文部科学省所管の補助事業等は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助対象経費の算定が適正に行われているかなどに着眼して、26都道府県、261市区町村、1一部事務組合、1独立行政法人、18国立大学法人等、21学校法人、25宗教法人、18公益財団法人等、9会社及び49団体等において、実績報告書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。このほか、一部の地方公共団体等について、資料の提出を求めてその内容を確認するなどして検査した。
その結果、5県、2市、2区、9学校法人、計18事業主体が義務教育費国庫負担金、私立学校施設整備費補助金、学校施設環境改善交付金等を受けて実施した事業において、補助金等が過大に交付されているなどしていて、これらに係る国庫補助金135,892,810円が不当と認められる。
これを補助金等別に掲げると次のとおりである。
(1) 認定こども園施設整備交付金が過大に交付されていたもの［熊本県］(58)
(2) 義務教育費国庫負担金が過大に交付されていたもの［文部科学本省、5県、2市］(59)―(65)
(3) 私立学校施設整備費補助金（教育装置、ICT活用推進事業及び防災機能等強化緊急特別推進事業）が過大に交付されていたもの［文部科学本省］(66)―(72)