牛肉等関税を財源とする肉用子牛等対策の施策等に関する会計検査の結果について

２　機構、機構の補助金交付先等に造成されている資金等の状況

（１）　地方基金の状況

ア　基金の分類

　検査の対象とした基金は、国所管基金の２基金と機構所管基金の９基金、計１１基金であり、使途別・運営形態別に分類すると、次のとおりである。

（ア）　使途別分類

ａ　貸付事業基金（１基金）貸付けや一時立替えの事業の財源として基金を使用するもの
ｂ　債務保証事業基金（１基金）借入金に対する債務を保証し不測の事態が発生したときに生ずる費用を弁済する事業の信用力の基盤となる財源として基金を使用するもの
ｃ　補助・補填事業基金（７基金）各種事業への補助金や農畜産物の価格差に対する補填金を交付する事業の財源として基金を使用するもの
ｄ　調査等その他事業基金（２基金）法人自らが行う調査、研究、普及、保管等の事業の財源として基金を使用するもの

（イ）　運営形態別分類

ａ　取崩し型（７基金）基金を利子助成、補助・補填、調査、研究等の事業の財源に充てることによって費消していくもの
ｂ　回転型（１基金）主として、使途別分類の貸付事業基金がこれに該当し、基金を繰り返し回転させて使用するもの
ｃ　保有型（１基金）主として、使途別分類の債務保証事業基金がこれに該当し、基金を債務保証の信用力の基盤となる財源として保有するもの
ｄ　運用型（２基金）基金を運用元本として、その運用益を事業の財源に充てていくもの

イ　地方基金の資金保有額等の状況

　上記の１１基金については、農林水産省又は機構からの補助金等を財源として各都道府県を単位とした畜産関係団体等（以下「地方畜産団体」という。）に２２年度末において５１９地方基金が設置造成されている。これらのうち、一部の基金について被災４県に係るものなどを除いた４８０地方基金の内訳をみると、図表１０２ のとおり、国所管基金の２基金に係る地方基金数は１６８地方基金（２２年度末資金保有額計１９億円（国庫補助金相当額６億円））、機構所管基金の９基金に係る地方基金数は３１２地方基金（２２年度末資金保有額計７３４億円（機構からの補助金等相当額５１７億円））となっている。

ウ　基金事業の概要と収入支出及び資金保有額の推移
　上記１１基金の基金事業の概要、１８年度から２２年度までの各年度における補助金等の収入額、事業実績額（注２１） 等の支出額、資金保有額等は次のとおりである。

（ア）　国所管基金の２基金

ａ　耕畜連携水田活用資金

　耕畜連携水田活用資金（２１年度末の地方基金数は４３）は、地域の水田状況に適した飼料作物の生産の取組を実施した水田の面積に応じて助成金を交付するなどのため、農林水産省からの補助金を財源として、都道府県水田農業推進協議会等に造成されたものであり、１９年度から２１年度まで基金事業として実施されている。
　本基金の１９年度から２１年度までの各年度における事業実績額（４３地方基金の計）をみると、図表１０３ のとおりおおむね同額で推移している。また、同期間の各年度末における資金保有額（４３地方基金の計）をみると、各地域で予定されていた飼料作物の生産の取組が実施されなかったなどのため、７２５１万円から２億９３４８万円までの間で推移している。なお、本基金による事業は２１年度に終了し、都道府県水田農業推進協議会等は２２年度に基金の残額７２６５万円を国庫に返還している。

図表１０３　耕畜連携水田活用資金の資金保有額等（４３地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

ｂ　家畜導入特別事業
　家畜導入特別事業（２２年度末の地方基金数は１９０）は、肉用牛資源の維持・拡大等を図るため、農林水産省及び都道府県からの補助金等を財源として市町村に造成されたものである。そして、市町村は、本基金を原資として肉用繁殖雌牛を購入し、肉用繁殖雌牛を導入しようとする満６０歳以上の畜産業に従事する者等（以下「導入対象者」という。）に対して一定期間（５年間又は３年間）貸し付け、貸付期間の終了時に導入対象者に譲渡している。本基金は、譲渡の際に導入対象者から納付される譲渡代金を基金に繰り入れ、再び貸付対象牛の購入費用に充てる回転型により運営されている。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度末における資金保有額（被災４県のうち岩手県、宮城県及び福島県に係る２２地方基金を除いた１６８地方基金の計）の推移は図表１０４ のとおりであり、本事業は１７年度末で農林水産省の事業としては終了することとされ、国庫補助金相当額は２３年度末までに順次国庫に返還するとされていることから資金保有額は減少している。１８年度から２２年度までに返還された国庫補助金相当額は計１６億７８２６万円であり、市町村は２２年度末の資金保有額と貸付残高を合わせた基金総額３８億９３３３万円のうち国庫補助金相当額を２３年度末までに国庫に返還することになっている。

図表１０４　家畜導入特別事業の資金保有額等（１６８地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

（イ）　機構所管基金の９基金

ａ　肉用子牛生産者積立金

　肉用子牛生産者積立金（２２年度末の地方基金数は４７）は、牛肉の輸入自由化により影響を受ける肉用子牛生産者に対し、肉用子牛の平均売買価格が合理化目標価格を下回った場合に、その差額を補填する肉用子牛生産者補給金を交付するため、機構及び都道府県からの助成金並びに肉用子牛生産者からの負担金を財源として、指定協会に造成されたものである。そして、本基金は、５年間の業務対象年間を設定し、業務対象年間が終了する都度、機構、都道府県及び肉用子牛生産者に基金の残額を返還することとされている（詳細については参照 ）。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度における事業実績額（被災４県に係るものを除いた４３地方基金の計）をみると、図表１０５ のとおり、１８、１９両年度は肉用子牛の価格が比較的堅調に推移したことなどから０円となっているが、２０年度以降は景気低迷等を背景とした牛の枝肉価格の低迷等の影響で肉用子牛の価格が下落したことから、２２年度は５億２１２３万円となっている（品種別の詳細は図表２４ 参照）。また、同期間の各年度末における資金保有額（被災４県に係るものを除いた４３地方基金の計）をみると、第４業務対象年間（１７年度から２１年度まで）中の１８年度から２０年度までは増加し、業務対象年間が終了して残額を返還した２１年度末には０円となっていて、第５業務対象年間の初年度となる２２年度末は５９億３１３１万円となっている。

図表１０５　肉用子牛生産者積立金の資金保有額等（４３地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

ｂ　運営特別基金

　運営特別基金（２２年度末の地方基金数は４６）は、補給金制度に係る業務を行う指定協会の運営基盤の強化を図るため、振興基金協会を通じた機構からの補助金等を財源として指定協会に造成されたものである。そして、本基金は、基金の運用益を機構理事長の承認を受けて補給金制度に係る業務の管理運営に要する経費に充てることができる運用型により運営されている。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度末における資金保有額（４６地方基金の計）をみると、図表１０６ のとおりおおむね同額で推移している。

ｃ　地域肉用牛肥育経営安定基金

　地域肉用牛肥育経営安定基金（２２年度以降は肉用牛肥育経営安定特別基金。２２年度末の地方基金数は４７）は、牛の枝肉価格の低落等により、粗収益が生産費を下回った場合に生産者に補填金を交付するため、機構からの補助金（２０年度までは社団法人中央畜産会を通じた機構からの補助金等、肥育牛の生産者からの積立金等を財源として、肥育牛補補填金を交付する事業を実施する県畜産協会に造成されたものである。そして、本基金は、３年間の業務対象年間を設定し業務対象年間が終了する都度、機構及び生産者に基金の残額を返還することとされている。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度における事業実績額（４７地方基金の計）をみると、図表１０７ のとおり、配合飼料価格の高騰等により、１９年度以降増加し２０年度から２２年度まではそれぞれ２５３億９２１５万円、３３１億８２５１万円、３８０億８９６２万円となっている。また、同期間の各年度末における資金保有額（４７地方基金の計）をみると、１６年度から１８年度までの業務対象年間の終了に伴い１８年度に補助金相当額３０９億４９７４万円を機構に返還しているが、１９年度から２１年度までの業務対象年間においては、２０、２１両年度に多額の補填金が交付されたことから資金保有額が減少し、業務対象年間の終了に伴う機構への補助金相当額の返還は１億４５６２万円となっている。２２年度から新たな業務対象年間となり、事業の統合による補填の対象範囲の追加により積立金単価が引き上げられたこと、２２年度第３、４四半期に肉専用種への補填が行われなかったことから、２２年度末の資金保有額は４１２億７７１５万円となっている。なお、２３年度は積立金単価の見直しにより肉専用種及び交雑種の単価が減額されている。

図表１０７　地域肉用牛肥育経営安定基金の資金保有額等（４７地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

ｄ　地域肉豚生産安定基金

　地域肉豚生産安定基金は、豚肉の安定供給と地域の養豚経営の安定的発展のために県畜産協会が自主的に実施している肉豚価格差補填事業（生産者等の積立金により基金を造成し、肉豚の指標価格（注２２） が地域保証価格（注２３） を下回った場合等に、その差額の全部又は一部の額を生産者に補填金として交付する仕組み）において、補填金の財源である生産者等の積立金に不足が生ずるなどして補填金の交付が困難となった場合に、一定の要件の下で同事業の基金に資金を供給するため、機構からの補助金等を財源として県畜産協会に造成された。そして、２２年度には、地域肉豚生産安定基金は廃止され、経営安定の取組として豚枝肉卸売価格の下落時に全国一本化された方法により補填金を交付するため、養豚経営安定対策事業により生産者等の積立金及び機構からの補助金を財源として県畜産協会に地域基金（２２年度末の地方基金数は４４）が造成された。

　本基金及び地域基金の１８年度から２２年度までの各年度末における資金保有額（被災４県に係るものを除いた３９地方基金の計）の推移をみると、図表１０８ のとおり、１８、１９両年度においては、生産者積立金の不足が生じなかったことから、地域肉豚生産安定基金からの資金供給額である事業実績額は０円となっており資金保有額に大きな変動はなく、１９年度末における資金保有額は４２億３８９９万円（補助金等相当額同額）となっていた。
　２０、２１両年度においては、地域保証価格の水準を引き上げたため生産者積立金の積み増しなどが必要となり地域肉豚生産安定基金からの資金供給額が増加したことから、２１年度末における資金保有額は１６１５万円（補助金等相当額同額）となり、２２年度に地域肉豚生産安定基金は廃止され、基金の残額１６１６万円が機構に返還されている。なお、２１年度までの事業実績額は、実際に補填金を交付する別の基金へ地域肉豚生産安定基金から資金供給を行った額であり、生産者が受領した補填金の額とは一致しない。
　２２年度においては、地域基金９８億４８６１万円（補助金相当額４９億７２８５万円）を造成したものの、補填金の交付方法を地域基金から行うものと機構が直接行うものとに分けて、これを生産者が選択する方法としたため、２２年度における地域基金による補填金の交付実績額は６８億１９７５万円、同年度末の資金保有額は３０億２８８５万円（同１５億３００４万円）となっている。
　そして、２３年度においては、機構が生産者等の負担金を預かり、補填金の交付を機構から直接行う方法に改められたことから、地域基金は廃止され、県畜産協会は基金の残額のうち補助金相当額１５億３０１２万円を機構に返還している。

図表１０８　地域肉豚生産安定基金の資金保有額等（３９地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

ｅ　運営基盤強化基金

　運営基盤強化基金（２２年度末の地方基金数は４４）は、家畜衛生について自衛防疫事業を行う都道府県家畜畜産物衛生指導協会等（以下「県衛指協」という。）の家畜防疫対策等の実施基盤の強化等を図るため、社団法人中央畜産会を通じた機構からの補助金等を財源として県衛指協に造成されたものである。そして、本基金は、基金の運用益を家畜防疫対策に要する経費に充てることができる運用型により運営されている。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度末における資金保有額（４４地方基金の計）をみると、図表１０９ のとおりおおむね同額で推移している。

ｆ　拡大基金

　拡大基金（２２年度末の地方基金数は４５）は、負債の償還に支障を来している畜産農家に対して低利資金の融資による既往負債の借換措置を講ずることにより、負債の償還圧力を軽減し、自力再生を図るなどのため、県基金協会において、畜産農家の借入金の償還に要する資金（畜産特別資金）に係る代位弁済等に充てることを目的として、都道府県、農業協同組合等からの出資金等と社団法人中央畜産会を通じた機構からの補助金等により農業近代化資金等に係る代位弁済等に充てるための基金を拡大強化した場合、当該出資金等と補助金等により拡大強化された基金のうち増加した部分である（参照 ）。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度における収入支出及び各年度末における資金保有額（被災４県に係るものを除いた４１地方基金の計）をみると、図表１１０ のとおり、支出額のうちの代位弁済額は大幅に減少して、収入額のうちの求償権の回収金は横ばいとなっているが、支出額合計が収入額合計を上回っていることから資金保有額は減少している。また、同期間の各年度末における資金保有額（資金保有額から代位弁済額を減じて受領保険金及び求償権の回収金を加えた額がマイナス表示の額となっている基金を除いた計）も毎年度減少している。なお、本基金による事業は２２年度に終了し、県基金協会は２３年度に基金の残額のうち補助金等相当額９億７２０３万円を機構に返還している。

ｇ　酪農ヘルパー利用拡大基金

　酪農ヘルパー利用拡大基金（２１年度末の地方基金数は２６）は、酪農ヘルパーの利用拡大を図るため、社団法人酪農ヘルパー全国協会（以下「全国協会」という。）を通じた機構からの補助金等を財源として、酪農業協同組合等に造成されたものであり、１２年度から２１年度まで基金事業として実施されている。そして、酪農業協同組合等は、農家が休日を確保する場合、農家に突発事故が発生した場合等に、当該都道府県に所在し農家に代わって酪農ヘルパーが家畜の飼養管理を行う事業（以下「酪農ヘルパー事業」という。）を実施する組織（以下「利用組合」という。）に対して酪農ヘルパーの利用日数の増加実績に応じた農家の利用料金を軽減するための補助金（以下「利用拡大補助金」という。）等の交付を行っている。
　本基金の１８年度から２１年度までの各年度における事業実績額（２６地方基金の計）の推移をみると、図表１１１ のとおり２１年度は他の年度に比べて増加している。これは、ほとんどの酪農業協同組合等が２１年度に利用拡大補助金の補助単価を引き上げたことと、酪農ヘルパーの利用日数の実績が増加したことによる。なお、本基金による事業は２１年度に終了し、酪農業協同組合等は２１、２２両年度にそれぞれ基金の残額１３万円及び５５７８万円を機構に返還している。

図表１１１　酪農ヘルパー利用拡大基金の資金保有額等（２６地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

ｈ　都道府県事業基金

　都道府県事業基金（２２年度末の地方基金数は４６）は、酪農ヘルパー事業の円滑な推進を図るため、全国協会を通じた機構及び都道府県からの補助金等を財源として酪農業協同組合等に造成されたものである。そして、本基金は、酪農業協同組合等が行う酪農ヘルパー事業の普及・啓発のための都道府県推進会議の開催等に要する経費や、利用組合が行う活動に対しての補助金に充てられている。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度における事業実績額（被災４県に係るものを除いた４２地方基金の計）をみると、図表１１２ のとおり５億０９６８万円から６億１１９６万円までの間で推移している。また、同期間の補助金等返還金（被災４県に係るものを除いた４２地方基金の計）をみると、２１年度に基金の見直しを実施したことにより、酪農業協同組合等は２２年度に補助金等相当額２０億８０７５万円を機構に返還している。

ｉ　加工原料乳生産者積立金

　加工原料乳生産者積立金（２２年度末の地方基金数は１０）は、加工原料乳生産者補給金制度（注２４） を補完し、加工原料乳の価格が低下した時に補填金を交付するなどの事業を実施するため、生産者からの拠出金及び社団法人中央酪農会議を通じた機構からの補助金等を財源として都道府県知事又は農林水産大臣の指定を受けた生乳生産者団体（以下「指定生乳生産者団体」という。）に造成されたものである。
　本基金の１８年度から２２年度までの各年度末における資金保有額（１０地方基金の計）の推移をみると、実施要綱において、指定生乳生産者団体に積み立てられる上記補助金等の総額の上限が定められているため、全指定生乳生産者団体の各年度末における資金保有額の総額は、図表１１３ のとおり同期間を通して７８億円前後となっている。

図表１１３　加工原料乳生産者積立金の資金保有額等（１０地方基金の合計額）の推移

（単位：千円）

エ　基金保有倍率

　個々の基金は、設置目的、事業内容、利用対象者、基金規模等を異にするため、それぞれの資金保有量を同一の尺度で比較しにくいという面がある。そこで、本報告においては、第１次報告 と同様に、各基金を統一的に比較するために、直近の資金保有額を直近３年間（２０年度から２２年度まで）の平均事業実績額で除して得た数値である基金保有倍率を用いることとする。基金保有倍率は、事業実績額からみて資金保有量がどの程度の水準にあるかを表そうとするもので、この数値が１に近い基金ほど、単年度当たりの事業実績に対応した基金規模となっていると考えられる。
　前記１１基金のうち、基金保有倍率の算定対象となる基金は、次の〔1〕 から〔3〕 までの５基金を除いた６基金（国所管基金の家畜導入特別事業に係る３１地方基金、機構所管基金の肉用子牛生産者積立金に係る４２地方基金、運営特別基金に係る４６地方基金、運営基盤強化基金に係る４４地方基金、拡大基金に係る２１地方基金及び都道府県事業基金に係る４２地方基金）となっている。

〔1〕 ２１年度に事業を終了した２基金（国所管基金の耕畜連携水田活用資金、機構所管基金の酪農ヘルパー利用拡大基金）
〔2〕 ２２年度に事業内容、制度等が変更された２基金（機構所管基金の地域肉用牛肥育経営安定基金及び地域肉豚生産安定基金）
〔3〕 直近の３年間において事業実績額がない１基金（機構所管基金の加工原料乳生産者積立金）

　２２年度末の基金保有倍率の状況をみると、図表１１４ のとおり、１０倍以上のものは家畜導入特別事業に係る４地方基金、肉用子牛生産者積立金に係る４２地方基金、運営特別基金に係る４６地方基金、運営基盤強化基金に係る４４地方基金、拡大基金に係る２地方基金及び都道府県事業基金に係る２０地方基金となっている。また、１００倍以上のものは、肉用子牛生産者積立金に係る７地方基金、運営特別基金に係る３３地方基金及び運営基盤強化基金に係る３１地方基金となっている。これらのうち、運営特別基金及び運営基盤強化基金は運営形態が運用型であるため、近年の低金利状況下においては基金保有倍率が１００倍以上となっているものが多い。
　なお、直近の３年間において事業実績額がないため基金保有倍率が算定できないものは、前記〔3〕 に係る１０地方基金のほか、家畜導入特別事業に係る１３７地方基金、肉用子牛生産者積立金に係る１地方基金及び拡大基金に係る２０地方基金となっている。

（２）地方基金に関する個別の事態

ア　基金事業の実施や基金管理状況等報告書の作成に問題があったもの

（ア）　耕畜連携水田活用資金

ａ　耕畜連携水田活用対策事業の概要

　耕畜連携水田活用対策事業は、１９年度から２１年度まで実施された事業で、地域の実情に応じた水田における飼料作物の生産を推進するため、都道府県水田農業推進協議会が農林水産省から補助金の交付を受けて基金（耕畜連携水田活用資金）を造成し、農業協同組合、農家等が行う生産振興助成事業及び取組面積助成事業の２事業の取組に対して助成金を交付するものである（４３道府県水田農業推進協議会等、４３地方基金、２１年度末資金保有額７２５１万円）。このうち、生産振興助成事業は、都道府県水田農業推進協議会が事業主体となり、共同で利用する収穫機械等を導入するなどの取組に対して助成金を交付する事業である。また、取組面積助成事業は、地域水田農業推進協議会（以下「地域協議会」という。）が事業主体となり、地域の水田状況に適した飼料作物を生産するなどの取組を実施した水田の面積に応じて助成金を交付する事業である（図表１１５ 参照）。

図表１１５ 　耕畜連携水田活用対策事業における補助金等の流れ

　上記２事業の資金の管理については、実施要綱等において、都道府県水田農業推進協議会は、補助金の交付を受けて造成した基金に生産振興助成事業勘定と取組面積助成事業勘定の２つの勘定を設けて、他の事業に係る経理と区分して整理するとされており、資金の流用については、生産振興助成事業勘定から取組面積助成事業勘定への流用を行ってはならないとされている（取組面積助成事業を実施するために地域協議会に交付した額を必要に応じて他の地域協議会に流用することはできるとされている。）。また、資金の繰越しについては、年度の終了時に資金に余剰が生じた場合は、勘定ごとに翌年度に繰り越すとされている。

ｂ　検査の結果（繰越金を他勘定の支出に充てていたもの）

　４３道府県水田農業推進協議会等から特別調書等の提出を受けて分析するとともに、２３道県の水田農業推進協議会等において会計実地検査を行ったところ、生産振興助成事業を行うとして生産振興助成事業勘定で管理していた資金を、事業を実施しなかったなどのため次期繰越金として処理した後、農林水産省と協議した上で、翌年度に当該繰越金を取組面積助成事業勘定の支出に充てている事態が１１府県（注２５） の水田農業推進協議会等で見受けられた。このうち２県（注２６） の水田農業推進協議会等は、翌年度に再び生産振興助成事業を行うこととして農林水産省から補助金の交付を受けていたが、このような取扱いは、翌年度への繰越しが容易であるという基金事業の利点がいかされていないと考えられる。

　上記について事例を示すと、次のとおりである。

＜事例５＞

（イ）　家畜導入特別事業

　ａ　家畜導入特別事業の概要

　家畜導入特別事業は、昭和５０年度から平成２２年度まで実施された事業で、肉用牛資源の維持・拡大等を図るため、市町村が事業主体となり、農林水産省及び都道府県の補助金等により造成した基金を原資として肉用繁殖雌牛を購入し、導入対象者に対して一定期間（５年間又は３年間）貸し付け、貸付期間の終了時に導入対象者に譲渡するものである。そして、基金は、譲渡の際に導入対象者から納付される譲渡代金を繰り入れ、再び貸付対象牛の購入費用に充てる回転型により運営されている。また、貸付期間中に導入家畜が疾病等により廃用処分となった場合等は、相当額を導入対象者に交付することが認められている（１９０市町村、１９０地方基金、被災４県のうち岩手県、宮城県及び福島県に係る２２市町村を除いた２２年度末資金保有額１９億０８８７万円）。
　同事業は「家畜導入事業実施要領の制定について」（平成１８年１７生畜第３０６０号農林水産省生産局長通知）において、１８年３月３１日をもって終了となること、これに伴う対応として、市町村は１７年度末に基金に残額を有する場合は、残額のうち国庫補助金相当額（注２７） を都道府県知事の指示に従い１８年度中に国庫に納付すること、１９年度以降は、譲渡代金を基金に繰り入れた場合に毎年度末の基金残額のうち国庫補助金相当額を都道府県知事の指示に従い遅滞なく国庫に納付することとされている。

ｂ　検査の結果

（ａ）　譲渡代金の滞納状況

　譲渡代金は、貸付期間の終了時に納付することとされているが、譲渡代金の滞納者が、２２年度末において１５県の９６市町村で１,０８９人見受けられ、その滞納金額は計５億９２６０万円となっていた。

（ｂ）　譲渡代金を無断で不納欠損処理していたもの

　譲渡代金の滞納金額を農林水産省及び県に報告することなく不納欠損として処理していて基金の債権管理が適切を欠いている事態が福島県の１村において見受けられ、その不納欠損額は１７１万円となっていた。

（ｃ）　滞納者に対して他の事業で貸付けを行っていたもの

　農業協同組合が畜産農家に貸し付けるための繁殖雌牛を購入する場合には、機構が振興基金協会等を通じて実施する肉用牛繁殖基盤強化総合対策事業等により、１頭当たり４万円又は６万円の奨励金が農業協同組合に交付されることになっている。これにより、農業協同組合から繁殖雌牛の貸付けを受けた畜産農家は、貸付期間終了後、購入額から奨励金相当額を減額した額で貸付対象牛の譲渡を受けることができることになる。上記の事業等の実施要綱等では、市町村が事業主体として実施する家畜導入特別事業において譲渡代金を滞納している者に対する新規貸付けが禁止されている。しかし、大分、沖縄両県の２市町において、７人の滞納者に対して、上記の奨励金の対象となった繁殖雌牛１９頭（奨励金交付額計８０万円）が貸し付けられている事態が見受けられた（参照 ）。

（ｄ）　基金の目減りによる国庫補助金相当額の国庫納付額の減少

　農林水産省の補助金により各事業主体が造成した基金の額と国庫への最終納付期限である２４年３月３１日までに納付される額を比較すると、国庫に納付される額は、次の要因により造成した基金の額よりも少額になる可能性がある。
〔1〕 実施要綱等において、導入家畜から貸付期間中に生産された肉用育成雌牛で譲渡代金を納付したり、貸付期間中に導入家畜を疾病等により廃用処分にしたりすることを認めていることにより、基金の目減りが発生すること
〔2〕 前記の（ａ）及び（ｂ）のように滞納や不納欠損があること
　上記の〔2〕 について、事業主体は、基金の目減りが発生しないよう国庫補助金相当額分を立て替えて国庫に納付するとしているが、今後の納付状況について注視する必要がある。

（ｅ）鹿児島県の状況

　鹿児島県下の３１市町村は、家畜導入特別事業が終了した１８年３月３１日以降においても新規に繁殖雌牛の貸付けを実施しており、１８年度から２２年度までにその購入費用として計１４億円を充てている。そして、１８年３月３１日以降新規の貸付けは実施していないものの、事業が継続中であるとしている７市町村と合わせて同県下の３８市町村において、１８年度以降も基金の残額のうちの国庫補助金相当額を国庫に納付していない状況である（２４年２月２１日現在）。会計検査院は、引き続き国庫への最終納付期限である２４年３月３１日までの納付状況等を注視していくこととする。

（ウ）　拡大基金

ａ　拡大基金の概要

　機構は、負債の償還に支障を来している畜産農家に対して、低利資金の融資による既往負債の借換措置を講ずることにより、負債の償還圧力を軽減し、自力再生を図るなどのため、社団法人中央畜産会に補助金等を交付している。そして、機構から交付された補助金等により社団法人中央畜産会は、畜産農家の借入金の償還に要する資金（畜産特別資金）に係る代位弁済等に充てることを目的として、都道府県、農業協同組合等からの出資金等により農業近代化資金等に係る代位弁済等に充てるための基金を拡大強化する県基金協会に対して補助金を交付する畜産特別資金融通円滑化事業を実施している（参照 ）。
　そして、実施要綱等において、県基金協会は上記の出資金等と補助金により拡大強化された基金のうち増加した部分（拡大基金）については、他の基金の部分と区別して管理するものとされており、毎年度、当該年度の管理状況等を取りまとめた基金管理状況等報告書を社団法人中央畜産会会長に提出するものとされている。

ｂ　検査の結果（基金管理状況等報告書が正確に作成されていなかったもの）

　２３県基金協会において検査したところ、いずれの県基金協会においても、２１年度までの基金管理状況等報告書において、保証に付している借入金の件数、金額等の集計誤りが見受けられ、基金管理状況等報告書が正確に作成されていなかった。
　なお、畜産特別資金融通円滑化事業は２２年度で終了となることから、各県基金協会は、２３年度以降に拡大基金の残額のうち補助を受けた割合に応じて算出される額を機構に返還する必要があるため、実地検査の時点で、昭和５７年度の拡大基金設置当初からの保証債務の確認作業を行い、基金管理状況等報告書の見直しを行っていたところであった。その後、各県基金協会は、平成２２年度の基金管理状況等報告書を作成しているが、上記見直しの結果、２０年度末資金保有額についてみると、被災４県を除く４１県基金協会のうち、資金保有額から代位弁済額を減じて受領保険金及び求償権の回収金を加えた額がマイナス表示の額となっている県基金協会を除く合計額は４１億８３６９万円（２８県基金協会）から４１億２６４０万円（２５県基金協会）へと５７２９万円減少することとなった。
　そして、被災４県を除く４１県基金協会における拡大基金の２２年度末資金保有額は、資金保有額がマイナス表示の額となっている１２県基金協会を除く２９県基金協会で３９億２８６５万円となっている。なお、県基金協会は２３年度に基金の残額のうち補助金等相当額９億７２０３万円を機構に返還している。

（エ）　都道府県事業基金

ａ　酪農ヘルパー事業円滑化対策事業の概要

　酪農ヘルパー事業円滑化対策事業は、２年度から実施されている事業で、酪農後継者等の円滑な就農と酪農経営の安定的発展を図るため、酪農業協同組合等において、全国協会を通じた機構及び都道府県からの補助金等の交付を受けて基金（都道府県事業基金）を造成し、利用組合の育成・定着や熟練した酪農ヘルパーの確保・育成等を推進する事業を実施するものである（４６酪農業協同組合等、４６地方基金、被災４県に係るものを除いた２２年度末資金保有額４３億３４３２万円。）

ｂ　検査の結果

（ａ）　補助事業の実施及び経理が不当と認められるもの

　本基金について検査した結果、平成２２年度決算検査報告に不当事項「酪農ヘルパー事業円滑化対策事業の実施に当たり、補助金により造成した基金が過大に使用されていたもの」を掲記した。その概要は、次のとおりである。

（ｂ）　実践研修補助金の交付の効果が十分に発現していないもの

　北海道農業協同組合中央会等１９地方畜産団体は、酪農ヘルパーの育成等を推進するため、各道府県内の利用組合が実施する酪農ヘルパーの実践研修に要する経費として、利用組合の実績報告書に基づき、１８年度計７７８０万円、１９年度計７１１８万円、２０年度計６７５０万円、２１年度計５１１９万円、２２年度計４４８１万円、合計３億１２５０万円の補助金（以下「実践研修補助金」という。）を交付していた。
　上記の実践研修補助金について検査したところ、図表１１６ のとおり、１８年度から２２年度までに実践研修補助金の交付対象となった者（２３年３月１日時点で実践研修期間を継続している者を除く。）３９５人のうち、２３年４月１日時点で２０７人（これに係る実践研修補助金交付額１億３１０３万円）が退職しており、このうち７４人（これに係る実践研修補助金交付額３８４２万円）は実践研修期間終了後９０日に満たない間に退職していた。このような状況は、実践研修補助金の交付の効果が十分に発現していないと認められる。

イ　基金の運用益により事業を実施しているため、近年の低金利の状況下において、基金事業として実施する必然性が乏しい状況になっていたもの

（ア）　運営特別基金及び運営基盤強化基金の概要

　運営特別基金は、補給金制度に係る業務を行う指定協会の運営基盤の強化を図るため、振興基金協会を通じた機構からの補助金等を財源として４６指定協会に造成されたものである（２２年度末資金保有額６５億８３２６万円）。
　また、運営基盤強化基金は、家畜衛生について自衛防疫事業を行う県衛指協の家畜防疫対策等の実施基盤の強化等を図るため、社団法人中央畜産会を通じた機構からの補助金等を財源として４４県衛指協に造成されたものである（２２年度末資金保有額１７億００８６万円）。
　両基金は、基金の運用益に相当する額の範囲内で、機構理事長の承認を受けて支出する経費に充てる運用型の基金となっている。

（イ）　検査の結果

　両基金について検査した結果、平成２２年度決算検査報告に意見を表示し又は処置を要求した事項「公益法人に補助金を交付して設置造成させている運用型の基金が保有する資金について有効活用を図るよう改善の処置を要求したもの 」を掲記した。その概要は、次のとおりである。

（３）　基金の見直し、基本的事項の公表等

ア　基金に関する基準

　１８年８月に、国からの補助金等の交付により造成した基金を保有する法人（独立行政法人、特殊法人、認可法人及び共済組合を除く。以下「基金法人」という。）が基金により実施している事業に関して、所管府省が補助金交付要綱等に基づく指導監督を行う場合の基準として、「補助金等の交付により造成した基金等に関する基準」（以下「国基金基準」という。）が閣議決定された。国基金基準は、基金法人が保有している基金のうち、当該基金法人において２か年度以上にわたり特定の事業を実施していくための基金を対象としている。
　一方、機構は、国基金基準の策定等を踏まえて、１９年３月に、機構からの補助金の交付により造成した基金の管理に関する指導の基準として、「畜産業振興事業の実施のために独立行政法人農畜産業振興機構からの補助金の交付により造成した基金の管理に関する基準」（平成１９年１８農畜機第４５４５号）を定めており、同基準では、畜産業振興事業の事業実施主体が機構から直接交付を受けた補助金を財源として保有している基金であって、２か年度以上にわたり畜産業振興事業を実施していくための基金を対象としていた。その後、機構は、２０年１２月に同基準を改正し（平成２０年２０農畜機第３７５７号。以下、改正した基準を「機構基金基準」という。）、その対象を畜産業振興事業の事業実施主体等（機構から事業実施主体を経由して間接的に補助金を受けて基金を造成し、畜産業振興事業を実施する者を含む。）が機構からの補助金を財源として保有している基金であって、２か年度以上にわたり畜産業振興事業を実施していくための基金とした。
　これらの基準においては、基金の見直し、基本的事項の公表等について、以下の事項等が規定されている。

（ア）　基金の見直し

ａ　見直しの時期等

　団体（国基金基準における基金法人、機構基金基準における事業実施主体等をいう。「第２２（３）基金の見直し、基本的事項の公表等」において以下同じ。）は、国所管基金については少なくとも５年に１回、機構所管基金については３年に１回、定期的な見直しを行うこと
　そして、団体は、実施した見直しの概要及び次回見直しの時期について、ホームページへ掲載するなど適切な手段により公表すること

ｂ　基金の保有に関する基準

　団体は、定期的な見直しの際に、基金事業の今後の見通し又はこれまでの実績からみて基金の規模が過大となっていないかなどの状況を客観的に把握するために、「基金の保有割合（基金事業に要する費用に対する保有基金額等の割合）」を合理的な事業見通し又は実績を用いて算出すること
　そして、基金の使途、運営形態により分類された次の８つの基金それぞれについて保有割合の算出式が例示されている。
　〔1〕 貸付事業（回転型）、〔2〕 債務保証事業（保有型）、〔3〕 利子補給事業（取崩し型）、〔4〕 利子補給事業（運用型）、〔5〕 補助・補填事業（取崩し型）、〔6〕 補助・補填事業（運用型）、〔7〕 調査等その他事業（取崩し型）、〔8〕 調査等その他事業（運用型）

ｃ　使用見込みの低い基金に関する基準

　基金の保有割合が１を大幅に上回っている基金、前回の見直し以降事業実績がない基金、直近３か年以上事業実績がない基金等使用見込みの低い基金を保有する団体は、定期的な見直しの際に、基金の財源となっている補助金等の国庫や機構への返還等基金の取扱いを検討し、検討結果について適切な手段により公表すること

（イ）　基金の基本的事項の公表

　団体は、基金の名称、基金額、基金のうち補助金等相当額、基金事業の概要、定期的な見直しの時期等の基本的事項について、基金造成後速やかに公表すること
　そして、既に設置されている基金については、初回の見直しに併せて、これらの基本的事項を公表するとともに、所管府省及び機構においても、同様の公表を行うこと

イ　基準に基づく基金の見直しの状況

　２１年１０月から２３年６月までに、機構所管基金の７基金に係る２８２地方基金（１３９地方畜産団体）について機構基金基準に基づく２１年度の見直しの結果が機構及び地方畜産団体において公表されている。そして、この見直しにより都道府県事業基金に係る４６地方基金のうち４４地方基金から２２年度に計２４億２０６５万円が機構に返還されている（図表１１７ 参照）。

　なお、上記のほか、業務対象年間の最終年度が２１年度である地域肉豚生産安定基金に係る４３地方基金のうち２３地方基金から２１年度内に使用しないと見込まれる資金計６億４７５１万円が２１年度に機構に返還されている。

ウ　基準に基づく基金の見直しにおける問題点

　機構所管基金の２１年度の見直し内容等について検査したところ、以下のような事態が見受けられた。

（ア）　基金の保有割合の算出

　前記のとおり、機構基金基準は、「基金の保有割合（基金事業に要する費用に対する保有基金額等の割合）」を合理的な事業見通し又は実績を用いて算出することとしている。
　しかし、各地方畜産団体が保有割合の算出に用いた数値に基づき、その算出過程を検証したところ、都道府県事業基金（４２地方基金）及び地域肉用牛肥育経営安定基金（４７地方基金）は、次の事由等により、保有割合の算出が必ずしも合理的なものとなっていないと認められた。

ａ　「基金事業に要する費用」の算定

　機構基金基準は「基金事業に要する費用」について、補助・補填事業（取崩し型）では「事業が完了するまでに必要となる補助・補填額及び管理費」と算出式において例示している。しかし、都道府県事業基金においては「基金事業に要する費用」について、事業実施計画書の事業予定額に増加が見込まれるとして更に事業費を追加したり、全国協会の指示により過去最高の事業実績額を用いたりなどしていて、近年の事業実績額と比較して著しく額の大きい事業費を算定するなどしていた。そのため、会計検査院が直近５年間の平均事業実績額に基づいて試算すると、図表１１８ のとおり、被災４県に係る４地方基金を除く４２地方基金の全てにおいて保有割合が１を超えており、また、各地方畜産団体が算出した保有割合を大きく上回るものも見受けられた。この地方畜産団体の「基金事業に要する費用」の算定方法について、機構は、各地方畜産団体がそれぞれの実情を踏まえて算定したものであり問題はないとしている。しかし、これらは近年の事業実績からみて合理的な事業見通しに基づいた「基金事業に要する費用」の算定になっていないと認められる。

ｂ　「保有基金額等」の算定

　機構基金基準は、補助・補填事業（取崩し型）の基金の保有割合の算出式を「直近年度末の基金額÷（事業が完了するまでに必要となる補助・補填額及び管理費）」としている。この算出式における「事業が完了するまでに必要となる補助・補填額及び管理費」は、造成された基金から交付される補助・補填見込額等であることから、「保有基金額等」は「直近年度末の基金額」に機構からの補助金や生産者からの拠出金等の事業が完了するまでの間に確実に見込まれる収入の見込額を加えて算定することにより、合理的な基金の保有割合を算出できると考えられる。しかし、地域肉用牛肥育経営安定基金においては、全ての地方畜産団体が機構からの補助金や生産者からの拠出金等の見込額を考慮して「保有基金額等」を算定しておらず、全ての地方基金において保有割合は１を下回っていた。そのため、会計検査院が「直近年度末の基金額」に上記の収入の見込額を加えた額で試算すると、１３地方基金において保有割合が１を超えていた（図表１１９ 参照）。なお、機構は、次回見直し時までに同基金の見直し方法等を検討するとしている。
　このように、保有割合の算出が合理的なものとなっていないと認められるこれらの２基金について、会計検査院が「基金事業に要する費用」について直近５年間の平均事業実績額を用いたり「保有基金額等」について、「直近年度末の基金額」に事業が完了するまでの生産者からの拠出金の見込額を加えるなどしたりして基金事業に要する費用を超える額等を試算すると、２１年度の見直しでは、２１年度当初の資金保有額等のうち基金事業に要する費用を超える額の合計は２基金で計７８億８３３４万円（補助金等相当額４７億７９４２万円）となる。

　これらについて事例を示すと、次のとおりである。

＜事例６＞

＜事例７＞

（イ）　見直しの対象とならなかったもの

　国所管基金である耕畜連携水田活用資金に係る４１地方基金及び家畜導入特別事業に係る２３４地方基金は、これらを保有している団体がそれぞれ都道府県水田農業推進協議会及び市町村であり基金法人ではないことから、国基金基準に基づく見直しの対象とならなかった。
　機構所管基金のうち、肉用子牛生産者積立金に係る４７地方基金は、当該基金事業が畜産業振興事業ではないことから、機構基金基準に基づく見直しの対象とならなかった。肉用子牛生産者積立金を見直しの対象としていないことについて、機構は、事業の要件等が全て法令等に規定されており、機構における基金の見直しの対象になじまないためとしている。また、所管府省の農林水産省は、同基金に係る補給金制度における生産者積立金の負担金（１頭当たり）の決定は、肉用子牛特措法等に基づき同省生産局長が承認するものであることから、機構が関与できるものでないとしている。そして、農林水産省は、肉用子牛生産者積立金は、５年間の業務対象年間が終了した時点で基金に残余がある場合には残余を機構に返還し、その後改めて新しい業務対象年間で積み立てる仕組みであり、法令に基づき定期的な見直しを行っていて、上記の負担金を引き下げた時には生産者向けパンフレットにより公表しているとしている。
　しかし、国基金基準及び機構基金基準に基づく見直しは、基金事業の今後の見通し及びこれまでの実績からみて、基金の規模が過大となっていないかなどの状況を客観的に把握するとともに、実施した見直しの概要及び次回の見直し時期について、ホームページへ掲載するなどして国民が容易にその内容を把握できるよう公表するものであることから、これらの基準に準じて見直しを実施するか、上記の見直しを行っていない理由をホームページにおいて公表することが適切であると考えられる。

エ　基準に基づく基本的事項の公表の状況

　前記のとおり、団体は、基金の基本的事項を基金造成後速やかに、また、既に設置されている基金については初回の見直しに併せて、公表することとされている。
　国所管基金である耕畜連携水田活用資金に係る４１地方基金、家畜導入特別事業に係る２３４地方基金を保有する計２７５地方畜産団体は、これらの基金が国基金基準に基づく見直しの対象となっていないことから、国基金基準に基づく公表を行っていない。
　機構所管基金のうち、肉用子牛生産者積立金に係る４７地方基金を保有する４７地方畜産団体は、同基金が機構基金基準に基づく見直しの対象となっていないことから、機構基金基準に基づく公表を行っていない。このことについて、農林水産省は、地方畜産団体の総会資料により基本的事項を公表しているとしているが、見直しの結果と同様に、ホームページへ掲載するなどして国民が容易にその内容を把握できるよう基本的事項の公表を行うことが適切であると考えられる。また、加工原料乳生産者積立金に係る１０地方基金を保有する１０地方畜産団体は、事業の制度上、社団法人中央酪農会議が保有する全国基金である加工原料乳生産者経営安定基金と合算して機構基金基準に基づく見直しを実施しており、基金を造成している地方畜産団体ごとには機構基金基準に基づく基本的事項の公表を行っていない。しかし、基本的事項は基金を造成している団体が公表することとされていることから、地方畜産団体ごとに公表することが必要であった。
　なお、加工原料乳生産者積立金については、機構及び１０地方畜産団体は、会計検査院の検査を踏まえて、２３年１２月までに基本的事項を公表している。

（４）　第１次報告に検査の結果を記述した資金及び基金の状況

　第１次報告に検査の結果を記述した機構に造成されている調整資金及び畜産業振興資金の２２年度末の状況は、図表７ （参照）のとおりとなっている。
　２１年度の両資金の収入額は、３、１３両年度と同様に計１５００億円を超える額となっている。これは、畜産業振興資金の収入において一般交付金及び基金見直しなどによる補助金等返還金が増加していることによる。また、調整資金の支出額は、緊急対策の実施等により１０００億円を超えている。このため、２１年度末の資金保有額は、２０年度と比較すると調整資金で減少し、畜産業振興資金で増加している。２２年度は、畜産業振興資金の収入額が大幅に減少しているものの、両資金とも収支に大きな差はないことから、同年度末の資金保有額は２１年度と同程度となっている。
　また、第１次報告 において検査の結果を記述した６０基金（国所管基金４基金及び機構所管基金５６基金）の２２年度末の状況は、図表１２０ のとおりとなっている。２１、２２両年度に実施された基金の廃止及び統合の結果、２２年度末では１６基金が継続している。このうち４基金が２３年度中に廃止されたことから、２３年度末に継続している基金は１２基金（貸付金の回収のために継続している４基金を含む。）となっている。
　なお、２１、２２両年度に廃止された３１基金のうち、２１基金については基金事業を終了しているが、１０基金に係る事業は引き続き単年度の補助事業として実施されている。

　上記の６０基金のうち、農林水産大臣及び機構理事長に対して、２２年８月に、会計検査院法第３６条の規定により改善の処置を要求した１６基金（図表１２０ で網掛けしている基金）については、農林水産省及び機構は、会計検査院の指摘の趣旨に沿い、改善の処置を執っていた。
　上記の１６基金に係る基金ごとの改善の処置及び２２年度末において基金事業を継続している異常補填積立基金についての状況は、次のとおりである。

ア　畜産経営維持安定特別対策基金（国１（図表１２０ の所管及び番号。以下同じ。））

　畜産経営維持安定特別対策基金（２０年度末資金保有額３５億８９７８万円（補助金相当額同額））は、社団法人全国畜産経営安定基金協会が、ＢＳＥ等の重大な家畜疾病の発生等により経済的に影響を受けた畜産経営の維持・安定に必要な資金を円滑に融通することを目的として、家畜疾病経営維持基金（機構２１）及び家畜飼料特別支援基金（機構２２）に係る融資を受けている畜産経営者が返済不能に陥った場合に、これらの融資について債務保証を行う県基金協会に対して保証債務の代位弁済に伴う損失を補填するために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、２２年度中に９億４１１０万円を国に返還することととしていたが、２２年４月の口蹄疫の発生に伴い、これに対応するために家畜疾病経営維持基金に係る融資枠が２０億円から３００億円に拡大されたことから、必要額を再度見直して、２２年１２月に１億１５２０万円が国に返還された。なお、今後は、必要額を適宜見直しながら事業を実施することとしている。

イ　備蓄基金（国４）

　備蓄基金（２０年度末資金保有額３億０４７７万円（補助金相当額３億０４１５万円））は、安定機構が、配合飼料の安定的供給を確保することを目的として、備蓄用飼料穀物の保管、備蓄用飼料穀物の買入に係る借入金の管理、飼料用備蓄穀物災害保険の加入手続等を実施するとともに、年度途中における借入金金利の大幅な上昇及び災害時の備蓄穀物の移転といった年度当初では予測することが困難である事態に対応するために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、２２年度の備蓄事業費の予算額を減額し、基金の保有額を２２年度の備蓄事業費に充当することとされたことから、２２年度末資金保有額は１億５７４３万円（補助金相当額１億５７０９万円）と縮減されている。なお、今後は、必要額を適宜見直しながら事業を実施することとしている。

ウ　肥育素牛導入基金（機構２）

　肥育素牛導入基金（２０年度末資金保有額８億４２９０万円（補助金等相当額同額））は、社団法人全国畜産経営安定基金協会が、肥育牛生産の安定的発展を図ることを目的として、肥育農家が肥育素牛を導入する際、農業協同組合及び融資機関を通じて資金を供給するために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、２２年度で新規貸付けを終了し、２３年度以降は貸付金の回収業務のみを行うこととされたことから、２３年７月に事務費相当額を除く６億５３６２万円が機構に返還された。

エ　融資準備財産（機構３）

　融資準備財産（２０年度末資金保有額５３５億３５５５万円（補助金等相当額同額））は、振興基金協会が、補給金制度の健全な運営を図ることを目的として、指定協会において肉用子牛生産者補給金の一部に充てるための積立金に不足が生じた場合に、指定協会に対して資金の貸付けを行うために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、２２年３月に４３７億３８２７万円が機構に返還され、２１年度末資金保有額は１０５億９６２０万円となった。さらに、行政刷新会議による事業仕分けの結果等により、必要額を除いた額を返還することとされ、２２年６月に４７４２万円が同年７月に５３億０４２０万円がそれぞれ機構に返還された。なお、今後は、必要額を適宜見直しながら２４年度まで事業を実施することとしている。

オ　家畜疾病経営維持基金（機構２１）

　家畜疾病経営維持基金（２０年度末資金保有額１０億３５３２万円（補助金等相当額同額））は、社団法人中央畜産会が、家畜疾病の発生時等において畜産経営の継続及び維持や再開を図り、家畜の導入、飼料等資材の購入等に要する資金の融通を円滑にすることを目的として、畜産経営者に対して貸付けを行った農業協同組合等の融資機関に対して利子補給等を行うために保有していたものである。
　基金の見直しの結果等により、基金事業は２２年度で終了し、２３年度から単年度の補助事業として実施することとされた。なお、２２年７月に１０億５６０９万円が、２３年７月に２３６７万円がそれぞれ機構に返還され、基金は２３年度をもって廃止された。

カ　家畜飼料特別支援基金（機構２２）、家畜飼料債務保証円滑化基金（同２３）

　家畜飼料特別支援基金（２０年度末資金保有額７６億５７４４万円（補助金等相当額同額））は、社団法人中央畜産会が、畜産の生産基盤の維持と安定的発展を図ることを目的として、配合飼料価格が一定の水準を上回った場合に畜産経営者等に対して飼料購入に必要な家畜飼料特別支援資金を貸し付ける農業協同組合等の融資機関に対して利子補給を行うために、２０年度まで保有していたものである。
　また、家畜飼料債務保証円滑化基金（２０年度末資金保有額２４億７６６８万円（補助金等相当額同額））は、社団法人中央畜産会が、畜産の生産基盤の維持と安定的発展を図ることを目的として、県基金協会が行う家畜飼料特別支援資金に係る代位弁済に伴って生ずる損失の一部を補填するために、２０年度まで保有していたものである。
　そして、家畜飼料特別支援基金及び家畜飼料債務保証円滑化基金は、２１年度に、家畜飼料特別支援資金融通事業基金として統合された。
　基金の見直しの結果等により、基金事業は２２年度で終了し、２３年度から単年度の補助事業として実施することとされた。なお、２３年７月に９３億５１０５万円が機構に返還され、基金は２３年度をもって廃止された。

キ　家畜防疫互助基金（機構２４）

　家畜防疫互助基金（２０年度末資金保有額３２億５２２６万円（補助金等相当額１７億３７４２万円））は、社団法人中央畜産会が、機構からの補助金及び生産者からの積立金を財源として基金を造成し、家畜伝染病のうち口蹄疫、高病原性鳥インフルエンザなどの対象疾病が発生した場合に、生産者の経済的損失を補償するために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、２２年度から基金への繰入額は生産者に対する互助金の交付に充てるための額等に限定し、事務費相当額は単年度の補助事業により交付することとされた。２２年度以降の口蹄疫及び高病原性鳥インフルエンザの発生を受けて多額の資金が必要となったことから、基金の枯渇を防ぐため、２２年度に機構が単独で４７億０５４５万円の追加造成をし、２２年度末資金保有額は１４億９５７４万円（補助金等相当額９億８４４０万円）となっている。なお、機構による追加造成額のうち生産者負担分相当額２１億２４９４万円は、今後、生産者積立金の残高から機構に返還する予定となっている。

ク　保証基金（機構３０）

　保証基金（２０年度末資金保有額１３億３０４２万円（補助金等相当額１１億０３６９万円））は、社団法人日本家畜商協会が、傘下の会員組合による肉用子牛の導入に必要な資金の融通の円滑化を図るための債務保証及び代位弁済に充てるために保有していたものである。
　基金の見直しの結果等により、基金事業は２２年度で終了し、２３年度から単年度の補助事業として実施することとされた。なお、２３年６月に１１億２８０８万円が機構に返還され、基金は２３年度をもって廃止された。

ケ　貸付機械取得資金（機構３４、５５）

　貸付機械取得資金（２０年度末資金保有額は、それぞれ３億４１２４万円（補助金等相当額１億６１１１万円）、３１億６３４９万円（補助金等相当額１５億８１７４万円））は、社団法人日本ハンバーグ・ハンバーガー協会及び日本ハム・ソーセージ工業協同組合が、食肉加工業者等に対して、国産食肉及び畜産副生物の新規用途開発、製品等の品質・衛生管理並びに環境対策のために必要な成型機等の機械施設の貸付けを行うために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、実質的な資金の集約を目指すとして、社団法人日本ハンバーグ・ハンバーガー協会においては、貸付けは２２年度までに申出のあったものまでとして２３年度以降は貸付金の回収業務のみを行うこととされ、２３年度以降の貸付けは全て日本ハム・ソーセージ工業協同組合において行うこととされた。なお、両団体において資金規模の見直しを行った結果、２３年６月に、社団法人日本ハンバーグ・ハンバーガー協会から１億３５４４万円が、日本ハム・ソーセージ工業協同組合から２億５０００万円がそれぞれ機構に返還された。

コ　食肉価格安定基金（機構３９）

　食肉価格安定基金（２０年度末資金保有額１０７億７５８２万円（補助金等相当額７１億８３８８万円））は、財団法人沖縄県畜産振興基金公社が、沖縄県産食肉の安定供給、県内食肉価格の安定及び県内食肉生産基盤の拡大を図るための事業に対して補助するために保有するものである。
　基金の見直しの結果等により、沖縄県の特殊事情に鑑み、２３年度から基金の運用益を財源とする運用型から取崩し型の基金とした上で、事業内容を大幅に拡大し、同県の食肉生産基盤の飛躍的な改善を図るための事業に対して補助するものとされた。なお、実施期間は２３年度から２７年度までの５年間とされており、２２年度末の資金保有額は１０８億１９３６万円（補助金等相当額７２億１２９０万円）となっている。
　また、本基金の１３年度から２０年度までの各年度における事業実績額の平均は７０１０万円であることから、２３年度から２７年度までの基金からの支出額は飛躍的に増加すると見込まれる。

サ　畜産関係情報提供衛星通信推進事業基金（機構４０）

　畜産関係情報提供衛星通信推進事業基金（２０年度末資金保有額１億３９１３万円（補助金等相当額同額））は、財団法人競馬・農林水産情報衛星通信機構が、畜産経営の健全な発展と畜産物の安定的な供給を図ることを目的として、自給飼料の増産を始めとする畜産の振興に必要な気象情報の提供を衛星通信システムにより行うため保有していたものである。
　行政刷新会議による事業仕分けの結果等により、基金事業は２２年度で終了することとされ、２２年８月に１億０６２５万円が、２３年３月に２４７万円がそれぞれ機構に返還され、基金は２２年度をもって廃止された。

シ　生乳流通効率化リース基金（機構４３）、食肉リース基金（同４４）、畜産環境整備リース基金（同４５）

　生乳流通効率化リース基金（２０年度末資金保有額１１億３８２８万円（補助金等相当額同額））は、集送乳の合理化及び生乳等の流通の効率化を図ることを目的として、生乳輸送業者に対して、生乳等の輸送等に必要なミルクタンクローリー等の機械施設の貸付けを行うものである。
　食肉リース基金（２０年度末資金保有額１３億７５９４万円（補助金等相当額同額））は、食肉流通の合理化を図ることを目的として、食肉販売業者等に対して、必要な機械施設の貸付けを行うものである。
　畜産環境整備リース基金（２０年度末資金保有額５０億７００１万円（補助金等相当額同額））は、堆肥化施設等の整備の推進を図ることなどを目的として、畜産経営者に対して、堆肥化施設等の機械施設の貸付けを行うものである。
　これらの３基金は、いずれも財団法人畜産環境整備機構が保有しており、借受者から回収する基本貸付料等を新たな貸付けの財源とする回転型の基金である。
　基金の見直しの結果等により、２２年度に、同機構が保有するたい肥調整・保管施設リース基金（機構４１）及び畜産経営生産性向上支援リース基金（機構４２）とこれらの３基金は、畜産高度化支援リース基金として統合され、２２年度末資金保有額は６７億６００６万円（補助金等相当額同額）となっている。なお、たい肥調整・保管施設リース基金及び畜産経営生産向上支援リース基金は、取崩し型の補助付きリース事業を行っていたことから、統合後の畜産高度化支援リース基金の資金保有額は、事業の進展に伴い減少することになる。

ス　異常補填積立基金（国３）

　異常補填積立基金（２０年度末資金保有額７０億８４５３万円（補助金相当額７６億０２３７万円）（注２８） ）は、安定機構が、輸入原料価格が著しく高騰して配合飼料価格が大幅に値上がりした場合に畜産経営者に及ぶ影響を緩和することを目的として、異常補填交付金を交付するなどのために保有するものである。
　１９、２０両年度の配合飼料価格の高騰により多額の異常補填交付金（１９年度４７９億８５００万円、２０年度４２０億４８７８万円）を交付したため、２０年度末資金保有額は７０億８４５３万円と減少していたが、今後も配合飼料価格の高騰により、異常補填交付金の交付が見込まれることから、過去の発動実績及び今後の発動見込みを勘案して、２１年度に２７０億円を追加造成し、２２年度末資金保有額は３０９億７２７７万円（補助金相当額１９４億４６５５万円）となっている。なお、２３年度においても配合飼料価格は高騰しているため、第１四半期に５３億９２７６万円、第２四半期に４６億７６６１万円の異常補填交付金が交付されている。