文部科学省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助対象経費の算定が適正に行われているかなどに着眼して、29道府県、291市町村、5独立行政法人、34国立大学法人等、100学校法人等、24宗教法人、21公益財団法人及び23公益社団法人等において、実績報告書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。
その結果、8道県、6市町、15学校法人、1公益財団法人、計30事業主体が民間スポーツ振興費等補助金、私立学校施設整備費補助金等を受けて実施した事業において、補助金等が過大に交付されているなどしていて、これらに係る国庫補助金593,889,765円が不当と認められる。
これを補助金等別に掲げると次のとおりである。