この特別会計は、国が施行する直轄治水事業及び多目的ダム建設工事に関する経理並びに都道府県知事が施行する治水事業に係る負担金又は補助金の交付等に関する経理を一般会計と区分して行うため設置されているものである。
   同特別会計は、治水及び特定多目的ダム建設工事の2勘定に区分して経理されており、その勘定別の13年度の歳入歳出決算及び主な業務実績は次のとおりである。
(治水勘定)
1 歳入歳出決算
| 区分 | 13年度 | (12年度) | 
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 1,828,006,662 | 1,857,102,425 | 
| 収納済歳入額 | 1,828,000,041 | 1,857,027,356 | 
| 不納欠損額 | 3 | 5,438 | 
| 収納未済歳入額 | 6,617 | 69,630 | 
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 2,134,985,389 | 2,111,634,252 | 
| 支出済歳出額 | 1,592,787,078 | 1,620,766,239 | 
| 翌年度繰越額 | 530,693,274 | 475,331,225 | 
| 不用額 | 11,505,037 | 15,536,787 | 
翌年度繰越額の主なものは、改革推進公共投資河川事業費(歳出予算現額2347億8331万余円)の1965億3495万余円、河川事業費(同9216億6193万余円)の1373億3599万余円及び砂防事業費(同2854億7551万余円)の481億4769万余円である。また、不用額の主なものは、受託工事費(同313億0286万余円)の72億2465万余円、治水事業工事諸費(同965億5637万余円)の15億8746万余円及び附帯工事費(同118億8330万余円)の14億8166万余円である。
2 主な業務実績
| 区分 | 13年度 | (12年度) | ||
| 直轄事業 | 補助事業 | 直轄事業 | 補助事業 | |
| 河川改修 | 120河川 | 913河川 | 120河川 | 1,109河川 | 
| 河川総合開発 | 12ダム | 191ダム | 12ダム | 228ダム | 
| 砂防施設の整備 | 382箇所 | 1,923箇所 | 405箇所 | 1,931箇所 | 
(特定多目的ダム建設工事勘定)
1 歳入歳出決算
| 区分 | 13年度 | (12年度) | 
| 千円 | 千円 | |
| (歳入) | ||
| 徴収決定済額 | 357,095,234 | 391,367,414 | 
| 収納済歳入額 | 357,093,915 | 391,366,610 | 
| 収納未済歳入額 | 1,319 | 803 | 
| (歳出) | ||
| 歳出予算現額 | 393,407,583 | 421,030,260 | 
| 支出済歳出額 | 291,193,505 | 326,834,851 | 
| 翌年度繰越額 | 96,253,894 | 90,120,761 | 
| 不用額 | 5,960,183 | 4,074,648 | 
翌年度繰越額の主なものは、多目的ダム建設事業費(歳出予算現額2714億6726万余円)の518億1288万余円、改革推進公共投資多目的ダム建設事業費(同430億6125万余円)の368億3626万余円及び受託工事費(同160億2500万余円)の30億5805万余円である。
2 主な業務実績
| 区分 | 13年度 | (12年度) | 
| ダム建設 | 47ダム | 50ダム | 
なお、この特別会計について検査した結果、「第3章 個別の検査結果」に「移転補償額の算定に係る業務委託契約において、実施されていない業務について委託費を支払っていたもの」 、「河川局部改良事業の実施に当たり、設計が適切でなかったため、橋台等の所要の安全度が確保されていない状態になっているもの」 、「通常砂防事業の実施に当たり、設計が適切でなかったため、床固本体の所要の安全度が確保されていない状態になっているもの」 及び「職員の不正行為による損害が生じたもの」 を、「第4章 特定検査対象に関する検査状況」に「夕張シューパロダム建設事業に伴う損失補償等の実施について」 及び「特別会計の決算分析について」 を掲記した。