文部科学省所管の補助事業は、地方公共団体等が事業主体となって実施するもので、同省は、この事業に要する経費について、直接又は間接に事業主体に対して補助金等を交付している。
本院は、合規性等の観点から、補助対象経費の算定が適正に行われているかなどに着眼して、23都道府県、260市区町村、1一部事務組合、33国立大学法人等、89学校法人等、25宗教法人及び9公益財団法人等において、実績報告書等の書類によるなどして会計実地検査を行った。
その結果、7道県、5市、9学校法人、計21事業主体が学校施設環境改善交付金(平成22年度以前は安全・安心な学校づくり交付金)、義務教育費国庫負担金等を受けて実施した事業において、補助金等が過大に交付されているなどしていて、これらに係る国庫補助金222,070,862円が不当と認められる。
これを補助金等別に掲げると次のとおりである。