法人等の財務諸表に監査報告書が添付されている場合にその内容を確認したり、過年度の数値と比較して異常なかい離がある場合に関連公益法人等に問い合わせて原因分析を行ったりしている独立行政法人も見受けられた。